#=GF ID TPP_enzyme_M_2
#=GF AC PF16582.7
#=GF DE Middle domain of thiamine pyrophosphate
#=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE pdb_2jla
#=GF GA 30.10 30.10;
#=GF TC 30.10 30.10;
#=GF NC 30.00 30.00;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0085
#=GF RN [1]
#=GF RM 18983854
#=GF RT Specificity and reactivity in menaquinone biosynthesis: the
#=GF RT structure of Escherichia coli MenD
#=GF RT (2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexadiene-1-carboxyla
#=GF RT te synthase).
#=GF RA Dawson A, Fyfe PK, Hunter WN;
#=GF RL J Mol Biol. 2008;384:1353-1368.
#=GF DR INTERPRO; IPR032264;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC TPP_enzyme_M_2 is the middle domain of thiamine pyrophosphate in
#=GF CC sequences not captured by Pfam:PF00205. This enzyme is necessary
#=GF CC for the first step of the biosynthesis of menaquinone, or
#=GF CC vitamin K2, an important cofactor in electron transport in
#=GF CC bacteria [1].
#=GF SQ 1463
#=GS A0A4V2NSF7_9FLAO/189-384 AC A0A4V2NSF7.1
#=GS A0A0Q3IHE6_BRADI/541-777 AC A0A0Q3IHE6.1
#=GS A0A2V1H9U4_9GAMM/183-389 AC A0A2V1H9U4.1
#=GS MEND_ROSS1/208-406 AC A5UPB5.1
#=GS U4JZQ3_9VIBR/187-399 AC U4JZQ3.1
#=GS A0A0M9DRT0_9BACT/193-399 AC A0A0M9DRT0.1
#=GS A0A287U485_HORVV/300-535 AC A0A287U485.1
#=GS U3BHY1_VIBPR/188-402 AC U3BHY1.1
#=GS A0A2A8D3U6_9BACT/192-418 AC A0A2A8D3U6.1
#=GS A0A0A3I4H3_9BACI/195-398 AC A0A0A3I4H3.1
#=GS A0A4Y7R940_9FIRM/185-384 AC A0A4Y7R940.1
#=GS A0A1R4I4D2_9GAMM/197-415 AC A0A1R4I4D2.1
#=GS A0A0D6Z5A7_9BACI/201-403 AC A0A0D6Z5A7.1
#=GS A0A024P8T8_9BACI/181-401 AC A0A024P8T8.1
#=GS A0A1J0PEE4_9SYNE/212-396 AC A0A1J0PEE4.1
#=GS A0A401ZXE3_9CHLR/204-423 AC A0A401ZXE3.1
#=GS F9RFK9_VIBSN/192-411 AC F9RFK9.1
#=GS A0A5N6R2X4_9ROSI/545-780 AC A0A5N6R2X4.1
#=GS MEND_STAA8/186-387 AC Q2FZL7.1
#=GS D4E3R7_SEROD/183-389 AC D4E3R7.1
#=GS F9VCP7_LACGL/191-381 AC F9VCP7.1
#=GS MEND_VIBPA/188-403 AC Q87R69.1
#=GS A0A494ZU05_9BACI/203-407 AC A0A494ZU05.1
#=GS A0A0D9VHK9_9ORYZ/533-744 AC A0A0D9VHK9.1
#=GS A0A5C7B664_9FLAO/217-416 AC A0A5C7B664.1
