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Database: Pfam
Entry: SepSecS
LinkDB: SepSecS
Original site: SepSecS 
#=GF ID   SepSecS
#=GF AC   PF05889.13
#=GF DE   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS
#=GF PI   SLA_LP_auto_ag;
#=GF AU   Moxon SJ;0000-0003-4644-1816
#=GF SE   Pfam-B_9614 (release 8.0)
#=GF GA   20.10 20.10;
#=GF TC   20.10 20.10;
#=GF NC   20.00 20.00;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 45638612 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF RN   [1]
#=GF RM   10801173
#=GF RT   Identification of target antigen for SLA/LP autoantibodies in
#=GF RT   autoimmune hepatitis. 
#=GF RA   Wies I, Brunner S, Henninger J, Herkel J, Kanzler S, Meyer zum
#=GF RA   Buschenfelde KH, Lohse AW; 
#=GF RL   Lancet 2000;355:1510-1515.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   11481605
#=GF RT   A bioinformatical approach suggests the function of the
#=GF RT   autoimmune hepatitis target antigen soluble liver antigen/liver
#=GF RT   pancreas. 
#=GF RA   Kernebeck T, Lohse AW, Grotzinger J; 
#=GF RL   Hepatology 2001;34:230-233.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   17194211
#=GF RT   Biosynthesis of selenocysteine on its tRNA in eukaryotes.
#=GF RA   Xu XM, Carlson BA, Mix H, Zhang Y, Saira K, Glass RS, Berry MJ,
#=GF RA   Gladyshev VN, Hatfield DL;
#=GF RL   PLoS Biol. 2007;5:e4.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   17512006
#=GF RT   Structural insights into the second step of RNA-dependent
#=GF RT   cysteine biosynthesis in archaea: crystal structure of
#=GF RT   Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase from Archaeoglobus fulgidus.
#=GF RA   Fukunaga R, Yokoyama S;
#=GF RL   J Mol Biol. 2007;370:128-141.
#=GF RN   [5]
#=GF RM   18093968
#=GF RT   Structure and catalytic mechanism of eukaryotic selenocysteine
#=GF RT   synthase.
#=GF RA   Ganichkin OM, Xu XM, Carlson BA, Mix H, Hatfield DL, Gladyshev
#=GF RA   VN, Wahl MC;
#=GF RL   J Biol Chem. 2008;283:5849-5865.
#=GF RN   [6]
#=GF RM   18158303
#=GF RT   Structural insights into RNA-dependent eukaryal and archaeal
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Araiso Y, Palioura S, Ishitani R, Sherrer RL, O'Donoghue P, Yuan
#=GF RA   J, Oshikane H, Domae N, Defranco J, Soll D, Nureki O;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2008;36:1187-1199.
#=GF RN   [7]
#=GF RM   19608919
#=GF RT   The human SepSecS-tRNASec complex reveals the mechanism of
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Palioura S, Sherrer RL, Steitz TA, Soll D, Simonovic M;
#=GF RL   Science. 2009;325:321-325.
#=GF DR   INTERPRO; IPR008829;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   Early annotation suggested this family, SepSecS, of several
#=GF CC   eukaryotic and archaeal proteins, was involved in
#=GF CC   antigen-antibodies responses in the liver and pancreas [1,2].
#=GF CC   Structural studies show that the family is
#=GF CC   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, an enzyme
#=GF CC   involved in the synthesis of the amino acid selenocysteine
#=GF CC   (Sec). Sec is the only amino acid whose biosynthesis occurs on
#=GF CC   its cognate transfer RNA (tRNA). SepSecS catalyses the final
#=GF CC   step in the formation of the amino acid [3,4,5,6].  The early
#=GF CC   observation that autoantibodies isolated from patients with type
#=GF CC   I autoimmune hepatitis targeted a ribonucleoprotein complex
#=GF CC   containing tRNASec led to the identification and
#=GF CC   characterisation of the archaeal and the human SepSecS [2].
#=GF CC   SepSecS forms its own branch in the family of fold-type I
#=GF CC   pyridoxal phosphate (PLP) enzymes that goes back to the last
#=GF CC   universal common ancestor which explains why the archaeal
#=GF CC   sequences Swiss:Q8TXK0 and Swiss:Q8TYR3 are annotated as being
#=GF CC   pyridoxal phosphate-dependent enzymes.
