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Database: Pfam
Entry: CLN3
LinkDB: CLN3
Original site: CLN3 
#=GF ID   CLN3
#=GF AC   PF02487.19
#=GF DE   CLN3 protein
#=GF AU   Mian N;0000-0003-4284-4749
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF SE   Pfam-B_1060 (release 5.4)
#=GF GA   31.00 31.00;
#=GF TC   31.10 31.10;
#=GF NC   29.60 30.60;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   9490299
#=GF RT   Molecular screening of Batten disease: identification of a
#=GF RT   missense mutation (E295K) in the CLN3 gene. 
#=GF RA   Zhong N, Wisniewski KE, Kaczmarski AL, Ju W, Xu WM, Xu WW,
#=GF RA   Mclendon L, Liu B, Kaczmarski W, Sklower Brooks SS, Brown WT; 
#=GF RL   Hum Genet 1998;102:57-62.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   16291725
#=GF RT   btn1, the Schizosaccharomyces pombe homologue of the human
#=GF RT   Batten disease gene CLN3, regulates vacuole homeostasis.
#=GF RA   Gachet Y, Codlin S, Hyams JS, Mole SE;
#=GF RL   J Cell Sci. 2005;118:5525-5536.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   22261744
#=GF RT   Neuronal ceroid lipofuscinosis protein CLN3 interacts with motor
#=GF RT   proteins and modifies location of late endosomal compartments.
#=GF RA   Uusi-Rauva K, Kyttala A, van der Kant R, Vesa J, Tanhuanpaa K,
#=GF RA   Neefjes J, Olkkonen VM, Jalanko A;
#=GF RL   Cell Mol Life Sci. 2012;69:2075-2089.
#=GF DR   INTERPRO; IPR003492;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   This is a family of proteins from the CLN3 gene. A mis-sense
#=GF CC   mutation of glutamic acid (E) to lysine (K) at position 295 in
#=GF CC   the human protein (Swiss:Q13286) has been implicated in Juvenile
#=GF CC   neuronal ceroid lipofuscinosis (Batten disease) [1]. Batten
#=GF CC   disease is characterised by the accumulation of autofluorescent
#=GF CC   material in the lysosomes of most cells. Members of this family
#=GF CC   are transmembrane proteins functional in pre-vacuolar
#=GF CC   compartments. The protein in Sch.pombe is found to be localised
#=GF CC   to the vacuolar membrane, and a lack of functional protein
#=GF CC   clearly affects the size and pH of the vacuole. Thus the protein
#=GF CC   is necessary for vacuolar homeostasis [2]. It is important for
#=GF CC   localisation of late endosomal/lysosomal compartments, and it
#=GF CC   interacts with motor components driving both plus and minus end
#=GF CC   microtubular trafficking: tubulin, dynactin, dynein and
#=GF CC   kinesin-2 [3].
#=GF SQ   2085
#=GS J4WCW2_BEAB2/25-412        AC J4WCW2.1
#=GS A0A317WSH3_9EURO/390-789   AC A0A317WSH3.1
#=GS E3QQA1_COLGM/42-448        AC E3QQA1.1
#=GS A0A5C5FSQ3_9BASI/21-491    AC A0A5C5FSQ3.1
#=GS A0A3P9ARQ2_9CICH/40-371    AC A0A3P9ARQ2.1
