LOCUS FN430415 27593 bp RNA linear VRL 03-JUL-2013
DEFINITION Infectious bronchitis virus NGA/A116E7/2006, complete genome.
ACCESSION FN430415
VERSION FN430415.1
KEYWORDS .
SOURCE Infectious bronchitis virus NGA/A116E7/2006
ORGANISM Infectious bronchitis virus NGA/A116E7/2006
Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes;
Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; Orthocoronavirinae;
Gammacoronavirus; Igacovirus; Avian coronavirus.
REFERENCE 1
AUTHORS Ducatez,M.F., Martin,A.M., Owoade,A.A., Olatoye,I.O., Alkali,B.R.,
Maikano,I., Snoeck,C.J., Sausy,A., Cordioli,P. and Muller,C.P.
TITLE Characterization of a new genotype and serotype of infectious
bronchitis virus in Western Africa
JOURNAL J. Gen. Virol. 90 (PT 11), 2679-2685 (2009)
PUBMED 19625463
REFERENCE 2 (bases 1 to 27593)
AUTHORS Ducatez,M.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (08-JUL-2009) St Jude Children's Research Hospital,
Department of Infectious Diseases, 262 Danny Thomas Place, MS 330,
Memphis 38105, TN, USA
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..27593
/organism="Infectious bronchitis virus NGA/A116E7/2006"
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investigation"
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RGVFIQVNGSYYITARDMYMPRDITSGDIVTLTSCQANYVSVNKTVINTFVEDDDFDF
DDELSKWWNDTKHELPDFDEFNYTVPVLNISNEIDRIQEVIQGLNDSLIDLETLSILK
TYIKWPWYVWLAIFFAIIIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCGKKSSYYT
TFDNDVVT"
gene 23828..24454
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CDS 23828..24001
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TLQSRLSLWHSLD"
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GRYWEVESADEDSGDDEFTE"
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CCLFWYTWVVVPGAKGTAFVYKHTYGKKLNKPELETVIVNEFPKNGWK"
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gene 25859..27088
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CDS 25859..27088
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NSPPPSFEGSGVPDNENLKLSQQHGYWRRQARFKPGKGGRKPVPDAWYFYYTGTGPAA
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ADEMAHRRYCKRTIPPGYKVEQVFGPRTKGKEGNFGDDKMNEEGIKDGRVTAMLNLVP
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EPRPKSRSNSRPATRGNSPAPRQQRQKKEKKPKKQDDEVDKALTSDEERNNAQLEFDD
EPKVINWGDSALGENEL"
ORIGIN
1 ctagccttgt gctagatttc caacttaaca aaacggactt aaatacctac agctggtccc
61 cataggtgtt ccattgcagt gcactttagt gccctggatg gcacctggcc acctgtcagg
121 tttttgttat taaaataaca ttgttgctgg tatcactgct tgttttgccg tgtctcactt
181 tatacatccg ttgcttgggc tacctagtat ccagcgtcct actagcgttg tggtcggttc
241 gagtgcgaag gacctctggt tcatctagcg gtacgcgggt gtgtggaagt agcgcttcag
301 acgtaccggt tctgttgcgt gaaacacggg gtcacctccc cccacatacc tctaagggct
361 tttgagccta gcgttgggct acgtcctcgc ataaggtcgg ctatacgacg tttgtagggg
421 gtggtgccaa acaacccctg aggtgacagg ttctggtggt gtttagtgag cagacataca
481 atagacagtg acaacatggc ttcaagccta aaacagggag tatctcccaa accaagggat
541 gtcattcttg ttgccaaaga cattcccgaa caactctgtg acgctttgtt tttctatacg
601 tcacacaacc ccaaggatta cgctgatgct tttgcatgta ggcagaagtt tgaccgtaat