#=GS A0A2N0WZE1_9GAMM/194-407 AC A0A2N0WZE1.1
#=GS A0A1S4A840_TOBAC/540-775 AC A0A1S4A840.1
#=GS A0A098C1A7_9BACT/184-367 AC A0A098C1A7.1
#=GS A0A0D6AQP7_9CHRO/197-412 AC A0A0D6AQP7.1
#=GS A0A1H0F5F9_9BACI/207-403 AC A0A1H0F5F9.1
#=GS A0A257IWP2_9BACT/183-394 AC A0A257IWP2.1
#=GS A0A3A9B0Y6_9BACT/214-425 AC A0A3A9B0Y6.1
#=GS A0A0D8HIN2_9ACTN/194-348 AC A0A0D8HIN2.1
#=GS D4GYA1_HALVD/199-409 AC D4GYA1.1
#=GS A0A4Q4B768_9FLAO/224-420 AC A0A4Q4B768.1
#=GS A0A4R2BDL1_9BACI/200-403 AC A0A4R2BDL1.1
#=GS A0A4V5SE70_9BACT/188-392 AC A0A4V5SE70.1
#=GS A0A398AD04_BRACM/541-775 AC A0A398AD04.1
#=GS A0A2H3KPF3_9CHLR/231-445 AC A0A2H3KPF3.1
#=GS A0A1U7VJ93_NICSY/535-770 AC A0A1U7VJ93.1
#=GS D3RPJ5_ALLVD/215-414 AC D3RPJ5.1
#=GS A0A287U4I2_HORVV/47-282 AC A0A287U4I2.1
#=GS A0A0P4V0M3_9CYAN/203-402 AC A0A0P4V0M3.1
#=GS A0A327YJ85_9BACI/182-404 AC A0A327YJ85.1
#=GS A0A1I4SLI7_ECTMO/217-386 AC A0A1I4SLI7.1
#=GS A0A078I6U1_BRANA/541-775 AC A0A078I6U1.1
#=GS A0A2S1H494_9BACI/189-398 AC A0A2S1H494.1
#=GS MEND_RIPO1/212-411 AC B7K0T5.1
#=GS A0A059BFD8_EUCGR/199-429 AC A0A059BFD8.1
#=GS A0A1B7JJW8_9GAMM/182-388 AC A0A1B7JJW8.1
#=GS K9PIQ0_9CYAN/220-440 AC K9PIQ0.1
#=GS I3YDG4_THIV6/228-438 AC I3YDG4.1
#=GS A0A023BZE1_9FLAO/204-356 AC A0A023BZE1.1
#=GS A0A4Q4IGJ4_9BACL/203-401 AC A0A4Q4IGJ4.1
#=GS A0A0E0CMH9_9ORYZ/548-778 AC A0A0E0CMH9.1
#=GS E9CKG4_9GAMM/174-368 AC E9CKG4.1
#=GS MEND_LISMO/192-405 AC Q8Y6K9.1
#=GS K4LEU9_9FIRM/209-405 AC K4LEU9.1
#=GS A0A1D6HBM9_MAIZE/538-773 AC A0A1D6HBM9.1
#=GS A0A168VC60_9CYAN/211-411 AC A0A168VC60.1
#=GS H8YWV1_9GAMM/224-421 AC H8YWV1.1
#=GS A0A1I3MBC6_9FLAO/228-413 AC A0A1I3MBC6.1
#=GS A0A0D9VHL4_9ORYZ/533-763 AC A0A0D9VHL4.1
#=GS A0A3D9KY51_9BACT/177-394 AC A0A3D9KY51.1
#=GS A0A1U8HM44_GOSHI/294-531 AC A0A1U8HM44.1
#=GS A0A4Z0GJE7_9BACL/204-400 AC A0A4Z0GJE7.1
#=GS S0NTA9_9ENTE/183-386 AC S0NTA9.1
#=GS A0A2S1SJF5_9FLAO/206-384 AC A0A2S1SJF5.1
#=GS A0A3S0WIJ1_9BACI/199-397 AC A0A3S0WIJ1.1
#=GS A0A4U2UD34_9ENTR/189-395 AC A0A4U2UD34.1
#=GS W9QNV1_9ROSA/483-719 AC W9QNV1.1