#=GF SQ   702
#=GS A0A125YXH4_TOXGV/62-449    AC A0A125YXH4.1
#=GS D0P365_PHYIT/63-474        AC D0P365.1
#=GS A0A087UQK2_9ARAC/60-457    AC A0A087UQK2.1
#=GS SPCS_METJA/57-434          AC Q58027.1
#=GS A0A093HR89_GAVST/27-425    AC A0A093HR89.1
#=GS A0A1S3JT73_LINUN/61-456    AC A0A1S3JT73.1
#=GS A0A182WVY1_ANOQN/62-471    AC A0A182WVY1.1
#=GS H3D183_TETNG/61-240        AC H3D183.1
#=GS W4YWN4_STRPU/69-405        AC W4YWN4.1
#=GS A0A2A9MKJ0_9APIC/44-378    AC A0A2A9MKJ0.1
#=GS J9NRL3_CANLF/61-459        AC J9NRL3.1
#=GS M3YZ68_MUSPF/61-459        AC M3YZ68.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/1-75      AC A0A0R3U9M3.1
#=GS U6MXB9_9EIME/87-169        AC U6MXB9.1
#=GS A0A0V0UYN7_9BILA/65-467    AC A0A0V0UYN7.1
#=GS A0A151WTE9_9HYME/304-515   AC A0A151WTE9.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/255-338   AC A0A0R3X3W6.1
#=GS F2KT01_ARCVS/38-372        AC F2KT01.1
#=GS A0A151I8S6_9HYME/61-459    AC A0A151I8S6.1
#=GS F6XQ07_XENTR/63-465        AC F6XQ07.1
#=GS T1KND2_TETUR/59-457        AC T1KND2.1
#=GS Q4D135_TRYCC/225-523       AC Q4D135.1
#=GS A0A0P6V7N8_9EURY/45-381    AC A0A0P6V7N8.1
#=GS A0A2I0QKB6_9EURY/1-116     AC A0A2I0QKB6.1
#=GS A0A183LCC0_9TREM/61-218    AC A0A183LCC0.1
#=GS A0A0S4KH93_BODSA/61-462    AC A0A0S4KH93.1
#=GS A0A1A8W8M2_PLAMA/27-392    AC A0A1A8W8M2.1
#=GS A0A152A322_9MYCE/61-469    AC A0A152A322.1
#=GS A0A093QZR4_PYGAD/30-428    AC A0A093QZR4.1
#=GS Q5TYC4_ANOGA/62-232        AC Q5TYC4.3
#=GS A0A0M9FWW0_9TRYP/61-181    AC A0A0M9FWW0.1
#=GS A0A1A6G174_NEOLE/1-108     AC A0A1A6G174.1
#=GS K2MUX2_TRYCR/61-214        AC K2MUX2.1
#=GS V8N432_OPHHA/11-72         AC V8N432.1
#=GS A0A261BTF6_9PELO/122-423   AC A0A261BTF6.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/66-234    AC A0A0R3X3W6.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/61-237    AC A0A0D2NS52.1
#=GS A0A195EK59_9HYME/307-518   AC A0A195EK59.1
#=GS A0A091DDG8_FUKDA/61-459    AC A0A091DDG8.1
#=GS A0A091GSW0_BUCRH/32-430    AC A0A091GSW0.1
#=GS A0A183AV23_9TREM/14-123    AC A0A183AV23.1
#=GS A0A1S4ELC0_DIACI/182-255   AC A0A1S4ELC0.1
#=GS A0A0V1ABP5_9BILA/60-344    AC A0A0V1ABP5.1
#=GS M7BZ80_CHEMY/311-397       AC M7BZ80.1
#=GS A0A2I0P1N4_9EURY/118-446   AC A0A2I0P1N4.1
#=GS A0A182P0A6_9DIPT/62-470    AC A0A182P0A6.1
#=GS A0A183E8R2_9BILA/307-400   AC A0A183E8R2.1
#=GS D2RFQ7_ARCPA/81-367        AC D2RFQ7.1
#=GS A0A150JAA0_9EURY/98-372    AC A0A150JAA0.1
#=GS A0A0N4TMM8_BRUPA/48-446    AC A0A0N4TMM8.1
#=GS L9KG20_TUPCH/103-501       AC L9KG20.1
#=GS SPSS_METKA/72-385          AC Q8TYR3.1
#=GS G0N8B2_CAEBE/1-344         AC G0N8B2.1
#=GS B3LWG9_DROAN/61-461        AC B3LWG9.1
#=GS A0A0C2CT48_9BILA/1-106     AC A0A0C2CT48.1
#=GS A0A0L7KHA2_PLAFX/64-436    AC A0A0L7KHA2.1
#=GS F6YLP3_MOUSE/1-116         AC F6YLP3.1
