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Database: Pfam
Entry: T4SS-DNA_transf
LinkDB: T4SS-DNA_transf
Original site: T4SS-DNA_transf 
#=GF ID   T4SS-DNA_transf
#=GF AC   PF02534.15
#=GF DE   Type IV secretory system Conjugative DNA transfer
#=GF PI   TRAG; TraG;
#=GF AU   Bashton M;0000-0002-6847-1525
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU   Staddon J;
#=GF SE   Pfam-B_1146 (release 5.4)
#=GF GA   20.10 20.10;
#=GF TC   20.10 20.10;
#=GF NC   20.00 20.00;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   9767571
#=GF RT   Sequence and analysis of the 60 kb conjugative,
#=GF RT   bacteriocin-producing plasmid pMRC01 from Lactococcus lactis
#=GF RT   DPC3147 
#=GF RA   Dougherty BA, Hill C, Weidman JF, Richardson DR, Venter JC, Ross
#=GF RA   RP; 
#=GF RL   Mol Microbiol 1998;29:1029-1038.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   11976307
#=GF RT   TraG-like proteins of DNA transfer systems and of the
#=GF RT   Helicobacter pylori type IV secretion system: inner membrane
#=GF RT   gate for exported substrates? 
#=GF RA   Schroder G, Krause S, Zechner EL, Traxler B, Yeo HJ, Lurz R,
#=GF RA   Waksman G, Lanka E; 
#=GF RL   J Bacteriol 2002;184:2767-2779.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   18717787
#=GF RT   Structural basis of specific TraD-TraM recognition during F
#=GF RT   plasmid-mediated bacterial conjugation.
#=GF RA   Lu J, Wong JJ, Edwards RA, Manchak J, Frost LS, Glover JN;
#=GF RL   Mol Microbiol. 2008;70:89-99.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   17259614
#=GF RT   Interaction between the co-inherited TraG coupling protein and
#=GF RT   the TraJ membrane-associated protein of the H-plasmid
#=GF RT   conjugative DNA transfer system resembles chromosomal DNA
#=GF RT   translocases.
#=GF RA   Gunton JE, Gilmour MW, Baptista KP, Lawley TD, Taylor DE;
#=GF RL   Microbiology. 2007;153:428-441.
#=GF DR   INTERPRO; IPR003688;
#=GF DR   TC; 3.A.7;
#=GF DR   SCOP; 1gl7; fa;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   These proteins contain a P-loop and walker-B site for nucleotide
#=GF CC   binding. TraG is essential for DNA transfer in bacterial
#=GF CC   conjugation.  These proteins are thought to mediate interactions
#=GF CC   between the DNA-processing (Dtr) and the mating pair formation
#=GF CC   (Mpf) systems [2].  The C-terminus of this domain interacts with
#=GF CC   the relaxosome component TraM via the latter's tetramerisation
#=GF CC   domain. TraD is a hexameric ring ATPase that forms the
#=GF CC   cytoplasmic face of the conjugative pore [3]. The family
#=GF CC   contains a number of different DNA transfer proteins [4].
#=GF SQ   4182
#=GS C0R538_WOLWR/123-570        AC C0R538.1
#=GS A0A316J4U6_9RHIZ/111-562    AC A0A316J4U6.1
#=GS F9MVE2_9FIRM/2-188          AC F9MVE2.1