661 ctgcagactg ggaagcagtt taaatttgaa actgtgtgtg gtctcttcct cttgaaggga
721 gttgacagaa taacacctgg tgtcccagca aaagttctaa aagccacttc taagttggcg
781 gatttagaag acatctttgg tgtctcacct cttgcacgta aatatcgtga tttgttgaag
841 acagcatgcc agtggtcgct tacagttgaa acactggatg ctcgtgcaaa aactcttgat
901 gaaatttttg aacccactga aatactttgg cttcaggtgg ctgcaaaaat tcaagtttca
961 gctatggcca tgcgcaggct tgttggagaa gtaactgcaa aagtcatgga tgctcttggc
1021 tctaatttga gtgctctctt tcaaattgtt aaagaacaaa tagccagaat ttttcaaaaa
1081 gcattggcta tttttgagaa tgttaaggat ttaccacagc gtattgccgc actgagaatg
1141 gcttttgcta agtgtgcgag aacaattaca gttgtggttg ttgacagagt tctcgttgtt
1201 agagagtttg ccgggacttg tcttgcaagt ataaatggtg ccattgctaa attctttcaa
1261 gaacttccaa atggttttat gggctctaaa atcttcacaa cattggcctt ctttaaagaa
1321 gcagctgtga aaattgtgga aaatatacca aatgcaccaa gaggcactaa aggttttgaa
1381 gttgttggca atgctaaggg cacacaagtt gttgtgcgtt gcatgcgaaa cgacttaact
1441 ctgctagacc aaaaagctga tatccctgtg gagaaagaag gttggtctgc aattcttgaa
1501 ggacatctgt gttatgtctt taagagtggt gaccgttttt acgcggcacc tctttctgga
1561 aattttgcgt tgcatgacgt acattgctgt gagcgtgtag tctgtctgtc tgatggtgta
1621 acaccggaga taaatgacgg actcattctt gctgcaattt actcatcttt tagtatctca
1681 gaacttgtgg cagcacttaa aaaaggtgaa ccattcaagt tcttgggcca caaatttgtg
1741 tatgcaaagg atgcagcagt ctcttttacg ttagcgaagg ctgccactat tgctgatgtt
1801 ctaaagctgt ttcagtcagc tcgtgtggag gcagaagatg tttggtcttc atttactgaa
1861 aagtcttttg agttttggaa gatcgcatat ggaaaagtgc gcaatcttga agaatttgtt
1921 aagactcatt attgtaaagc tcaaatgtca attgtggttc tagcagcagt gcttggtgaa
1981 ggcatttggc atcttgtctc tcaggtcatc tacaaattag gtggtctttt tactaaagtt
2041 gttgatttct gtgagaaaca ctggaaaggg ttttgtgcac agttgaagaa ggctaagctc
2101 attgtgactg aaaatctttg tgttttaaag ggagttgcac agcactgttt tcaactactg
2161 ctggatgcaa tatactctat gtacaagagc tttagaaagt gtgcacttgg tagaatccat
2221 ggagatcttt tcttctggaa aggaggtgta cacaaaattg ttcaagatgg cgatgaaatt
2281 tggtttgacg ccattgacag catagatgtt gaagacctgg gtgttgttaa agaaaaaccg
2341 attgattttg aggtttgcga cgacgtaaca cttccagaaa atcaacctgg tcatatggtt
2401 caaatcgagg atgacggaaa gaactatatg ttcttccgct tcaaaaagga tgagaacatt
2461 tattacacac caatgtctca acttggtgca attaatgtag tttgcaaagc aggcggtaaa
2521 accgttacct ttggagatac tactgtgaaa gaaataccac cacctgatgt cgttcctatt
2581 aaggtcagca ttgagtgttg tggtgaacca tggaacacaa tcttcaagaa agcttataaa
2641 gagcccattg aagttgagac aaacctcaca gttgaacaat tgctcactgt gatctatgag
2701 aaaatgtgcg acgaccttaa gctgtttccc gaggctccag agcctccgcc atttgagaac
2761 gttgcacttg ttgataagaa cggtaaagat ttggattgca taaaatcgtg ccaccttatc
2821 taccgtgact atgagagtga tgatgacgtc gaggaggaag atgctgagga gtgtgatact
2881 gactcagctg atgctgaaga atgtgacaca gcttcagaat gtgaagaaga ggacgaggat
2941 actaaagtgt tggctcttat acaagatcca gcaagtacta aataccctct tccacttgat
3001 gatgattata gcgtctacaa tgggtgtatt gttcataaag acgcctttga tgttgttaat
3061 ttaccatctg gtgatgaaac ttttgtcatt aataactgtt ttgaaggagc tgttaaacca
3121 ctcccacaga aagttattga tgttctaggt gactggggtg aggctgttga tgcacaagaa
3181 caattgtgtc aacaggagtc tactcaagtt gtatctgaga actcagttga gggttcaact
