#=GF ID Nuc_recep-AF1
#=GF AC PF11825.13
#=GF DE Nuclear/hormone receptor activator site AF-1
#=GF PI DUF3345;
#=GF AU Assefa S;0000-0003-2178-533X
#=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF SE PFAM-B_3322 (release 23.0)
#=GF GA 27.30 27.30;
#=GF TC 27.30 27.40;
#=GF NC 27.20 27.20;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 81514348 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 12893880
#=GF RT Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular
#=GF RT strategies for transcriptional activation.
#=GF RA Warnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson JA;
#=GF RL Mol Endocrinol. 2003;17:1901-1909.
#=GF RN [2]
#=GF RM 19321449
#=GF RT TIF1beta/KAP-1 is a coactivator of the orphan nuclear receptor
#=GF RT NGFI-B/Nur77.
#=GF RA Rambaud J, Desroches J, Balsalobre A, Drouin J;
#=GF RL J Biol Chem. 2009;284:14147-14156.
#=GF DR INTERPRO; IPR021780;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC Nuclear receptors (NRs) are a family of ligand-inducible
#=GF CC transcription factors, and, like other transcription factors,
#=GF CC they contain a distinct DNA binding domain that allows for
#=GF CC target gene recognition and several activation domains that
#=GF CC possess the ability to activate transcription [1]. One of these
#=GF CC activation domains is at the N-terminal, although there are two
#=GF CC distinct motifs within this domain, between residues 20-36 and
#=GF CC between 74 and the end of this domain, which are the binding
#=GF CC regions. One of the co-activators is TIF1beta, which appears to
#=GF CC bind at the first motif [2].
#=GF SQ 2855
#=GS A0A674ACE7_SALTR/85-194 AC A0A674ACE7.1
#=GS A0A2I4B8V7_AUSLI/2-84 AC A0A2I4B8V7.1
#=GS A0A8C5ADU6_GADMO/57-165 AC A0A8C5ADU6.1
#=GS A0A3P8T6B4_AMPPE/6-120 AC A0A3P8T6B4.1
#=GS A0A8C9A7H9_PROSS/21-134 AC A0A8C9A7H9.1
#=GS A0A3B3HYS2_ORYLA/2-86 AC A0A3B3HYS2.1
#=GS A0A9D3QHB4_MEGAT/14-128 AC A0A9D3QHB4.1
#=GS M7BEE2_CHEMY/1-82 AC M7BEE2.1
#=GS A0A091I2E2_CALAN/9-117 AC A0A091I2E2.1
#=GS A0A6J2QM53_COTGO/7-120 AC A0A6J2QM53.1
#=GS A0A060YBA0_ONCMY/1-116 AC A0A060YBA0.1
#=GS A0A672I3Q9_SALFA/3-104 AC A0A672I3Q9.1
#=GS A0A674IUK1_TERCA/24-137 AC A0A674IUK1.1
