EC                Enzyme                                 

ribonuclease E;
endoribonuclease E;
RNase E;
Rne protein
Acting on ester bonds;
Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
BRITE hierarchy
Endonucleolytic cleavage of single-stranded RNA in A- and U-rich regions
RNase E is a bacterial ribonuclease that plays a role in the processing of ribosomal RNA (9S to 5S rRNA), the chemical degradation of bulk cellular RNA, the decay of specific regulatory, messenger and structural RNAs and the control of plasmid DNA replication [1]. The enzyme binds to monophosphorylated 5' ends of substrates but exhibits sequential cleavages in the 3' to 5' direction [1]. 2'-O-Methyl nucleotide substitutions at RNase E binding sites do not prevent binding but do prevent cleavage of non-modified target sequences 5' to that locus [1]. In Escherichia coli, the enzyme is found in the RNA degradosome. The C-terminal half of the protein contains binding sites for the three other major degradosomal components, the DEAD-box RNA helicase Rh1B, enolase (EC and polynucleotide phosphorylase (EC
EC created 2008
K08300  ribonuclease E
ECO: b1084(rne)
ECJ: JW1071(rne)
ECD: ECDH10B_1155(rne)
EBW: BWG_0932(rne)
ECOK: ECMDS42_0904(rne)
ECE: Z1722(rne)
ECS: ECs1462(rne)
ECF: ECH74115_1463(rne)
ETW: ECSP_1385(rne)
ELX: CDCO157_1397(rne)
EOJ: ECO26_1417(rne)
EOI: ECO111_1361(rne)
EOH: ECO103_1129(rne)
ECOO: ECRM13514_1375(rne)
ECOH: ECRM13516_1332(rne)
ECG: E2348C_1176(rne)
EOK: G2583_1343(rne)
ELR: ECO55CA74_06555(rne)
ESO: O3O_10160(rne)
ESM: O3M_15115(rne)
ESL: O3K_15140(rne)
ECW: EcE24377A_1207(rne)
ELH: ETEC_1149
ECC: c1353(rne)
ECP: ECP_1076
ECI: UTI89_C1209(rne)
ECV: APECO1_166(rne)
ECX: EcHS_A1207(rne)
ECM: EcSMS35_2042(rne)
ECY: ECSE_1147
ECR: ECIAI1_1120(rne)
ECQ: ECED1_1228(rne)
ECK: EC55989_1197(rne)
ECT: ECIAI39_2076(rne)
EOC: CE10_1165(rne)
EUM: ECUMN_1260(rne)
ECZ: ECS88_1098(rne)
ELO: EC042_1153(rne)
ELN: NRG857_05230(rne)
ESE: ECSF_0983
EBR: ECB_01080(rne)
EBD: ECBD_2516
EKF: KO11_17300(rne)
EAB: ECABU_c12980(rne)
EDJ: ECDH1ME8569_1019(rne)
EIH: ECOK1_1192(rne)
ENA: ECNA114_1141(rne)
ELU: UM146_11905(rne)
ELW: ECW_m1191(rne)
ELL: WFL_05820(rne)
ELC: i14_1237(rne)
ELD: i02_1237(rne)
EBL: ECD_01080(rne)
EBE: B21_01088(rne)
ELF: LF82_1909(rne)
ECOA: APECO78_09385(rne)
ECOL: LY180_05625(rne)
ECOI: ECOPMV1_01163(rne)
ECOJ: P423_05835(rne)
ECOS: EC958_1279
EFE: EFER_1844(rne)
EAL: EAKF1_ch0345(rne)
STY: STY1226(ams)
STT: t1734(rne)
SENT: TY21A_08815(rne)
STM: STM1185(rne)
SEO: STM14_1357(rne)
SEY: SL1344_1122(rne)
SEM: STMDT12_C12030(rne)
SEJ: STMUK_1153(rne)
SEB: STM474_1181(rne)
SEF: UMN798_1232(ams)
SETU: STU288_02255(rne)