#=GS A0A1D1UYM0_RAMVA/61-456    AC A0A1D1UYM0.1
#=GS A0A183TG06_SCHSO/3-92      AC A0A183TG06.1
#=GS A0A0L8FM85_OCTBM/61-457    AC A0A0L8FM85.1
#=GS A0A0B2VNM1_TOXCA/141-460   AC A0A0B2VNM1.1
#=GS A0A091S7P1_9GRUI/38-436    AC A0A091S7P1.1
#=GS H0ZGK2_TAEGU/24-422        AC H0ZGK2.1
#=GS A0A2D0RAL9_ICTPU/61-459    AC A0A2D0RAL9.1
#=GS H2PD16_PONAB/61-459        AC H2PD16.1
#=GS A0A0E3SKH0_METBA/138-446   AC A0A0E3SKH0.1
#=GS A0A1A9WPR3_9MUSC/61-458    AC A0A1A9WPR3.1
#=GS SPCS_METMP/58-436          AC Q6LZM9.1
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 C; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 A; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 B; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 D; 58-434;
#=GS A0A0P1A4N1_9STRA/163-214   AC A0A0P1A4N1.1
#=GS W7FCC4_PLAF8/67-439        AC W7FCC4.1
#=GS A0A1Y1I1V3_KLENI/553-635   AC A0A1Y1I1V3.1
#=GS X6LCX4_RETFI/1-102         AC X6LCX4.1
#=GS A0A113R5Y1_PLABE/69-423    AC A0A113R5Y1.1
#=GS A4H5S3_LEIBR/116-222       AC A4H5S3.1
#=GS A0A024W525_PLAFA/67-439    AC A0A024W525.1
#=GS Q4Z3A7_PLABA/384-517       AC Q4Z3A7.1
#=GS A0A0L1KWD6_9EUGL/57-498    AC A0A0L1KWD6.1
#=GS A0A1L8HTL6_XENLA/61-459    AC A0A1L8HTL6.1
#=GS A0A1R1XA68_9FUNG/1-104     AC A0A1R1XA68.1
#=GS A0A195BVZ2_9HYME/149-294   AC A0A195BVZ2.1
#=GS A0A1F8MAD4_9CHLR/60-375    AC A0A1F8MAD4.1
#=GS A0A0N1IGI4_LEPSE/259-587   AC A0A0N1IGI4.1
#=GS Q382M9_TRYB2/235-540       AC Q382M9.1
#=GS A0A158QE85_HYMDI/251-579   AC A0A158QE85.1
#=GS A0A1U7TX43_TARSY/1-399     AC A0A1U7TX43.1
#=GS SPSS2_METHJ/133-446        AC Q2FTY4.1
#=GS A0A044SVS8_ONCVO/51-449    AC A0A044SVS8.1
#=GS A0A091M9L7_CARIC/30-428    AC A0A091M9L7.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/66-234    AC A0A0R3W7F5.1
#=GS A0A182UAL5_9DIPT/62-471    AC A0A182UAL5.1
#=GS E2A6V2_CAMFO/61-459        AC E2A6V2.1
#=GS A0A183WV30_TRIRE/29-112    AC A0A183WV30.1
#=GS A0A0D2UPI5_CAPO3/63-461    AC A0A0D2UPI5.1
#=GS A0A177B2Q9_9METZ/75-469    AC A0A177B2Q9.1
#=GS A0A1R1WYE3_9FUNG/62-307    AC A0A1R1WYE3.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/260-353   AC A0A0R3W7F5.1
#=GS Q4XWE5_PLACH/28-408        AC Q4XWE5.1
#=GS A0A1F2P6D0_9EURY/161-477   AC A0A1F2P6D0.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/385-470   AC A0A0D2NS52.1
#=GS F4PUC7_CAVFA/61-483        AC F4PUC7.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/249-460   AC A0A0R3U9M3.1
#=GS A0A1I7Y2Q9_9BILA/126-512   AC A0A1I7Y2Q9.1
#=GS E3N792_CAERE/95-492        AC E3N792.1
#=GS A0A226PS49_COLVI/1-399     AC A0A226PS49.1
#=GS W5K4P0_ASTMX/61-459        AC W5K4P0.1
#=GS A0A182VKI0_ANOME/62-471    AC A0A182VKI0.1
#=GS A0A1I8PLH8_STOCA/63-460    AC A0A1I8PLH8.1
#=GS A0A133V8X6_9EURY/68-390    AC A0A133V8X6.1
#=GS A0A0P8ADK0_9EURY/102-391   AC A0A0P8ADK0.1
