KEGG   ENZYME: 3.5.1.98Help
Entry
EC 3.5.1.98                 Enzyme                                 

Name
histone deacetylase;
HDAC
Class
Hydrolases;
Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds;
In linear amides
BRITE hierarchy
Sysname
histone amidohydrolase
Reaction(IUBMB)
Hydrolysis of an N6-acetyl-lysine residue of a histone to yield a deacetylated histone
Comment
A class of enzymes that remove acetyl groups from N6-acetyl-lysine residues on a histone. The reaction of this enzyme is opposite to that of EC 2.3.1.48, histone acetyltransferase. Histone deacetylases (HDACs) can be organized into three classes, HDAC1, HDAC2 and HDAC3, depending on sequence similarity and domain organization. Histone acetylation plays an important role in regulation of gene expression. In eukaryotes, HDACs play a key role in the regulation of transcription and cell proliferation [4]. May be identical to EC 3.5.1.17, acyl-lysine deacylase.
History
EC 3.5.1.98 created 2008
Orthology
K06067  histone deacetylase 1/2
K11404  histone deacetylase 3
K11405  histone deacetylase 8
K11406  histone deacetylase 4/5
K11407  histone deacetylase 6
K11408  histone deacetylase 7
K11409  histone deacetylase 9
K11418  histone deacetylase 11
K11482  histone deacetylase HOS1
K11483  histone deacetylase HOS2
K11484  histone deacetylase HOS3
K18671  histone deacetylase 10
Genes
HSA: 10013(HDAC6) 10014(HDAC5) 3065(HDAC1) 3066(HDAC2) 51564(HDAC7) 55869(HDAC8) 79885(HDAC11) 83933(HDAC10) 8841(HDAC3) 9734(HDAC9) 9759(HDAC4)
PTR: 100610515(HDAC6) 454721(HDAC5) 458935(HDAC10) 460060(HDAC4) 460190(HDAC11) 462950(HDAC2) 463280(HDAC9) 465712(HDAC8) 466968(HDAC7) 738624(HDAC3) 748850
PPS: 100967488(HDAC9) 100967730(HDAC11) 100970870(HDAC4) 100973483(HDAC10) 100978715(HDAC2) 100978769(HDAC3) 100979180(HDAC6) 100980355(HDAC7) 100980497(HDAC1) 100985135(HDAC5) 100988053(HDAC8)
GGO: 101124293(HDAC7) 101128693(HDAC5) 101129415(HDAC3) 101132578(HDAC10) 101139570(HDAC9) 101142713(HDAC11) 101142824(HDAC4) 101148332(HDAC6) 101150249(HDAC8) 101151959(HDAC1) 109023024(HDAC2)
PON: 100172482(HDAC3) 100172663(HDAC1) 100173507(HDAC9) 100294534(HDAC2) 100431300(HDAC7) 100434761(HDAC8) 100436624(HDAC10) 100438699(HDAC11) 100440788(HDAC4) 100458256(HDAC5) 100459509(HDAC6)
NLE: 100581124(HDAC4) 100585277(HDAC5) 100587031(HDAC8) 100587160(HDAC11) 100588704(HDAC10) 100589125(HDAC6) 100591033(HDAC1) 100591451(HDAC7) 100591684(HDAC2) 100596866(HDAC3) 100606143(HDAC9) 115833807
MCC: 693537(HDAC11) 694662(HDAC2) 699642(HDAC8) 704467(HDAC3) 708314(HDAC9) 708441(HDAC1) 710797(HDAC4) 711363(HDAC6) 711456(HDAC5) 715698(HDAC10) 718225(HDAC7)
