#=GF ID TPP_enzyme_M_2
#=GF AC PF16582.11
#=GF DE Middle domain of thiamine pyrophosphate
#=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE pdb_2jla
#=GF GA 30.10 30.10;
#=GF TC 30.10 30.10;
#=GF NC 30.00 30.00;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 81514348 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0063
#=GF RN [1]
#=GF RM 18983854
#=GF RT Specificity and reactivity in menaquinone biosynthesis: the
#=GF RT structure of Escherichia coli MenD
#=GF RT (2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexadiene-1-carboxyla
#=GF RT te synthase).
#=GF RA Dawson A, Fyfe PK, Hunter WN;
#=GF RL J Mol Biol. 2008;384:1353-1368.
#=GF DR INTERPRO; IPR032264;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC TPP_enzyme_M_2 is the middle domain of thiamine pyrophosphate in
#=GF CC sequences not captured by Pfam:PF00205. This enzyme is necessary
#=GF CC for the first step of the biosynthesis of menaquinone, or
#=GF CC vitamin K2, an important cofactor in electron transport in
#=GF CC bacteria [1].
#=GF SQ 1826
#=GS A0A7D5QHB6_9EURY/208-411 AC A0A7D5QHB6.1
#=GS W0HRG7_9GAMM/183-373 AC W0HRG7.1
#=GS A0A1I2CTB1_9BACT/191-391 AC A0A1I2CTB1.1
#=GS A0A2H5ZDS8_UNCXX/196-402 AC A0A2H5ZDS8.1
#=GS A0A261Q8I8_9BACT/185-400 AC A0A261Q8I8.1
#=GS A0A926RWT6_9BACI/185-403 AC A0A926RWT6.1
#=GS A0A3N9TJV3_9VIBR/189-402 AC A0A3N9TJV3.1
#=GS A0A8X9A7Q1_SALSN/578-813 AC A0A8X9A7Q1.1
#=GS A0A4P6JTU8_KTERU/206-431 AC A0A4P6JTU8.1
#=GS A0A2T1DLU3_9CYAN/211-371 AC A0A2T1DLU3.1
#=GS A0A401ZAL9_9CHLR/210-433 AC A0A401ZAL9.1
#=GS A0A369LY20_9ACTN/264-461 AC A0A369LY20.1
#=GS A0A6P6BHT1_DURZI/544-781 AC A0A6P6BHT1.1
#=GS Q05TR6_9SYNE/161-378 AC Q05TR6.1
#=GS A0A1G6LCK2_9BACL/193-411 AC A0A1G6LCK2.1
#=GS R7ZQN7_9BACT/210-390 AC R7ZQN7.1
#=GS A0A0R2H936_WEIVI/223-386 AC A0A0R2H936.1
#=GS A0A0P7CAC3_9BACT/193-387 AC A0A0P7CAC3.1
#=GS Q85G03_CYAM1/193-380 AC Q85G03.1
#=GS A0A1I5MM88_9BACT/199-403 AC A0A1I5MM88.1
#=GS A0A4R5N906_9LACO/177-384 AC A0A4R5N906.1
#=GS A0A1H0F5F9_9BACI/205-403 AC A0A1H0F5F9.1
#=GS A0A453NYL7_AEGTS/299-535 AC A0A453NYL7.1
#=GS A0A6P4CJL7_ARADU/239-472 AC A0A6P4CJL7.1
#=GS A0A5M6ISJ9_9PROT/190-400 AC A0A5M6ISJ9.1
#=GS I3YDG4_THIV6/227-438 AC I3YDG4.1
#=GS A0A4S8ITG3_MUSBA/562-796 AC A0A4S8ITG3.1
