KEGG   ORTHOLOGY: K12618
Entry
K12618                      KO                                     
Symbol
XRN1, SEP1, KEM1
Name
5'-3' exoribonuclease 1 [EC:3.1.13.-]
Pathway
map03008  Ribosome biogenesis in eukaryotes
map03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09122 Translation
   03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03009 Ribosome biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03016 Transfer RNA biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03036 Chromosome and associated proteins
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    Common to processing body (P body) and stress granule
     K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
  mRNA degradation factors
   5'-3' decay
    5' exonucleases
     K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Ribosome biogenesis [BR:ko03009]
 Eukaryotic type
  Pre-60S particles
   RNases
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Transfer RNA biogenesis [BR:ko03016]
 Eukaryotic type
  tRNA degradation factors
   Rapid tRNA decay (RTD) pathway factors
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Chromosome and associated proteins [BR:ko03036]
 Eukaryotic type
  Gene silencing
   piRNA pathway
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Genes
HSA: 54464(XRN1)
PTR: 460744(XRN1)
PPS: 100975490(XRN1)
GGO: 101147797(XRN1)
PON: 100449590(XRN1)
NLE: 100597889(XRN1)
HMH: 116462003(XRN1)
MCC: 714497(XRN1)
MCF: 101926618(XRN1)
MTHB: 126947466
MNI: 105469996(XRN1)
CSAB: 103241558(XRN1)
CATY: 105586343(XRN1)
PANU: 101017792(XRN1)
TGE: 112619028(XRN1)
MLEU: 105555639
RRO: 104682193(XRN1)
RBB: 108535875(XRN1)
TFN: 117084088(XRN1)
PTEH: 111544698(XRN1)
CANG: 105523296(XRN1)
CJC: 100412678(XRN1)
SBQ: 101043520(XRN1)
CIMI: 108300827(XRN1)
CSYR: 103269737(XRN1)
MMUR: 105870057(XRN1)
LCAT: 123630123(XRN1)
PCOQ: 105812893(XRN1)
OGA: 100950599(XRN1)
MMU: 24127(Xrn1)
MCAL: 110302417(Xrn1)
MPAH: 110327930(Xrn1)
RNO: 300944(Xrn1)
MCOC: 116073687(Xrn1)
ANU: 117693268(Xrn1)
MUN: 110539932(Xrn1)
CGE: 100760243(Xrn1)
MAUA: 101836133(Xrn1)
PROB: 127238342(Xrn1)
PLEU: 114690970(Xrn1)
MORG: 121464195(Xrn1)
MFOT: 126510642
AAMP: 119809826(Xrn1)
NGI: 103752522(Xrn1)
HGL: 101701152(Xrn1)
CPOC: 100732416(Xrn1)
DORD: 105995968(Xrn1)
DSP: 122095262(Xrn1)
PLOP: 125342647(Xrn1)
NCAR: 124992546
MMMA: 107143143(Xrn1)
OCU: 100351589
OPI: 101519646(XRN1)
TUP: 102482614(XRN1)
GVR: 103601245(XRN1)
CFA: 477100(XRN1)
CLUD: 112660976(XRN1)
VVP: 112934964(XRN1)
VLG: 121478826(XRN1)
NPO: 129507025(XRN1)
AML: 100464646(XRN1)
UMR: 103678392(XRN1)
UAH: 113254016(XRN1)
UAR: 123788442(XRN1)
ELK: 111147901
LLV: 125098217
MPUF: 101672132(XRN1)
MNP: 132012172(XRN1)
MLK: 131825053(XRN1)
NVS: 122908560(XRN1)
ORO: 101369891(XRN1)
EJU: 114205613(XRN1)