MCF: 101926822(HDAC6) 102115906(HDAC4) 102119873(HDAC3) 102121227(HDAC9) 102125039(HDAC1) 102125090 102127738(HDAC7) 102131773(HDAC8) 102133368(HDAC11) 102136167(HDAC10) 102140055(HDAC5) 102140882(HDAC2)
CSAB: 103218195(HDAC4) 103223554(HDAC10) 103225192(HDAC1) 103226420(HDAC9) 103228040(HDAC11) 103231941(HDAC6) 103232180(HDAC8) 103238208(HDAC7) 103239354 103240535(HDAC2) 103243334(HDAC5) 103244700(HDAC3)
RRO: 104654705(HDAC5) 104654770(HDAC1) 104654835(HDAC7) 104657112(HDAC2) 104658630(HDAC9) 104660448(HDAC4) 104660656(HDAC6) 104660766(HDAC10) 104671474(HDAC8) 104677352 104679017(HDAC11) 104681822(HDAC3)
RBB: 108512070(HDAC2) 108514096 108515947(HDAC7) 108517465(HDAC6) 108521101 108524017(HDAC1) 108527145 108527707(HDAC8) 108530206(HDAC3) 108531930(HDAC4) 108532177(HDAC5) 108532627 108539405(HDAC10) 108540828(HDAC9) 108544875(HDAC11)
CJC: 100386059(HDAC4) 100386715(HDAC3) 100387191(HDAC11) 100396535(HDAC8) 100398785(HDAC10) 100399690(HDAC1) 100400747(HDAC5) 100402023(HDAC7) 100402327(HDAC2) 100406361(HDAC9) 100414028(HDAC6)
SBQ: 101028689(HDAC11) 101030664(HDAC3) 101036245(HDAC4) 101039964(HDAC1) 101040591(HDAC10) 101040990(HDAC8) 101041477(HDAC2) 101043404(HDAC7) 101048948(HDAC5) 101053160(HDAC9) 101053695(HDAC6) 104650467
MMU: 15182(Hdac2) 15183(Hdac3) 15184(Hdac5) 15185(Hdac6) 170787(Hdac10) 208727(Hdac4) 232232(Hdac11) 433759(Hdac1) 56233(Hdac7) 70315(Hdac8) 79221(Hdac9)
MCAL: 110285017(Hdac3) 110286600(Hdac8) 110286792(Hdac6) 110292292(Hdac1) 110296218(Hdac11) 110302485(Hdac4) 110302836(Hdac2) 110306113(Hdac5) 110306499(Hdac9) 110309989(Hdac7) 110310901(Hdac10)
MPAH: 110313282(Hdac6) 110313451(Hdac8) 110316304(Hdac11) 110322457(Hdac4) 110322864(Hdac1) 110324240(Hdac9) 110324699 110326229(Hdac2) 110332270(Hdac5) 110333513(Hdac3) 110334826(Hdac10) 110334845(Hdac7)
RNO: 108348065 297453(Hdac11) 297893(Hdac1) 362981(Hdac10) 363287(Hdac4) 363481(Hdac8) 687001(Hdac9) 84576(Hdac1l) 84577(Hdac2) 84578(Hdac3) 84580(Hdac5) 84581(Hdac6) 84582(Hdac7)
MUN: 110546165(Hdac7) 110548554(Hdac1) 110549672(Hdac10) 110549852(Hdac11) 110549889(Hdac2) 110551909(Hdac5) 110554303(Hdac4) 110557100(Hdac3) 110560772 110561985(Hdac6) 110565155 110565221(Hdac8)
CGE: 100689350(Hdac5) 100752639(Hdac3) 100752721(Hdac1) 100757696(Hdac9) 100758596(Hdac10) 100763688(Hdac6) 100764557(Hdac2) 100765184(Hdac8) 100766171(Hdac7) 100767877(Hdac4) 100772691(Hdac11)
NGI: 103730371(Hdac11) 103730826(Hdac4) 103733778(Hdac2) 103733781(Hdac9) 103735470(Hdac10) 103736071(Hdac3) 103738280(Hdac5) 103740630(Hdac7) 103741648(Hdac6) 103745919(Hdac1) 103751938(Cited1)
HGL: 101696612(Hdac4) 101697998(Hdac8) 101705971(Hdac9) 101706833(Hdac10) 101708442(Hdac6) 101708680(Hdac3) 101712029(Hdac2) 101713063(Hdac7) 101715102(Hdac1) 101721186(Hdac5) 101726705(Hdac11)
