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Database: Pfam
Entry: TrwB_AAD_bind
LinkDB: TrwB_AAD_bind
Original site: TrwB_AAD_bind 
#=GF ID   TrwB_AAD_bind
#=GF AC   PF10412.9
#=GF DE   Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain
#=GF AU   Finn RD;0000-0001-8626-2148
#=GF AU   Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE   Gene3D, pdb_1e9r
#=GF GA   20.50 20.50;
#=GF TC   20.50 20.50;
#=GF NC   20.40 20.40;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 45638612 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF RN   [1]
#=GF RM   11214325
#=GF RT   The bacterial conjugation protein TrwB resembles ring helicases
#=GF RT   and F1-ATPase. 
#=GF RA   Gomis-Ruth FX, Moncalian G, Perez-Luque R, Gonzalez A, Cabezon
#=GF RA   E, de la Cruz F, Coll M; 
#=GF RL   Nature. 2001;409:637-641.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   11748238
#=GF RT   Conjugative plasmid protein TrwB, an integral membrane type IV
#=GF RT   secretion system coupling protein. Detailed structural features
#=GF RT   and mapping of the active site cleft. 
#=GF RA   Gomis-Ruth FX, Moncalian G, de la Cruz F, Coll M; 
#=GF RL   J Biol Chem. 2002;277:7556-7566.
#=GF DR   INTERPRO; IPR019476;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers
#=GF CC   from six structurally very similar protomers [1]. This hexamer
#=GF CC   contains a central channel running from the cytosolic pole (made
#=GF CC   up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane
#=GF CC   pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall
#=GF CC   mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain
#=GF CC   appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a
#=GF CC   basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding
#=GF CC   protein, is the structural prototype for the type IV secretion
#=GF CC   system coupling proteins, a family of proteins essential for
#=GF CC   macromolecular transport between cells and export [2].
#=GF SQ   2541
#=GS A0A1F6WY00_9BACT/507-576    AC A0A1F6WY00.1
#=GS A0A1Z4JS75_LEPBY/155-542    AC A0A1Z4JS75.1
#=GS G8NT31_GRAMM/223-591        AC G8NT31.1
#=GS A0A1G1W013_9BACT/327-670    AC A0A1G1W013.1
#=GS A0A0F3MBC1_ORITS/87-469     AC A0A0F3MBC1.1
#=GS A0A2A2HGD8_9GAMM/80-245     AC A0A2A2HGD8.1
#=GS A4XE63_NOVAD/225-611        AC A4XE63.1
#=GS R6XPG3_9FIRM/66-133         AC R6XPG3.1
#=GS A0A0F3RCH6_ORITS/2-168      AC A0A0F3RCH6.1
#=GS A0A1F7GZG7_9BACT/350-678    AC A0A1F7GZG7.1
#=GS A0A0G1NN93_9BACT/21-354     AC A0A0G1NN93.1
#=GS A0A1F6NAC5_9BACT/416-775    AC A0A1F6NAC5.1
#=GS M0C5E9_9EURY/86-432         AC M0C5E9.1
#=GS A0A158JXC6_9BURK/117-494    AC A0A158JXC6.1
#=GS A0A1G2K6F6_9BACT/48-379     AC A0A1G2K6F6.1
#=GS A0A0F3PHS4_9RICK/36-416     AC A0A0F3PHS4.1
#=GS A0A0G1RG98_9BACT/18-361     AC A0A0G1RG98.1
#=GS A0A0G0TSJ7_9BACT/22-352     AC A0A0G0TSJ7.1
#=GS A0A127CRI2_9RHIZ/123-517    AC A0A127CRI2.1
#=GS A0A1E5X933_9PSED/151-278    AC A0A1E5X933.1
#=GS B4WW43_SYNS7/1-244          AC B4WW43.1
#=GS A0A0P7AB29_9SPHN/197-583    AC A0A0P7AB29.1
#=GS A0A1J4W7F1_9BACT/18-348     AC A0A1J4W7F1.1