#=GS A0A0M2NCP3_9FIRM/95-548     AC A0A0M2NCP3.1
#=GS A0A263DNW3_9PSEU/129-352    AC A0A263DNW3.1
#=GS A0A367EJE6_9ACTN/125-566    AC A0A367EJE6.1
#=GS A0A1J0GN73_9CLOT/155-553    AC A0A1J0GN73.1
#=GS A0A0Q5HQA7_9BURK/105-561    AC A0A0Q5HQA7.1
#=GS F7V2H1_CLOSS/113-512        AC F7V2H1.1
#=GS A0A328FJ36_9DELT/105-609    AC A0A328FJ36.1
#=GS A0A0S4KXQ4_9BACT/98-560     AC A0A0S4KXQ4.1
#=GS A0A2M8J4Y9_9RHOB/84-547     AC A0A2M8J4Y9.1
#=GS R9JV01_9FIRM/69-526         AC R9JV01.1
#=GS V2QC48_9BACT/95-386         AC V2QC48.1
#=GS A0A1I6JF57_9FIRM/127-585    AC A0A1I6JF57.1
#=GS A0A1H3JXX0_9FIRM/119-619    AC A0A1H3JXX0.1
#=GS R5VYS8_9FIRM/22-460         AC R5VYS8.1
#=GS R9KIX0_9FIRM/116-552        AC R9KIX0.1
#=GS A0A0M6XV11_9RHOB/87-546     AC A0A0M6XV11.1
#=GS A0A1Y4NGN9_9FIRM/119-589    AC A0A1Y4NGN9.1
#=GS A0A1I2Q4A5_9FIRM/111-553    AC A0A1I2Q4A5.1
#=GS A0A2R8B5N0_9RHOB/29-492     AC A0A2R8B5N0.1
#=GS A0A2T6ADI7_9RHOB/87-547     AC A0A2T6ADI7.1
#=GS H1Y418_9SPHI/158-560        AC H1Y418.1
#=GS F7KSW3_9FIRM/3-104          AC F7KSW3.1
#=GS C2BHR0_9FIRM/112-340        AC C2BHR0.1
#=GS E8RUT0_ASTEC/112-574        AC E8RUT0.1
#=GS R9MX02_9FIRM/88-545         AC R9MX02.1
#=GS F2NYQ3_TRES6/223-626        AC F2NYQ3.1
#=GS A0A387BW76_9MICO/52-166     AC A0A387BW76.1
#=GS A6NYN1_9FIRM/102-559        AC A6NYN1.1
#=GS K2JQQ7_9RHOB/84-547         AC K2JQQ7.1
#=GS C2BCK7_9FIRM/113-344        AC C2BCK7.1
#=GS A0A1C0BWE6_9FIRM/65-556     AC A0A1C0BWE6.1
#=GS T0GKZ9_9SPHN/100-560        AC T0GKZ9.1
#=GS B0PDD2_9FIRM/110-329        AC B0PDD2.1
#=GS A0A420E9N3_9SPHN/117-558    AC A0A420E9N3.1
#=GS E5WZ89_9BACE/153-575        AC E5WZ89.1
#=GS H8FWJ3_PHAMO/98-517         AC H8FWJ3.1
#=GS A0A1V8RLL9_9RHIZ/108-553    AC A0A1V8RLL9.1
#=GS A6X3U7_OCHA4/111-562        AC A6X3U7.1
#=GS A0A1X7LIM4_9RHOB/102-560    AC A0A1X7LIM4.1
#=GS A0A1N7MX85_9RHOB/87-551     AC A0A1N7MX85.1
#=GS A0A0Q1DIS6_9FLAO/75-484     AC A0A0Q1DIS6.1
#=GS A0A0A0HJ14_9RHOB/111-564    AC A0A0A0HJ14.1
#=GS A0A1X7EJC5_9BACI/1-100      AC A0A1X7EJC5.1
#=GS R9M5V8_9FIRM/111-554        AC R9M5V8.1
#=GS A0A2S0N335_9BURK/117-580    AC A0A2S0N335.1
#=GS B9JQR6_AGRRK/112-552        AC B9JQR6.1
#=GS A0A396RT96_9SPHN/109-568    AC A0A396RT96.1
#=GS A0A101TWY7_9ACTN/15-173     AC A0A101TWY7.1
#=GS A0A1H1CD84_9GAMM/94-561     AC A0A1H1CD84.1
#=GS W0ACI9_9SPHN/111-571        AC W0ACI9.1
#=GS A0A2S3QEY6_9FIRM/123-443    AC A0A2S3QEY6.1
#=GS A0A1T5LQF4_9CLOT/94-559     AC A0A1T5LQF4.1
#=GS A0A0J5SA41_9LACT/215-515    AC A0A0J5SA41.1
#=GS A0A174CD32_9FIRM/109-557    AC A0A174CD32.1
#=GS W1S0U7_9SPHN/118-558        AC W1S0U7.1
#=GS F4C141_SPHS2/154-560        AC F4C141.1
#=GS A0A420EQN4_9SPHN/63-514     AC A0A420EQN4.1
#=GS A0A1G7GPZ9_9RHOB/8-513      AC A0A1G7GPZ9.1
#=GS A0A0L8V9L6_9BACT/142-570    AC A0A0L8V9L6.1
#=GS H1Y5M6_9SPHI/212-657        AC H1Y5M6.1