SETC: CFSAN001921_11250(rne)
SENR: STMDT2_11191(ams)
SEND: DT104_11641(ams)
SENI: CY43_06040(rne)
SEEN: SE451236_11775(rne)
SPT: SPA1666(rne)
SEI: SPC_2564(rne)
SEC: SCH_1132(rne)
SHB: SU5_01812
SENH: CFSAN002069_03095(rne)
SEEH: SEEH1578_15155(rne)
SENS: Q786_09335(rne)
SED: SeD_A2187
SEG: SG1937(rne)
SEL: SPUL_0986(rne)
SEGA: SPUCDC_0986(rne)
SET: SEN1863(rne)
SENA: AU38_09645(rne)
SENO: AU37_09650(rne)
SENV: AU39_09655(rne)
SENQ: AU40_10790(rne)
SENL: IY59_09910(rne)
SENJ: CFSAN001992_05715(rne)
SEEC: CFSAN002050_12315(rne)
SEEB: SEEB0189_013645(rne)
SENE: IA1_05840(rne)
SENC: SEET0819_12570(rne)
SBG: SBG_1025(rne)
SBZ: A464_1121
SBV: N643_04870(rne)
SFL: SF1088(rne)
SFX: S1168(rne)
SFV: SFV_1106(rne)
SFE: SFxv_1239(rne)
SFN: SFy_1572
SFS: SFyv_1623
SFT: NCTC1_01141(rne)
SSN: SSON_1104(rne)
SBO: SBO_1980(rne)
SBC: SbBS512_E2241(rne)
SDY: SDY_2067(rne)
SHQ: A0259_09560(rne)
ENC: ECL_02552
ENO: ECENHK_08500(rne)
ENL: A3UG_08490(rne)
ECLE: ECNIH2_09155(rne)
ECLN: ECNIH4_14145(rne)
ECLI: ECNIH5_08195(rne)
ECLX: LI66_08240(rne)
ECLY: LI62_09015(rne)
ECLZ: LI64_08560(rne)
EHM: AB284_16760(rne)
ECLA: ECNIH3_08205(rne)
ECLC: ECR091_08180(rne)
EAU: DI57_10355(rne)
EEC: EcWSU1_01678(rne)
ECLS: LI67_009595(rne)
ENR: H650_24515(rne)
ENX: NI40_008395(rne)
ENF: AKI40_2604(rne)
ESA: ESA_02261
CSK: ES15_2402(rne)
CSZ: CSSP291_10705(rne)
CCON: AFK62_07775(rne)
CDM: AFK67_07925(rne)
CMJ: AFK66_012050(rne)
CUI: AFK65_07680(rne)
CMW: AFK63_10965(rne)
CTU: CTU_16630(rne)
KPN: KPN_01083(rne)
KPU: KP1_2074(rne)
KPP: A79E_3147
KPH: KPNIH24_18725(rne)
KPZ: KPNIH27_09265(rne)
KPV: KPNIH29_09795(rne)
KPW: KPNIH30_10315(rne)
KPY: KPNIH31_09700(rne)
KPG: KPNIH32_10155(rne)
KPC: KPNIH10_09800(rne)
KPQ: KPR0928_09975(rne)
KPT: VK055_1382(rne)
KPE: KPK_3473(rne)
KPO: KPN2242_08480(rne)
KPR: KPR_2129(rne)
KPJ: N559_3205
KPI: D364_05625(rne)
KPX: PMK1_03422(rne)
KPB: FH42_01265(rne)
KPNE: KU54_016345(rne)
KPNU: LI86_16655(rne)
KPNK: BN49_2170(rne)
KVA: Kvar_3298
KPK: A593_19915(rne)
KOX: KOX_17245(rne)
KOE: A225_2302
KOY: J415_20295(rne)
KOM: HR38_15780(rne)
KMI: VW41_08090(rne)
KOK: KONIH1_11260(rne)
KOC: AB185_24880(rne)
EAE: EAE_16335(rne)
EAR: CCG30655
CKO: CKO_01975
CRO: ROD_11461(rne)
CFD: CFNIH1_15430(rne)
CAMA: F384_05380(rne)
GQU: AWC35_01120(rne)
BFL: Bfl410(rne)
BPN: BPEN_422(rne)
BVA: BVAF_412(rne)
BCHR: BCHRO640_433(rne)
BEN: BOBLI757_413(rne)
BED: BTURN675_399(rne)
HDE: HDEF_0352(rne)
SECT: A359_07890
SEHC: A35E_00384
MEN: MEPCIT_156(rne)
MEO: MPC_467(rne)
EBT: EBL_c24220(rne)
ROR: RORB6_09245(rne)
RON: TE10_11315(rne)
CNT: JT31_04345(rne)
CEM: LH23_13675(rne)
CEN: LH86_12980(rne)
CLAP: NCTC11466_02822(rne)
PGE: LG71_18965(rne)