#=GS D7V0I8_LISGR/194-404 AC D7V0I8.1
#=GS A0A0B0HI56_9BACI/189-361 AC A0A0B0HI56.1
#=GS A0A369QH81_9BACT/193-394 AC A0A369QH81.1
#=GS A0A2X4ZLQ3_BACLE/205-404 AC A0A2X4ZLQ3.1
#=GS A0A0A8XB20_9BACI/205-403 AC A0A0A8XB20.1
#=GS A0A327RFN3_9BACI/182-405 AC A0A327RFN3.1
#=GS A0A4R2FIH2_9GAMM/189-403 AC A0A4R2FIH2.1
#=GS A0A4R3Z527_9ENTR/183-423 AC A0A4R3Z527.1
#=GS A0A2K9PVY4_9FLAO/219-417 AC A0A2K9PVY4.1
#=GS A0A1R4B3E4_9VIBR/188-404 AC A0A1R4B3E4.1
#=GS A0A265UXM9_9FLAO/204-419 AC A0A265UXM9.1
#=GS A0A1H5ZZ35_9EURY/215-419 AC A0A1H5ZZ35.1
#=GS A0A5B8TCC1_LEULA/193-374 AC A0A5B8TCC1.1
#=GS A0A0B5S298_9FLAO/191-385 AC A0A0B5S298.1
#=GS A0A516KHS3_9BACI/184-400 AC A0A516KHS3.1
#=GS A0A553EWW7_9BACT/184-398 AC A0A553EWW7.1
#=GS MEND_SALTY/183-388 AC Q8ZNE8.1
#=GS A0A411PGJ1_9GAMM/192-406 AC A0A411PGJ1.1
#=GS F4XL62_9CYAN/211-377 AC F4XL62.1
#=GS A0A1V3TGN6_9PAST/190-397 AC A0A1V3TGN6.1
#=GS A0A0D2RFH6_GOSRA/516-753 AC A0A0D2RFH6.1
#=GS A0A445GC99_GLYSO/81-290 AC A0A445GC99.1
#=GS I4Z9E4_9BACT/183-387 AC I4Z9E4.1
#=GS A0A5J4KKH8_9CHLR/208-431 AC A0A5J4KKH8.1
#=GS A0A1H6UVW3_9BACT/194-412 AC A0A1H6UVW3.1
#=GS A0A446WAR3_TRITD/553-789 AC A0A446WAR3.1
#=GS G8TVU5_SULAD/174-392 AC G8TVU5.1
#=GS A0A446WAQ4_TRITD/27-263 AC A0A446WAQ4.1
#=GS C0BKA3_FLABM/222-422 AC C0BKA3.1
#=GS S0KAZ9_9ENTE/194-412 AC S0KAZ9.1
#=GS A0A2R7K157_9FLAO/190-386 AC A0A2R7K157.1
#=GS A0A1E5L1M2_9ENTE/192-397 AC A0A1E5L1M2.1
#=GS A0A446VF31_TRITD/71-307 AC A0A446VF31.1
#=GS A0A4D9BNX5_SALSN/613-848 AC A0A4D9BNX5.1
#=GS A0A4U1BJM0_9GAMM/185-397 AC A0A4U1BJM0.1
#=GS A0A0H4W486_9BACT/192-396 AC A0A0H4W486.1
#=GS MEND_CROS5/204-413 AC B1WZR3.1
#=GS A0A5N5L6B6_9ROSI/261-508 AC A0A5N5L6B6.1
#=GS A0A0D9YU55_9ORYZ/550-780 AC A0A0D9YU55.1
#=GS A0A1S3BG05_CUCME/543-778 AC A0A1S3BG05.1
#=GS A0A251S3B0_HELAN/523-756 AC A0A251S3B0.1
#=GS A0A090UXU0_PSEVU/183-388 AC A0A090UXU0.1
#=GS A0A090SP77_9VIBR/40-252 AC A0A090SP77.1
#=GS M4R8E4_BIBTR/191-398 AC M4R8E4.1
#=GS E4RS09_LEAB4/179-376 AC E4RS09.1
#=GS A0A418MM21_9FIRM/207-423 AC A0A418MM21.1
#=GS A0A0M2PV41_PROHO/234-429 AC A0A0M2PV41.1