#=GS A0A0M5JBX9_DROBS/63-459    AC A0A0M5JBX9.1
#=GS A0DYM5_PARTE/61-463        AC A0DYM5.1
#=GS SPSS_METTP/92-380          AC A0B5D0.2
#=GS A0A0K0J1T6_BRUMA/48-446    AC A0A0K0J1T6.2
#=GS A0A0V0WBK9_9BILA/57-314    AC A0A0V0WBK9.1
#=GS W2TL19_NECAM/78-149        AC W2TL19.1
#=GS C5KRQ3_PERM5/1-72          AC C5KRQ3.1
#=GS A0A085NQ86_9BILA/79-483    AC A0A085NQ86.1
#=GS A0A2K5NHZ3_CERAT/127-198   AC A0A2K5NHZ3.1
#=GS A0A1A8YVI9_9APIC/40-131    AC A0A1A8YVI9.1
#=GS A0A182VS30_9DIPT/62-473    AC A0A182VS30.1
#=GS A0A0V0SJ91_9BILA/65-326    AC A0A0V0SJ91.1
#=GS A0A1X7VKZ2_AMPQE/61-457    AC A0A1X7VKZ2.1
#=GS A0A1E7GBK6_9EURY/45-381    AC A0A1E7GBK6.1
#=GS A0A2A2KA14_9BILA/53-450    AC A0A2A2KA14.1
#=GS R1F910_EMIHU/1-200         AC R1F910.1
#=GS A0A0N4V9Y7_ENTVE/24-396    AC A0A0N4V9Y7.1
#=GS A0A183HK17_9BILA/1-245     AC A0A183HK17.1
#=GS A0A091TBE8_PHALP/32-430    AC A0A091TBE8.1
#=GS A0A0M3K9R8_ANISI/67-450    AC A0A0M3K9R8.1
#=GS F0T6G1_METLA/91-376        AC F0T6G1.1
#=GS E4XBS8_OIKDI/61-468        AC E4XBS8.1
#=GS A0A0C2FA94_9BILA/2-193     AC A0A0C2FA94.1
#=GS A0A095C2X8_SCHHA/61-218    AC A0A095C2X8.1
#=GS A0A0J7NQK7_LASNI/61-459    AC A0A0J7NQK7.1
#=GS F6BEL7_METIK/58-435        AC F6BEL7.1
#=GS W2RFU0_PHYPN/61-494        AC W2RFU0.1
#=GS A0A1B0A9Q8_GLOPL/61-476    AC A0A1B0A9Q8.1
#=GS A0A0V0SJH3_9BILA/65-467    AC A0A0V0SJH3.1
#=GS A0A1B0BSV5_9MUSC/61-458    AC A0A1B0BSV5.1
#=GS W5P943_SHEEP/60-458        AC W5P943.1
#=GS A0A0F7IH80_9EURY/80-370    AC A0A0F7IH80.1
#=GS G7P5C5_MACFA/61-459        AC G7P5C5.1
#=GS A0A1I7VNW1_LOALO/48-446    AC A0A1I7VNW1.1
#=GS A0A077ZCL6_TRITR/61-90     AC A0A077ZCL6.1
#=GS A0A151WTE9_9HYME/57-139    AC A0A151WTE9.1
#=GS D3S097_FERPA/89-386        AC D3S097.1
#=GS D8LWX0_BLAHO/61-465        AC D8LWX0.1
#=GS A0A183X8C6_TRIRE/4-130     AC A0A183X8C6.1
#=GS A0A093JK25_EURHL/24-422    AC A0A093JK25.1
#=GS A0A0W8CHK7_PHYNI/61-256    AC A0A0W8CHK7.1
#=GS J9J8W6_9SPIT/75-487        AC J9J8W6.1
#=GS K0TG20_THAOC/81-523        AC K0TG20.1
#=GS A0A183P6X2_9TREM/1-163     AC A0A183P6X2.1
#=GS A0A0S7X265_9BACT/82-365    AC A0A0S7X265.1
#=GS W9DQD8_METTI/85-381        AC W9DQD8.1
#=GS A0A0P5EH67_9CRUS/61-457    AC A0A0P5EH67.1
#=GS A0A1A8YVI9_9APIC/125-383   AC A0A1A8YVI9.1
#=GS A0A225UPE6_9STRA/1-393     AC A0A225UPE6.1
#=GS A0A091NC38_APAVI/30-428    AC A0A091NC38.1
#=GS F4BX16_METSG/116-403       AC F4BX16.1
#=GS M2WAC8_GALSU/61-248        AC M2WAC8.1
#=GS G4VL61_SCHMA/61-497        AC G4VL61.1
#=GS A0A0V1KRR6_9BILA/337-501   AC A0A0V1KRR6.1
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#=GS W7JL27_PLAFA/12-380        AC W7JL27.1
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#=GS SPCS_MOUSE/61-459          DR PDB; 3BCB A; 61-459;
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