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Database: Pfam
Entry: Rhabdo_ncap
LinkDB: Rhabdo_ncap
Original site: Rhabdo_ncap 
#=GF ID   Rhabdo_ncap
#=GF AC   PF00945.18
#=GF DE   Rhabdovirus nucleocapsid protein
#=GF PI   Rhabd_nucleocap;
#=GF AU   Finn RD;0000-0001-8626-2148
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF SE   Pfam-B_477 (release 3.0)
#=GF GA   19.70 19.70;
#=GF TC   21.80 20.20;
#=GF NC   19.10 19.30;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 45638612 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   9603315
#=GF RT   Identification of a region of the rabies virus N protein
#=GF RT   involved in direct binding to the viral RNA. 
#=GF RA   Kouznetzoff A, Buckle M, Tordo N; 
#=GF RL   J Gen Virol 1998;79:1005-1013.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   9501055
#=GF RT   The specificity of rabies virus RNA encapsidation by
#=GF RT   nucleoprotein. 
#=GF RA   Yang J, Hooper DC, Wunner WH, Koprowski H, Dietzschold B, Fu ZF; 
#=GF RL   Virology 1998;242:107-117.
#=GF DR   INTERPRO; IPR000448;
#=GF DR   SCOP; 1kbg; fa;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   The Nucleocapsid (N) Protein is said to have a "tight"
#=GF CC   structure. The carboxyl end of the N-terminal domain possesses
#=GF CC   an RNA binding domain. Sequence alignments show 2 regions of
#=GF CC   reasonable conservation,  approx. 64-103 and 201-329 [1].  A
#=GF CC   whole functional protein is required  for encapsidation to take
#=GF CC   place [2].
#=GF SQ   189
#=GS B7PM24_IXOSC/1-100        AC B7PM24.1
#=GS I1SV87_9RHAB/1-307        AC I1SV87.1
#=GS A0A164KMI7_9CRUS/4-258    AC A0A164KMI7.1
#=GS J9JQR5_ACYPI/553-745      AC J9JQR5.2
#=GS Q17HB2_AEDAE/2-283        AC Q17HB2.1
#=GS Q16L84_AEDAE/6-337        AC Q16L84.1
#=GS NCAP_TIBVC/6-412          AC D8V070.1
#=GS NCAP_EBLV2/11-429         AC A4UHQ3.1
#=GS Q17HY0_AEDAE/2-247        AC Q17HY0.1
#=GS A0A140D8K5_9RHAB/36-450   AC A0A140D8K5.1
#=GS A0A0N4TZZ9_BRUPA/28-239   AC A0A0N4TZZ9.1
#=GS A0A0D3R2A8_9RHAB/10-412   AC A0A0D3R2A8.1
#=GS A0A0N4UYX9_ENTVE/86-294   AC A0A0N4UYX9.1
#=GS J9TGR5_9RHAB/6-419        AC J9TGR5.1
#=GS A0A0N4TGX4_BRUPA/196-338  AC A0A0N4TGX4.1
#=GS NCAP_BEFVB/6-416          AC Q65474.1
#=GS H8XWF0_9RHAB/6-410        AC H8XWF0.1
#=GS NCAP_RABVP/11-429         AC P06025.1
#=GS Q176X8_AEDAE/4-243        AC Q176X8.1
#=GS A0A0K0JV72_BRUMA/3-197    AC A0A0K0JV72.2
#=GS A0A0N4UTN6_ENTVE/1-119    AC A0A0N4UTN6.1
#=GS A0A177B8J2_9METZ/178-361  AC A0A177B8J2.1
#=GS A0A0N4TC05_BRUPA/2-273    AC A0A0N4TC05.1
#=GS A0A182G166_AEDAL/18-314   AC A0A182G166.1
#=GS Q17Q70_AEDAE/27-405       AC Q17Q70.1
#=GS A0A0D3R1I6_9RHAB/6-421    AC A0A0D3R1I6.1
#=GS Q17BH2_AEDAE/24-399       AC Q17BH2.1
#=GS B0WS86_CULQU/88-248       AC B0WS86.1
#=GS A0A0L8FVJ3_OCTBM/26-323   AC A0A0L8FVJ3.1
#=GS A0A1L3KN06_9VIRU/11-404   AC A0A1L3KN06.1
#=GS B7PPY5_IXOSC/12-251       AC B7PPY5.1
#=GS A0A182G168_AEDAL/9-334    AC A0A182G168.1
#=GS Q16UJ9_AEDAE/4-385        AC Q16UJ9.1
#=GS A0A1L3KMV4_9VIRU/21-388   AC A0A1L3KMV4.1
#=GS Q77JP7_9RHAB/11-407       AC Q77JP7.1
#=GS A0A1A9XI39_GLOFF/1-281    AC A0A1A9XI39.1
#=GS A0A0D3R1K1_9RHAB/6-412    AC A0A0D3R1K1.1
#=GS A0A1L3KN17_9VIRU/9-400    AC A0A1L3KN17.1
#=GS A0A0S2RRE4_9VIRU/16-391   AC A0A0S2RRE4.1
#=GS J9LIW2_ACYPI/200-321      AC J9LIW2.1
#=GS Q16UE0_AEDAE/18-344       AC Q16UE0.1
#=GS A0A0N4UT64_ENTVE/77-441   AC A0A0N4UT64.1
#=GS NCAP_EBLV1/11-429         AC A4UHP8.1
#=GS A0A0D3R162_9RHAB/11-407   AC A0A0D3R162.1
#=GS Q17HB4_AEDAE/2-281        AC Q17HB4.1
