GenomeNet

Database: Pfam
Entry: Cas9_a
LinkDB: Cas9_a
Original site: Cas9_a 
#=GF ID   Cas9_a
#=GF AC   PF18470.3
#=GF DE   Cas9 alpha-helical lobe domain
#=GF AU   El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF SE   ECOD:EUF01762
#=GF GA   26.90 26.90;
#=GF TC   26.90 26.90;
#=GF NC   26.80 26.80;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF CL   CL0693
#=GF RN   [1]
#=GF RM   24505130
#=GF RT   Structures of Cas9 endonucleases reveal RNA-mediated
#=GF RT   conformational activation.
#=GF RA   Jinek M, Jiang F, Taylor DW, Sternberg SH, Kaya E, Ma E, Anders
#=GF RA   C, Hauer M, Zhou K, Lin S, Kaplan M, Iavarone AT, Charpentier E,
#=GF RA   Nogales E, Doudna JA;
#=GF RL   Science. 2014;343:1247997.
#=GF DR   INTERPRO; IPR040619;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   This is an alpha-helical lobe domain found in Cas9 proteins.
#=GF CC   Cas9 enzymes adopt a bilobed architecture composed of a nuclease
#=GF CC   lobe containing juxtaposed RuvC and HNH nuclease domains and a
#=GF CC   variable alpha-helical lobe likely to be involved in nucleic
#=GF CC   acid binding. Amino acid residues located in both the nuclease
#=GF CC   and alpha-helical lobe clefts are highly conserved within type
#=GF CC   II-A Cas9 proteins [1].
#=GF SQ   263
#=GS A0A6I1GJF2_9BIFI/192-416  AC A0A6I1GJF2.1
#=GS W5IIZ2_SCAIO/262-490      AC W5IIZ2.1
#=GS Q1QGC9_NITHX/316-482      AC Q1QGC9.1
#=GS A0A087A6R2_9BIFI/249-473  AC A0A087A6R2.1
#=GS N9W911_9CLOT/242-423      AC N9W911.1
#=GS A0A0J7LLX7_9FLAO/250-344  AC A0A0J7LLX7.1
#=GS A0A401UFK2_9BACT/291-432  AC A0A401UFK2.1
#=GS A0A1H2DWT0_9ACTO/244-465  AC A0A1H2DWT0.1
#=GS A0A0U2W148_9RHOB/251-441  AC A0A0U2W148.1
#=GS A0A2P8HL74_9BACI/231-402  AC A0A2P8HL74.1
#=GS E3CY56_9BACT/239-441      AC E3CY56.1
#=GS A0A1W6LLZ3_9BACT/223-422  AC A0A1W6LLZ3.1
#=GS A3ZPG1_9BACT/241-426      AC A3ZPG1.1
#=GS A0A345WMB5_9SPHN/254-436  AC A0A345WMB5.1
#=GS F9Q210_STROR/253-447      AC F9Q210.1
#=GS R6VIK8_9BACT/176-294      AC R6VIK8.1
#=GS A0A264Y3N9_9BACT/252-457  AC A0A264Y3N9.1
#=GS E8LGQ1_9FIRM/248-405      AC E8LGQ1.1
#=GS A0A3S0PVS3_9FLAO/339-454  AC A0A3S0PVS3.1
#=GS N9WET2_9CLOT/242-426      AC N9WET2.1
#=GS A0A0R2AL66_9LACO/258-463  AC A0A0R2AL66.1
#=GS W4VJ47_9BACI/68-266       AC W4VJ47.1
#=GS R5Y7W7_9FIRM/252-387      AC R5Y7W7.1
#=GS A0A1I3B7H6_9PLAN/258-404  AC A0A1I3B7H6.1
#=GS A0A5C5XWT0_9BACT/276-389  AC A0A5C5XWT0.1
#=GS A0A151APJ0_9CLOT/242-410  AC A0A151APJ0.1
