KEGG   ORTHOLOGY: K14328Help
Entry
K14328                      KO                                     

Name
UPF3, RENT3
Definition
regulator of nonsense transcripts 3
Pathway
ko03013  RNA transport
ko03015  mRNA surveillance pathway
Module
M00430  Exon junction complex (EJC)
Disease
H00658  Syndromic X-linked mental retardation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09122 Translation
   03013 RNA transport
    K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
   03015 mRNA surveillance pathway
    K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
KEGG modules [BR:ko00002]
 Structural complex
  Genetic information processing
   RNA processing
    M00430  Exon junction complex (EJC)
     K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic Type
  mRNA surveillance and transport factors
   Surveillance factors
    Surveillance complex
     K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
   mRNA cycle factors
    P-body specific factors
     K14328  UPF3, RENT3; regulator of nonsense transcripts 3
BRITE hierarchy
Genes
HSA: 65109(UPF3B) 65110(UPF3A)
PTR: 452689(UPF3A) 465954(UPF3B)
PPS: 100982672(UPF3B) 100989122(UPF3A)
GGO: 101143632(UPF3B) 101145894(UPF3A)
PON: 100434953(UPF3A) 100435868(UPF3B)
NLE: 100587257(UPF3B) 100606425(UPF3A)
MCC: 694247(UPF3B) 716601(UPF3A)
MCF: 101866227(UPF3A) 102143399(UPF3B)
CSAB: 103214863(UPF3A) 103219844 103247343(UPF3B)
RRO: 104671360(UPF3A) 104671541(UPF3B)
RBB: 108522542(UPF3B) 108523707(UPF3A)
CJC: 100385275(UPF3A) 100388330(UPF3B) 100400432
SBQ: 101045680(UPF3A) 101050875(UPF3B)
MMU: 67031(Upf3a) 68134(Upf3b)
RNO: 313449(Upf3b) 361176(Upf3a)
CGE: 100759208(Upf3a) 100767364(Upf3b)
NGI: 103730620(Upf3a) 103742940(Upf3b)
HGL: 101700790(Upf3b) 101724600(Upf3a)
CCAN: 109682049(Upf3b) 109686943(Upf3a)
OCU: 100341564(UPF3B) 103346328(UPF3A)
TUP: 102485827(UPF3A) 102492717(UPF3B)
CFA: 481031(UPF3B) 607836(UPF3A)
AML: 100478254(UPF3A) 100479178(UPF3B)
UMR: 103657609(UPF3A) 103677741(UPF3B)
ORO: 101366498(UPF3B) 101372623(UPF3A)
FCA: 101084940(UPF3B) 101099267(UPF3A)
PTG: 102966594(UPF3B) 102969703(UPF3A)
AJU: 106985700(UPF3B) 106986718(UPF3A)
BTA: 529442(UPF3A) 616181(UPF3B)
BOM: 102278751(UPF3B) 102286064(UPF3A)
BIU: 109567113(UPF3A) 109576742(UPF3B)
PHD: 102320043(UPF3A) 102333889(UPF3B)
CHX: 102173607 102176403(UPF3B) 102186132(UPF3A)
OAS: 101101868(UPF3B) 101121945(UPF3A)
SSC: 100621841(UPF3A) 414433(UPF3B)
CFR: 102504055(UPF3A) 102512452(UPF3B)
CDK: 105093939(UPF3B) 105095491(UPF3A)
BACU: 102998145(UPF3A) 103000082(UPF3B)
LVE: 103075114(UPF3A) 103075430(UPF3B)
OOR: 101273956(UPF3A) 101278912(UPF3B)
