KEGG   ENZYME: 2.4.2.2Help
Entry
EC 2.4.2.2                  Enzyme                                 

Name
pyrimidine-nucleoside phosphorylase;
Py-NPase;
pdp (gene name)
Class
Transferases;
Glycosyltransferases;
Pentosyltransferases
BRITE hierarchy
Sysname
pyrimidine-nucleoside:phosphate (2'-deoxy)-alpha-D-ribosyltransferase
Reaction(IUBMB)
(1) uridine + phosphate = uracil + alpha-D-ribose 1-phosphate [RN:R01876];
(2) thymidine + phosphate = thymine + 2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate [RN:R01570];
(3) 2'-deoxyuridine + phosphate = uracil + 2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate [RN:R02484]
Reaction(KEGG)
Substrate
uridine [CPD:C00299];
phosphate [CPD:C00009];
thymidine [CPD:C00214];
2'-deoxyuridine [CPD:C00526]
Product
uracil [CPD:C00106];
alpha-D-ribose 1-phosphate [CPD:C00620];
thymine [CPD:C00178];
2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate [CPD:C00672]
Comment
Unlike EC 2.4.2.3, uridine phosphorylase, and EC 2.4.2.4, thymidine phosphorylase, this enzyme can accept both the ribonucleoside uridine and the 2'-deoxyribonucleosides 2'-deoxyuridine and thymidine [3]. The reaction is reversible, and the enzyme does not distinguish between alpha-D-ribose 1-phosphate and 2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate in the synthetic direction.
History
EC 2.4.2.2 created 1961
Pathway
ec00240  Pyrimidine metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K00756  pyrimidine-nucleoside phosphorylase
K09913  purine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase
Genes
ECO: b0391(yaiE)
ECJ: JW0382(yaiE)
ECD: ECDH10B_0348(yaiE)
EBW: BWG_0275(yaiE)
ECOK: ECMDS42_0291(yaiE)
ECE: Z0487(yaiE)
ECS: ECs0441
ECF: ECH74115_0465
ETW: ECSP_0453(yaiE)
ELX: CDCO157_0429
EOJ: ECO26_0424(yaiE)
EOI: ECO111_0421(yaiE)
EOH: ECO103_0366(yaiE)
ECG: E2348C_0327(yaiE)
EOK: G2583_0499(yaiE)
ECC: c0499(yaiE)
ECP: ECP_0451
ECI: UTI89_C0411(yaiE)
ECY: ECSE_0412
ECR: ECIAI1_0391(yaiE)
ECQ: ECED1_0414(yaiE)
ECK: EC55989_0400(yaiE)
ECT: ECIAI39_0290(yaiE)
EOC: CE10_0354(yaiE)
EUM: ECUMN_0429(yaiE)
ECZ: ECS88_0386(yaiE)
ELH: ETEC_0444
ESE: ECSF_0352
ESO: O3O_05740
ESM: O3M_19540
ESL: O3K_19555
EBR: ECB_00338(yaiE)
EBD: ECBD_3273
EAB: ECABU_c04690(yaiE)
EDJ: ECDH1ME8569_0377(yaiE)
ENA: ECNA114_0367(yaiE)
ELW: ECW_m0461(yaiE)
ELL: WFL_02275
ELC: i14_0481(yaiE)
ELD: i02_0481(yaiE)
EBL: ECD_00338(yaiE)
EBE: B21_00342(yaiE)
ELF: LF82_2524(yaiE)
ECOJ: P423_01990
ECOO: ECRM13514_0457(yaiE)
ECOH: ECRM13516_0369(yaiE)
ECOS: EC958_0528(yaiE)
EFE: EFER_2632(yaiE)
STY: STY0424(yaiE)
STT: t2473(yaiE)
STM: STM0391(yaiE)
SEO: STM14_0462(yaiE)
SEY: SL1344_0386(yaiE)
SEJ: STMUK_0397(yaiE)
SEB: STM474_0408(yaie)
SENR: STMDT2_03871(yaiE)
SEND: DT104_04351(yaiE)
SENI: CY43_02280
SPT: SPA2332(yaiE)
SEK: SSPA2175
SEI: SPC_0401(yaiE)
SEC: SCH_0432(yaiE)
SHB: SU5_01083
SENS: Q786_01925
SED: SeD_A0429
SEG: SG0403(yaiE)
SEL: SPUL_2580
SET: SEN0374(yaiE)
SENA: AU38_01900
SENO: AU37_01895
SENV: AU39_01900