#=GS A0A1Q5Q1I4_9ACTO/243-460  AC A0A1Q5Q1I4.1
#=GS A0A417CJQ0_9FIRM/235-432  AC A0A417CJQ0.1
#=GS A0A380U1Z1_9PAST/240-418  AC A0A380U1Z1.1
#=GS A0A1U9JTZ3_9RHIZ/264-453  AC A0A1U9JTZ3.1
#=GS A0A448TRY8_9PAST/250-427  AC A0A448TRY8.1
#=GS A0A142WV29_9PLAN/293-497  AC A0A142WV29.1
#=GS A0A0M2UQF4_9BACT/270-380  AC A0A0M2UQF4.1
#=GS B1BZW1_9FIRM/246-442      AC B1BZW1.1
#=GS A0A0F6QV12_9CORY/251-470  AC A0A0F6QV12.1
#=GS A0A1M4WUM9_9BACT/246-339  AC A0A1M4WUM9.1
#=GS A0A1M5J1T7_9FLAO/344-445  AC A0A1M5J1T7.1
#=GS A5Z395_9FIRM/250-454      AC A5Z395.1
#=GS A0A3P1XJS0_9BURK/254-442  AC A0A3P1XJS0.1
#=GS A0A1P8WMF3_9PLAN/258-457  AC A0A1P8WMF3.1
#=GS A6VLA7_ACTSZ/237-422      AC A6VLA7.1
#=GS A0A1T2L213_9GAMM/1-165    AC A0A1T2L213.1
#=GS A0A1W1Z176_9LACT/249-340  AC A0A1W1Z176.1
#=GS E6KTN8_9ACTO/293-522      AC E6KTN8.1
#=GS A0A364K8W4_9BACL/232-362  AC A0A364K8W4.1
#=GS R5KSL2_9FIRM/245-442      AC R5KSL2.1
#=GS A0A517TX54_9BACT/267-447  AC A0A517TX54.1
#=GS A0A1I2PT06_9BACT/255-465  AC A0A1I2PT06.1
#=GS A0A3P1VPU1_9MICO/266-483  AC A0A3P1VPU1.1
#=GS F4GDP9_ALIDK/251-369      AC F4GDP9.1
#=GS C4ZA16_AGARV/264-466      AC C4ZA16.1
#=GS A0A1M4USV7_9BURK/252-406  AC A0A1M4USV7.1
#=GS C9LGP5_9BACT/272-410      AC C9LGP5.1
#=GS A0A4Q8RPB0_9BACT/247-362  AC A0A4Q8RPB0.1
#=GS A0A2S6NPG8_RHOGL/232-369  AC A0A2S6NPG8.1
#=GS R7CVK2_9BACE/256-364      AC R7CVK2.1
#=GS A0A413QSG9_9FIRM/245-416  AC A0A413QSG9.1
#=GS A0A316C6U3_PSESE/254-432  AC A0A316C6U3.1
#=GS A0A512DQ20_9PROT/242-377  AC A0A512DQ20.1
#=GS A0A318EL31_9GAMM/245-419  AC A0A318EL31.1
#=GS E1VQA3_9GAMM/247-440      AC E1VQA3.1
#=GS R5W806_9BACT/249-359      AC R5W806.1
#=GS A0A176T602_9FLAO/263-438  AC A0A176T602.1
#=GS A0A3R8RY37_9ACTO/253-474  AC A0A3R8RY37.1
#=GS A0A420XER8_9PAST/247-395  AC A0A420XER8.1
#=GS A0A1H9LTS3_9GAMM/262-486  AC A0A1H9LTS3.1
#=GS A0A345DAX4_9BURK/260-458  AC A0A345DAX4.1
#=GS A0A1H9D582_9RHOB/244-436  AC A0A1H9D582.1
#=GS G6EPE9_STRTR/199-299      AC G6EPE9.1
#=GS A0A447I9V2_9RHIZ/254-386  AC A0A447I9V2.1
#=GS M4R7E0_BIBTR/240-444      AC M4R7E0.1
#=GS A0A3N5C319_9STAP/231-421  AC A0A3N5C319.1
#=GS A0A2T5BWZ5_9RHOB/237-429  AC A0A2T5BWZ5.1
#=GS A0A095Y326_9ACTO/252-474  AC A0A095Y326.1
#=GS A0A0A1VBC9_9BURK/251-361  AC A0A0A1VBC9.1
#=GS A0A099BT78_9BACT/255-380  AC A0A099BT78.1
#=GS A0A5B8B6S9_9RHIZ/216-425  AC A0A5B8B6S9.1
#=GS A0A3E0H8H1_9GAMM/234-405  AC A0A3E0H8H1.1
#=GS R7A6L3_9FIRM/237-435      AC R7A6L3.1
#=GS A0A0G3EK96_9BACT/236-430  AC A0A0G3EK96.1