#=GS A0A0Q4LL33_9SPHN/1-405      AC A0A0Q4LL33.1
#=GS A0A288WG09_9CAUD/50-192     AC A0A288WG09.1
#=GS A0A396QIR7_9FIRM/109-560    AC A0A396QIR7.1
#=GS G8B134_AZOBR/143-217        AC G8B134.1
#=GS I7HG60_9HELI/128-658        AC I7HG60.1
#=GS A0A1H9MKL6_9SPHN/89-566     AC A0A1H9MKL6.1
#=GS A0A2V3U4L5_9RHIZ/27-89      AC A0A2V3U4L5.1
#=GS A0A1D3TWL6_9FIRM/90-565     AC A0A1D3TWL6.1
#=GS A0A1V3S8M8_9BURK/109-577    AC A0A1V3S8M8.1
#=GS A0A1M7MPF4_9FIRM/100-559    AC A0A1M7MPF4.1
#=GS K2PR72_9FLAO/73-435         AC K2PR72.1
#=GS A0A242K327_9ENTE/281-469    AC A0A242K327.1
#=GS S9QHK5_9RHOB/110-571        AC S9QHK5.1
#=GS G5GKL6_9FIRM/109-345        AC G5GKL6.1
#=GS A0A1M6L480_9FIRM/7-450      AC A0A1M6L480.1
#=GS H1HVS3_9FIRM/120-189        AC H1HVS3.1
#=GS A0A318XG41_9FIRM/238-693    AC A0A318XG41.1
#=GS A0A095YVA7_9FIRM/98-324     AC A0A095YVA7.1
#=GS A0A1I3Q7I0_9RHOB/401-573    AC A0A1I3Q7I0.1
#=GS A5Z8Y0_9FIRM/1-399          AC A5Z8Y0.1
#=GS A0A0Q7DL72_9CAUL/111-561    AC A0A0Q7DL72.1
#=GS A2SGF0_METPP/123-213        AC A2SGF0.1
#=GS A0A1L3JA61_9SPHN/66-193     AC A0A1L3JA61.1
#=GS A0A1A3JLW5_9MYCO/177-612    AC A0A1A3JLW5.1
#=GS A0A417P921_9CLOT/106-252    AC A0A417P921.1
#=GS A0A1U7DQ07_9FLAO/72-462     AC A0A1U7DQ07.1
#=GS A0A328AK82_9CAUL/106-564    AC A0A328AK82.1
#=GS A0A417PF55_9CLOT/114-193    AC A0A417PF55.1
#=GS A0A1G8F289_9RHIZ/12-468     AC A0A1G8F289.1
#=GS A0A174DV28_9FIRM/109-311    AC A0A174DV28.1
#=GS A0A2S1LIU7_9FLAO/150-584    AC A0A2S1LIU7.1
#=GS A0A1X6YF70_9RHOB/111-561    AC A0A1X6YF70.1
#=GS A0A0P1IKG7_9RHOB/1-139      AC A0A0P1IKG7.1
#=GS E8RK86_FILAD/126-193        AC E8RK86.1
#=GS A9BPW7_DELAS/111-570        AC A9BPW7.1
#=GS A0A1G9CVS2_9ACTN/15-155     AC A0A1G9CVS2.1
#=GS A0A3S2V3P2_9SPHI/155-557    AC A0A3S2V3P2.1
#=GS A0A3A9E454_9FIRM/39-533     AC A0A3A9E454.1
#=GS E1R0K7_9ACTN/394-707        AC E1R0K7.1
#=GS A0A1H4N8E8_9RHOB/35-466     AC A0A1H4N8E8.1
#=GS A0A0N7GTD9_SPHMC/95-547     AC A0A0N7GTD9.1
#=GS F0Z3G9_9CLOT/110-191        AC F0Z3G9.1
#=GS H1XZ23_9SPHI/159-564        AC H1XZ23.1
#=GS R9K696_9FIRM/108-347        AC R9K696.1
#=GS R6XS86_9CLOT/1-443          AC R6XS86.1
#=GS A0A348AN28_9FIRM/344-644    AC A0A348AN28.1
#=GS E8JJ86_9ACTO/113-284        AC E8JJ86.1
#=GS A0A0S6X7U3_9SPHN/1-426      AC A0A0S6X7U3.1
#=GS B3ENB4_CHLPB/114-438        AC B3ENB4.1
#=GS C4ZES7_AGARV/95-216         AC C4ZES7.1
#=GS A0A371RLA8_9PROT/22-471     AC A0A371RLA8.1
#=GS A0A286DDS0_9GAMM/92-559     AC A0A286DDS0.1
#=GS A0A1G7G3A1_9RHOB/123-556    AC A0A1G7G3A1.1
#=GS N6Z3T7_9RHOO/109-572        AC N6Z3T7.1
#=GS A0A2T6BRA6_9FLAO/352-794    AC A0A2T6BRA6.1
#=GS A0A3A8YBF1_9BACT/70-558     AC A0A3A8YBF1.1
#=GS K2NS29_9RHIZ/1-405          AC K2NS29.1
#=GS A0A142XLU3_9BACT/45-414     AC A0A142XLU3.1
#=GS A0A074U038_9RHOB/8-364      AC A0A074U038.1