ZCA: 113916586(XRN1)
MLX: 118004680(XRN1)
NSU: 110570820(XRN1)
LWW: 102744506(XRN1)
FCA: 101097088(XRN1)
PYU: 121033764
PCOO: 112850460(XRN1)
PBG: 122491908(XRN1)
LRUF: 124526976
PTG: 102948561(XRN1)
PPAD: 109260339(XRN1)
PUC: 125921268
AJU: 106982266
HHV: 120221750(XRN1)
BTA: 540834(XRN1)
BOM: 102268763(XRN1)
BIU: 109559563(XRN1)
BBUB: 102412468(XRN1)
BBIS: 105001773(XRN1)
CHX: 102178771(XRN1)
OAS: 101106821(XRN1)
BTAX: 128057788(XRN1)
ODA: 120858192(XRN1)
CCAD: 122445243(XRN1)
MBEZ: 129546931(XRN1)
SSC: 100515927(XRN1)
CFR: 102511588(XRN1)
CBAI: 105066818(XRN1)
CDK: 105086327(XRN1)
VPC: 102526352(XRN1)
BACU: 103016273(XRN1)
LVE: 103082255(XRN1)
OOR: 101275029(XRN1)
DLE: 111179267(XRN1)
PCAD: 102983142(XRN1)
PSIU: 116752960(XRN1)
NASI: 112415867(XRN1)
ECB: 100051335(XRN1)
EPZ: 103541058(XRN1)
EAI: 106838126(XRN1)
MYB: 102249234(XRN1)
MYD: 102768117(XRN1)
MMYO: 118674964(XRN1)
MLF: 102418732(XRN1)
MNA: 107537977(XRN1)
PKL: 118724487(XRN1)
EFUS: 103301571(XRN1)
HAI: 109390466(XRN1)
SHON: 118980974(XRN1)
AJM: 119065419(XRN1)
PDIC: 114490447(XRN1)
PHAS: 123826849(XRN1)
MMF: 118617879(XRN1)
RFQ: 117014422(XRN1)
PPAM: 129071777(XRN1)
PALE: 102889090(XRN1)
PGIG: 120613813(XRN1)
PVP: 105294976(XRN1)
RAY: 107500836
TOD: 119257704(XRN1)
SARA: 101540191(XRN1)
LAV: 100661562(XRN1)
TMU: 101341941
ETF: 101647875(XRN1)
DNM: 101437702(XRN1)
MDO: 100013672(XRN1)
GAS: 123242774(XRN1)
SHR: 100934609(XRN1)
AFZ: 127552992
PCW: 110197215(XRN1)
OAA: 100077938(XRN1)
GGA: 424778(XRN1)
PCOC: 116230884(XRN1)
MGP: 100542331(XRN1)
CJO: 107318069(XRN1)
TPAI: 128082292(XRN1)
LMUT: 125697586(XRN1)
NMEL: 110397591(XRN1)
APLA: 101794979(XRN1)
ACYG: 106036229(XRN1)
CATA: 118246944(XRN1)
AFUL: 116492666(XRN1)
TGU: 100232132(XRN1)
LSR: 110473939(XRN1)
SCAN: 103815415(XRN1)
PMOA: 120508547(XRN1)
OTC: 121341156(XRN1)
PRUF: 121357923(XRN1)
GFR: 102032070(XRN1)
FAB: 101808622(XRN1)
OMA: 130256647(XRN1)
PHI: 102109729(XRN1)
PMAJ: 107208804(XRN1)
CCAE: 111933509(XRN1)
CCW: 104693453(XRN1)
CBRC: 103624827(XRN1)
ETL: 114069633(XRN1)
ZAB: 102072782(XRN1)
ACHL: 103798579(XRN1)
SVG: 106854137(XRN1)
MMEA: 130574008(XRN1)
HRT: 120757041(XRN1)
FPG: 101913095(XRN1)
FCH: 102053827(XRN1)
CLV: 102097760(XRN1)
EGZ: 104127112(XRN1)
NNI: 104016386(XRN1)
PCRI: 104024462(XRN1)
PLET: 104618630(XRN1)
EHS: 104505815(XRN1)
PCAO: 104044680(XRN1)
ACUN: 113483398(XRN1)
TALA: 104355851(XRN1)
PADL: 103917881(XRN1)
AFOR: 103905125(XRN1)
ACHC: 115346761(XRN1)
HALD: 104312970(XRN1)
HLE: 104832251(XRN1)
AGEN: 126039183
GCL: 127019935
CCRI: 104155039(XRN1)
CSTI: 104560144(XRN1)
CMAC: 104480096
MUI: 104533792(XRN1)
BREG: 104629619(XRN1)
FGA: 104081588
LDI: 104343894(XRN1)
MNB: 103775044(XRN1)
OHA: 104327009(XRN1)
NNT: 104410301(XRN1)
SHAB: 115611180(XRN1)
DPUB: 104300670(XRN1)
