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Database: Pfam
Entry: DUF87
LinkDB: DUF87
Original site: DUF87 
#=GF ID   DUF87
#=GF AC   PF01935.19
#=GF DE   Helicase HerA, central domain
#=GF AU   Enright A;0000-0002-6090-3100
#=GF AU   Ouzounis C;0000-0002-0086-8657
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU   El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF SE   Enright A
#=GF GA   23.20 23.20;
#=GF TC   23.20 23.20;
#=GF NC   23.10 23.10;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF WK   Domain_of_unknown_function
#=GF CL   CL0023
#=GF RN   [1]
#=GF RM   14990749
#=GF RT   A bipolar DNA helicase gene, herA, clusters with rad50, mre11
#=GF RT   and nurA genes in thermophilic archaea.
#=GF RA   Constantinesco F, Forterre P, Koonin EV, Aravind L, Elie C;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2004;32:1439-1447.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   25880130
#=GF RT   Efficient 5'-3' DNA end resection by HerA and NurA is essential
#=GF RT   for cell viability in the crenarchaeon Sulfolobus islandicus.
#=GF RA   Huang Q, Liu L, Liu J, Ni J, She Q, Shen Y;
#=GF RL   BMC Mol Biol. 2015;16:2.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   25420454
#=GF RT   Structure of the hexameric HerA ATPase reveals a mechanism of
#=GF RT   translocation-coupled DNA-end processing in archaea.
#=GF RA   Rzechorzek NJ, Blackwood JK, Bray SM, Maman JD, Pellegrini L,
#=GF RA   Robinson NP;
#=GF RL   Nat Commun. 2014;5:5506.
#=GF DR   INTERPRO; IPR002789;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   This entry represents the central domain found in archaeal
#=GF CC   proteins such as DNA double-strand break repair helicase HerA
#=GF CC   (EC:3.6.4.12). HerA is a helicase which is able to utilise
#=GF CC   either 3' or 5' single-stranded DNA extensions for loading and
#=GF CC   subsequent DNA duplex unwinding [1]. It forms a complex with
#=GF CC   NurA nuclease, this complex has the 5'-3' DNA end resection
#=GF CC   activity and is essential for cell viability in the crenarchaeon
#=GF CC   Sulfolobus islandicus [2]. This domain includes the the central
#=GF CC   RecA-like catalytic core and a flanking four-helix bundle [3].
#=GF CC   The function of this prokaryotic domain is unknown. It contains
#=GF CC   several conserved aspartates and histidines that could be metal
#=GF CC   ligands.
#=GF SQ   4515
#=GS C0QM56_DESAH/646-790        AC C0QM56.1
#=GS A0A5R8KHJ0_9BACT/28-124     AC A0A5R8KHJ0.1
#=GS A0A558RDB3_9SPHN/137-433    AC A0A558RDB3.1
#=GS A0A3S0SFI9_9SPHN/18-127     AC A0A3S0SFI9.1
#=GS A0A094WKH4_ALKAL/152-371    AC A0A094WKH4.1
#=GS Q0REG8_FRAAA/723-977        AC Q0REG8.1
#=GS A0A4S5JMU0_9RHIZ/5-121      AC A0A4S5JMU0.1