3241 aatagctgtg aggcaatagc tgaaccagct cttgttgaag aacaagaagc agtttctgtc
3301 tttgaagaca agtctgaggt ggttgtttat acacctgcag atcttgaagt tgttaaagaa
3361 acagcaggag aacttgatga gttcattctc atttctgatg ttcctaaaga agaagttgtg
3421 cctcaagaga aagaggagcc acaagttgag caagagccta ttcaagttgt taaaccacaa
3481 cgtgagaaga aggctaaaaa gttcagagtt aaaccatcta catgtgaaaa gcccaaattt
3541 ttggagtata aaacctgcgt gggtgattta actgttgtaa ttgccaaagc attggatgag
3601 tttaaagagt tttgccttgt aaatgctgca aatgagcata tgtctcacgg tggcggcgtt
3661 gctaaggcaa ttgcggactt ttgtggacct gattttgtgg agtattgtga ggaatatgtt
3721 aagaaacatg ggccacaaca aagacttgtc acaccttcat ttgtcaaagg cattcaatgt
3781 gtgaataatg ttgtaggacc tcgccatgga gacaacaact tgcgtgagaa gctcgttgct
3841 gcttacaaga atgttcttgt agatggcgtc ttcaattatg ttgtgccagt tctctcttca
3901 gggatctttg gtgtggattt taaaatgtca atagatgcaa tgcgtgaagc ctttaatggt
3961 tgcgacatac gcgtcctttt gttttctttg agtcaagaac acatcaatta ttttgatgca
4021 acttgtaagc agaagacaat ctatcttacg gaggatggtg ttaaatacag ctctgttgtt
4081 gtaaaacctg gtgactcgct gagtcaattt ggacaggttt ttgctaaaaa taaggcagtc
4141 tttacagctg atgatgttga ggataaagaa atcctcttcg ttcctactac tgacaagact
4201 gttcttgatt attatcattt agatgcgcaa aagtatgtga tatatttgca aactcttgca
4261 cagaaatgga atgttcaata tagggacaat tttattgtat tagagtggcg tgatggaaac
4321 tgttgggtta gttcagtaat agttctcctt caagctgcta aaattaggtt taaaggtttt
4381 ctcgcagaag catgggctaa atttttgggt ggtgatccca cggaatttgt ggcctggtgt
4441 tatgcgagtt gtaatgctaa agtaggtgaa ttttcagatg ccaattggct cttggctaat
4501 ttggcagaat attttgatgc agattacatg aacgcatttc ttaagaagcg cgtatcatgc
4561 aactgcggtg ttaagagtta tgagcttagg ggccttgaag cttgtattca accagtaagg
4621 gcacctaacc ttctacattt taagacgcaa tattcaaatt gcccaacctg tggagcaaat
4681 agtacggatg aagtaataga agcttcttta ccatacttat tgctctttgc taccgatggt
4741 cctgctacag tggattgtga tgaaaatgct gtagggactg ttgttttcat tggctctact
4801 aatagtggtc attgttatac acaagccgtt ggtatggctt ttgataatct tgctaaagat
4861 agaaaatttt caaagagggc tccctacatt acagcaatgt acacacgctt ctctattaag
4921 agtggaaatc ctatacctgt tgttaaacag agtaaggata aaactaaagt agtaaaagaa
4981 gatgcttcta atcttgccac aagttcaaaa gtcagttttg atgatttaac agactttgaa
5041 cagtggtatg atagtaacat ttatgatagt cttaaagtgc aagaaatacc tgacactttt
5101 gatggatatg tgtcatttac aacaaaagaa gattccaagt tgccactgac acttaaagtt
5161 agaggtatca aatcagttgt tgactttatt tcaagagatg gtttctctta taagttaaca
5221 cctgacactg aagaaaattc aaaagcgcca gtctactacc cagtcttaga ttctattaat
5281 cttaaggcaa tatgggtaga aggtagtgct aattttgttg ttggtcatcc aaactactat
5341 agtaagtctc ttcgcattcc tactttttgg gaagatgctg agagatttgt taagataggt
5401 gacaaagttg atggtgtaac tatgggcctt tggcgtgcag aacagcttaa taaacctaat
5461 cttgaaaaga tcttcaacat tgctaagaaa gctattgttg ggtccagtgt tgttactaca
5521 caatgtagta aattaattag taaagcagcc acattcattg ctgataaagt aggcgggggt
5581 gtagtacgta atattacaga tagaattaag ggtctttttg gatttacacg tgggcatttt
5641 gaaagaaaac tgtccgcaca attcataaaa acacttatat tcttcttctt ttattttata
5701 aaggctagtg ctaagggtat agttgctagc tataagaatg tgttatgtaa ggtgatattc
