KEGG   ORTHOLOGY: K12573Help
Entry
K12573                      KO                                     

Name
rnr, vacB
Definition
ribonuclease R [EC:3.1.-.-]
Pathway
ko03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 Genetic Information Processing
  Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Enzymes [BR:ko01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.-  Acting on ester bonds
    3.1.-.-  
     K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic Type
  Bacterial mRNA degradation factors
   RNA degradosome components
    Ribonucreases
     K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Transfer RNA biogenesis [BR:ko03016]
 Prokaryotic Type
  tRNA degradation factors
   K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
BRITE hierarchy
Other DBs
COG: COG0557
Genes
ECO: b4179(rnr)
ECJ: JW5741(rnr)
ECD: ECDH10B_4374(rnr)
EBW: BWG_3891(rnr)
ECOK: ECMDS42_3621(rnr)
ECE: Z5786(vacB)
ECS: ECs5155
ECF: ECH74115_5695(rnr)
ETW: ECSP_5279(rnr)
ELX: CDCO157_4841
EOJ: ECO26_5345(rnr)
EOI: ECO111_5035(rnr)
EOH: ECO103_4972(rnr)
ECG: E2348C_4502(rnr)
EOK: G2583_5006(rnr)
ECC: c5263(vacB)
ECP: ECP_4424
ECI: UTI89_C4779(vacB)
ECV: APECO1_2213(rnr)
ECX: EcHS_A4422(rnr)
ECW: EcE24377A_4738(rnr)
ECM: EcSMS35_4650(rnr)
ECY: ECSE_4476
ECR: ECIAI1_4412(rnr)
ECQ: ECED1_4964(rnr)
ECK: EC55989_4734(rnr)
ECT: ECIAI39_4644(rnr)
EOC: CE10_4918(rnr)
EUM: ECUMN_4712(rnr)
ECZ: ECS88_4765(rnr)
ELO: EC042_4652(rnr)
ELH: ETEC_4525
ESE: ECSF_4065
ESO: O3O_02635
ESM: O3M_22655
ESL: O3K_22750
EBR: ECB_04046(rnr)
EBD: ECBD_3855
EKF: KO11_22520(rnr)
EAB: ECABU_c47370(vacB)
EDJ: ECDH1ME8569_4036(rnr)
EIH: ECOK1_4693(rnr)
ENA: ECNA114_4395(rnr)
EUN: UMNK88_5118(rnr)
ELW: ECW_m4541(rnr)
ELL: WFL_22085(rnr)
ELC: i14_4771(vacB)
ELD: i02_4771(vacB)
EBL: ECD_04046(rnr)
EBE: B21_04008(rnr)
ELF: LF82_1916(rnr)
ECOI: ECOPMV1_04643(rnr)
ECOJ: P423_23270
ECOO: ECRM13514_5443(vacB)
ECOH: ECRM13516_5168(vacB)
ECOS: EC958_4666(vacB)
EFE: EFER_4232(rnr)
EAL: EAKF1_ch1650c(rnr)
STY: STY4725(rnr)
STT: t4419(rnr)
STM: STM4368(vacB)
SEO: STM14_5250(vacB)
SEY: SL1344_4301(rnr)
SEJ: STMUK_4353(vacB)
SEB: STM474_4565(rnr)
SEF: UMN798_4731(rnr)
SENR: STMDT2_42151(rnr)
SEND: DT104_43561(rnr)
SENI: CY43_22775
SPT: SPA4185(rnr)
SEK: SSPA3884
SEI: SPC_4515(rnr)
SEC: SCH_4244(vacB)
SEH: SeHA_C4786(rnr)
SHB: SU5_0438
SEE: SNSL254_A4729(rnr)
SEW: SeSA_A4636(rnr)
SEA: SeAg_B4646(rnr)
SENS: Q786_21510
SED: SeD_A4765(rnr)
SEG: SG4208(vacB)
SEL: SPUL_4358(vacB)
SEGA: SPUCDC_4344(vacB)
SET: SEN4134(vacB)
SENA: AU38_21365
SENO: AU37_21380
SENV: AU39_21400
SENQ: AU40_23900
SENL: IY59_21915
SEEP: I137_20875