#=GS S1NHW5_9ENTE/145-456        AC S1NHW5.1
#=GS A8AAG5_IGNH4/149-416        AC A8AAG5.1
#=GS A0A401ZTY8_9CHLR/162-394    AC A0A401ZTY8.1
#=GS A0A2T8FDI9_9ACTN/135-333    AC A0A2T8FDI9.1
#=GS Q0RMG0_FRAAA/1421-1622      AC Q0RMG0.1
#=GS A0A367QDG0_9NOSO/161-397    AC A0A367QDG0.1
#=GS M1NI49_DESSD/152-383        AC M1NI49.1
#=GS A0A202DGD8_9ARCH/3872-4035  AC A0A202DGD8.1
#=GS B8D4J9_DESA1/259-500        AC B8D4J9.1
#=GS Q180I9_CLOD6/221-358        AC Q180I9.1
#=GS A0A0U3DXT0_9BURK/189-332    AC A0A0U3DXT0.1
#=GS A0A3A4KJN7_9NOCA/626-735    AC A0A3A4KJN7.1
#=GS A0A1H1HVM3_9ACTN/689-940    AC A0A1H1HVM3.1
#=GS A0A5Q0UG17_9ARCH/23-266     AC A0A5Q0UG17.1
#=GS J6UH45_9RHOB/128-376        AC J6UH45.1
#=GS Q8TXI2_METKA/132-367        AC Q8TXI2.1
#=GS D3S2Y4_FERPA/171-417        AC D3S2Y4.1
#=GS A0A2T1DQC5_9CYAN/153-378    AC A0A2T1DQC5.1
#=GS L0AAB3_CALLD/140-344        AC L0AAB3.1
#=GS A0A1M5VN44_9FIRM/152-391    AC A0A1M5VN44.1
#=GS A0A0P6WTD3_9CHLR/7-130      AC A0A0P6WTD3.1
#=GS U2E6M1_9FIRM/241-382        AC U2E6M1.1
#=GS A0A1W2A9R3_9RHIZ/147-388    AC A0A1W2A9R3.1
#=GS A0A542DHC6_9PSEU/618-871    AC A0A542DHC6.1
#=GS A0A1P8XG82_9MYCO/642-884    AC A0A1P8XG82.1
#=GS A0A369TD63_9PROT/120-355    AC A0A369TD63.1
#=GS A0A3A8YR39_9BACT/419-634    AC A0A3A8YR39.1
#=GS A0A0Q7Y9X0_9RHIZ/147-388    AC A0A0Q7Y9X0.1
#=GS A0A0Q8IKK0_9RHIZ/5-117      AC A0A0Q8IKK0.1
#=GS A0A315XNF7_9EURY/120-326    AC A0A315XNF7.1
#=GS T2KLP9_FORAG/151-444        AC T2KLP9.1
#=GS A0A6A7L2X1_9BACT/130-218    AC A0A6A7L2X1.1
#=GS A0A2R4ZPT9_9CREN/143-347    AC A0A2R4ZPT9.1
#=GS A0A0N1C5W7_9SPHN/5-116      AC A0A0N1C5W7.1
#=GS A0A255Z8S7_9FLAO/161-389    AC A0A255Z8S7.1
#=GS A0A0N9YC94_MYCFO/634-883    AC A0A0N9YC94.1
#=GS A0A364RJQ0_9BACT/193-437    AC A0A364RJQ0.1
#=GS G2III3_SPHSK/5-118          AC G2III3.1
#=GS A0A552A926_MICAE/174-410    AC A0A552A926.1
#=GS R5SYR6_9CLOT/122-344        AC R5SYR6.1
#=GS L9VG89_9EURY/316-598        AC L9VG89.1
#=GS A0A5Q3L4Z5_9BACT/160-426    AC A0A5Q3L4Z5.1
#=GS A0A417CFR6_9FIRM/444-626    AC A0A417CFR6.1
#=GS A0A137SQM0_9FIRM/153-388    AC A0A137SQM0.1
#=GS I4BEE5_MYCCN/631-884        AC I4BEE5.1
#=GS A0A218NMB2_9ARCH/10-161     AC A0A218NMB2.1
#=GS Q9YA45_AERPE/195-356        AC Q9YA45.1
#=GS A0A2H5VBI6_9ARCH/22-256     AC A0A2H5VBI6.1
#=GS A0A1Q8EAN7_9STRE/429-644    AC A0A1Q8EAN7.1
#=GS A0A5B9D7Y6_9ARCH/120-352    AC A0A5B9D7Y6.1
#=GS G0EE77_PYRF1/144-400        AC G0EE77.1
#=GS A0A6I5YST7_9SPHN/16-123     AC A0A6I5YST7.1
#=GS A0A143Q4T1_9NOCA/634-889    AC A0A143Q4T1.1
#=GS A0A369AUU7_9FIRM/1354-1583  AC A0A369AUU7.1
#=GS A0A0Q8V3E5_9MICO/183-227    AC A0A0Q8V3E5.1
#=GS E0MQ29_9RHOB/303-544        AC E0MQ29.1
#=GS A0A1M5RJ03_9FLAO/429-692    AC A0A1M5RJ03.1
#=GS A0A285BHA7_9FIRM/136-414    AC A0A285BHA7.1