SENQ: AU40_02115
SENL: IY59_01950
SEEP: I137_11730
SENB: BN855_3860(yaiE)
SENE: IA1_02095
SBG: SBG_0347(yaiE)
SBZ: A464_348
SFL: SF0327(yaiE)
SFX: S0335(yaiE)
SFV: SFV_0356(yaiE)
SFE: SFxv_0367(yaiE)
SFN: SFy_0409
SFS: SFyv_0444
SFT: NCTC1_00339(yaiE)
SSN: SSON_0367(yaiE)
SBO: SBO_0286(yaiE)
SDY: SDY_0352(yaiE)
ENC: ECL_01149
ECLO: ENC_23700
EEC: EcWSU1_00910(yaiE)
ECLX: LI66_04635
ECLY: LI62_05135
ECLZ: LI64_04825
ESA: ESA_02910
CSK: ES15_2992
CTU: CTU_09690
KPN: KPN_00335(yaiE)
KPU: KP1_1195
KPP: A79E_3950
KPE: KPK_4351
KPR: KPR_4389
KPJ: N559_4077
KPNU: LI86_20940
KPNK: BN49_1309
KVA: Kvar_4046
KOX: KOX_12425
KOE: A225_1214
EAE: EAE_12410
EAR: CCG31495
CKO: CKO_02780
CRO: ROD_04361
CAMA: F384_01630
EBF: D782_3469
PSTS: E05_38280
YPE: YPO3213
YPK: y0973
YPA: YPA_2706
YPN: YPN_0879
YPM: YP_0722
YPH: YPC_3499(yaiE)
YPW: CH59_2816
YPJ: CH55_1787
YPV: BZ15_318
YPL: CH46_1891
YPS: YPTB0912(yaiE)
YPO: BZ17_1635
YPY: YPK_3281
YPB: YPTS_0953
YPQ: DJ40_1446
YPU: BZ21_156
YPR: BZ20_1134
YPC: BZ23_433
YPF: BZ19_269
YEN: YE3187
YEY: Y11_21081
YEW: CH47_2555
YET: CH48_2650
YAL: AT01_1502
YFR: AW19_2149
YIN: CH53_2816
YKR: CH54_3637
YRO: CH64_3531
YRU: BD65_2785
SPE: Spro_1026
SPLY: Q5A_004665
SMAF: D781_0959
SMAR: SM39_0350
SERF: L085_23605
RAA: Q7S_17130
ECA: ECA1104
PATR: EV46_05565
PATO: GZ59_11310
PCT: PC1_0998
PEC: W5S_3308
SOD: Sant_3047
PES: SOPEG_3185(yaiE2)
DDD: Dda3937_01933(yaiE)
DDQ: DDI_0842
ETA: ETA_25560
EPY: EpC_26760
EPR: EPYR_02906(yaiE)
EAM: EAMY_0925(yaiE)
EAY: EAM_0938
EBI: EbC_09540
PAM: PANA_0947(yaiE)
PLF: PANA5342_3356(yaiE)
PAJ: PAJ_0272(yaiE)
PVA: Pvag_0324(yaiE)
PSTW: DSJ_05710
ETR: ETAE_1072
ETD: ETAF_0999(yaiE)
ETE: ETEE_3015(yaiE)
VCH: VCA0970
VCI: O3Y_18028
VCS: MS6_A1003
VVU: VV2_1219
VVY: VVA0047
VPA: VPA0057
VAG: N646_3512
VSP: VS_II1412
VAN: VAA_01269
VFI: VF_A0554
PPR: PBPRA3416(Y0973)
PAE: PA1574
PAEV: N297_1618
PAEI: N296_1618
PAU: PA14_44140(yaiE)
PNC: NCGM2_2464(yaiE)
PAEB: NCGM1900_5002(yaiE)
PAEP: PA1S_18150
PAEM: U769_17875
PAEL: T223_19205
PAEG: AI22_15835
PAEC: M802_1615
PAEO: M801_1617
PMY: Pmen_2513
PMK: MDS_2250
PPSE: BN5_2188
PPU: PP_4248
PPF: Pput_1620
PPT: PPS_3639
PPI: YSA_08340
PPX: T1E_0715
PPUH: B479_18100
PPUT: L483_23570
PPUN: PP4_15230
PPUD: DW66_4079
PMON: X969_17445
PMOT: X970_17090
PSB: Psyr_1831
PSYR: N018_08530
PFL: PFL_4201
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PFO: Pfl01_3952(yaiE)
PFS: PFLU_4399
PFB: VO64_5137
PMAN: OU5_1502
PEN: PSEEN1810
PSZ: PSTAB_1765(yaiE)
PSTT: CH92_08755
PKC: PKB_2114
PSES: PSCI_3675
PSEM: TO66_22085
PSOS: POS17_4289
PANR: A7J50_4077
PSET: THL1_2165
PSIL: PMA3_07200
ACB: A1S_0323
ABM: ABSDF3198
ABY: ABAYE3451
ABN: AB57_0404
ABX: ABK1_0366
ABH: M3Q_583
ABAD: ABD1_02990
ABAZ: P795_15660
ABAU: IX87_16175
ABAA: IX88_03910
ACI: ACIAD0356
SON: SO_4467
SDN: Sden_1472
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SAZ: Sama_3424
SBL: Sbal_0273
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SHL: Shal_3756