#=GS A0A2I3MDG9_PAPAN/40-306    AC A0A2I3MDG9.1
#=GS A0A0C2FJA7_9BILA/1-81      AC A0A0C2FJA7.1
#=GS A0A0K8LFM1_9EURO/43-433    AC A0A0K8LFM1.1
#=GS A0A137Q9Y1_9AGAR/211-439   AC A0A137Q9Y1.1
#=GS A0A2K5E848_AOTNA/163-358   AC A0A2K5E848.1
#=GS A0A2I3RD94_PANTR/1-370     AC A0A2I3RD94.1
#=GS A0A2I1CN74_9EURO/392-796   AC A0A2I1CN74.1
#=GS A0A4T0WXX2_9ASCO/569-980   AC A0A4T0WXX2.1
#=GS A0A195D1U6_9HYME/31-413    AC A0A195D1U6.1
#=GS A0A232LVA4_9EURO/43-449    AC A0A232LVA4.1
#=GS A0A3P8Z5I1_ESOLU/28-435    AC A0A3P8Z5I1.2
#=GS A0A0L6WVE3_9AGAR/331-511   AC A0A0L6WVE3.1
#=GS A0A3P7JCX0_STRVU/1-69      AC A0A3P7JCX0.1
#=GS A0A4U5PAU3_STECR/1-168     AC A0A4U5PAU3.1
#=GS A0A158QEQ2_HYMDI/303-421   AC A0A158QEQ2.1
#=GS A0A2J8TJR8_PONAB/39-437    AC A0A2J8TJR8.1
#=GS A0A553HSY9_9PEZI/81-489    AC A0A553HSY9.1
#=GS A0A367LDU0_9HYPO/39-422    AC A0A367LDU0.1
#=GS N1JCT0_BLUG1/41-461        AC N1JCT0.1
#=GS A0A210PYK1_MIZYE/58-448    AC A0A210PYK1.1
#=GS A0A0N4V8X0_ENTVE/15-457    AC A0A0N4V8X0.1
#=GS A0A5F9DQ13_RABIT/302-340   AC A0A5F9DQ13.1
#=GS H1VFF9_COLHI/42-172        AC H1VFF9.1
#=GS A0A1X7R819_9SACH/24-410    AC A0A1X7R819.1
#=GS C5E360_LACTC/9-390         AC C5E360.1
#=GS Q4QBZ3_LEIMA/75-520        AC Q4QBZ3.1
#=GS A0A0C2FVU5_9BILA/1-107     AC A0A0C2FVU5.1
#=GS E3KTT4_PUCGT/76-476        AC E3KTT4.1
#=GS A0A2Y9HWR8_NEOSC/39-437    AC A0A2Y9HWR8.1
#=GS A0A063C336_USTVR/5-114     AC A0A063C336.1
#=GS Q9VVL0_DROME/39-413        AC Q9VVL0.2
#=GS A0A1E4TZF3_PACTA/19-406    AC A0A1E4TZF3.1
#=GS A0A016U5U7_9BILA/231-648   AC A0A016U5U7.1
#=GS A0A368FWJ6_ANCCA/197-288   AC A0A368FWJ6.1
#=GS A0A5Q4C006_9PEZI/26-400    AC A0A5Q4C006.1
#=GS B0D4F5_LACBS/120-290       AC B0D4F5.1
#=GS A0A084QTG4_STAC4/21-405    AC A0A084QTG4.1
#=GS A0A3N4JVW0_9PEZI/53-460    AC A0A3N4JVW0.1
#=GS A0A665U2L2_ECHNA/28-441    AC A0A665U2L2.1
#=GS A0A1S7HXN4_9SACH/28-413    AC A0A1S7HXN4.1
#=GS A0A0A2L1I1_PENIT/43-444    AC A0A0A2L1I1.1
#=GS G9NNH7_HYPAI/25-407        AC G9NNH7.1
#=GS A0A078B0A8_STYLE/430-851   AC A0A078B0A8.1
#=GS A0A158QEQ2_HYMDI/17-306    AC A0A158QEQ2.1
#=GS A0A0R3P8R6_DROPS/39-244    AC A0A0R3P8R6.1
#=GS A0A3Q2G409_CYPVA/18-172    AC A0A3Q2G409.1
#=GS C5KMH5_PERM5/4-171         AC C5KMH5.1
#=GS A0A2G9THV8_TELCI/1-102     AC A0A2G9THV8.1
#=GS A0A369GYZ9_9HYPO/39-426    AC A0A369GYZ9.1
#=GS B6K0Z8_SCHJY/13-391        AC B6K0Z8.1
#=GS A0A0P1BMG2_9BASI/39-484    AC A0A0P1BMG2.1
#=GS A0A556TND8_BAGYA/686-770   AC A0A556TND8.1
#=GS A7RG15_NEMVE/20-156        AC A7RG15.1
#=GS A0A0C2GMC9_9BILA/42-125    AC A0A0C2GMC9.1
#=GS A0A2I2FM02_9EURO/43-448    AC A0A2I2FM02.1
#=GS W4XUZ0_STRPU/30-125        AC W4XUZ0.1
#=GS A0A370TXH3_9HELO/41-461    AC A0A370TXH3.1
#=GS A0A2G9V474_TELCI/65-117    AC A0A2G9V474.1