#=GS A0A6A9SPJ5_9EURY/211-454    AC A0A6A9SPJ5.1
#=GS A0A6C7E9L6_ILUCY/17-103     AC A0A6C7E9L6.1
#=GS A0A252E7D7_9NOSO/1-113      AC A0A252E7D7.1
#=GS V5C373_9GAMM/134-384        AC V5C373.1
#=GS A0A1L3JEC3_9SPHN/138-372    AC A0A1L3JEC3.1
#=GS A0A1J0KWJ9_9GAMM/177-397    AC A0A1J0KWJ9.1
#=GS A0A0Q9I7R2_9BRAD/5-120      AC A0A0Q9I7R2.1
#=GS A0A5C5X8N1_9BACT/128-242    AC A0A5C5X8N1.1
#=GS A0A0D8HJ37_9ACTN/56-261     AC A0A0D8HJ37.1
#=GS T0MVG9_9EURY/20-117         AC T0MVG9.1
#=GS A0A380C3C9_SPOPA/1380-1594  AC A0A380C3C9.1
#=GS A0A1G9MSE3_9FIRM/138-359    AC A0A1G9MSE3.1
#=GS A1VQ79_POLNA/436-489        AC A1VQ79.1
#=GS A0A133VLR7_9EURY/27-281     AC A0A133VLR7.1
#=GS C0QIK7_DESAH/138-414        AC C0QIK7.1
#=GS U5QJX1_9CYAN/152-388        AC U5QJX1.1
#=GS A0A3A5FL13_9DELT/251-581    AC A0A3A5FL13.1
#=GS A0A1H6VVA2_9EURY/172-388    AC A0A1H6VVA2.1
#=GS A0A1M4YMT8_9FIRM/238-414    AC A0A1M4YMT8.1
#=GS A0A0U5H7K3_9EURY/26-503     AC A0A0U5H7K3.1
#=GS A0A1B6ZDP3_9SPHN/5-122      AC A0A1B6ZDP3.1
#=GS A0A0S9N6X3_9BURK/139-440    AC A0A0S9N6X3.1
#=GS A0A542AQH7_9CLOT/455-562    AC A0A542AQH7.1
#=GS A0A4R6FUG0_9SPHN/151-385    AC A0A4R6FUG0.1
#=GS A0A2K8NUC8_9MOLU/130-378    AC A0A2K8NUC8.1
#=GS A0A366DHD5_9NOCA/761-1012   AC A0A366DHD5.1
#=GS U5VSJ8_9ACTN/636-890        AC U5VSJ8.1
#=GS A0A0M8JQ55_9CHLR/159-409    AC A0A0M8JQ55.1
#=GS A0A5P9QHT4_9MICO/5-221      AC A0A5P9QHT4.1
#=GS A0A2N7TQD4_9GAMM/1348-1564  AC A0A2N7TQD4.1
#=GS A0A1D7ZUW3_LIMFE/10-267     AC A0A1D7ZUW3.1
#=GS A0A1I4FS59_9PROT/149-439    AC A0A1I4FS59.1
#=GS A0A495RWD2_SPHMI/5-131      AC A0A495RWD2.1
#=GS A0A1I6L724_9EURY/18-100     AC A0A1I6L724.1
#=GS C7QE70_CATAD/257-350        AC C7QE70.1
#=GS A0A5B8B7K6_9RHIZ/142-272    AC A0A5B8B7K6.1
#=GS A0A024KH82_9RHIZ/5-117      AC A0A024KH82.1
#=GS A0A437M4A8_9SPHN/5-118      AC A0A437M4A8.1
#=GS A0A085FFZ4_9BRAD/5-117      AC A0A085FFZ4.1
#=GS U5EI99_NOCAS/104-315        AC U5EI99.1
#=GS D5EAH0_METMS/124-346        AC D5EAH0.1
#=GS A0A372GLQ7_9ACTN/389-517    AC A0A372GLQ7.1
#=GS A0A562Q934_9BACI/152-336    AC A0A562Q934.1
#=GS F4FH08_VERMA/248-360        AC F4FH08.1
#=GS A0A561R1B9_9RHIZ/5-123      AC A0A561R1B9.1
#=GS D8JPI4_HYPDA/696-943        AC D8JPI4.1
#=GS G2IT95_SPHSK/14-158         AC G2IT95.1
#=GS A0A554NAG5_9EURY/237-555    AC A0A554NAG5.1
#=GS A0A328SCF5_9EURY/122-335    AC A0A328SCF5.1
#=GS S4NNJ7_9ACTN/95-339         AC S4NNJ7.1
#=GS A0A1H3D1L3_9FIRM/156-389    AC A0A1H3D1L3.1
#=GS A0A058ZMI6_9RHOB/4-218      AC A0A058ZMI6.1
#=GS T0N095_9EURY/110-302        AC T0N095.1
#=GS A0A1U7EVU8_NATPD/6-164      AC A0A1U7EVU8.1
#=GS W0EAG3_9FIRM/1342-1574      AC W0EAG3.1
#=GS W7KX99_9CREN/156-467        AC W7KX99.1
#=GS A0A1V3NCR7_9GAMM/247-358    AC A0A1V3NCR7.1