OCU: 100338458(HDAC4) 100345764(HDAC9) 100352038(HDAC8) 100352120(HDAC10) 100352253(HDAC11) 100354595(HDAC3) 100354982(HDAC6) 100355156(HDAC1) 100355860(HDAC7) 100356004(PICK1) 100358981(HDAC5) 103347301
TUP: 102468100(HDAC1) 102472062(HDAC3) 102481827(HDAC5) 102482702(HDAC11) 102484908(HDAC8) 102487728(HDAC6) 102488021(HDAC10) 102490757(HDAC4) 102499627(HDAC9) 102501841(HDAC7) 102503291(HDAC2)
CFA: 475035(HDAC2) 478040(HDAC3) 480907(HDAC6) 480957(HDAC8) 482339(HDAC9) 484633(HDAC11) 486589(HDAC7) 487309(HDAC1) 490941(HDAC5) 607032(HDAC10) 607662(HDAC4)
VVP: 112907213(HDAC6) 112907591(HDAC8) 112908767(HDAC4) 112910668(HDAC5) 112914458(HDAC11) 112915737(HDAC9) 112921078(HDAC7) 112925191(HDAC2) 112931745(HDAC1) 112934596(HDAC3) 112935840(HDAC10)
AML: 100466134(HDAC3) 100468249(HDAC5) 100468902(HDAC9) 100474458(HDAC7) 100476818(HDAC11) 100477725(HDAC1) 100478424(HDAC2) 100478591(HDAC4) 100478725(HDAC6) 100479978(HDAC10) 100480623(HDAC8)
UMR: 103658850(HDAC9) 103662823(HDAC4) 103663723(HDAC3) 103665860(HDAC5) 103666443(HDAC1) 103668837(HDAC6) 103669506(HDAC11) 103674006(HDAC10) 103675597(HDAC7) 103676974(HDAC2) 103680190(HDAC8)
UAH: 113241614(HDAC10) 113245591(HDAC8) 113249825(HDAC4) 113255378(HDAC3) 113257231(HDAC11) 113257684(HDAC7) 113261107(HDAC9) 113264707(HDAC2) 113265365(HDAC5) 113265929(HDAC6) 113268357(HDAC1)
ORO: 101365273(HDAC2) 101367531(HDAC3) 101367808(HDAC8) 101371355(HDAC7) 101372422(HDAC4) 101372755(HDAC6) 101374137(HDAC5) 101374689(HDAC9) 101379690 101382502(HDAC11) 101382725 101382836(HDAC10) 101384069(HDAC1)
FCA: 101080901(HDAC10) 101081876(HDAC11) 101084086(HDAC6) 101085705(HDAC9) 101087242(HDAC7) 101088165(HDAC2) 101093384(HDAC4) 101096383(HDAC8) 101098019(HDAC5) 101099228(HDAC1) 101100941(HDAC3)
PTG: 102950287(HDAC6) 102952507(HDAC2) 102956025(HDAC7) 102959505(HDAC8) 102960000(HDAC10) 102960966(HDAC5) 102961741(HDAC3) 102963015(HDAC4) 102968123(HDAC1) 102971547(HDAC11) 102972297(HDAC9)
PPAD: 109248075(HDAC6) 109249024(HDAC7) 109252210(HDAC3) 109255290(HDAC1) 109257498(HDAC11) 109258180(HDAC5) 109260683(HDAC8) 109263573(HDAC2) 109263789(HDAC9) 109264820(HDAC4) 109265766(HDAC10)
AJU: 106967107(HDAC4) 106967267(HDAC3) 106968918(HDAC2) 106969353(HDAC7) 106974278(HDAC5) 106978633(HDAC11) 106982392(HDAC8) 106982428(HDAC1) 106984149(HDAC9) 106987623(HDAC10) 106989010(HDAC6)
BTA: 404125(HDAC3) 404126(HDAC1) 407223(HDAC2) 504242(HDAC5) 509843(HDAC7) 510654(HDAC10) 513602(HDAC6) 517559(HDAC4) 519899(HDAC11) 535415(HDAC9) 540666(HDAC8)
BOM: 102265183(HDAC1) 102265865(HDAC3) 102270486(HDAC8) 102270629(HDAC6) 102271862(HDAC5) 102277833(HDAC9) 102279281(HDAC11) 102279602(HDAC2) 102282588(HDAC4) 102282763(HDAC10) 102282865(HDAC7)