SENB: BN855_44400(rnr)
SENE: IA1_21290
SBG: SBG_3812(rnr)
SBZ: A464_4373
SFL: SF4334(vacB)
SFX: S4602(vacB)
SFV: SFV_4337(vacB)
SFE: SFxv_4723(rnr)
SFN: SFy_6217
SFS: SFyv_6289
SFT: NCTC1_04709(rnr)
SSN: SSON_4364(vacB)
SBO: SBO_4277(vacB)
SBC: SbBS512_E4710(rnr)
SDY: SDY_4410(vacB)
ENC: ECL_00577
ECLO: ENC_42800
EEC: EcWSU1_00379(rnr)
ECLX: LI66_02140
ECLY: LI62_02595
ECLZ: LI64_02275
ESA: ESA_00189
CSK: ES15_0491(rnr)
CTU: CTU_36800(rnr)
KPN: KPN_04578(rnr)
KPU: KP1_0450(rnr)
KPP: A79E_4614
KPT: VK055_2885(rnr)
KPE: KPK_5089(rnr)
KPR: KPR_0554(rnr)
KPJ: N559_4716
KPX: PMK1_02048(rnr)
KPNU: LI86_24250
KPNK: BN49_4854(rnr)
KVA: Kvar_4676
KOX: KOX_08880
KOE: A225_0449
EAE: EAE_09355
EAR: CCG32169
KQV: B8P98_25275(rnr)
CKO: CKO_03653
CRO: ROD_32391(rnr)
CAMA: F384_24030
CFAR: CI104_22500(rnr)
HDE: HDEF_0301(rnr)
SECT: A359_04850
SEHC: A35E_00223
MEN: MEPCIT_095(rnr)
MEO: MPC_405(rnr)
EBT: EBL_c35680(rnr)
ICP: ICMP_174(rnr)
DEN: MHIR_DE00235(rnr)
HED: TPER_HE00480(rnr)
GED: FVIR_GE00262(rnr)
EBF: D782_4082
PSTS: E05_29880
YPE: YPO0380(rnr)
YPK: y0637(vacB)
YPA: YPA_3904
YPN: YPN_3291
YPM: YP_0536(rnr)
YPG: YpAngola_A0692(rnr)
YPZ: YPZ3_0378(rnr)
YPD: YPD4_0330 YPD4_0331(rnr)
YPX: YPD8_0333(rnr)
YPH: YPC_0619(rnr)
YPW: CH59_1481(rnr)
YPJ: CH55_3383(rnr)
YPV: BZ15_3191(rnr)
YPL: CH46_534(rnr)
YPS: YPTB0432(rnr)
YPO: BZ17_2132(rnr)
YPI: YpsIP31758_3646(rnr)
YPY: YPK_3791
YPB: YPTS_0461
YPQ: DJ40_1971(rnr)
YPU: BZ21_3807(rnr)
YPR: BZ20_1675(rnr)
YPC: BZ23_4077(rnr)
YPF: BZ19_3907(rnr)
YEN: YE0384(rnr)
YEY: Y11_36191
YEW: CH47_3088(rnr)
YET: CH48_1210(rnr)
YEE: YE5303_29501(rnr)
YAL: AT01_2921(rnr)
YFR: AW19_3760(rnr)
YIN: CH53_1331(rnr)
YKR: CH54_2031(rnr)
YRO: CH64_3013(rnr)
YRU: BD65_2301(rnr)
SPE: Spro_0438
SRL: SOD_c03110(rnr)
SPLY: Q5A_001745(rnr)
SSZ: SCc_088(rnr)
SMAF: D781_0341
SMW: SMWW4_v1c03800(rnr)
SMAR: SM39_4717(rnr)
SMAC: SMDB11_4489(rnr)
SERF: L085_02185
RAA: Q7S_02165
ECA: ECA3622(rnr)
PATR: EV46_17980
PATO: GZ59_36490(rnr)
PCT: PC1_3445
PEC: W5S_3738
SGL: SG0343
SOD: Sant_3498(rnr)
PES: SOPEG_1218(rnr)
SENY: HBA_0433(rnr)
DDD: Dda3937_02609(rnr)
DDQ: DDI_3346
ETA: ETA_29600(rnr)
EPY: EpC_05060(rnr)
EPR: EPYR_00529(vacB)
EAM: EAMY_3150(vacB)
EAY: EAM_0443(rnr)
EBI: EbC_04590(rnr)
ERJ: EJP617_05940(rnr)
BUC: BU565(vacB)
BAP: BUAP5A_558(vacB)
BAU: BUAPTUC7_559(vacB)
BAJC: CWS_02905
BUA: CWO_02960
BUP: CWQ_03000
BAK: BAKON_573(rnr)
BUH: BUAMB_539(rnr)
BAPF: BUMPF009_CDS00040(vacb)
BAPG: BUMPG002_CDS00040(vacb)
BAPU: BUMPUSDA_CDS00040(vacb)
BAPW: BUMPW106_CDS00040(vacb)
BAS: BUsg_545(rnr)
BAPH: IX46_02920
PAM: PANA_3530(rnr)
PLF: PANA5342_0515(rnr)
PAJ: PAJ_2757(rnr)