#=GS A0A2K6NM51_RHIRO/25-134 AC A0A2K6NM51.1
#=GS A0A4W5N6U8_9TELE/29-80 AC A0A4W5N6U8.1
#=GS A0A2I4AR11_AUSLI/56-164 AC A0A2I4AR11.1
#=GS A0A672Z9S4_9TELE/3-84 AC A0A672Z9S4.1
#=GS A0A7L0BF31_9AVES/9-123 AC A0A7L0BF31.1
#=GS A0A8C5QG48_9ANUR/5-114 AC A0A8C5QG48.1
#=GS A0A8C8R7B7_9SAUR/18-132 AC A0A8C8R7B7.1
#=GS A0A8C2WSI0_CYCLU/2-83 AC A0A8C2WSI0.1
#=GS A0A670YT96_PSETE/18-126 AC A0A670YT96.1
#=GS A0A674AYK5_SALTR/10-139 AC A0A674AYK5.1
#=GS A0A060WUU0_ONCMY/1-99 AC A0A060WUU0.1
#=GS A0A852AMV0_CALOR/1-36 AC A0A852AMV0.1
#=GS A0A8C4ZCP6_GADMO/1-81 AC A0A8C4ZCP6.1
#=GS A0A9J8AQ12_CYPCA/53-161 AC A0A9J8AQ12.1
#=GS A0A2Y9E2K7_TRIMA/25-134 AC A0A2Y9E2K7.1
#=GS A0A8C3ZH71_9TELE/1-91 AC A0A8C3ZH71.1
#=GS A0A7K7Y254_THRLU/9-122 AC A0A7K7Y254.1
#=GS A0A8C7KRZ7_ONCKI/2-81 AC A0A8C7KRZ7.1
#=GS A0A7J7EWQ1_DICBM/1-68 AC A0A7J7EWQ1.1
#=GS A0A671P8H4_9TELE/1-96 AC A0A671P8H4.1
#=GS W5LKG1_ASTMX/2-85 AC W5LKG1.2
#=GS A0A7K5JKG0_9TYRA/9-122 AC A0A7K5JKG0.1
#=GS A0A7J7RWN7_PIPKU/1-30 AC A0A7J7RWN7.1
#=GS A0A6P7MAN5_BETSP/27-136 AC A0A6P7MAN5.1
#=GS A0A6I9PY31_9TELE/2-80 AC A0A6I9PY31.1
#=GS A0A674AE29_SALTR/4-110 AC A0A674AE29.1
#=GS S9YJM0_CAMFR/182-229 AC S9YJM0.1
#=GS A0A7L1UKD6_PHANI/9-122 AC A0A7L1UKD6.1
#=GS G1LJ94_AILME/25-134 AC G1LJ94.2
#=GS A0A8C1FSI2_CYPCA/78-184 AC A0A8C1FSI2.1
#=GS A0A3Q1GJL6_9TELE/53-161 AC A0A3Q1GJL6.1
#=GS A0A8C3YZW1_9TELE/66-171 AC A0A8C3YZW1.1
#=GS A0A8C5EQX8_9TELE/2-88 AC A0A8C5EQX8.1
#=GS A0A553P9I8_9TELE/1-85 AC A0A553P9I8.1
#=GS A0A7J7YNP2_PIPKU/2-75 AC A0A7J7YNP2.1
#=GS A0A6P6RJ13_CARAU/5-118 AC A0A6P6RJ13.1
#=GS A0A1S3PYK4_SALSA/19-127 AC A0A1S3PYK4.1
#=GS A0A674N225_TAKRU/7-120 AC A0A674N225.1
#=GS A0A4W6FKV7_LATCA/7-122 AC A0A4W6FKV7.1
#=GS A0A6J3GIL4_SAPAP/1-100 AC A0A6J3GIL4.1
#=GS A0A8C4ZBI4_GADMO/3-106 AC A0A8C4ZBI4.1
#=GS A0A851RL93_TYCCO/1-36 AC A0A851RL93.1
#=GS A0A7K6IHP0_9CORV/9-122 AC A0A7K6IHP0.1
#=GS A0A8C1CXW6_CYPCA/2-86 AC A0A8C1CXW6.2
#=GS A0A803V3T0_FICAL/48-162 AC A0A803V3T0.1
#=GS A0A667YD01_9TELE/2-83 AC A0A667YD01.1
#=GS A0A6I9P985_9TELE/6-120 AC A0A6I9P985.1
#=GS A0A3P8YUL6_ESOLU/2-85 AC A0A3P8YUL6.2
#=GS A0A8U0PNR6_SALNM/5-112 AC A0A8U0PNR6.1
#=GS A0A7N6BB70_ANATE/3-41 AC A0A7N6BB70.1