#=GS A0A2Y9E3T7_TRIMA/39-437    AC A0A2Y9E3T7.1
#=GS A0A1X0NM99_9TRYP/23-472    AC A0A1X0NM99.1
#=GS H3BR84_HUMAN/34-174        AC H3BR84.1
#=GS F6YTF2_MACMU/33-351        AC F6YTF2.3
#=GS A0A673VLK2_SURSU/39-413    AC A0A673VLK2.1
#=GS A0A395IFL2_9HELO/1-150     AC A0A395IFL2.1
#=GS A0A4S2MRN5_9PEZI/75-216    AC A0A4S2MRN5.1
#=GS BTN1_GIBZE/42-438          AC Q4HX89.2
#=GS A0A2I2UD38_FELCA/39-437    AC A0A2I2UD38.1
#=GS A0A0S7DUI4_9EURO/44-443    AC A0A0S7DUI4.1
#=GS A0A2K6F8P6_PROCO/39-97     AC A0A2K6F8P6.1
#=GS A0A2K6CUM1_MACNE/39-305    AC A0A2K6CUM1.1
#=GS A0A340WYV9_LIPVE/37-271    AC A0A340WYV9.1
#=GS A0A2A2L595_9BILA/1-308     AC A0A2A2L595.1
#=GS A7T389_NEMVE/1-110         AC A7T389.1
#=GS A0A452R2L3_URSAM/39-437    AC A0A452R2L3.1
#=GS A0A5C3NT08_9APHY/41-462    AC A0A5C3NT08.1
#=GS A0A158RBG6_THECL/3-445     AC A0A158RBG6.1
#=GS A0A1X7UL72_AMPQE/13-416    AC A0A1X7UL72.1
#=GS A0A2B4S0L0_STYPI/221-421   AC A0A2B4S0L0.1
#=GS A0A1E3HZC9_9TREE/34-515    AC A0A1E3HZC9.1
#=GS A0A081CJD0_PSEA2/147-624   AC A0A081CJD0.1
#=GS A0A3Q4MIV3_NEOBR/41-207    AC A0A3Q4MIV3.1
#=GS A0A0R3TA40_RODNA/17-382    AC A0A0R3TA40.1
#=GS A0A3D8SW54_9EURO/390-784   AC A0A3D8SW54.1
#=GS A0A3L5TSR4_MYTGA/1-103     AC A0A3L5TSR4.1
#=GS A0A2A2JRM4_9BILA/143-237   AC A0A2A2JRM4.1
#=GS A0A3M6UX78_9CNID/32-423    AC A0A3M6UX78.1
#=GS A0A5B7CQN3_PORTR/202-239   AC A0A5B7CQN3.1
#=GS A0A2G5VM21_9PELO/1-421     AC A0A2G5VM21.1
#=GS A0A4Z1P6Q8_9PEZI/29-433    AC A0A4Z1P6Q8.1
#=GS W7TH49_9STRA/4-413         AC W7TH49.1
#=GS A0A443RR33_9ACAR/1-72      AC A0A443RR33.1
#=GS E4UQI6_ARTGP/32-456        AC E4UQI6.1
#=GS A0A368FX24_ANCCA/118-203   AC A0A368FX24.1
#=GS E2A915_CAMFO/30-240        AC E2A915.1
#=GS A0A2A2LYG5_9BILA/139-224   AC A0A2A2LYG5.1
#=GS A0A4S4M9S0_9AGAM/17-442    AC A0A4S4M9S0.1
#=GS A0A671FU70_RHIFE/184-391   AC A0A671FU70.1
#=GS A0A1B0GV71_HUMAN/277-364   AC A0A1B0GV71.1
#=GS J4KL64_BEAB2/33-425        AC J4KL64.1
#=GS B3M3V6_DROAN/39-243        AC B3M3V6.1
#=GS A0A2K5ZFG3_MANLE/248-390   AC A0A2K5ZFG3.1
#=GS A0A5K4F3R0_SCHMA/55-492    AC A0A5K4F3R0.1
#=GS A0A074XJ33_AURPU/32-435    AC A0A074XJ33.1
#=GS A0A0G4ISJ2_PLABS/230-381   AC A0A0G4ISJ2.1
#=GS A0A5F4C5V5_CANLF/281-420   AC A0A5F4C5V5.1
#=GS A0A673VLL4_SURSU/182-389   AC A0A673VLL4.1
#=GS A0A0K0FXI7_STRVS/17-452    AC A0A0K0FXI7.1
#=GS A0A2K6CUG2_MACNE/39-413    AC A0A2K6CUG2.1
#=GS J9I681_9SPIT/1-425         AC J9I681.1
#=GS A0A3Q2KRF9_HORSE/128-335   AC A0A3Q2KRF9.2
#=GS A0A1J9Q174_9EURO/42-448    AC A0A1J9Q174.1
#=GS A0A0P7BMX1_9HYPO/42-441    AC A0A0P7BMX1.1
#=GS A0A1V6QTD6_9EURO/43-444    AC A0A1V6QTD6.1
#=GS A0A0G2EN67_9EURO/19-434    AC A0A0G2EN67.1
#=GS A0A3M6TIF1_9CNID/37-413    AC A0A3M6TIF1.1
#=GS K5VZV8_PHACS/76-323        AC K5VZV8.1
#=GS A0A368FDA9_ANCCA/15-271    AC A0A368FDA9.1