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SPSW: Sps_05238
CPS: CPS_4838
PHA: PSHAa0672
PAT: Patl_1547
PSM: PSM_A2391
PART: PARC_a3077
MAQ: Maqu_2862
MHC: MARHY2754
MAD: HP15_2594
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AMAG: I533_05110
AMAC: MASE_05005
AAUS: EP12_05435
GNI: GNIT_1416
GPS: C427_3528
PIN: Ping_3196
MVS: MVIS_2547
CJA: CJA_1969
SDE: Sde_1594
SAGA: M5M_00855
MCA: MCA1207
TCX: Tcr_1534
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MEC: Q7C_1124
CYQ: Q91_0741
TEE: Tel_04605
TGR: Tgr7_0015
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RSO: RSc2552
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BVE: AK36_3815
BCN: Bcen_3823
BCJ: BCAM1727
BCEN: DM39_6107
BCEW: DM40_4552
BCEO: I35_5597
BAM: Bamb_3969
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BCT: GEM_3912
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BSTG: WT74_27700
BUK: MYA_4137
BXE: Bxe_C1372
BXB: DR64_8440
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BFN: OI25_5212
PNU: Pnuc_1752
PPNO: DA70_21235
PPNM: LV28_09085
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RFR: Rfer_2688
POL: Bpro_1600
PNA: Pnap_1083
AAV: Aave_1857
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AAA: Acav_1796
ACRA: BSY15_3926
DAC: Daci_4775
CTES: O987_08645
RTA: Rta_10610
HYB: Q5W_03840
CBAA: SRAA_1485(yaiE)
CBAB: SMCB_0521(yaiE)
HAR: HEAR0870
MMS: mma_0846
JAG: GJA_3912
CFU: CFU_3233
CARE: LT85_1267
LCH: Lcho_0913
TIN: Tint_2224
THI: THI_2571
TBD: Tbd_1848
MFA: Mfla_1707
MMB: Mmol_0969
MEH: M301_1167
MEP: MPQ_1622
SLT: Slit_1020
GCA: Galf_1997
EBA: ebD86
DSU: Dsui_3246
DAR: Daro_3029
AZO: azo2184(yaiE)
AZA: AZKH_3233
AOA: dqs_2317
TCL: Tchl_2523
BPRC: D521_1734
WSU: WS0164
SUA: Saut_2164
SULR: B649_00875
SDL: Sdel_1508
SMUL: SMUL_2147
SHAL: SHALO_1894
SULJ: SJPD1_1882
SUN: SUN_2396
GSU: GSU1328
GME: Gmet_1778
GUR: Gura_2227
GLO: Glov_1951
GBM: Gbem_3074
GEO: Geob_2992
GEM: GM21_1187
GEB: GM18_3046
PCA: Pcar_1338
PPD: Ppro_3372
DEU: DBW_0863
DAS: Daes_2588
DPI: BN4_11553
DBA: Dbac_0761
DSF: UWK_00289
MXA: MXAN_5710(pdp)
CCX: COCOR_06187(pdp)
SUR: STAUR_6371(pdp)
SCL: sce2436(pdp) sce4830
CCRO: CMC5_039050(deoA)
HOH: Hoch_6093
BBA: Bd3855(pdp)
BBAT: Bdt_3724(pdp)
BBW: BDW_14165
BBAC: EP01_11770
BEX: A11Q_2557
BMX: BMS_2719(deoA)
MAGQ: MGMAQ_1064
MGM: Mmc1_2532
AFR: AFE_0403
BSU: BSU39400(pdp)
BSR: I33_4108
BSL: A7A1_2001
BSH: BSU6051_39400(pdp)
BSUT: BSUB_04182(pdp)
BSUL: BSUA_04182(pdp)
BSUS: Q433_21755(deoA)
BSS: BSUW23_19660(pdp)
BST: GYO_4347
BSO: BSNT_10624(pdp)
BSQ: B657_39400(pdp)
BSX: C663_3860(pdp)
BLI: BL00227(pdp)
BLD: BLi04227(pdp)
BLH: BaLi_c42190(pdp)
BAY: RBAM_036460(pdp)
BAQ: BACAU_3667(pdp)
BYA: BANAU_3828(pdp)
BAMP: B938_18735
BAML: BAM5036_3568(pdp)
BAMA: RBAU_3780(pdp)
BAMN: BASU_3562(pdp)
BAMB: BAPNAU_3839(pdp)
BAMT: AJ82_20615(deoA)
BAMY: V529_39190(pdp)
BMP: NG74_03822(pdp)
BAO: BAMF_3763(pdp)
BAZ: BAMTA208_19905(pdp)
BQL: LL3_04086(pdp)
BXH: BAXH7_04084(pdp)
BQY: MUS_4333(pdp)
BAMI: KSO_000825
BAMC: U471_38050