#=GS A0A8C8LVR5_ONCTS/48-179 AC A0A8C8LVR5.1
#=GS A0A8D2MFR0_ZONAL/22-132 AC A0A8D2MFR0.1
#=GS A0A4W5S0S9_9TELE/6-121 AC A0A4W5S0S9.1
#=GS A0A2K6TB36_SAIBB/24-133 AC A0A2K6TB36.1
#=GS A0A671RA60_9TELE/8-44 AC A0A671RA60.1
#=GS A0A7N6BC81_ANATE/21-128 AC A0A7N6BC81.1
#=GS A0A668SCH9_OREAU/1-93 AC A0A668SCH9.1
#=GS RXRG_CHICK/25-138 AC P28701.1
#=GS A0A8C9E590_PHOSS/25-134 AC A0A8C9E590.1
#=GS A0A671MYJ1_9TELE/8-100 AC A0A671MYJ1.1
#=GS A0A8C2ZLG7_CYCLU/1-32 AC A0A8C2ZLG7.1
#=GS A0A669ELR4_ORENI/37-96 AC A0A669ELR4.1
#=GS A0A1A6GFA2_NEOLE/2-75 AC A0A1A6GFA2.1
#=GS A0A6P9D5A8_PANGU/2-80 AC A0A6P9D5A8.1
#=GS A0A452G8M7_CAPHI/14-123 AC A0A452G8M7.1
#=GS A0A6A5EYB4_PERFL/73-181 AC A0A6A5EYB4.1
#=GS A0A091JNJ5_EGRGA/9-122 AC A0A091JNJ5.1
#=GS A0A8C3BHZ7_CAIMO/11-124 AC A0A8C3BHZ7.1
#=GS A0A2K6RDY7_RHIRO/36-146 AC A0A2K6RDY7.1
#=GS A0A7L1KIM5_HIMHI/18-131 AC A0A7L1KIM5.1
#=GS A0A8C7LE08_ONCKI/1-40 AC A0A8C7LE08.1
#=GS A0A8C5BS80_GADMO/9-115 AC A0A8C5BS80.1
#=GS A0A851AR08_PICGY/9-122 AC A0A851AR08.1
#=GS A0A6P8H4S0_CLUHA/6-127 AC A0A6P8H4S0.1
#=GS A0A7L0EBR8_TROML/18-132 AC A0A7L0EBR8.1
#=GS A0A8C7YV85_9TELE/52-111 AC A0A8C7YV85.1
#=GS A0A8C6WLE5_9GOBI/26-135 AC A0A8C6WLE5.1
#=GS A0A8C5J7T2_JUNHY/22-132 AC A0A8C5J7T2.1
#=GS A0A8C5CSH7_GADMO/9-115 AC A0A8C5CSH7.1
#=GS A0A3S2PBN0_ORYJA/38-107 AC A0A3S2PBN0.1
#=GS A0A1S3QTT3_SALSA/1-32 AC A0A1S3QTT3.1
#=GS A0A7L3QDZ5_9SYLV/9-122 AC A0A7L3QDZ5.1
#=GS A0A669CP73_ORENI/17-68 AC A0A669CP73.1
#=GS A0A9W2XRB6_BETSP/7-116 AC A0A9W2XRB6.1
#=GS A0A452HBK2_9SAUR/1-104 AC A0A452HBK2.1
#=GS A0A671VFJ8_SPAAU/8-47 AC A0A671VFJ8.1
#=GS A0A8D2PZB8_ZOSLA/24-137 AC A0A8D2PZB8.1
#=GS A0A8C7KV60_ONCKI/2-80 AC A0A8C7KV60.1
#=GS A0A7K8P4V9_COCCO/18-132 AC A0A7K8P4V9.1
#=GS A0A2K5M5M0_CERAT/62-172 AC A0A2K5M5M0.1
#=GS A0A7K5KQI6_VIRAL/18-132 AC A0A7K5KQI6.1
#=GS A0A3Q1F9J4_9TELE/40-148 AC A0A3Q1F9J4.1
#=GS A0A6P6LY12_CARAU/5-118 AC A0A6P6LY12.1
#=GS A0A674CVF5_SALTR/2-119 AC A0A674CVF5.1
#=GS A0A6P6QV79_CARAU/1-49 AC A0A6P6QV79.1
#=GS A0A7N6BD18_ANATE/1-95 AC A0A7N6BD18.1
#=GS A0A3P8WY73_CYNSE/19-118 AC A0A3P8WY73.1
#=GS A0A668A082_9TELE/16-123 AC A0A668A082.1
#=GS A0A2K5S3N9_CEBIM/25-134 AC A0A2K5S3N9.1