KLE: AO703_08650(rne)
KOR: AWR26_15520(rne)
KRD: A3780_08750(rne)
ICP: ICMP_374(rne)
LAX: APT61_14025(rne)
SBW: TGUWTKB_5770(rne)
DEN: MHIR_DE00210(rne)
HED: TPER_HE00292(rne)
GED: FVIR_GE00460(rne)
CMIK: PMARG_ME00075(rne)
PPET: C9I82_408
METY: MRY16398_21220(rne)
AHN: NCTC12129_03131(rne)
EBF: D782_2661
PSTS: E05_36880
YPE: YPO1590(rne)
YPK: y1749(rne)
YPH: YPC_1688(rne)
YPA: YPA_1935
YPN: YPN_2038
YPM: YP_2263(rne)
YPG: YpAngola_A3507(rne)
YPZ: YPZ3_2097
YPT: A1122_17935(rne)
YPD: YPD4_2138
YPX: YPD8_2138
YPW: CH59_246
YPJ: CH55_166
YPV: BZ15_1931
YPL: CH46_3534
YPS: YPTB2479(rne)
YPO: BZ17_4157
YPI: YpsIP31758_1569(rne)
YPY: YPK_1677
YPB: YPTS_2568
YPQ: DJ40_4063
YPU: BZ21_1774
YPR: BZ20_3729
YPC: BZ23_2060
YPF: BZ19_1841
YEN: YE1627(rne)
YEY: Y11_05201
YEW: CH47_1076
YET: CH48_12
YEE: YE5303_14661(rne)
YAL: AT01_894
YFR: AW19_1594
YIN: CH53_14
YKR: CH54_70
YRO: CH64_941
YRU: BD65_49
SPE: Spro_1898
SRL: SOD_c17250(rne)
SRY: M621_09545(rne)
SPLY: Q5A_009405(rne_2)
SSZ: SCc_429(rne)
SMAF: D781_1808
SMAR: SM39_1368(rne)
SMAC: SMDB11_1156(rne)
SLQ: M495_09135(rne)
SERF: L085_19230(rne)
SERS: SERRSCBI_08925(rne)
SFW: WN53_19180(rne)
SFG: AV650_14605(rne)
SFO: Z042_23415(rne)
RAA: Q7S_14950(rne)
ECA: ECA1789(rne)
PATR: EV46_08570(rne)
PATO: GZ59_28130(rne)
PCT: PC1_2511
PCV: BCS7_12590(rne)
PEC: W5S_2797
SGL: SG1052
SOD: Sant_2486(rne)
PES: SOPEG_2138(rne)
SENY: HBA_0399(rne)
DDD: Dda3937_00056(rne)
DZC: W909_12135(rne)
DSO: A4U42_01030(rne)
CED: LH89_21080(rne)
DDQ: DDI_2510
BGJ: AWC36_05455(rne)
ETA: ETA_20300(ams)
EPY: EpC_21560(ams)
EPR: EPYR_02320(rne)
EAM: EAMY_1466(rne)
EAY: EAM_1450(rne)
EBI: EbC_16470(rne)
ERJ: EJP617_25670(rne)
EGE: EM595_1436(rne)
BUC: BU347(rne)
BAP: BUAP5A_341(rne)
BAU: BUAPTUC7_342(rne)
BUP: CWQ_01850
BAK: BAKON_349(rne)
BUH: BUAMB_326(rne)
BAPF: BUMPF009_CDS00249(rne)
BAPG: BUMPG002_CDS00250(rne)
BAPW: BUMPW106_CDS00249(rne)
BAS: BUsg_335(rne)
BAB: bbp_317(rne)
BAPH: IX46_01795
WBR: rne
PAM: PANA_1475(rne)
PLF: PANA5342_2750(rne)
PAJ: PAJ_0821(rne)
PVA: Pvag_0886(rne)
KLN: LH22_14810(rne)
PANT: PSNIH1_11865(rne)
PANP: PSNIH2_10310(rne)
HHS: HHS_06940
PSTW: DSJ_10625
TCI: A7K98_07515(rne)
TPTY: NCTC11468_01493(rne_1) NCTC11468_01494(rne_2)
PLU: plu2841(rne)
PLUM: A4R40_14165(rne)
PAY: PAU_01696(rne)
PTT: VY86_17105(rne)
PMR: PMI0852(rne)
PMIB: BB2000_0970(rne)
PVL: AOB99_06685(rne)
XBO: XBJ1_2867(rne)
XBV: XBW1_2497(rne)
XNE: XNC1_2743(rne)
XNM: XNC2_2641(rne)
XDO: XDD1_2511(rne)
XPO: XPG1_1309(rne)
PSI: S70_01710(rne)
PSX: DR96_3506
PRG: RB151_025650(rne)
PHEI: NCTC12003_01655(rne)
MMK: MU9_2737
ASY: AUT07_00068(rne)
AEN: ARADI_0586(rne)
ETR: ETAE_2109
ETD: ETAF_1907