BIU: 109555290(HDAC6) 109556936(HDAC4) 109557285(HDAC9) 109559172(HDAC7) 109562142(HDAC3) 109563503(HDAC2) 109572356(HDAC1) 109573873(HDAC5) 109576304(HDAC11)
BBUB: 102394623(HDAC8) 102397989(HDAC6) 102398045(HDAC11) 102400806(HDAC2) 102406487(HDAC7) 102407100(HDAC1) 102407435(HDAC5) 102408584(HDAC10) 102409427(HDAC4) 102411856(HDAC3) 102413835(HDAC9)
CHX: 102172214(HDAC11) 102177165(HDAC2) 102177869(HDAC7) 102180254(HDAC5) 102181263(HDAC9) 102183307(HDAC6) 102184131(HDAC8) 102184143(HDAC3) 102184233(HDAC10) 102187544(HDAC1) 102187736(HDAC4) 108633221 108634294
OAS: 100642178(HDAC9) 100820752(HDAC1) 101107092(HDAC3) 101107515(HDAC7) 101107708(HDAC2) 101108012(HDAC4) 101109245(HDAC6) 101110121(HDAC8) 101110455(HDAC11) 101113686(HDAC5) 101115701(HDAC10)
SSC: 100156170(HDAC2) 100511372(HDAC3) 100515165(HDAC5) 100515581(HDAC11) 100518786(HDAC10) 100523163(HDAC9) 100621798(HDAC6) 100622482(HDAC1) 100624050(HDAC4) 100625846(HDAC8) 100627559(HDAC7)
CFR: 102503564(HDAC4) 102504100(HDAC2) 102505871(HDAC8) 102507599(HDAC6) 102508320(HDAC1) 102511155(HDAC3) 102514257(HDAC5) 102515612(HDAC9) 102517408 102519541(HDAC10) 102524559(HDAC7) 106729042(HDAC11) 106730661
CDK: 105085792(HDAC1) 105090357(HDAC10) 105090801(HDAC3) 105092891(HDAC9) 105093074(HDAC11) 105098583(HDAC8) 105099222(HDAC2) 105101051(HDAC5) 105103240(HDAC4) 105103305(HDAC6) 105103805(HDAC7)
BACU: 102998477(HDAC1) 103000794 103001313(HDAC9) 103005269(HDAC5) 103005377(HDAC8) 103006122(HDAC4) 103006780(HDAC7) 103007075(HDAC6) 103007516(HDAC10) 103013037(HDAC3) 103015316(HDAC11) 103015711(HDAC2) 103017578
LVE: 103068824(HDAC9) 103069141(HDAC11) 103070161(HDAC1) 103070274(HDAC2) 103070550(HDAC5) 103074668(HDAC6) 103077804(HDAC10) 103078231(HDAC8) 103079661(HDAC4) 103079886(HDAC7) 103082097(HDAC3) 103088729
OOR: 101271170(HDAC1) 101271394(HDAC4) 101276416(HDAC8) 101277640(HDAC2) 101278172(HDAC7) 101279254(HDAC6) 101279522(HDAC11) 101280818(HDAC5) 101280938(HDAC3) 101285894(HDAC9) 101287332(HDAC10)
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PVT: 110071347(HDAC7) 110072773(HDAC9) 110079145(HDAC5) 110080216(HDAC8) 110081897(HDAC4) 110082015(HDAC3) 110082788(HDAC1) 110088055(HDAC11) 110088770(HDAC2) 110089656(HDAC10) 110090616(HDAC6)
PBI: 103048371 103053682(HDAC7) 103054815(HDAC5) 103055701(HDAC11) 103056205(HDAC9) 103056664(HDAC10) 103058754(HDAC2) 103060965(HDAC3) 103061054(HDAC4) 103061412(HDAC6) 103063231 103065493(HDAC8) 103066054(HDAC1)
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XTR: 100145561(hdac8) 100158627(hdac7) 100379853(hdac6) 100487783(hdac5) 100489340(hdac4) 100493483(hdac9) 100497245(hdac10) 447995(hdac2) 549637(hdac3) 594953(hdac1)