#=GS A0A1U9NI86_9BACT/249-447  AC A0A1U9NI86.1
#=GS A0A096BCZ5_9BURK/263-423  AC A0A096BCZ5.1
#=GS A0A1X7MXL1_9LACT/252-441  AC A0A1X7MXL1.1
#=GS D5ESN1_PRER2/248-461      AC D5ESN1.1
#=GS A0A1Q5PL82_9ACTO/224-445  AC A0A1Q5PL82.1
#=GS A0A4R3JZ21_9PROT/239-432  AC A0A4R3JZ21.1
#=GS A0A1T0B6J6_9PAST/247-418  AC A0A1T0B6J6.1
#=GS V2Q0I9_9BACT/239-448      AC V2Q0I9.1
#=GS A0A2G4YRY6_9PROT/246-426  AC A0A2G4YRY6.1
#=GS A0A1T4LZF3_9SPIO/235-423  AC A0A1T4LZF3.1
#=GS A0A1G9X1C3_9ACTO/241-454  AC A0A1G9X1C3.1
#=GS A0A0R1J9U0_9LACO/260-420  AC A0A0R1J9U0.1
#=GS M4V7E7_9PROT/231-426      AC M4V7E7.1
#=GS A0A2M9HGW5_9BIFI/255-479  AC A0A2M9HGW5.1
#=GS Q2RX87_RHORT/259-473      AC Q2RX87.1
#=GS A0A4R1QIZ8_9BACI/232-359  AC A0A4R1QIZ8.1
#=GS J2WFY6_9SPHN/258-413      AC J2WFY6.1
#=GS CAS9_CORDI/239-458        AC Q6NKI3.1
#=GS CAS9_CORDI/239-458        DR PDB; 6JOO A; 239-458;
#=GS Q1QJJ4_NITHX/267-431      AC Q1QJJ4.1
#=GS A0A0B4XGV6_9GAMM/162-376  AC A0A0B4XGV6.1
#=GS A0A379MP40_9BACT/249-342  AC A0A379MP40.1
#=GS A0A2S5REF1_9MOLU/237-452  AC A0A2S5REF1.1
#=GS A0A0Q7HTH3_9RHIZ/247-362  AC A0A0Q7HTH3.1
#=GS A0A3M6QH12_9BURK/255-441  AC A0A3M6QH12.1
#=GS A0A2N6UX38_9ACTO/264-486  AC A0A2N6UX38.1
#=GS A0A1H2XHZ8_9BACL/275-442  AC A0A1H2XHZ8.1
#=GS A0A0J0YQ19_9NEIS/249-385  AC A0A0J0YQ19.1
#=GS W5Y2L4_9CORY/242-461      AC W5Y2L4.1
#=GS A0A517TA75_9BACT/259-451  AC A0A517TA75.1
#=GS A0A495KP51_9FLAO/336-465  AC A0A495KP51.1
#=GS S3JXQ0_TREMA/248-441      AC S3JXQ0.1
#=GS A0A4R2P5Y2_RHOSA/173-371  AC A0A4R2P5Y2.1
#=GS A0A483APP8_9BACT/255-432  AC A0A483APP8.1
#=GS E0DGS4_9CORY/244-463      AC E0DGS4.1
#=GS A0A1Q2D796_9ENTE/253-357  AC A0A1Q2D796.1
#=GS A0A1K1NDA4_9PROT/251-410  AC A0A1K1NDA4.1
#=GS Q20XX4_RHOPB/247-398      AC Q20XX4.1
#=GS A0A2M8S290_9PAST/247-415  AC A0A2M8S290.1
#=GS A0A317EBX5_9PROT/227-348  AC A0A317EBX5.1
#=GS A0A4Q3Y4G2_9RHOB/250-428  AC A0A4Q3Y4G2.1
#=GS A0A1I0DP26_9FIRM/236-430  AC A0A1I0DP26.1
#=GS A8AY02_STRGC/253-377      AC A8AY02.1
#=GS A0A1W7MBU9_9SPHN/234-383  AC A0A1W7MBU9.1
#=GS A0A4V3B847_9RHOB/263-451  AC A0A4V3B847.1
#=GS A0A0R2BA06_LACCL/252-437  AC A0A0R2BA06.1
#=GS A0A2T0XFI4_9PROT/247-434  AC A0A2T0XFI4.1
#=GS A0A545TP29_9PROT/248-396  AC A0A545TP29.1
#=GS A0A1M4T2N7_9FIRM/247-367  AC A0A1M4T2N7.1
#=GS A0A430FRV1_9BIFI/256-481  AC A0A430FRV1.1
#=GS A0A1A9FXI0_9RHIZ/254-372  AC A0A1A9FXI0.1
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#=GS A0A6I0FGN0_9CORY/250-474  AC A0A6I0FGN0.1