ETE: ETEE_0103(rne)
EDW: QY76_09695(rne)
HAV: AT03_12995(rne)
OPO: DSM2777_14685(rne)
PFQ: QQ39_08990(rne)
LRI: NCTC12151_01931(rne)
KIN: AB182_09515(rne)
PSHI: SAMEA2665130_1855(rne)
HIN: HI0413(rne)
HIT: NTHI0538(rne)
HIU: HIB_05240
HIE: R2846_0165(rne)
HIZ: R2866_0160(rne)
HIK: HifGL_001745(rne)
HIA: H733_0308
HIW: NTHI477_01527(rne)
HIC: NTHIC486_00573(rng_1)
HIX: NTHI723_01274(rne)
HDU: HD_0194(rne)
HAP: HAPS_1198(rne)
HPAZ: K756_00670
HPAS: JL26_11385
HPAK: JT17_09085
HSO: HS_0715(rne)
HSM: HSM_1126
PMU: PM0991(rne)
PMV: PMCN06_0239(rne)
PMP: Pmu_01760(rne)
PMUL: DR93_982
PDAG: 4362423_02066(rne)
MSU: MS1622(cafA)
MHQ: D650_5210
MHAT: B824_6000
MHX: MHH_c00610(rne)
MHAE: F382_05450
MHAM: J450_04795
MHAO: J451_05690
MHAL: N220_11590
MHAQ: WC39_02625
MHAY: VK67_02630
MVR: X781_3990
MVE: X875_3750
APL: APL_1436(rne)
APJ: APJL_1468(rne)
APA: APP7_1496(rne)
ASU: Asuc_1838
AAT: D11S_1895
AAN: D7S_00682
BTO: WQG_3940
BTRE: F542_18020
BTRH: F543_19900
BTRA: F544_4330
RPNE: NCTC8284_01277(rne_2) NCTC8284_01278(rne_3) NCTC8284_01279(rne_4)
XFA: XF_2607
XFT: PD_1983(rne)
XCC: XCC2084(rne)
XCB: XC_2098
XCP: XCR_2364
XCV: XCV2423(rne)
XAX: XACM_2212(rne)
XAC: XAC2111(rne)
XCI: XCAW_01601(cafA)
XOO: XOO3073(rne)
XOM: XOO2926(XOO2926)
XOP: PXO_01517
XOR: XOC_2565
XAL: XALC_1617(rne)
SML: Smlt3247(rnE)
SMT: Smal_2678
SMZ: SMD_2823(rnE)
PSUW: WQ53_14885
PSD: DSC_10445
LEZ: GLE_2949(rne)
LEM: LEN_2082
DKO: I596_2594
VCH: VC2030
VCS: MS6_1792
VCI: O3Y_09810
VCR: VC395_2145(rne)
VCM: VCM66_1954(rne)
VVU: VV1_3018
VVY: VV1266
VPA: VP2062
VPB: VPBB_1896
VAG: N646_1138
VSP: VS_1016
VNI: VIBNI_A2371(rne)
VAN: VAA_03351
VAU: VANGNB10_cI1842(rne)
VTA: A1138(rne)
VFI: VF_1748(rne)
VSA: VSAL_I2233(rne)
AWD: AWOD_I_1871(rne)
PPR: PBPRA1186(T1734)
PAE: PA2976(rne)
PAEV: N297_3081
PAEI: N296_3081
PAU: PA14_25560(rne)
PAG: PLES_20861(rne)
PAF: PAM18_1985(rne)
PNC: NCGM2_4090(rne)
PAEB: NCGM1900_3330(rne)
PAEP: PA1S_10515
PAEM: U769_10055
PAEL: T223_10530
PAEU: BN889_03325(rne)
PAEG: AI22_23355
PAEC: M802_3078
PAEO: M801_2946
PMY: Pmen_1619
PMK: MDS_1673
PRE: PCA10_38010(rne)
PPSE: BN5_1447(rne)
PCQ: PcP3B5_19550(rne)
PPU: PP_1905(rne)
PPF: Pput_3809
PPT: PPS_1538
PPI: YSA_01924
PPX: T1E_1283(rne)
PPUH: B479_07435
PPUT: L483_07045
PPUN: PP4_38830(rne)
PPUD: DW66_1824
PMON: X969_05655
PMOT: X970_05630
PSB: Psyr_1638
PSYR: N018_18090
PFL: PFL_1787(rne)
PPRC: PFLCHA0_c18240(rne)
PPRO: PPC_1835(rne)
PFS: PFLU_4714(rne)
PFC: PflA506_4021(rne)
PFW: PF1751_v1c42220(rne)
PFB: VO64_1561
PMAN: OU5_1811
PSA: PST_2631(rne)
PSTT: CH92_06845
PPUU: PputUW4_04042(rne)
PKC: PKB_3747
PSEM: TO66_08925
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