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IPU: 108254975(hdac11) 108255500(hdac2) 108256906(hdac5) 108257131 108265870(hdac6) 108266195(hdac4) 108267348 108267424(hdac8) 108268985(hdac3) 108272688 108274633(hdac10) 108276318(hdac7)
PHYP: 113525160 113526052(hdac4) 113529511(hdac10) 113535334(hdac6) 113536132 113537971(hdac11) 113540227(hdac8) 113542470 113542787(hdac3) 113543718(hdac1) 113546224(hdac5)
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CSEM: 103380331(hdac10) 103380629(hdac2) 103381923 103382849(hdac1) 103384397(hdac6) 103384746 103386108 103386271(hdac8) 103386615(hdac11) 103388410(hdac9) 103389529(hdac4) 103391257(hdac3) 103392446 103393597(hdac5)
SDU: 111218820(hdac4) 111221427(hdac11) 111221781 111223730(hdac5) 111225619 111226533(hdac3) 111229731(hdac10) 111230680(hdac7) 111233164 111233461(hdac8) 111235420(hdac6) 111236691 111238798(hdac9) 111240248(hdac2)
BPEC: 110153179(hdac4) 110153879(hdac8) 110154455(hdac6) 110155487 110157947(hdac7) 110162386(hdac5) 110162903(hdac2) 110165729 110167180 110169414(hdac10) 110171177(hdac11) 110171238(hdac3) 110171404(hdac9)
ELS: 105013409(hdac5) 105015808 105016191(hdac4) 105017885(hdac2) 105018823(hdac9) 105022773(hdac7) 105023749 105024778 105027296(hdac3) 105028222(hdac8) 105028329(hdac6) 105029398(hdac10) 105030237 105031450(hdac11)
LCM: 102346366(HDAC8) 102355035(HDAC10) 102355861(HDAC11) 102355924(HDAC3) 102357880(HDAC4) 102360856(HDAC7) 102360989(HDAC5) 102361123(HDAC6) 102364559(HDAC1) 102366398(HDAC9)
CMK: 103177015(hdac10) 103177112(hdac8) 103182606(hdac2) 103182627(hdac9) 103183779(hdac5) 103185033(hdac11) 103185671(hdac1) 103186688(hdac4) 103188219(hdac3)
DME: Dmel_CG1770(HDAC4) Dmel_CG2128(HDAC3) Dmel_CG31119(HDAC11) Dmel_CG6170(HDAC6) Dmel_CG7471(HDAC1)
DSI: Dsimw501_GD13856(Dsim_Rpd3) Dsimw501_GD15892(Dsim_GD15892) Dsimw501_GD17207(Dsim_HDAC6) Dsimw501_GD18261(Dsim_GD18261) Dsimw501_GD19615(Dsim_GD19615)
CEL: CELE_C08B11.2(hda-2) CELE_C10E2.3(hda-4) CELE_C35A5.9(hda-11) CELE_C53A5.3(hda-1) CELE_F41H10.6(hda-6) CELE_R06C1.1(hda-3)
CBR: CBG03124 CBG04588(Cbr-hda-1) CBG09063 CBG09630 CBG13352(Cbr-hda-2) CBG15416 CBG16328(Cbr-hda-4) CBG18689(Cbr-hda-3) CBG19959
ATH: AT3G18520(HDA15) AT3G44490(hda17) AT3G44660(hda10) AT3G44680(HDA9) AT4G38130(HD1) AT5G26040(HDA2) AT5G35600(HDA7) AT5G61060(HDA05) AT5G61070(HDA18) AT5G63110(HDA6)
LJA: Lj0g3v0089689.1(Lj0g3v0089689.1) Lj0g3v0137449.1(Lj0g3v0137449.1) Lj0g3v0201999.1(Lj0g3v0201999.1) Lj0g3v0201999.2(Lj0g3v0201999.2) Lj0g3v0201999.3(Lj0g3v0201999.3) Lj0g3v0332349.1(Lj0g3v0332349.1) Lj1g3v0318630.1(Lj1g3v0318630.1) Lj3g3v2996000.1(Lj3g3v2996000.1) Lj3g3v2996000.2(Lj3g3v2996000.2) Lj4g3v1440790.1(Lj4g3v1440790.1) Lj4g3v1440870.1(Lj4g3v1440870.1) Lj4g3v1719690.1(Lj4g3v1719690.1) Lj4g3v1787130.1(Lj4g3v1787130.1) Lj4g3v1787130.2(Lj4g3v1787130.2) Lj4g3v1787130.3(Lj4g3v1787130.3) Lj5g3v0391470.1(Lj5g3v0391470.1)