#=GS A0A060WZU0_ONCMY/1-79 AC A0A060WZU0.1
#=GS A0A7L3JC54_THACH/9-123 AC A0A7L3JC54.1
#=GS A0A9L0RKK6_HORSE/25-107 AC A0A9L0RKK6.1
#=GS A0A3Q4M7C2_NEOBR/1-112 AC A0A3Q4M7C2.1
#=GS A0A4W5KCR0_9TELE/28-137 AC A0A4W5KCR0.1
#=GS A0A498MBI8_LABRO/2-85 AC A0A498MBI8.1
#=GS A0A852FRE8_PEUTA/12-126 AC A0A852FRE8.1
#=GS A0A851W988_CORMO/20-134 AC A0A851W988.1
#=GS A0A8C5P545_JACJA/17-125 AC A0A8C5P545.1
#=GS A0A3P8UB66_AMPPE/27-136 AC A0A3P8UB66.1
#=GS A0A6Q2X8A7_ESOLU/2-83 AC A0A6Q2X8A7.1
#=GS A0A3Q7QQ88_CALUR/25-134 AC A0A3Q7QQ88.1
#=GS A0A8C0UEC7_CYACU/30-144 AC A0A8C0UEC7.1
#=GS A0A7L0RSX5_GLABR/18-131 AC A0A7L0RSX5.1
#=GS A0A7K7DCK6_PHEME/5-116 AC A0A7K7DCK6.1
#=GS A0A668VJD6_OREAU/1-43 AC A0A668VJD6.1
#=GS A0A8J6EQJ5_ELECQ/3-42 AC A0A8J6EQJ5.1
#=GS A0A667IA10_LYNCA/25-134 AC A0A667IA10.1
#=GS A0A4W5RXZ6_9TELE/6-121 AC A0A4W5RXZ6.1
#=GS A0A556TPT0_BAGYA/2-80 AC A0A556TPT0.1
#=GS A0A673IDU0_9TELE/2-42 AC A0A673IDU0.1
#=GS A0A672KLP3_SINGR/12-67 AC A0A672KLP3.1
#=GS F7C094_MONDO/25-138 AC F7C094.1
#=GS A0A7K9VB67_ANSSE/25-138 AC A0A7K9VB67.1
#=GS H2R383_PANTR/25-134 AC H2R383.1
#=GS A0A7K6LZN7_PANBI/9-121 AC A0A7K6LZN7.1
#=GS A0A7K8RM84_9PASS/12-126 AC A0A7K8RM84.1
#=GS A0A8L2Q373_RAT/25-134 AC A0A8L2Q373.1
#=GS A0A8U0PZJ9_SALNM/2-80 AC A0A8U0PZJ9.1
#=GS A0A7K6CQP1_9PASS/9-122 AC A0A7K6CQP1.1
#=GS A0A7L3AYU1_9AVES/22-135 AC A0A7L3AYU1.1
#=GS F6X869_HORSE/25-111 AC F6X869.4
#=GS A0A7K9F0V4_STEPR/18-131 AC A0A7K9F0V4.1
#=GS A0A7K7QFB9_POEAT/23-136 AC A0A7K7QFB9.1
#=GS A0A553N4T1_9TELE/10-116 AC A0A553N4T1.1
#=GS A0A8C8DFU5_ONCTS/62-171 AC A0A8C8DFU5.1
#=GS A0A8J6GIB8_MICOH/575-639 AC A0A8J6GIB8.1
#=GS A0A1S3KZE2_SALSA/93-199 AC A0A1S3KZE2.1
#=GS A0A674CFZ2_SALTR/62-171 AC A0A674CFZ2.1
#=GS A0A8C6X2T4_NAJNA/25-135 AC A0A8C6X2T4.1
#=GS A0A7L0NIY0_9PASS/18-131 AC A0A7L0NIY0.1
#=GS A0A3P8TQP7_AMPPE/5-120 AC A0A3P8TQP7.1
#=GS A0A485MLQ3_LYNPA/25-134 AC A0A485MLQ3.1
#=GS A0A811Y2H8_NYCPR/53-167 AC A0A811Y2H8.1
#=GS G5B8I7_HETGA/117-175 AC G5B8I7.1
#=GS A0A8J0TH01_XENLA/23-135 AC A0A8J0TH01.1
#=GS A0A4W4F092_ELEEL/5-118 AC A0A4W4F092.1
#=GS A0A2K6MSK2_RHIBE/8-118 AC A0A2K6MSK2.1
#=GS A0A8T0AWI0_SILME/55-160 AC A0A8T0AWI0.1
#=GS G3NZ02_GASAC/3-83 AC G3NZ02.1