5761 gctactttat ttatagtgtg gtttgtatac acaagtaatc cagtaatgtt tgctggaata
5821 cgtgtgttag acttcttatt tgaaggttct ttgtgtggtc cttataatga ctacggtaag
5881 gattcttttg atgtgttacg ctattgtgca gatgatttta cttgtcgtgt gtgtctacat
5941 gacagagatt ctcttcattt gtataaacat gcttatagcg tggaacagat ttataaagct
6001 gcaagttctg gcattgtttt taattggaat tggctttatt tggtctttct aattttattt
6061 gttaagccag tggcaggttt tgttattatt tgctattgtg ttaagttttt agtgttgagt
6121 tcaactgtgc tgcaaactgg tgtaggtttt ctggactggt ttgttcaaac agtttttaca
6181 cactttaatt ttatgggagc aggattttat ttctggctct tttataaagt atacatacag
6241 gtacatcata tactgtattg taaagatgta acatgtgaag tgtgtaagag ggttgcacgc
6301 agtaatagac aagaggttag cgtggttgtt ggtggacgca agcaaatagt gcatgtctac
6361 accaactctg gctatacttt ctgtaagaga cataactggt attgtagaaa ttgtgatgat
6421 tatggtcatc aaaatacatt tatgtctccc gaagttgctg gtgagctttc tgaaaagctt
6481 aaacgccatg ttaaacctac agcatatgct taccacgttg tggatgaagc atgcgtagtt
6541 gatggttttg ttaatttaaa atacaaagct gcaattcctg gtaaggacag tgcatctcct
6601 gcagttaagt gtttcagtgt tacagatttc ttgaagaaag ctgtttttct taaggatgcg
6661 ctgaaatgtg aacaaatatc taatgatggt tttatagtgt gtaatacaca gagtgcgcat
6721 gcattagaag aagcaaagaa tgcagccatc tattatgcgc aatgcctgtg taaaccaata
6781 cttatattag accaaacact ttatgagcaa ttagtagtag agcctgtgtc taaggatgtt
6841 atagataaag tgtgtggcat tttgtctaat ataatacctg tagatactgc agctttaaat
6901 tataaagcag gcacacttcg tgacgctctg ctttctgtta ttaaagatga ggaagccgta
6961 gatatggcta tcttctgtca taatcatgat gtggagtata ctaatgatgg ttttactaat
7021 gtgataccgt catatggtat agacactgat aaattaacac ctcgtgatag agggttttta
7081 ataaatgcag acgcttctat tgctaacttg agagttaaaa atgctccaca ggtagtatgg
7141 aagttttctg accttactaa gttgtctgac agttgtctta aatatttaat ttcagcaact
7201 gtcaagtcag ggtcccgttt ctttataaca agatctggtg ctaaacaaat tttttcttgt
7261 agtactcaga aattgttggt agagaaaaag gctggtggta tcatggtact tttaattggt
7321 ttaagagttg ttgtaaatgg ctcttgatct tctatgtgct ttttacattg tgttgtttgg
7381 gttgttatca tatggagatg aataaaagtt ttgttcatcc tatgtatgat gttaattcta
7441 caatgcatgt tgaagggttt aaggttatag ataaaggtgt tattagagag attgtaccag
7501 atgatacttg cttctctaat aagtttgcca attttgacac attttggggt aaaccatatg
7561 ataatagtag agactgtcca attgttacag cagtcataga tggcgctgga acaatagcag
7621 ctggtgttcc tggttttgta gactgggttc ttgatggtgt tatgtttgta cacatgacac
7681 aaacagaaag aaaaccctgg tacattccca cgtggtttaa cagagaaatt gttggttaca
7741 ctcaggattc aattgtcact gagggtagtt tttatacatc tattgcgttg ttttcagcaa
7801 gatgtttata tttaacagcc agcaatacac ctcagttgta ttgttttaat ggtgataatg
7861 atgctcctgg agccttacca tttagcagta ttactccaca cagggtctac ttccaaccaa
7921 atggtgttag gcttataatt cctcagcaaa taatgcacac accctacgta gtaaagtttt
7981 tatcagacag ctattgtaga ggtagtgtat gtgagtatac taaaccgggt tattgtgtct
8041 cactaaattc ccaatgggtt ttatttaatg acgaatacac aagtaaacca ggagtatttt
8101 gtggttctac tgttagagaa cttatgttta atatggttag tacatttttt actggtgtta
8161 accctaacat ttatatgcag ctggcgacta tgtttttaat attagttgtt gttgtgttaa
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8341 ttttagcggt tatactactt gtactctact gctacgcatc acttgttaca aatcgcaata
8401 cttctataat aatgcattgc tggcttgttt ttacttttgg tttgatagta cctatatggc