ECB: 100058559(UPF3B) 100069294(UPF3A)
EPZ: 103542033(UPF3B) 103549664(UPF3A)
EAI: 106841510(UPF3B) 106848198(UPF3A)
MYB: 102252944(UPF3B) 102260941(UPF3A)
MYD: 102754778(UPF3B) 102765531(UPF3A)
HAI: 109396215(UPF3B)
RSS: 109437678(UPF3B) 109452803(UPF3A)
PALE: 102879573(UPF3A) 102892473(UPF3B)
LAV: 100657080(UPF3A) 100662584(UPF3B)
MDO: 100019877(UPF3B) 100020995(UPF3A)
SHR: 100913987(UPF3B) 100918373(UPF3A)
OAA: 100074759(UPF3A) 100078880(UPF3B)
GGA: 100858231(UPF3B) 418734(UPF3A)
MGP: 100544564(UPF3B) 100547310(UPF3A)
CJO: 107307844(UPF3A) 107312909(UPF3B)
APLA: 101790864(UPF3B) 101796815(UPF3A)
ACYG: 106037648(UPF3B) 106046448(UPF3A)
TGU: 100221665(UPF3B) 100224732(UPF3A)
SCAN: 103812387(UPF3A) 103816397(UPF3B)
GFR: 102032212(UPF3A) 102039175(UPF3B)
FAB: 101812999(UPF3A) 101815266(UPF3B)
PHI: 102110745(UPF3A)
PMAJ: 107204008(UPF3B) 107204532(UPF3A)
CCAE: 111922702(UPF3A) 111928658(UPF3B)
CCW: 104686100(UPF3A)
FPG: 101912521(UPF3B) 101924369(UPF3A)
FCH: 102050966(UPF3A) 102053277(UPF3B)
CLV: 102089034(UPF3A) 102091006(UPF3B)
EGZ: 104124092(UPF3B) 104126357(UPF3A)
NNI: 104019111(UPF3B) 104019361(UPF3A)
ACUN: 113480146(UPF3B) 113484769(UPF3A)
AAM: 106487584(UPF3B) 106493943(UPF3A)
ASN: 102376629(UPF3B) 102377674(UPF3A)
AMJ: 102564547(UPF3B) 102569632(UPF3A)
PSS: 102445866(UPF3B) 102458964(UPF3A)
CMY: 102937721(UPF3B) 102944085(UPF3A)
CPIC: 101940114(UPF3A) 101944572(UPF3B)
ACS: 100559102(upf3b) 100561233(upf3a)
PVT: 110074115(UPF3A) 110090269(UPF3B)
PBI: 103054075(UPF3A) 103055549(UPF3B)
PMUR: 107287916(UPF3A) 107302752(UPF3B)
GJA: 107123725(UPF3B) 107125851(UPF3A)
XLA: 100381118(upf3b.S) 108698441(upf3b.L) 108708417(upf3a.L) 108709716(upf3a.S)
XTR: 100145010(upf3b) 100492664(upf3a)
NPR: 108792389(UPF3A) 108799964(UPF3B)
DRE: 393929(upf3b) 566608(upf3a)
IPU: 108266451(upf3a) 108269236(upf3b)
PHYP: 113528927(upf3b) 113547726
AMEX: 103044612(upf3a) 103045478(upf3b)
EEE: 113582663(upf3b) 113592043(upf3a)
TRU: 101066409(upf3a) 101071745(upf3b)
LCO: 104926303(upf3a)
NCC: 104960519 104965903(upf3b)
MZE: 101472608(upf3a) 101485607(upf3b)
OLA: 101159680(upf3b) 101167578
XMA: 102218128 102229226(upf3b)
PRET: 103471546(upf3b) 103479009
NFU: 107377881(upf3b) 107389709
KMR: 108231410(upf3b) 108232515(upf3a)
CSEM: 103390558(upf3b) 103391816(upf3a)
SDU: 111218389(upf3a) 111232505(upf3b)
BPEC: 110158942(upf3b) 110170659
MALB: 109955813(upf3b) 109965338
ELS: 105025497(upf3b) 105031343(upf3a)
SFM: 108923013(upf3b) 108928964
PKI: 111835026(upf3b) 111845674
LCM: 102346438(UPF3A) 102366445(UPF3B)
CMK: 103178433(upf3b) 103185776
CIN: 100185236
SPU: 574684
APLC: 110980793
SKO: 100370734