#=GS A0A7L3KGK3_9PASS/17-131 AC A0A7L3KGK3.1
#=GS A0A7L0JYV0_CHATO/1-56 AC A0A7L0JYV0.1
#=GS A0A851U3Q8_9PASS/22-135 AC A0A851U3Q8.1
#=GS A0A669CQA3_ORENI/2-86 AC A0A669CQA3.1
#=GS A0A670YIZ2_PSETE/18-126 AC A0A670YIZ2.1
#=GS A0A8C4DV04_DICLA/7-78 AC A0A8C4DV04.2
#=GS A0A669D7I5_ORENI/53-161 AC A0A669D7I5.1
#=GS A0A3Q4GJR3_NEOBR/8-117 AC A0A3Q4GJR3.1
#=GS A0A9R1SK22_CYPCA/11-62 AC A0A9R1SK22.1
#=GS A0A5E4ABI8_MARMO/1-104 AC A0A5E4ABI8.1
#=GS L8IG51_9CETA/25-139 AC L8IG51.1
#=GS A0A8I3NKL1_CANLF/19-133 AC A0A8I3NKL1.1
#=GS A0A7K9QIG6_IRECY/10-123 AC A0A7K9QIG6.1
#=GS A0A672J529_SALFA/29-137 AC A0A672J529.1
#=GS A0A7J8EGK1_MOLMO/1-30 AC A0A7J8EGK1.1
#=GS A0A7K8SLI2_9AVES/13-127 AC A0A7K8SLI2.1
#=GS A0A668SC81_OREAU/21-130 AC A0A668SC81.1
#=GS M7C2J0_CHEMY/1-104 AC M7C2J0.1
#=GS H2SWU2_TAKRU/11-118 AC H2SWU2.3
#=GS A0A7K5UJQ0_CEPOR/11-125 AC A0A7K5UJQ0.1
#=GS A0A8V0Y5M2_CHICK/69-182 AC A0A8V0Y5M2.1
#=GS A0A7L1BTV0_9PASS/9-122 AC A0A7L1BTV0.1
#=GS A0A2K6CSG2_MACNE/18-127 AC A0A2K6CSG2.1
#=GS A0A8C3PBB7_CHRPI/26-140 AC A0A8C3PBB7.1
#=GS A0A7L4JCL1_9PASS/1-36 AC A0A7L4JCL1.1
#=GS A0A7L1SVF3_ARAGA/14-128 AC A0A7L1SVF3.1
#=GS A0A484D8T7_PERFV/2-83 AC A0A484D8T7.1
#=GS A0A851VF46_9PASS/3-115 AC A0A851VF46.1
#=GS A0A2U3WI17_ODORO/25-134 AC A0A2U3WI17.1
#=GS A0A668SCX1_OREAU/37-96 AC A0A668SCX1.1
#=GS A0A669AWA4_ORENI/13-122 AC A0A669AWA4.1
#=GS A0A6Q2YUX5_ESOLU/1-95 AC A0A6Q2YUX5.1
#=GS H2M9L5_ORYLA/7-116 AC H2M9L5.2
#=GS A0A8J7NMJ5_ATRSP/2-98 AC A0A8J7NMJ5.1
#=GS A0A8C5F2M1_9SAUR/10-115 AC A0A8C5F2M1.1
#=GS A0A8C8FCR4_ONCTS/47-101 AC A0A8C8FCR4.1
#=GS A0A674AEW1_SALTR/28-80 AC A0A674AEW1.1
#=GS A0A093IT09_FULGA/1-37 AC A0A093IT09.1
#=GS A0A6P6EWT5_OCTDE/2-75 AC A0A6P6EWT5.1
#=GS A0A8C0XQW0_CASCN/25-134 AC A0A8C0XQW0.1
#=GS A0A851AV98_SULDA/9-122 AC A0A851AV98.1
#=GS A0A852IUL1_9PICI/18-132 AC A0A852IUL1.1
#=GS A0A851ERP0_9CORV/11-125 AC A0A851ERP0.1
#=GS A0A091HE64_BUCRH/9-123 AC A0A091HE64.1
#=GS A0A850YPA0_AEGCA/9-122 AC A0A850YPA0.1
#=GS A0A851JUB5_9PASS/22-136 AC A0A851JUB5.1
#=GS A0A670IAT9_PODMU/35-149 AC A0A670IAT9.1
#=GS A0A4Z2IK49_9TELE/1-82 AC A0A4Z2IK49.1
#=GS A0A1U8D8X4_ALLSI/1-30 AC A0A1U8D8X4.1
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