#=GS A0A068J4Q8_9RHAB/6-407    AC A0A068J4Q8.1
#=GS A0A140D8J9_9RHAB/43-443   AC A0A140D8J9.1
#=GS A0A140D047_9RHAB/19-408   AC A0A140D047.1
#=GS D2E9X3_9RHAB/9-402        AC D2E9X3.1
#=GS G0ZMN5_9RHAB/11-429       AC G0ZMN5.1
#=GS Q16VL5_AEDAE/4-349        AC Q16VL5.1
#=GS A0A0D3R163_9RHAB/13-415   AC A0A0D3R163.1
#=GS D3GGK8_9RHAB/6-413        AC D3GGK8.1
#=GS Q17MI8_AEDAE/63-426       AC Q17MI8.1
#=GS A0A183EDG3_9BILA/24-167   AC A0A183EDG3.1
#=GS NCAP_ISFV/11-406          AC Q5K2K7.1
#=GS A0A0D3R205_9RHAB/11-404   AC A0A0D3R205.1
#=GS A0A177BBM1_9METZ/86-246   AC A0A177BBM1.1
#=GS A0A140DDD7_9RHAB/40-432   AC A0A140DDD7.1
#=GS NCAP_VSNJO/10-405         AC P04881.1
#=GS B3FRL1_9RHAB/10-405       AC B3FRL1.1
#=GS Q16UK0_AEDAE/51-453       AC Q16UK0.1
#=GS X4QGP3_9RHAB/14-380       AC X4QGP3.1
#=GS Q17LT6_AEDAE/95-219       AC Q17LT6.1
#=GS T1L679_TETUR/24-233       AC T1L679.2
#=GS A0A0C4MKA2_9RHAB/14-412   AC A0A0C4MKA2.1
#=GS A0A1L3KMX4_9VIRU/16-429   AC A0A1L3KMX4.1
#=GS A0A077CWF7_9RHAB/6-423    AC A0A077CWF7.1
#=GS A0A0B5KRL2_9RHAB/12-421   AC A0A0B5KRL2.1
#=GS M9T1J2_9RHAB/12-413       AC M9T1J2.1
#=GS A0A0D3R1P4_9RHAB/6-412    AC A0A0D3R1P4.1
#=GS A0A024A135_9RHAB/12-413   AC A0A024A135.1
#=GS B0WS86_CULQU/242-363      AC B0WS86.1
#=GS A0A0D3R1K4_9RHAB/6-407    AC A0A0D3R1K4.1
#=GS A0A182HB84_AEDAL/11-335   AC A0A182HB84.1
#=GS K4FL64_9RHAB/11-410       AC K4FL64.1
#=GS A0A0N4T3F6_BRUPA/8-92     AC A0A0N4T3F6.1
#=GS A0A182G6W8_AEDAL/87-184   AC A0A182G6W8.1
#=GS T1KD13_TETUR/16-356       AC T1KD13.1
#=GS A0A0B5KXJ0_9RHAB/11-429   AC A0A0B5KXJ0.1
#=GS A0A1A9XZ63_GLOFF/30-227   AC A0A1A9XZ63.1
#=GS NCAP_MOKV/11-429          AC P0C570.1
#=GS A0A0D3R1U0_9RHAB/12-403   AC A0A0D3R1U0.1
#=GS A0A140D8P2_9RHAB/14-429   AC A0A140D8P2.1
#=GS A0A1Z2RT82_9VIRU/15-402   AC A0A1Z2RT82.1
#=GS U5NEN0_9RHAB/15-412       AC U5NEN0.1
#=GS Q17Q65_AEDAE/2-274        AC Q17Q65.1
#=GS Q91DS6_SVCVA/8-402        AC Q91DS6.1
#=GS M4W6E4_9RHAB/10-408       AC M4W6E4.1
#=GS A0A0D3R117_9RHAB/6-420    AC A0A0D3R117.1
#=GS W8QMD1_9RHAB/14-400       AC W8QMD1.1
#=GS U3LXK0_9RHAB/10-406       AC U3LXK0.1
#=GS A0A0N5AGA5_9BILA/3-285    AC A0A0N5AGA5.1
#=GS K4HJF6_ARV/6-414          AC K4HJF6.1
#=GS A0A0C5C384_9RHAB/6-412    AC A0A0C5C384.1
#=GS A0A0D3R1X2_9RHAB/6-435    AC A0A0D3R1X2.1
#=GS A0A0A0V296_9RHAB/11-408   AC A0A0A0V296.1
#=GS A0A0C5CF17_9RHAB/6-413    AC A0A0C5CF17.1
#=GS Q17Q60_AEDAE/27-383       AC Q17Q60.1
#=GS A0A1B0BJQ4_9MUSC/9-221    AC A0A1B0BJQ4.1
#=GS A0A1L3KMS3_9VIRU/54-414   AC A0A1L3KMS3.1
#=GS Q17A07_AEDAE/27-282       AC Q17A07.1
#=GS A0A0N5AU51_9BILA/48-129   AC A0A0N5AU51.1
#=GS D6C4E3_9RHAB/11-412       AC D6C4E3.1
#=GS A0A0R3PS56_ANGCS/1-232    AC A0A0R3PS56.1
#=GS A0A1L3KMW0_9VIRU/14-435   AC A0A1L3KMW0.1
#=GS A0A1A9Y4A2_GLOFF/220-326  AC A0A1A9Y4A2.1
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         AC P03521.1
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 O; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU1 A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTX A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 M; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 J; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTO C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2GIC D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTX E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU0 A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 6BJY B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU4 