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#=GS D4IZM9_BUTFI/250-383      AC D4IZM9.1
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#=GS A0A1G6KK68_9BACI/233-378  AC A0A1G6KK68.1
#=GS A0A4Y1ZHU8_9BACL/96-220   AC A0A4Y1ZHU8.1
#=GS V9H606_9NEIS/238-419      AC V9H606.1
#=GS A0A4R6UK41_9GAMM/252-371  AC A0A4R6UK41.1
#=GS A0A2U1JYI5_9BACI/235-435  AC A0A2U1JYI5.1
#=GS A7HP89_PARL1/231-440      AC A7HP89.1
#=GS A0A417NI48_9FIRM/260-409  AC A0A417NI48.1
#=GS K1LQN8_9LACT/255-520      AC K1LQN8.1
#=GS M4S2X5_9SPHN/234-346      AC M4S2X5.1
#=GS A0A1M6HN92_9CLOT/242-425  AC A0A1M6HN92.1
#=GS A0A4R4DK86_9PROT/231-335  AC A0A4R4DK86.1
#=GS A0LWB3_ACIC1/257-478      AC A0LWB3.1
#=GS I3TWJ0_TISMK/236-307      AC I3TWJ0.1
#=GS A0A5B8NRZ4_9CORY/251-475  AC A0A5B8NRZ4.1
#=GS A0A4Y7X3D6_9BACT/224-335  AC A0A4Y7X3D6.1
#=GS U1GXL8_TRESO/248-442      AC U1GXL8.1
#=GS A0A397PA02_9SPHN/250-372  AC A0A397PA02.1
#=GS A0A3M0CDW8_9PROT/269-417  AC A0A3M0CDW8.1
#=GS A0A6I5YS32_9SPHN/264-424  AC A0A6I5YS32.1
#=GS A0A0T0PVC7_9SPHN/231-404  AC A0A0T0PVC7.1
#=GS Z4WS20_9PORP/284-405      AC Z4WS20.1
#=GS A0A3A9AXD7_9BACT/320-556  AC A0A3A9AXD7.1
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#=GS Q5M542_STRT2/253-502      AC Q5M542.1
#=GS D5BR51_PUNMI/232-433      AC D5BR51.1
#=GS A0A178N1Y8_9PROT/234-374  AC A0A178N1Y8.1
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#=GS W0A9N2_9SPHN/250-409      AC W0A9N2.1
#=GS A0A239J842_9MICO/244-464  AC A0A239J842.1
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#=GS A0A4R8MGP6_9BACT/237-388  AC A0A4R8MGP6.1
#=GS A0A518APU9_9BACT/144-352  AC A0A518APU9.1
#=GS D2QAN9_BIFDB/260-484      AC D2QAN9.1
#=GS A0A563CRF2_9BACT/258-473  AC A0A563CRF2.1
#=GS A0A1W9N9R1_9SPIO/252-361  AC A0A1W9N9R1.1
#=GS U7MRZ6_9CORY/256-475      AC U7MRZ6.1
#=GS K0YTG1_9ACTO/264-484      AC K0YTG1.1
#=GS A0A418USS3_9ACTO/241-454  AC A0A418USS3.1
#=GS F2B8K0_9NEIS/249-398      AC F2B8K0.1
#=GS A0A2V4A3Z1_9BACT/369-478  AC A0A2V4A3Z1.1
#=GS L1NSG8_9NEIS/249-363      AC L1NSG8.1
#=GS A0A3G3GVJ0_9BACT/259-414  AC A0A3G3GVJ0.1
#=GS A0A263HCH5_9PAST/247-385  AC A0A263HCH5.1
#=GS A0A1V0PWS4_9RHOB/175-349  AC A0A1V0PWS4.1
#=GS A0A1G9C575_9BACI/236-424  AC A0A1G9C575.1
#=GS A8LN05_DINSH/255-427      AC A8LN05.1
#=GS A0A5N5RHT9_9BIFI/241-466  AC A0A5N5RHT9.1
#=GS R5QL13_9PROT/242-436      AC R5QL13.1
#=GS A0A1N7IX34_9PROT/260-474  AC A0A1N7IX34.1
#=GS A0A231V279_9RHIZ/258-410  AC A0A231V279.1
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