#=GS A0A1L9THW3_9EURO/384-781   AC A0A1L9THW3.1
#=GS CLN3_MACFA/39-437          AC Q60HH0.1
#=GS A0A212CZ35_CEREH/9-364     AC A0A212CZ35.1
#=GS A0A1G4BT44_9PEZI/25-401    AC A0A1G4BT44.1
#=GS A0A2B4SPC5_STYPI/46-234    AC A0A2B4SPC5.1
#=GS A0A3M6TUF9_9CNID/41-416    AC A0A3M6TUF9.1
#=GS A0A423VA34_9PEZI/36-443    AC A0A423VA34.1
#=GS G0RYX5_CHATD/1634-2037     AC G0RYX5.1
#=GS A0A6G0UCJ6_9BILA/15-447    AC A0A6G0UCJ6.1
#=GS A0A4S2KPS8_9HYME/31-410    AC A0A4S2KPS8.1
#=GS A0A4S2MXC8_9PEZI/1-127     AC A0A4S2MXC8.1
#=GS W7XCE4_TETTS/43-439        AC W7XCE4.1
#=GS BTN1_YEAST/10-396          AC P47040.1
#=GS A0A3F2Y2C3_DEKBR/8-390     AC A0A3F2Y2C3.1
#=GS A7RQ22_NEMVE/12-423        AC A7RQ22.1
#=GS A0A3R7P3D4_PENVA/56-447    AC A0A3R7P3D4.1
#=GS A0A2K6U5F3_SAIBB/39-129    AC A0A2K6U5F3.1
#=GS F0Y5L8_AURAN/1-360         AC F0Y5L8.1
#=GS A0A316UDB4_9BASI/60-501    AC A0A316UDB4.1
#=GS C3YPX5_BRAFL/73-226        AC C3YPX5.1
#=GS A0A6I8PMW8_ORNAN/39-114    AC A0A6I8PMW8.1
#=GS A0A433PUL8_9FUNG/314-459   AC A0A433PUL8.1
#=GS A0A2C5Y171_9HYPO/42-443    AC A0A2C5Y171.1
#=GS A0A151ZK75_9MYCE/12-410    AC A0A151ZK75.1
#=GS A0A179IAH7_CORDF/2-199     AC A0A179IAH7.1
#=GS K0KYB0_WICCF/8-379         AC K0KYB0.1
#=GS A0A0B2VWK7_TOXCA/298-414   AC A0A0B2VWK7.1
#=GS A8XFR9_CAEBR/16-438        AC A8XFR9.2
#=GS A0A0G4IME0_PLABS/41-249    AC A0A0G4IME0.1
#=GS A0A1E7FPB7_9STRA/98-216    AC A0A1E7FPB7.1
#=GS A0A165L8Z0_9APHY/38-404    AC A0A165L8Z0.1
#=GS A0A3M7A057_HORWE/32-435    AC A0A3M7A057.1
#=GS A0A4W2BQF2_BOBOX/39-192    AC A0A4W2BQF2.1
#=GS A0A6J3PYT3_TURTR/37-435    AC A0A6J3PYT3.1
#=GS A0A0L0CK96_LUCCU/30-237    AC A0A0L0CK96.1
#=GS A0A3M6UF93_9CNID/1-129     AC A0A3M6UF93.1
#=GS A0A3M6UD97_9CNID/30-417    AC A0A3M6UD97.1
#=GS A0A0M3K915_ANISI/166-237   AC A0A0M3K915.1
#=GS A0A2P6TP97_CHLSO/16-489    AC A0A2P6TP97.1
#=GS A0A2G5VLS9_9PELO/1-131     AC A0A2G5VLS9.1
#=GS A0A444TLU8_ARMVU/65-471    AC A0A444TLU8.1
#=GS A0A2N5W3P7_9BASI/74-474    AC A0A2N5W3P7.1
#=GS A0A409YSG4_9AGAR/48-475    AC A0A409YSG4.1
#=GS A0A384AGG8_BALAS/39-437    AC A0A384AGG8.1
#=GS A0A1J7IEJ7_9PEZI/41-443    AC A0A1J7IEJ7.1
#=GS V5DU41_TRYCR/23-537        AC V5DU41.1
#=GS A0A3Q2V9J1_HAPBU/12-371    AC A0A3Q2V9J1.1
#=GS A0A0F0HYC1_ASPPU/1-337     AC A0A0F0HYC1.1
#=GS A0A2K5E7X4_AOTNA/236-374   AC A0A2K5E7X4.1
#=GS A0A643C3P1_BALPH/62-425    AC A0A643C3P1.1
#=GS A0A2I2UG61_FELCA/276-418   AC A0A2I2UG61.2
#=GS W6U3W7_ECHGR/17-432        AC W6U3W7.1
#=GS A0A2I3S4S3_PANTR/1-263     AC A0A2I3S4S3.1
#=GS A0A550CSB4_9AGAR/9-501     AC A0A550CSB4.1
#=GS U4UQF4_DENPD/34-404        AC U4UQF4.1
#=GS A0A5G2QHZ5_PIG/39-276      AC A0A5G2QHZ5.1
#=GS A0A2K6PS96_RHIRO/39-413    AC A0A2K6PS96.1
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