PVA: Pvag_2785
HHS: HHS_02830(rnr)
PSTW: DSJ_21575
PLU: plu4575(rnr)
PAY: PAU_04074(rnr)
PMR: PMI3372(rnr)
PMIB: BB2000_3411(rnr)
XBO: XBJ1_0327(rnr)
XBV: XBW1_4453(rnr)
XNE: XNC1_0463(rnr)
XNM: XNC2_0452(rnr)
XDO: XDD1_0428(rnr)
XPO: XPG1_3428(rnr)
PSI: S70_11935
PSX: DR96_787(rnr)
PRG: RB151_041550(rnr)
MMK: MU9_209
ASY: AUT07_00608(rnr)
ETR: ETAE_0360(rnr)
ETD: ETAF_0314
ETE: ETEE_2115(rnr)
PSHI: SAMEA2665130_2729(rnr)
HIN: HI0861(vacB)
HIT: NTHI1030(vacB)
HIU: HIB_09940
HIE: R2846_1466(rnr)
HIZ: R2866_1531(rnr)
HIK: HifGL_001627(rnr)
HIA: H733_1585
HIW: NTHI477_00843(rnr)
HIC: NTHIC486_00114(rnr)
HIX: NTHI723_00748(rnr)
HDU: HD_0695(vacB)
HAP: HAPS_1499(vacB)
HPAZ: K756_10770
HPAS: JL26_09320
HPAK: JT17_07035
HSO: HS_0151(rnr)
HSM: HSM_0017
PMU: PM1954(vacB)
PMV: PMCN06_1368(rnr)
PMP: Pmu_13900(rnr)
PMUL: DR93_2144(rnr)
PDAG: 4362423_00113(rnr)
MSU: MS0473(vacB)
MHT: D648_21080(rnr)
MHQ: D650_5140(rnr)
MHAT: B824_5930(rnr)
MHX: MHH_c00680(rnr)
MHAE: F382_05480
MHAM: J450_04825
MHAO: J451_05720
MHAL: N220_11620
MHAQ: WC39_02595
MHAY: VK67_02600
MVR: X781_4070
MVE: X875_3690
APL: APL_1478(vacB)
APJ: APJL_1503
APA: APP7_1486(vacB)
ASU: Asuc_2063
AAT: D11S_0398
AAN: D7S_00842
AACN: AANUM_0582(vacB)
BTO: WQG_5140
BTRE: F542_16910
BTRA: F544_5430
XFA: XF_1987
XFT: PD_0820(vacB)
XCC: XCC1517(vacB)
XCB: XC_2718
XCP: XCR_1788(rnr)
XCV: XCV1607(vacB)
XAX: XACM_1536(vacB)
XAC: XAC1567(vacB)
XCI: XCAW_02760(vacB)
XFU: XFF4834R_chr29470(vacB)
XOO: XOO2080(vacB)
XOM: XOO1959(XOO1959)
XOP: PXO_01238(rnr)
XOR: XOC_1792(rnr)
XAL: XALC_2000(rnr)
XPH: XppCFBP6546_03580(XppCFBP6546P_03580)
XVA: C7V42_08475(rnr)
SML: Smlt1534(rnr)
SMT: Smal_1293
SMZ: SMD_1367(rnr)
SACZ: AOT14_24600(rnr)
STEN: CCR98_06880(rnr)
STEM: CLM74_07380(rnr)
PSUW: WQ53_12915
PSD: DSC_11070
LAB: LA76x_1948(rnr)
LAQ: GLA29479_1558(rnr)
LCP: LC55x_1898(rnr)
LGU: LG3211_3297(rnr)
LEZ: GLE_3338(rnr)
LEM: LEN_1766(rnr)
LUM: CNR27_07215(rnr)
DKO: I596_1732
VCH: VC2599
VCO: VC0395_A2177(vacB)
VCR: VC395_2712(vacB)
VCM: VCM66_2519(vacB)
VCI: O3Y_12445
VCS: MS6_2321
VCX: VAA049_298(rnr)
VVU: VV1_1304(rnr)
VVY: VV3061
VPB: VPBB_2658
VAG: N646_1897
VSP: VS_0278
VNI: VIBNI_A3208(rnr)
VAN: VAA_02666
VAU: VANGNB10_cI2353c(rnr)
VSC: VSVS12_00468(vacB)
VQI: CCZ37_11490(rnr)
VTA: A2764(rnr)
VFI: VF_2314(rnr)
VFM: VFMJ11_2427(rnr)
VSA: VSAL_I2768(rnr)
AWD: AWOD_I_0285(rnr)
PPR: PBPRA3341(STM4368)
PMAI: CF386_04125(rnr)
PAE: PA4937(rnr)
PAEV: N297_5107(rnr)
PAEI: N296_5107(rnr)
PAU: PA14_65200(rnr)
PAP: PSPA7_5664(rnr)
PAG: PLES_53231(rnr)
PAF: PAM18_5048(rnr)
PNC: NCGM2_0585(rnr)
PAEB: NCGM1900_5681(rnr)
PAEP: PA1S_26785