#=GS D3F0D3_CONWI/195-388 AC D3F0D3.1
#=GS A0A2V3VHV3_9BACI/188-404 AC A0A2V3VHV3.1
#=GS A0A2G5L0U8_9BACT/195-386 AC A0A2G5L0U8.1
#=GS L8LPC3_9CHRO/209-401 AC L8LPC3.1
#=GS A0A139SS79_9BACT/210-424 AC A0A139SS79.1
#=GS M0LSX3_9EURY/225-427 AC M0LSX3.1
#=GS A0A143XA73_9ACTN/351-534 AC A0A143XA73.1
#=GS A0A031IBW5_9BACL/196-375 AC A0A031IBW5.1
#=GS A0A261QEJ1_9BACI/190-404 AC A0A261QEJ1.1
#=GS A0A1Y1CM70_9BACT/197-395 AC A0A1Y1CM70.1
#=GS A0A061EAU2_THECC/606-843 AC A0A061EAU2.1
#=GS A0A099W0P7_9LIST/193-404 AC A0A099W0P7.1
#=GS F6HGG1_VITVI/165-372 AC F6HGG1.1
#=GS A0A5C4SQ62_9FLAO/218-417 AC A0A5C4SQ62.1
#=GS A0A345PIK4_9BACI/202-407 AC A0A345PIK4.1
#=GS A0A198GFC3_9GAMM/183-388 AC A0A198GFC3.1
#=GS A0A0A5FMB8_YERRU/183-389 AC A0A0A5FMB8.1
#=GS S2Y977_9BACL/189-394 AC S2Y977.1
#=GS A0A369I585_9BACT/184-406 AC A0A369I585.1
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#=GS A0A396S3S0_9BACI/190-398 AC A0A396S3S0.1
#=GS A0A453NYN8_AEGTS/543-779 AC A0A453NYN8.1
#=GS MEND_BACLD/204-402 AC Q65FT2.1
#=GS A0A147K6C6_9BACI/191-398 AC A0A147K6C6.1
#=GS A0A2V1GV74_9GAMM/216-439 AC A0A2V1GV74.1
#=GS A0A1B8TPV3_9FLAO/189-386 AC A0A1B8TPV3.1
#=GS A0A2T7F8C2_9POAL/301-537 AC A0A2T7F8C2.1
#=GS A0A271JDH9_9BACT/189-410 AC A0A271JDH9.1
#=GS R6DCY4_9BACE/197-384 AC R6DCY4.1
#=GS A0A2N4XDM8_9BACT/192-385 AC A0A2N4XDM8.1
#=GS A0A1Z4S3J8_9NOSO/226-425 AC A0A1Z4S3J8.1
#=GS A0A0L8V928_9BACT/178-391 AC A0A0L8V928.1
#=GS E6LE65_ENTI1/183-394 AC E6LE65.1
#=GS A0A0N7HY01_9FLAO/214-407 AC A0A0N7HY01.1
#=GS A0A1Z4JBT0_LEPBY/212-398 AC A0A1Z4JBT0.1
#=GS A0A075LQI8_9BACI/188-401 AC A0A075LQI8.1
#=GS A0A4Q6B590_9PROT/213-401 AC A0A4Q6B590.1
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#=GS A0A345HDM4_9FLAO/187-385 AC A0A345HDM4.1
#=GS Q08SJ3_STIAD/209-408 AC Q08SJ3.1
#=GS A0A3Q0I084_PHODC/581-816 AC A0A3Q0I084.1
#=GS A0A5S5C8S8_9FLAO/203-407 AC A0A5S5C8S8.1
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#=GS A0A385YTQ4_9BACL/192-391 AC A0A385YTQ4.1
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#=GS A0A3N6BQG7_9BACL/192-398 AC A0A3N6BQG7.1