PGUU: 104458213(XRN1)
ACAR: 104518096(XRN1)
CPEA: 104392261(XRN1)
AVIT: 104277299(XRN1)
CVF: 104290885(XRN1)
RTD: 128910784(XRN1)
CUCA: 104063691(XRN1)
TEO: 104383208(XRN1)
BRHI: 104498450(XRN1)
AAM: 106485908(XRN1)
AROW: 112976145(XRN1)
NPD: 112947902(XRN1)
TGT: 104571277(XRN1)
DNE: 112984098(XRN1)
SCAM: 104153203(XRN1)
ASN: 102380424(XRN1)
AMJ: 102558616(XRN1)
CPOO: 109308590(XRN1)
GGN: 109288151(XRN1)
PSS: 102459789(XRN1)
CMY: 102936409(XRN1)
CCAY: 125642463(XRN1)
DCC: 119861810(XRN1)
CPIC: 101931509(XRN1)
TST: 117883020(XRN1)
CABI: 116816439(XRN1)
MRV: 120371460(XRN1)
ACS: 100562142(xrn1)
ASAO: 132770635(XRN1)
PVT: 110078451(XRN1)
SUND: 121925200(XRN1)
PBI: 103066866(XRN1)
PMUR: 107292035(XRN1)
CTIG: 120314382(XRN1)
TSR: 106539914(XRN1)
PGUT: 117678331(XRN1)
APRI: 131200634(XRN1)
PTEX: 113436867(XRN1)
NSS: 113410125(XRN1)
VKO: 123024713(XRN1)
PMUA: 114597838(XRN1)
PRAF: 128414614(XRN1)
ZVI: 118093912(XRN1)
HCG: 128349829(XRN1)
GJA: 107112361(XRN1)
STOW: 125437698
EMC: 129332512(XRN1)
XLA: 108717067(xrn1.L) 108718136(xrn1.S)
XTR: 733797(xrn1)
NPR: 108786347(XRN1)
RTEM: 120936633(XRN1)
BBUF: 120997791(XRN1)
BGAR: 122934060(XRN1)
MUO: 115478523(XRN1)
GSH: 117366703(XRN1)
DRE: 394008(xrn1)
SANH: 107677707(xrn1) 107700493
CCAR: 109110725
PTET: 122358240(xrn1)
LROH: 127181039(xrn1)
OMC: 131529364(xrn1)
PPRM: 120482478(xrn1)
MAMB: 125250181(xrn1)
CIDE: 127496817
TROS: 130554605(xrn1)
TDW: 130418128(xrn1)
MANU: 129442425 129442438(xrn1)
IPU: 108280294
IFU: 128624215(xrn1)
SMEO: 124402898(xrn1)
TFD: 113638501(xrn1)
TVC: 132843614(xrn1)
AMEX: 103022720(xrn1)
CMAO: 118797021(xrn1)
EEE: 113590777(xrn1)
CHAR: 105899193(xrn1)
TRU: 101074214(xrn1)
TFS: 130538705(xrn1)
LCO: 104929169(xrn1)
TBEN: 117488346(xrn1)
CGOB: 115022490(xrn1)
PGEO: 117462126(xrn1)
GACU: 117534846(xrn1)
ELY: 117272083(xrn1)
EFO: 125901903(xrn1)
PLEP: 121951847(xrn1)
SLUC: 116041688(xrn1)
ECRA: 117954316(xrn1)
PFLV: 114565013(xrn1)
GAT: 120815802(xrn1)
PPUG: 119209832(xrn1)
AFB: 129094449(xrn1)
CLUM: 117746240(xrn1)
MSAM: 119902571(xrn1)
SCHU: 122887033(xrn1)
CUD: 121519947(xrn1)
ALAT: 119011009(xrn1)
MZE: 101463778(xrn1)
ONL: 100691398(xrn1)
OAU: 116324246(xrn1)
OLA: 101169885(xrn1)
OML: 112147443(xrn1)
XMA: 102228523(xrn1)
XCO: 114146609(xrn1)
XHE: 116721767(xrn1)
PRET: 103478843(xrn1)
PFOR: 103138350(xrn1)
PLAI: 106962108(xrn1)
PMEI: 106932988(xrn1)
GAF: 122841499(xrn1)
PPRL: 129362058(xrn1)
CVG: 107101793(xrn1)
CTUL: 119793331(xrn1)
GMU: 124870213(xrn1)
NFU: 107395421(xrn1)
KMR: 108238650(xrn1)
ALIM: 106514920(xrn1)
NWH: 119414468(xrn1)
AOCE: 111562863(xrn1)
MCEP: 125010691(xrn1)
CSEM: 103396659(xrn1)
POV: 109643207(xrn1)
SSEN: 122766761(xrn1)
HHIP: 117778076(xrn1)
HSP: 118117616(xrn1)
LCF: 108896664
SDU: 111223795(xrn1)
SLAL: 111652960(xrn1)