#=GS J7QPF3_METSZ/107-563        AC J7QPF3.1
#=GS A0A1H1L468_9FLAO/65-444     AC A0A1H1L468.1
#=GS E6W6D1_DESIS/5-416          AC E6W6D1.1
#=GS A0A1Y2MQF5_PSEAH/129-352    AC A0A1Y2MQF5.1
#=GS A0A2Y9BGP8_9FIRM/88-545     AC A0A2Y9BGP8.1
#=GS H1HWI3_9FIRM/116-253        AC H1HWI3.1
#=GS A0A328AMN3_9CAUL/53-509     AC A0A328AMN3.1
#=GS B1M9T1_METRJ/373-638        AC B1M9T1.1
#=GS A0A1X7QEV7_AZOLI/43-511     AC A0A1X7QEV7.1
#=GS A9BTS5_DELAS/111-565        AC A9BTS5.1
#=GS A0A399STK6_9BACT/146-569    AC A0A399STK6.1
#=GS A0A1G7ESD8_9SPHI/154-559    AC A0A1G7ESD8.1
#=GS A0A2T6A2U6_9RHOB/8-470      AC A0A2T6A2U6.1
#=GS A0A1H0KB82_9PSED/96-579     AC A0A1H0KB82.1
#=GS H4FDM9_9RHIZ/1-163          AC H4FDM9.1
#=GS A0A0M3AXD6_9RHIZ/113-552    AC A0A0M3AXD6.1
#=GS B7AV43_9FIRM/51-527         AC B7AV43.1
#=GS A0A1D7QMZ9_9SPHI/154-563    AC A0A1D7QMZ9.1
#=GS A0A1G7ING3_9SPHI/152-563    AC A0A1G7ING3.1
#=GS A0A2S6NAB0_RHOGL/4-432      AC A0A2S6NAB0.1
#=GS M5EFI3_9RHIZ/108-567        AC M5EFI3.1
#=GS A0A3R8NCM5_9CAUL/111-563    AC A0A3R8NCM5.1
#=GS A0A126ZYJ4_9MICC/43-371     AC A0A126ZYJ4.1
#=GS A0A1X7MXL2_9RHIZ/106-567    AC A0A1X7MXL2.1
#=GS A0A379DEM1_9PAST/113-620    AC A0A379DEM1.1
#=GS A0A285UMU1_9RHIZ/23-506     AC A0A285UMU1.1
#=GS A0A3P7S3N2_9FIRM/108-588    AC A0A3P7S3N2.1
#=GS A0A1W6MY29_9RHIZ/102-566    AC A0A1W6MY29.1
#=GS S6GCF1_9GAMM/130-632        AC S6GCF1.1
#=GS E7GTG6_CLOSY/12-90          AC E7GTG6.1
#=GS S9ZJV5_9RHOO/111-567        AC S9ZJV5.1
#=GS A0A1W1U9U8_9DEIO/284-520    AC A0A1W1U9U8.1
#=GS A0A3A8WKE9_9BACT/77-553     AC A0A3A8WKE9.1
#=GS A0A165ZZE3_9RHOB/99-604     AC A0A165ZZE3.1
#=GS A0A175RI36_9RHIZ/300-681    AC A0A175RI36.1
#=GS A0A1V9ESP1_9BACT/148-611    AC A0A1V9ESP1.1
#=GS H1BN32_9FIRM/114-561        AC H1BN32.1
#=GS R0BR85_9FIRM/207-570        AC R0BR85.1
#=GS D2ZSZ6_NEIMU/97-599         AC D2ZSZ6.1
#=GS A0A2P2FE99_9FIRM/93-574     AC A0A2P2FE99.1
#=GS I6XMX6_PSEPQ/44-523         AC I6XMX6.1
#=GS A0A240UCC7_9BURK/110-566    AC A0A240UCC7.1
#=GS A0A368T2L4_9ACTN/108-356    AC A0A368T2L4.1
#=GS Q93M96_CLOPE/141-464        AC Q93M96.1
#=GS A0A103ELK5_9BURK/75-533     AC A0A103ELK5.1
#=GS A0A243PD51_9SPHN/9-294      AC A0A243PD51.1
#=GS R9KRN1_9FIRM/87-545         AC R9KRN1.1
#=GS A0A0K2JIW8_SPIKU/102-350    AC A0A0K2JIW8.1
#=GS A0A369AFR7_9BURK/385-472    AC A0A369AFR7.1
#=GS A0A177N9I0_9GAMM/121-625    AC A0A177N9I0.1
#=GS A0A327LPI8_9RHOB/102-599    AC A0A327LPI8.1
#=GS A9EBU4_9RHOB/92-550         AC A9EBU4.1
#=GS A0A196QV16_9RHOB/89-546     AC A0A196QV16.1
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#=GS A8LU08_DINSH/88-546         AC A8LU08.2
#=GS A0A397NLZ8_9SPHN/111-565    AC A0A397NLZ8.1
#=GS R6NKG1_9FIRM/102-544        AC R6NKG1.1
#=GS A0A3A8TPT8_9BACT/21-88      AC A0A3A8TPT8.1
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