#=GS A0A398BAU3_9BACI/187-401 AC A0A398BAU3.1
#=GS A0A077PJ31_XENBV/183-394 AC A0A077PJ31.1
#=GS A0A2P6R261_ROSCH/540-776 AC A0A2P6R261.1
#=GS A0A160FFU2_9BACI/182-404 AC A0A160FFU2.1
#=GS MEND_AERHH/194-402 AC A0KFN8.1
#=GS A0A917KFF5_9BACL/214-412 AC A0A917KFF5.1
#=GS A0A2S6CZF1_9CYAN/198-400 AC A0A2S6CZF1.1
#=GS D0YVI2_PHODD/171-383 AC D0YVI2.1
#=GS E1SVA4_FERBD/185-399 AC E1SVA4.1
#=GS A0A9D4XDG1_PEA/392-628 AC A0A9D4XDG1.1
#=GS A0A0V7ZBY5_9CYAN/225-436 AC A0A0V7ZBY5.1
#=GS A0A8T0XMX4_PANVG/542-777 AC A0A8T0XMX4.1
#=GS A0A0C2VSB4_9BACL/189-394 AC A0A0C2VSB4.1
#=GS A0A6B0SSD8_9EURY/225-419 AC A0A6B0SSD8.1
#=GS A0A1H0FR32_9BACI/182-400 AC A0A1H0FR32.1
#=GS A0A929AQ35_9CYAN/223-435 AC A0A929AQ35.1
#=GS A0A1J1LS94_9CYAN/204-415 AC A0A1J1LS94.1
#=GS D7E244_NOSA0/203-405 AC D7E244.1
#=GS K9Z369_CYAAP/197-414 AC K9Z369.1
#=GS S1R138_9ENTE/183-385 AC S1R138.1
#=GS A0A7G8PXC5_9FLAO/189-387 AC A0A7G8PXC5.1
#=GS A0A250IR09_9BACT/209-408 AC A0A250IR09.1
#=GS K6CQ86_SCHAZ/193-413 AC K6CQ86.1
#=GS A0A653LVE4_9FLAO/176-388 AC A0A653LVE4.1
#=GS A0A7C9BKL5_9BACT/195-336 AC A0A7C9BKL5.1
#=GS A0A1S1YW63_FLAPC/194-395 AC A0A1S1YW63.1
#=GS A0A0E0CMI1_9ORYZ/27-263 AC A0A0E0CMI1.1
#=GS A0A7Y8XZJ4_9FLAO/184-386 AC A0A7Y8XZJ4.1
#=GS I6TCR6_ENTHA/183-396 AC I6TCR6.1
#=GS C7NYV4_HALMD/206-408 AC C7NYV4.1
#=GS A0A095SS61_9FLAO/182-366 AC A0A095SS61.1
#=GS S8CSQ7_9LAMI/432-666 AC S8CSQ7.1
#=GS MEND_DESHY/194-384 AC Q250I5.1
#=GS A0A926W2I1_9CYAN/238-420 AC A0A926W2I1.1
#=GS A0A081NJP9_9GAMM/190-410 AC A0A081NJP9.1
#=GS A0A920CVQ2_9BACL/192-413 AC A0A920CVQ2.1
#=GS MEND_CHLL3/186-403 AC Q3B612.1
#=GS A0A0T7BXQ7_9CYAN/211-400 AC A0A0T7BXQ7.1
#=GS A0A7G9R6P3_9ACTN/224-403 AC A0A7G9R6P3.1
#=GS A0A2V3KPU8_KLEVA/183-388 AC A0A2V3KPU8.1
#=GS A0A4R7I144_9ACTN/219-398 AC A0A4R7I144.1
#=GS A0A0D9VHL2_9ORYZ/542-772 AC A0A0D9VHL2.1
#=GS A0A6P6V0W0_COFAR/526-739 AC A0A6P6V0W0.1
#=GS A0A150AB30_9BACT/197-397 AC A0A150AB30.1
#=GS I0WE46_9FLAO/193-390 AC I0WE46.1
#=GS A0A9C7GBJ0_9BACI/187-404 AC A0A9C7GBJ0.1
#=GS A0A804JQ25_MUSAM/561-795 AC A0A804JQ25.1
#=GS A0A8T2HZT4_9CHLO/1005-1220 AC A0A8T2HZT4.1
#=GS A0A1G6GH86_9LACO/194-372 AC A0A1G6GH86.1
#=GS A0A1H5ZZ35_9EURY/214-419 AC A0A1H5ZZ35.1
#=GS A0A097R429_HAFAL/183-391 AC A0A097R429.1
#=GS A0A222SJR2_9CHLB/186-403 AC A0A222SJR2.1