BAMF: U722_19465(deoA)
BATR: TD68_16635(deoA)
BVM: B9C48_18640(deoA)
BHA: BH1533(pdp)
BAN: BA_1894(pyn1) BA_4307(pyn2)
BAR: GBAA_1894(pyn1) GBAA_4307(pyn2)
BAH: BAMEG_2698(pyn1) BAMEG_4346(pyn2)
BAI: BAA_1962(pyn1) BAA_4328(pyn2)
BANT: A16_19300(deoA) A16_43060(deoA)
BANR: A16R_19520(deoA) A16R_43600(deoA)
BANH: HYU01_09510(deoA) HYU01_21035(deoA)
BANV: DJ46_2997(pdp) DJ46_703(pdp)
BCA: BCE_1977(pyn) BCE_4154(pyn)
BCZ: BCE33L1705(pyn) BCE33L3842(pdp)
BCR: BCAH187_A2004(pyn1) BCAH187_A4218(pyn2)
BCB: BCB4264_A1897(pyn1) BCB4264_A4195(pyn2)
BCU: BCAH820_1929(pyn1) BCAH820_4109(pyn2)
BCG: BCG9842_B1042(pyn2) BCG9842_B3449(pyn1)
BCQ: BCQ_1889(pyn) BCQ_3876(pdp)
BCX: BCA_1962(pyn1) BCA_4197(pyn2)
BAL: BACI_c18820(pyn') BACI_c40550(pdp)
BTK: BT9727_1734(pyn) BT9727_3826(pdp)
BTB: BMB171_C1683(pyn1) BMB171_C3750(pyn2)
BTC: CT43_CH1758(pyn1) CT43_CH4093(pyn2)
BTM: MC28_1067(pdp) MC28_3378(pdp)
BTG: BTB_c18730(pdp1) BTB_c42220(pdp2)
BTW: BF38_3115(pdp) BF38_5259(pdp)
BTHY: AQ980_09415(deoA) AQ980_20690(deoA)
BWW: bwei_0864(pdp2) bwei_3133(pdp)
BMYC: DJ92_1180(pdp) DJ92_4447(pdp)
BMYO: BG05_1936(pdp) BG05_4093(pdp)
BCL: ABC1784(pdp)
BPU: BPUM_3585(deoA)
BPUM: BW16_19000(deoA)
BPUS: UP12_18365(deoA)
BMQ: BMQ_2780
BMD: BMD_2815
BMH: BMWSH_2414(pyn2)
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Taxonomy
Reference
1
  Authors
Friedkin, M. and Kalckar, H.
  Title
Nucleoside phosphorylases.
  Journal
In: Boyer, P.D., Lardy, H. and Myrback, K. (Eds.), The Enzymes, 2nd ed., vol. 5, Academic Press, New York, 1961, p. 237-255.
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  Authors
Saunders PP, Wilson BA, Saunders GF.
  Title
Purification and comparative properties of a pyrimidine nucleoside phosphorylase from Bacillus stearothermophilus.
  Journal
J Biol Chem 244:3691-7 (1969)
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3  [PMID:8782414]
  Authors
Hamamoto T, Noguchi T, Midorikawa Y.
  Title
Purification and characterization of purine nucleoside phosphorylase and pyrimidine nucleoside phosphorylase from Bacillus stearothermophilus TH 6-2.
  Journal
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DOI:10.1271/bbb.60.1179
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4  [PMID:8987664]
  Authors
Okuyama K, Hamamoto T, Noguchi T, Midorikawa Y
  Title
Molecular cloning and expression of the pyrimidine nucleoside phosphorylase gene  from Bacillus stearothermophilus TH 6-2.
  Journal
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DOI:10.1271/bbb.60.1655
  Sequence
Reference
5  [PMID:9817849]
  Authors
Pugmire MJ, Ealick SE
  Title
The crystal structure of pyrimidine nucleoside phosphorylase in a closed conformation.
  Journal
Structure 6:1467-79 (1998)
DOI:10.1016/S0969-2126(98)00145-2
  Sequence
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 2.4.2.2
IUBMB Enzyme Nomenclature: 2.4.2.2
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CAS: 9055-35-0

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