8461 tagcgtgttg ttacctagcc tttgtgcttt atgtttatac accgttatta ttctggtgtt
8521 atggtactac taaaaattct cgtaagctct atgacggcaa cgagtttgtt ggtaattatg
8581 atcttgctgc gaagagtact tttgttattc gcggaactga atttgttaag cttacgaatg
8641 agataggtga taaatttgaa cactatcttt cagcgtatgc tagacttaaa tactattcag
8701 gtacaggcag cgaacaagat tatttgcaag cttgtcgcgc atggttagct tatgctctag
8761 accaatatag aaacagtggt gtggaaattg tttatactcc accacgttac tctattggtg
8821 ttagtagatt acaggctggt tttaagaaac tagtttctcc tagtagtgct gttgaaaggt
8881 gcattgttag tgtctcttat agagttaata atcttaatgg actgtggcta ggtgatacta
8941 tctactgtcc gcggcatgtt ctaggcaagt tttcaggtga tcaatggagt gatgtactta
9001 accttgctaa taatcatgat tttgaggttg taactcaaaa tggtgttact ttgaatgttg
9061 ttagtagacg gttgagaggc gcagttttgg ttttacaaac tgctgttgcc aatgctgaca
9121 ctcctaagta taagtttgtt aaagctaatt gtggagatag tttcacaatt gcttgttctt
9181 atggtggtac ggttgtagga ctctaccctg ttactatgcg ttctaatggt actattagag
9241 cttcttttct tgcaggagct tgtggctcag ttggttttaa tatagaaaag ggtgtagtta
9301 atttctttta tatgcaccat cttgagttgc ctagtgcatt acacacagga actgacctac
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9481 gtagtttctc actgcctaaa tggttggaga gtactactgt cagtgttgat gattacaata
9541 agtgggctgg tgataatggt tttacaccat tttctactag tactgctatt actaaattaa
9601 gtgctataac gggagtagat gtttgtaaac tccttcgcac tattatggta aaaagtagtc
9661 aatggggtag tgatcccatt ttaggacaat ataattttga agatgaattg acaccagagt
9721 ccgtttttaa tcagataggt ggtgttagat tacagtcttc ttttgtaaga aaagctacat
9781 cctggttttg gagtaggtgt gtgttagctt gtttcttatt tgtgttgtgt gctattgtct
9841 tgtttacggc agtgccactt aagtattatg tacatgcagc tgttattttg ttaatggctg
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10021 taattagtca agttgttatt ttcttaagcc aatggtatga ccctgtagtc tttgacacta
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10141 gctatatgaa ttcttttaat acttctttgt taatgctgta tcagtttatg aagttgggtt
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11281 ctcttgtaat accagatcca gaaacttgga ttaagtgtgt ggaaggtatg catgttactt
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18541 gactggagat aaagtttttg ttattgatca aggtatagaa aaggcagtat ttgttaatca
18601 aacaacactg ccaacatctg tggcgtttga gttgtatgcg aagagaaata ttcgcacact
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21481 gtaatggcgt ttacagtggt gaactacaac aacactttga atgtggtttg ttaatttatg
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21901 agaaccagtt ttatattaaa ctcactaacg gaacacgtcg ctctagacgt tctgttactg
21961 gaaatgttac aaattgtcct tatgttagtt atggcaagtt ttgtataaaa ccagatggtt
22021 ctttatctac aatagtacca caagaattag aacagtttgt ggcgccttta ctcaatgtta
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23101 atgtcctaac cataccacaa aatgcaccta atggcatagt gtttatacac tttacttata
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23281 gttactatat cacagcacgt gatatgtaca tgccaagaga cataacttct ggtgacatag
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23401 ttgtggaaga tgatgatttt gattttgatg atgaattgtc aaaatggtgg aatgatacta
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