#=GS G8AH70_AZOBR/5-125          AC G8AH70.1
#=GS A0A1E5UDY3_9FLAO/133-418    AC A0A1E5UDY3.1
#=GS A0A2S7U517_9BACT/28-316     AC A0A2S7U517.1
#=GS A0A285BJN8_9FIRM/130-363    AC A0A285BJN8.1
#=GS A0A0D7EIB6_RHOPL/149-410    AC A0A0D7EIB6.1
#=GS V7HSP8_9LACO/5-253          AC V7HSP8.1
#=GS A0A5N8YVG1_9CHLR/148-387    AC A0A5N8YVG1.1
#=GS Q6N877_RHOPA/126-372        AC Q6N877.1
#=GS A0A518HAP5_9BACT/255-343    AC A0A518HAP5.1
#=GS A0A3F2U6K5_9RHIZ/241-369    AC A0A3F2U6K5.1
#=GS C9P102_VIBME/446-704        AC C9P102.1
#=GS R6UB78_9FIRM/431-610        AC R6UB78.1
#=GS F4CWN1_PSEUX/423-533        AC F4CWN1.1
#=GS K8GGI7_9CYAN/661-916        AC K8GGI7.1
#=GS A0A1V1RGN3_9ACTN/181-356    AC A0A1V1RGN3.1
#=GS A0A0Q7DY79_9RHIZ/5-118      AC A0A0Q7DY79.1
#=GS A0A1K1SYI3_9BACT/133-433    AC A0A1K1SYI3.1
#=GS A0A1V2EWS2_9SPHN/5-120      AC A0A1V2EWS2.1
#=GS A8L3G3_FRASN/483-592        AC A8L3G3.1
#=GS A0A1W2FPT4_9PSEU/421-526    AC A0A1W2FPT4.1
#=GS W3REZ5_9BRAD/127-373        AC W3REZ5.1
#=GS A0A4R8R3K9_9MYCO/358-603    AC A0A4R8R3K9.1
#=GS B8GIL6_METPE/137-385        AC B8GIL6.1
#=GS A0A2K3UWE9_9DEIO/10-115     AC A0A2K3UWE9.1
#=GS A0A180FL20_9BACT/1-253      AC A0A180FL20.1
#=GS G0L3I0_ZOBGA/150-443        AC G0L3I0.1
#=GS A0A1S9CST6_9FIRM/406-646    AC A0A1S9CST6.1
#=GS A0A1C2DD12_9RHIZ/1-177      AC A0A1C2DD12.1
#=GS A0A2L0AFA8_9SPHN/5-123      AC A0A2L0AFA8.1
#=GS A0A2Z5ED73_9SPHN/5-123      AC A0A2Z5ED73.1
#=GS A0A1G7UM21_9RHIZ/120-355    AC A0A1G7UM21.1
#=GS A0A5P8ZMJ3_9MYCO/248-352    AC A0A5P8ZMJ3.1
#=GS A0A2T0MP33_9ACTN/635-891    AC A0A2T0MP33.1
#=GS R5HRQ7_9MOLU/103-440        AC R5HRQ7.1
#=GS A0A133UEI0_9EURY/135-333    AC A0A133UEI0.1
#=GS A0A1M7Y4H4_9DELT/14-116     AC A0A1M7Y4H4.1
#=GS A0A178MPR2_9PROT/5-116      AC A0A178MPR2.1
#=GS W0JJ39_9EURY/249-493        AC W0JJ39.1
#=GS A0A413G8U6_9FIRM/229-405    AC A0A413G8U6.1
#=GS A0A3A1Y225_9PAST/152-447    AC A0A3A1Y225.1
#=GS A0A0F7KNR3_9SPHN/5-109      AC A0A0F7KNR3.1
#=GS A0A0M2PVJ6_PROHO/156-381    AC A0A0M2PVJ6.1
#=GS A0A387BEL4_9MICO/143-372    AC A0A387BEL4.1
#=GS A0A073CDR3_PLAAG/183-419    AC A0A073CDR3.1
#=GS A0A243SEE2_9FLAO/130-389    AC A0A243SEE2.1
#=GS A0A1H5ZLW9_9ACTN/309-422    AC A0A1H5ZLW9.1
#=GS A0A0K8PB84_9CHLR/150-390    AC A0A0K8PB84.1
#=GS A0A2C6WE21_NOSLI/171-407    AC A0A2C6WE21.1
#=GS A2BJQ8_HYPBU/149-433        AC A2BJQ8.1
#=GS A0A2U9IF07_9CREN/156-430    AC A0A2U9IF07.1
#=GS A0A518S9A5_9EURY/16-137     AC A0A518S9A5.1
#=GS A0A062V376_9EURY/128-350    AC A0A062V376.1
#=GS Q9YFN0_AERPE/207-338        AC Q9YFN0.1
#=GS W4UZB7_9BACE/173-442        AC W4UZB7.1
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#=GS A0A2P8DEV2_9ACTN/183-426    AC A0A2P8DEV2.1
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