#=GS I4Z9E4_9BACT/183-386 AC I4Z9E4.1
#=GS K4LEU9_9FIRM/209-405 AC K4LEU9.1
#=GS A0A8J2Y9L1_9BACL/208-407 AC A0A8J2Y9L1.1
#=GS A0A416GF96_9BACE/174-378 AC A0A416GF96.1
#=GS A0A3P1W511_9ACTN/1-116 AC A0A3P1W511.1
#=GS A0A0D9YU58_9ORYZ/27-263 AC A0A0D9YU58.1
#=GS A0A411EA36_9FLAO/200-414 AC A0A411EA36.1
#=GS A0A364RGA0_9BACT/190-393 AC A0A364RGA0.1
#=GS K9YI11_HALP7/229-431 AC K9YI11.1
#=GS K9SQW3_9SYNE/192-418 AC K9SQW3.1
#=GS A0A0D2PTE8_GOSRA/468-705 AC A0A0D2PTE8.1
#=GS R6XFB9_9BACT/284-396 AC R6XFB9.1
#=GS A0A7G7KQM2_9SYNE/227-414 AC A0A7G7KQM2.1
#=GS A0A1G8CFL6_9FLAO/195-384 AC A0A1G8CFL6.1
#=GS A0A257IWP2_9BACT/185-394 AC A0A257IWP2.1
#=GS A0A8J2XIT8_9BACI/204-406 AC A0A8J2XIT8.1
#=GS A0A396S3S0_9BACI/190-398 AC A0A396S3S0.1
#=GS A0A1Q3H965_9BACT/209-408 AC A0A1Q3H965.1
#=GS A0A059BFD8_EUCGR/199-429 AC A0A059BFD8.1
#=GS A0A370R2F2_9GAMM/183-391 AC A0A370R2F2.1
#=GS U5LES1_9BACI/203-404 AC U5LES1.1
#=GS A0A0E0CMH9_9ORYZ/548-778 AC A0A0E0CMH9.1
#=GS W2UN04_9FLAO/266-421 AC W2UN04.1
#=GS A0A1W2H5W5_9BACT/221-389 AC A0A1W2H5W5.1
#=GS A0A533U0X3_CHLSQ/186-402 AC A0A533U0X3.1
#=GS A0A286ITB3_9BACT/178-384 AC A0A286ITB3.1
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#=GS A0A0C5VCT6_9GAMM/172-373 AC A0A0C5VCT6.1
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#=GS A0A4R6Q7C8_9FLAO/195-384 AC A0A4R6Q7C8.1
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#=GS A0A251R7X8_PRUPE/546-781 AC A0A251R7X8.1
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#=GS A0A1I7GDQ8_9FLAO/200-412 AC A0A1I7GDQ8.1
#=GS A0A7I8LCM7_SPIIN/308-539 AC A0A7I8LCM7.1
#=GS A0A176VBP3_MARPO/887-1126 AC A0A176VBP3.1
#=GS A0A098F2B3_9BACI/192-404 AC A0A098F2B3.1
#=GS A0A1H6FYN6_THEAL/236-442 AC A0A1H6FYN6.1
#=GS A0A7N1A647_KALFE/40-276 AC A0A7N1A647.1
#=GS MEND_SALRD/196-418 AC Q2S2V6.1
#=GS A0A090VEQ5_9FLAO/204-405 AC A0A090VEQ5.1
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#=GS A0A1E2V925_9GAMM/203-419 AC A0A1E2V925.1
#=GS A0A540LN38_MALBA/198-434 AC A0A540LN38.1
#=GS A0A0E3V7M9_9BACT/195-407 AC A0A0E3V7M9.1
#=GS A0A024QAI1_9BACI/188-403 AC A0A024QAI1.1
#=GS A0A198GFC3_9GAMM/183-388 AC A0A198GFC3.1
#=GS A0A654DVS3_9BACT/180-395 AC A0A654DVS3.1
#=GS A0A2G5GP15_9FLAO/216-416 AC A0A2G5GP15.1
#=GS A0A835UIX2_VANPL/1-199 AC A0A835UIX2.1