DOSA: Os02t0214900-01(Os02g0214900) Os02t0215200-01(Os02g0215200) Os04t0409600-01(Os04g0409600) Os06t0571100-01(Os06g0571100) Os06t0583400-01(Os06g0583400) Os07t0164100-01(Os07g0164100) Os07t0602200-01(Os07g0602200) Os08t0344100-01(Os08g0344100) Os11t0200000-01(Os11g0200000) Os11t0201400-00(Os11g0201400)
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ZMA: 100193206 100276617(pco095363) 100277470 109942815 541681(HDA108) 541883(rpd3) 541931(hda101) 541953(hda102) 541972(hda110)
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Taxonomy
Reference
1  [PMID:4855628]
  Authors
Krieger DE, Levine R, Merrifield RB, Vidali G, Allfrey VG.
  Title
Chemical studies of histone acetylation. Substrate specificity of a histone deacetylase from calf thymus nuclei.
  Journal
J Biol Chem 249:332-4 (1974)
Reference
2  [PMID:7980438]
  Authors
Sanchez del Pino MM, Lopez-Rodas G, Sendra R, Tordera V.
  Title
Properties of the yeast nuclear histone deacetylase.
  Journal
Biochem J 303 ( Pt 3):723-9 (1994)
Reference
3  [PMID:16883049]
  Authors
Ouaissi M, Ouaissi A.
  Title
Histone deacetylase enzymes as potential drug targets in cancer and parasitic diseases.
  Journal
J Biomed Biotechnol 2006:13474 (2006)
DOI:10.1155/JBB/2006/13474
Reference
4  [PMID:17632079]
  Authors
Song YM, Kim YS, Kim D, Lee DS, Kwon HJ.
  Title
Cloning, expression, and biochemical characterization of a new histone deacetylase-like protein from Thermus caldophilus GK24.
  Journal
Biochem Biophys Res Commun 361:55-61 (2007)
DOI:10.1016/j.bbrc.2007.06.147
Reference
5  [PMID:10490031]
  Authors
Finnin MS, Donigian JR, Cohen A, Richon VM, Rifkind RA, Marks PA, Breslow R, Pavletich NP.
  Title
Structures of a histone deacetylase homologue bound to the TSA and SAHA inhibitors.
  Journal
Nature 401:188-93 (1999)
DOI:10.1038/43710
Reference
6  [PMID:11473107]
  Authors
Phiel CJ, Zhang F, Huang EY, Guenther MG, Lazar MA, Klein PS.
  Title
Histone deacetylase is a direct target of valproic acid, a potent anticonvulsant, mood stabilizer, and teratogen.
  Journal
J Biol Chem 276:36734-41 (2001)
DOI:10.1074/jbc.M101287200
Reference
7  [PMID:12429021]
  Authors
de Ruijter AJ, van Gennip AH, Caron HN, Kemp S, van Kuilenburg AB.
  Title
Histone deacetylases (HDACs): characterization of the classical HDAC family.
  Journal
Biochem J 370:737-49 (2003)
DOI:10.1042/BJ20021321
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 3.5.1.98
IUBMB Enzyme Nomenclature: 3.5.1.98
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 3.5.1.98
BRENDA, the Enzyme Database: 3.5.1.98

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