XGL: 120799153(xrn1)
HCQ: 109515519(xrn1)
SSCV: 125984867
SBIA: 133510379(xrn1)
PEE: 133411415(xrn1)
PTAO: 133488450(xrn1)
BPEC: 110170407(xrn1)
BSPL: 114844603(xrn1)
SJO: 128369217(xrn1)
OTW: 112226368(xrn1) 112260391
OMY: 110508810(xrn1) 110530214
OGO: 124009620 124041943(xrn1)
OKE: 118376609(xrn1) 118402197
SALP: 111956514
ELS: 105018288(xrn1)
SFM: 108926832(xrn1)
AANG: 118229669(xrn1)
LOC: 102697761(xrn1)
ARUT: 117417028 117423034(xrn1)
PSEX: 120533455(xrn1)
LCM: 102350811(XRN1)
CMK: 103178358(xrn1)
RTP: 109934425(xrn1)
CPLA: 122556219(xrn1)
HOC: 132821759(xrn1)
LERI: 129703310(xrn1)
PMRN: 116945882(XRN1)
LRJ: 133339625(XRN1)
BBEL: 109479675
CIN: 100175420
SCLV: 120342282
SPU: 578630
LPIC: 129276418
APLC: 110984281
AJC: 117114213
SKO: 100369596
DME: Dmel_CG3291(pcm)
DER: 6550391
DSE: 6614992
DSI: Dsimw501_GD27168(Dsim_GD27168)
DAN: 6503195
DSR: 110180082
DPO: 4815797
DPE: 6597663
DMN: 108157502
DWI: 6652837
DGR: 6569382
DAZ: 108618031
DNV: 108655614
DHE: 111598418
DVI: 6634679
CCAT: 101451936
BOD: 106621566
BDR: 105233326
RZE: 108366859
AOQ: 129237282
TDA: 119665992
MDE: 101894071
SCAC: 106093612
LCQ: 111680632
LSQ: 119599598
GFS: 119643966
ECOE: 129948527
HIS: 119661434
AGA: 1274572
ACOZ: 120952718
AARA: 120895986
AMER: 121590674
ASTE: 118503183
AFUN: 125763165
AMOU: 128301973
AALI: 118466684
AAG: 5571065
CPII: 120414807
BCOO: 119074556
AME: 409993
ACER: 108001712
ALAB: 122717355
ADR: 102670872
AFLR: 100872253
BIM: 100742741
BBIF: 117217068
BVK: 117242463
BVAN: 117154532
BTER: 100649909
BAFF: 126925676
BPYO: 122576204
BPAS: 132914788
FVI: 122534905
CCAL: 108625725
OBB: 114879716
OLG: 117608750
MGEN: 117226751
NMEA: 116425707
CGIG: 122401241
SOC: 105204713
MPHA: 105830537
AEC: 105154516
ACEP: 105621109
PBAR: 105430804
VEM: 105563097
HST: 105190279
DQU: 106741804
CFO: 105251517
FEX: 115236182
LHU: 105674583
PGC: 109860415
OBO: 105277307
PCF: 106790418
PFUC: 122522986
VPS: 122629617
VCRB: 124423363
CSOL: 105365383
TPRE: 106652427
LHT: 122507915
LBD: 127288611
MDL: 103571248
CGLO: 123260544
FAS: 105269019
DAM: 107035760
AGIF: 122858654
CINS: 118064839
VCAN: 122413930
CCIN: 107273811
DSM: 124409893
NPT: 124218193
NFB: 124181679
NLO: 107227195
NVG: 124304117
AROA: 105683697
TCA: 663618(XRN1)
DPA: 109540773
AGRG: 126740218
ATD: 109606295
CSET: 123312572
AGB: 108910067
LDC: 111513927
NVL: 108563534
APLN: 108734810
PPYR: 116170126
BMOR: 101746591
BMAN: 114250593
MSEX: 115450479
MJU: 123866846
NIQ: 126768416
VCD: 124530428
MCIX: 123654203
PMAC: 106721332
PPOT: 106101762
PXU: 106125362
PRAP: 110997731
PBX: 123714017
PNAP: 125060195
ZCE: 119831333
CCRC: 123692467
LSIN: 126977050
HAW: 110374975
HZE: 124630525
TNL: 113502334
SLIU: 111349156
OFU: 114354256
PGW: 126367007
CCRN: 123291873
API: 100163356
DNX: 107167875
AGS: 114121792