#=GS A0A1E5QC98_9PROT/202-399 AC A0A1E5QC98.1
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#=GS A0A1I5YJ78_9BACI/206-392 AC A0A1I5YJ78.1
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#=GS A0A553EWW7_9BACT/183-398 AC A0A553EWW7.1
#=GS A0A0J8C3W1_BETVV/545-781 AC A0A0J8C3W1.1
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#=GS A0A072TSM7_MEDTR/539-775 AC A0A072TSM7.1
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#=GS A0A221MBC6_9BACI/193-404 AC A0A221MBC6.1
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#=GS A0A916QIY5_9BACL/194-419 AC A0A916QIY5.1
#=GS A0A417YM69_9BACI/194-407 AC A0A417YM69.1
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#=GS MEND_RIPO1/210-411 AC B7K0T5.1
#=GS A0A1I4SLI7_ECTMO/216-386 AC A0A1I4SLI7.1
#=GS A0A3P3W254_9FLAO/182-385 AC A0A3P3W254.1
#=GS A0A7V7RHJ8_9BACI/190-404 AC A0A7V7RHJ8.1
#=GS A0A942U984_9BACI/190-403 AC A0A942U984.1
#=GS A0A1N7AP42_9BACT/200-393 AC A0A1N7AP42.1
#=GS MEND_VIBCH/188-402 AC Q9KQM3.1
#=GS A0A2G5L0U8_9BACT/196-386 AC A0A2G5L0U8.1
#=GS Q0YUD4_9CHLB/186-404 AC Q0YUD4.1
#=GS A0A926UJR5_9NOST/204-404 AC A0A926UJR5.1
#=GS A0A8J8CXN7_9EURY/207-405 AC A0A8J8CXN7.1
#=GS W4VLD8_9BACI/186-400 AC W4VLD8.1
#=GS A0A1H3H2X0_9EURY/231-425 AC A0A1H3H2X0.1
#=GS A0A2A2TI01_9CYAN/231-428 AC A0A2A2TI01.1
#=GS K9AP51_9STAP/177-387 AC K9AP51.1
#=GS B9RLD6_RICCO/505-741 AC B9RLD6.1
#=GS A0A401INX0_APHSA/201-408 AC A0A401INX0.1
#=GS MEND_HAEDU/191-398 AC Q7VKM9.1
#=GS C6X376_FLAB3/185-386 AC C6X376.1
#=GS A0A1Z4ILI1_9CYAN/211-430 AC A0A1Z4ILI1.1
#=GS A0A1U8HM45_GOSHI/539-776 AC A0A1U8HM45.1
#=GS A0A2S7WUZ7_9FLAO/173-386 AC A0A2S7WUZ7.1
#=GS A0A978SN67_9CYAN/214-405 AC A0A978SN67.1
#=GS A0A6I6JX05_9BACT/182-389 AC A0A6I6JX05.1
#=GS A0A5C6YBJ1_9FLAO/197-409 AC A0A5C6YBJ1.1
#=GS A0A7N0VBE5_KALFE/208-444 AC A0A7N0VBE5.1
#=GS A0A0X8XBC1_HALHR/223-411 AC A0A0X8XBC1.1
#=GS MEND_STAS1/185-390 AC Q49WG6.1
#=GS A0A0H4W486_9BACT/191-396 AC A0A0H4W486.1
#=GS I0JPY6_HALH3/196-401 AC I0JPY6.1
#=GS M0M3U9_HALMO/206-415 AC M0M3U9.1
#=GS A0A2Z4G6V4_9BACT/182-382 AC A0A2Z4G6V4.1
#=GS A0A4D9D2W1_9STRA/737-936 AC A0A4D9D2W1.1
#=GS A0A930TFI8_9CYAN/215-421 AC A0A930TFI8.1
#=GS A0A5R9L333_9BACT/174-338 AC A0A5R9L333.1
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