#=GS MEND_CHLL2/186-404 AC B3EG68.1
#=GS A0A2X4WG79_SALER/183-388 AC A0A2X4WG79.1
#=GS K9XTH7_STAC7/200-411 AC K9XTH7.1
#=GS B8F691_HAEPS/191-398 AC B8F691.1
#=GS A0A1S2U020_9GAMM/189-403 AC A0A1S2U020.1
#=GS A0A223KU02_9BACI/187-406 AC A0A223KU02.1
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#=GS C7NYV4_HALMD/208-408 AC C7NYV4.1
#=GS A0A1I0WSL9_9BACI/188-404 AC A0A1I0WSL9.1
#=GS A0A2M8GVL7_9VIBR/191-401 AC A0A2M8GVL7.1
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#=GS A0A3T0I2Z3_9BACI/191-403 AC A0A3T0I2Z3.1
#=GS M7MH53_9FLAO/216-419 AC M7MH53.1
#=GS A0A498G5L0_9EURY/220-415 AC A0A498G5L0.1
#=GS V4XB38_9ARCH/203-415 AC V4XB38.1
#=GS A0A0J8YNM4_9GAMM/191-396 AC A0A0J8YNM4.1
#=GS A0A072TSM7_MEDTR/539-775 AC A0A072TSM7.1
#=GS A0A5C8L4A2_9FLAO/203-408 AC A0A5C8L4A2.1
#=GS A0A0R2HVS5_CARDV/191-403 AC A0A0R2HVS5.1
#=GS A0A317KZX8_9BACI/182-398 AC A0A317KZX8.1
#=GS A0A1M5DIV3_9FLAO/196-385 AC A0A1M5DIV3.1
#=GS A0A4R2N6X0_9PAST/191-398 AC A0A4R2N6X0.1
#=GS A0A5S5DRB6_9FLAO/210-398 AC A0A5S5DRB6.1
#=GS A0A5J4YTP2_PORPP/966-1142 AC A0A5J4YTP2.1
#=GS A0A1U7VAD3_NICSY/328-563 AC A0A1U7VAD3.1
#=GS A0A4Y1ZA41_9BACL/197-402 AC A0A4Y1ZA41.1
#=GS A0A1X1MSA3_9VIBR/199-392 AC A0A1X1MSA3.1
#=GS A0A0D9YU57_9ORYZ/550-780 AC A0A0D9YU57.1
#=GS A0A1G9RPI4_9BACT/196-401 AC A0A1G9RPI4.1
#=GS A0A2K9NS01_9PROT/206-413 AC A0A2K9NS01.1
#=GS K8GNC4_9CYAN/223-409 AC K8GNC4.1
#=GS A0A6G1EWC9_9ORYZ/509-745 AC A0A6G1EWC9.1
#=GS A0A1H5LIG4_9FLAO/205-407 AC A0A1H5LIG4.1
#=GS X5DYY6_9BACT/188-391 AC X5DYY6.1
#=GS A0A087SN26_AUXPR/718-959 AC A0A087SN26.1
#=GS A0A381H1P3_CITKO/101-306 AC A0A381H1P3.1
#=GS A0A453NYJ5_AEGTS/218-454 AC A0A453NYJ5.1
#=GS A0A5A5TC14_9CHLR/208-439 AC A0A5A5TC14.1
#=GS A0A0C5WDM5_9FLAO/214-419 AC A0A0C5WDM5.1
#=GS A0A177ZXL8_9BACI/199-399 AC A0A177ZXL8.1
#=GS A0A2S0HYS2_9FLAO/188-384 AC A0A2S0HYS2.1
#=GS W4P7L1_9BACE/202-356 AC W4P7L1.1
#=GS A0A1J6K9N3_NICAT/542-777 AC A0A1J6K9N3.1
#=GS MEND_STAHJ/179-386 AC Q4L547.1
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