DME: Dmel_CG11184(Upf3)
DER: 6547988
DPE: 6591300
DSI: Dsimw501_GD24999(Dsim_GD24999)
DWI: 6641012
MDE: 101889851
AAG: 5578853
AME: 552225
BIM: 100743974
BTER: 100643701
MPHA: 105838957
AEC: 105150206
ACEP: 105627163
PBAR: 105422946
HST: 105182392
DQU: 106743707
CFO: 105258484
LHU: 105677512
PGC: 109860932
OBO: 105285806
NVI: 100115521
MDL: 103569267
TCA: 663859
DPA: 109543418
NVL: 108565777
BMOR: 693102
PMAC: 106717590
PRAP: 110995812
HAW: 110378914
TNL: 113502196
PXY: 105389279
API: 100159460
DNX: 107166066
CLEC: 106672694
ZNE: 110835259
FCD: 110842652
TUT: 107360337
DPTE: 113797803
CEL: CELE_F46B6.3(smg-4)
BMY: Bm1_56410
CRG: 105322817
MYI: 110459036
OBI: 106877892
LAK: 106180265
SHX: MS3_09273
EGL: EGR_02817
EPA: 110234174
ADF: 107333230
PDAM: 113682036
SPIS: 111325521
HMG: 100202729
AQU: 105311956
ATH: AT1G33980(UPF3)
CRB: 17896941
CPAP: 110809937
EGR: 104420011
LJA: Lj3g3v1981280.1(Lj3g3v1981280.1) Lj6g3v2287320.1(Lj6g3v2287320.1) Lj6g3v2287320.3(Lj6g3v2287320.3)
FVE: 101296641
CSV: 101208317
CMO: 103498712
MCHA: 111018259
VVI: 100852735
CANN: 107839859
BVG: 104898010
SOE: 110794356
NNU: 104589972
OSA: 4335928
DOSA: Os04t0440100-01(Os04g0440100)
OBR: 102717790
BDI: 100844832
ATS: 109772718(LOC109772718)
SBI: 8080328
SITA: 101781144
ATR: 18448461
CRE: CHLREDRAFT_169865(UPF3)
MNG: MNEG_9858
APRO: F751_5588
SCE: YGR072W(UPF3)
KMX: KLMA_10664(UPF3)
NCS: NCAS_0B05240(NCAS0B05240)
NDI: NDAI_0B02610(NDAI0B02610)
TPF: TPHA_0M00500(TPHA0M00500)
TBL: TBLA_0F01000(TBLA0F01000)
TDL: TDEL_0D04830(TDEL0D04830)
KAF: KAFR_0C01160(KAFR0C01160)
CAL: CAALFM_C111900CA(CaO19.5277)
CAUR: QG37_07789
NCR: NCU03435
NTE: NEUTE1DRAFT65951(NEUTE1DRAFT_65951)
MGR: MGG_03912
SSCK: SPSK_00232
MAW: MAC_00069
MAJ: MAA_01782
CMT: CCM_05155
MBE: MBM_05200
ANI: AN0505.2
ANG: ANI_1_3126014(An01g11820)
ABE: ARB_01734
TVE: TRV_03428
PTE: PTT_15697
SPO: SPAC13G7.03(upf3)
CNE: CNG03015
CNB: CNBG1750
ABP: AGABI1DRAFT129598(AGABI1DRAFT_129598)
ABV: AGABI2DRAFT187731(AGABI2DRAFT_187731)
MGL: MGL_0560
SPAR: SPRG_08338
 » show all
TaxonomyKoalaUniProt
Reference
  Authors
Chamieh H, Ballut L, Bonneau F, Le Hir H
  Title
NMD factors UPF2 and UPF3 bridge UPF1 to the exon junction complex and stimulate its RNA helicase activity.
  Journal
Nat Struct Mol Biol 15:85-93 (2008)
DOI:10.1038/nsmb1330
  Sequence
[hsa:65109]
Reference
  Authors
Chan WK, Bhalla AD, Le Hir H, Nguyen LS, Huang L, Gecz J, Wilkinson MF
  Title
A UPF3-mediated regulatory switch that maintains RNA surveillance.
  Journal
Nat Struct Mol Biol 16:747-53 (2009)
DOI:10.1038/nsmb.1612
  Sequence
[hsa:65109 65110]

DBGET integrated database retrieval system