E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 F; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2GIC E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2GIC B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU4 C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 N; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTX B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 P; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY I; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 6BJY A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU0 E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY H; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 6BJY D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2GIC A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU4 B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2GIC C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 Q; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY K; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 6BJY C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTO D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU1 B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 R; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 H; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY M; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTX C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY L; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU0 C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU4 D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU0 D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTO E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 I; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 G; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU1 D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTO B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU0 B; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 S; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTO A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY J; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 K; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 L; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 6BJY E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU4 A; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 5UK4 T; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PTX D; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU1 E; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 3PU1 C; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY F; 10-405;
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         DR PDB; 2WYY A; 10-405;
#=GS F7J0U9_9RHAB/15-403       AC F7J0U9.1
#=GS Q0IGC6_AEDAE/12-306       AC Q0IGC6.1
#=GS A0A0B5KXR7_9RHAB/12-417   AC A0A0B5KXR7.1
#=GS Q17HB3_AEDAE/2-278        AC Q17HB3.1
#=GS T1KUS5_TETUR/21-397       AC T1KUS5.1
#=GS A0A0D3R1S3_9RHAB/11-406   AC A0A0D3R1S3.1
#=GS A0A0D3R1U9_9RHAB/6-423    AC A0A0D3R1U9.1
#=GS A0A0R3PS57_ANGCS/1-179    AC A0A0R3PS57.1
#=GS A0A0D3R1I0_9RHAB/6-411    AC A0A0D3R1I0.1
#=GS D8V079_9RHAB/6-409        AC D8V079.1
#=GS A0A059TZZ5_9RHAB/6-416    AC A0A059TZZ5.1
#=GS A0A0D3R1B9_9RHAB/11-418   AC A0A0D3R1B9.1
#=GS A0A183DW57_9BILA/4-211    AC A0A183DW57.1
#=GS NCAP_TUPVT/12-413         AC Q4VKV8.1
#=GS NCAP_CHAV/10-406          AC P11211.1
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#=GS X4R286_9RHAB/15-400       AC X4R286.1
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