RMD: 113548120
ACOO: 126839306
BTAB: 109044785
DCI: 103512290
CLEC: 106667311
HHAL: 106689718
NLU: 111046884
HVI: 124360095
MQU: 128991308
FOC: 113210747
TPAL: 117653270
ZNE: 110830323
CSEC: 111865115
SGRE: 126293418
IEL: 124163216
FCD: 110842333
DMK: 116920786
DPZ: 124336864
PVM: 113800050
PJA: 122261424
PCHN: 125027108
PMOO: 119597784
HAME: 121869630
PCLA: 123769866
CQD: 128699886
PTRU: 123501379
ESN: 126993557
EAF: 111702847
LSM: 121123875
TCF: 131877165
PPOI: 119098425
DSV: 119445857
RSAN: 119390219
RMP: 119172788
VDE: 111252019
VJA: 111264169
TUT: 107368142
DPTE: 113797584
DFR: 124491979
PTEP: 107451429
SDM: 118195451
PMEO: 129587833
CEL: CELE_Y39G8C.1(xrn-1)
CBR: CBG_20837(Cbr-xrn-1)
PVUL: 126827156
PCAN: 112556540
BGT: 106057797
GAE: 121389992
HRF: 124152504
HRJ: 124271311
CRG: 105340192
CVN: 111135353
CANU: 128188639
OED: 125683365
MYI: 110442937
PMAX: 117344527
MCAF: 127719659
MMER: 123526979
RPHI: 132721509
OBI: 106881569
OSN: 115224725
LAK: 106168392
SHX: MS3_00009573(XRN1_1)
NVE: 5514203
ATEN: 116305788
AMIL: 114971157
PDAM: 113684377
SPIS: 111332903
DGT: 114518166
XEN: 124444051
HMG: 100204338
HSY: 130640945
AQU: 100632707
APRO: F751_4693
SCE: YGL173C(XRN1)
SEUB: DI49_1803
ERC: Ecym_8383
KMX: KLMA_40274(XRN1)
NCS: NCAS_0C04170(NCAS0C04170)
NDI: NDAI_0G03520(NDAI0G03520)
TPF: TPHA_0H00510(TPHA0H00510)
TBL: TBLA_0G02750(TBLA0G02750)
TDL: TDEL_0F01070(TDEL0F01070)
KAF: KAFR_0C03080(KAFR0C03080)
KNG: KNAG_0G01190(KNAG0G01190)
LEL: PVL30_002913(exo2)
CAL: CAALFM_C113420CA(KEM1)
SLB: AWJ20_379(XRN1)
NCR: NCU06678
NTE: NEUTE1DRAFT127448(NEUTE1DRAFT_127448)
PBEL: QC761_211400(exo2)
PPSD: QC762_211400(exo2)
MGR: MGG_12403
PGRI: PgNI_07752
SSCK: SPSK_04815
MAW: MAC_05995
MAJ: MAA_09154
CMT: CCM_03184
PTKZ: JDV02_005110(exo2)
MBE: MBM_06945
ABE: ARB_06879
TVE: TRV_05959
PTE: PTT_07733
SPO: SPAC17A5.14(exo2)
SOM: SOMG_00363(exo2)
CNE: CNE03620
CNB: CNBE3620
CDEU: CNBG_5319
TASA: A1Q1_03823
CCAC: CcaHIS019_0701490(exo2)
ABV: AGABI2DRAFT184268(AGABI2DRAFT_184268)
MGL: MGL_4024
MRT: MRET_4129
DDI: DDB_G0276137(xrn1)
DFA: DFA_11745(xrn1)
CPV: cgd6_2080
SPAR: SPRG_14369
 » show all
Reference
  Authors
Chernyakov I, Whipple JM, Kotelawala L, Grayhack EJ, Phizicky EM
  Title
Degradation of several hypomodified mature tRNA species in Saccharomyces cerevisiae is mediated by Met22 and the 5'-3' exonucleases Rat1 and Xrn1.
  Journal
Genes Dev 22:1369-80 (2008)
DOI:10.1101/gad.1654308
  Sequence
[sce:YGL173C]
Reference
  Authors
Mullen TE, Marzluff WF
  Title
Degradation of histone mRNA requires oligouridylation followed by decapping and simultaneous degradation of the mRNA both 5' to 3' and 3' to 5'.
  Journal
Genes Dev 22:50-65 (2008)
DOI:10.1101/gad.1622708
  Sequence
[hsa:54464]

DBGET integrated database retrieval system