PAEM: U769_27050
PAEL: T223_27245
PAEU: BN889_05474(rnr)
PAEG: AI22_07210
PAEC: M802_5105(rnr)
PAEO: M801_4972(rnr)
PMY: Pmen_0643
PMK: MDS_0718
PRE: PCA10_51740(rnr)
PPSE: BN5_0533
PCQ: PcP3B5_56910(rnr)
PPU: PP_4880(rnr)
PPF: Pput_4760
PPT: PPS_4723
PPI: YSA_03875
PPX: T1E_2608(vacB)
PPUH: B479_23845
PPUT: L483_29565
PPUN: PP4_49500(rnr)
PPUD: DW66_5115
PMON: X969_23310
PMOT: X970_22945
PST: PSPTO_4935(vacB)
PSB: Psyr_0579
PSYR: N018_23185
PSP: PSPPH_0574(rnr)
PFL: PFL_0577(rnr)
PPRC: PFLCHA0_c05840(rnr)
PPRO: PPC_0591
PFS: PFLU_0530(rnr)
PFC: PflA506_0517(rnr)
PFW: PF1751_v1c04970(rnr)
PFB: VO64_3605
PMAN: OU5_2924
PEN: PSEEN4933(rnr)
PSA: PST_3659(vacB)
PSZ: PSTAB_3626(vacB)
PSR: PSTAA_3754(vacB)
PSTT: CH92_17990
PPUU: PputUW4_00461(rnr)
PKC: PKB_5247(rnr)
PSES: PSCI_2370
PSEM: TO66_02770
PSEC: CCOS191_0603(rnr)
PSOS: POS17_0569
PANR: A7J50_0516
PSET: THL1_5201
PSIL: PMA3_02115
AVN: Avin_07620(rnr)
AVL: AvCA_07620(rnr)
AVD: AvCA6_07620(rnr)
ACX: Achr_33570(rnr)
PAR: Psyc_2101(vacB)
PALI: A3K91_2678
PSYC: DABAL43B_2748(vacB)
PSYA: AOT82_1881
ACB: A1S_3045
ABM: ABSDF0461(rnr)
ABY: ABAYE0445(rnr)
ABN: AB57_3493
ABB: ABBFA_000469(rnr)
ABX: ABK1_3291
ABH: M3Q_3472
ABAD: ABD1_29290(rnr)
ABAZ: P795_2205
ABAU: IX87_11945
ABAA: IX88_18190
ACC: BDGL_002504(rnr)
ACI: ACIAD3179(rnr)
ASJ: AsACE_CH02463(rnr)
AID: CTZ23_02140(rnr)
MCT: MCR_1455(rnr)
MCS: DR90_471(rnr)
MCAT: MC25239_01415(rnr)
SON: SO_3935(rnr)
SDN: Sden_0511
SFR: Sfri_3355
SAZ: Sama_3067
SBL: Sbal_3647
SLO: Shew_3289
SSE: Ssed_0752
SPL: Spea_3590
SHL: Shal_3678
SWD: Swoo_4217
SWP: swp_0706
SVO: SVI_0438(vacB)
SHF: CEQ32_19910(rnr)
SPSW: Sps_05185
SBJ: CF168_17310(rnr)
SMAV: CFF01_16190(rnr)
SHEW: CKQ84_11675(rnr)
ILO: IL1943(vacB)
IPI: CEW91_03360(rnr)
CPS: CPS_4617(rnr)
PHA: PSHAa2480(rnr) PSHAa2981
PSM: PSM_A0534(rnr)
PSEO: OM33_00910
PPHE: PP2015_385
PTN: PTRA_a2985(vacB) PTRA_a3560(vacB)
PPIS: B1L02_15055(rnr)
PEA: PESP_a3252(vacB)
PSPO: PSPO_a2750(vacB)
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TaxonomyKoalaUniProt
Reference
PMID:9603904
  Authors
Cheng ZF, Zuo Y, Li Z, Rudd KE, Deutscher MP
  Title
The vacB gene required for virulence in Shigella flexneri and Escherichia coli encodes the exoribonuclease RNase R.
  Journal
J Biol Chem 273:14077-80 (1998)
DOI:10.1074/jbc.273.23.14077
  Sequence
[eco:b4179]
Reference
  Authors
Awano N, Rajagopal V, Arbing M, Patel S, Hunt J, Inouye M, Phadtare S
  Title
Escherichia coli RNase R has dual activities, helicase and RNase.
  Journal
J Bacteriol 192:1344-52 (2010)
DOI:10.1128/JB.01368-09
  Sequence
[eco:b4179]

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