#=GS A0A239MPR9_9BACT/204-577    AC A0A239MPR9.1
#=GS A0A225N3D8_9BURK/117-518    AC A0A225N3D8.1
#=GS A0A1F7VMN9_9BACT/422-837    AC A0A1F7VMN9.1
#=GS A0A0F3M8J7_ORITS/1-247      AC A0A0F3M8J7.1
#=GS A0A1F8GBI4_9BACT/20-352     AC A0A1F8GBI4.1
#=GS A0A1H7D836_9SPHN/224-614    AC A0A1H7D836.1
#=GS A0A1F6W3I2_9BACT/24-361     AC A0A1F6W3I2.1
#=GS Q1RJG0_RICBR/179-559        AC Q1RJG0.1
#=GS A0A257TF97_9BACT/23-355     AC A0A257TF97.1
#=GS J2DEY8_KLEPN/171-561        AC J2DEY8.1
#=GS A0A126R800_9SPHN/172-554    AC A0A126R800.1
#=GS A0A1G9XAU1_9EURY/62-416     AC A0A1G9XAU1.1
#=GS A0A1J4TS10_9BACT/329-507    AC A0A1J4TS10.1
#=GS A0A0G1HI06_9BACT/28-178     AC A0A0G1HI06.1
#=GS A0A0F3M579_ORITS/2-126      AC A0A0F3M579.1
#=GS A0A1F5Q939_9BACT/408-767    AC A0A1F5Q939.1
#=GS A0A0G1NN54_9BACT/19-348     AC A0A0G1NN54.1
#=GS A0A0G1KTD7_9BACT/333-665    AC A0A0G1KTD7.1
#=GS A0A0G1TE08_9BACT/429-803    AC A0A0G1TE08.1
#=GS A0A1F8FN91_9BACT/21-353     AC A0A1F8FN91.1
#=GS A0A0F3NR64_ORITS/6-168      AC A0A0F3NR64.1
#=GS W1S0I1_9SPHN/224-610        AC W1S0I1.1
#=GS A0A1G2G8R9_9BACT/20-359     AC A0A1G2G8R9.1
#=GS A3VKX4_9RHOB/440-525        AC A3VKX4.1
#=GS A0A0C4WLM4_9GAMM/151-199    AC A0A0C4WLM4.1
#=GS A0A149VX41_9PROT/128-191    AC A0A149VX41.1
#=GS A0A1R4HH93_9GAMM/178-239    AC A0A1R4HH93.1
#=GS A0A0G0T3L8_9BACT/315-649    AC A0A0G0T3L8.1
#=GS A0A0G0IT89_9BACT/48-376     AC A0A0G0IT89.1
#=GS A0A0G0MXI9_9BACT/411-781    AC A0A0G0MXI9.1
#=GS A0A1L4D4S7_9PROT/201-591    AC A0A1L4D4S7.1
#=GS A0A257GH36_9SPHN/197-583    AC A0A257GH36.1
#=GS A0A239XWS7_9FLAO/199-592    AC A0A239XWS7.1
#=GS A0A126RH04_9SPHN/224-610    AC A0A126RH04.1
#=GS A0A1G2PFD9_9BACT/14-348     AC A0A1G2PFD9.1
#=GS A0A1N7FDN1_9EURY/97-449     AC A0A1N7FDN1.1
#=GS A0A1F4XF42_9BACT/19-355     AC A0A1F4XF42.1
#=GS W8L8H3_HALHR/177-237        AC W8L8H3.1
#=GS A0A1I6B1B5_9PSEU/4-79       AC A0A1I6B1B5.1
#=GS A0A1F3RJT8_9PROT/58-148     AC A0A1F3RJT8.1
#=GS A0A1J4WCP9_9BACT/21-355     AC A0A1J4WCP9.1
#=GS A0A1F7YYJ2_9BACT/314-649    AC A0A1F7YYJ2.1
#=GS A0A1F8GB84_9BACT/387-468    AC A0A1F8GB84.1
#=GS A0A0P1EPF7_9RHOB/436-521    AC A0A0P1EPF7.1
#=GS A0A1V4EMN6_9ACTN/387-727    AC A0A1V4EMN6.1
#=GS A0A1J4X7U4_9BACT/30-363     AC A0A1J4X7U4.1
#=GS C0ZY02_RHOE4/316-384        AC C0ZY02.1
#=GS A0A1M3BTC6_9BACT/395-727    AC A0A1M3BTC6.1
#=GS A0A101HLZ3_9BACT/248-591    AC A0A101HLZ3.1
#=GS C2CJJ3_9FIRM/36-422         AC C2CJJ3.1
#=GS C1F5K1_ACIC5/216-586        AC C1F5K1.1
#=GS A0A1F5G8H4_9BACT/373-711    AC A0A1F5G8H4.1
#=GS A9MS47_SALAR/134-190        AC A9MS47.1
#=GS A0A244CN34_9GAMM/146-345    AC A0A244CN34.1
#=GS A0A0W0ZAE4_9GAMM/116-285    AC A0A0W0ZAE4.1
#=GS A0A1F6MD65_9BACT/30-378     AC A0A1F6MD65.1
#=GS A5CC23_ORITB/180-562        AC A5CC23.1
#=GS A0A1L8CK72_9PROT/154-549    AC A0A1L8CK72.1
#=GS L0JTW1_NATP1/101-447        AC L0JTW1.1
#=GS A0A1F6N3Z6_9BACT/30-378     AC A0A1F6N3Z6.1
#=GS A0A0F3M4Y6_ORITS/1-66       AC A0A0F3M4Y6.1
#=GS A0A0F3RM38_ORITS/10-392     AC A0A0F3RM38.1
#=GS A0A1A6C6T0_9GAMM/16-395     AC A0A1A6C6T0.1
#=GS A0A1R4H470_9GAMM/175-238    AC A0A1R4H470.1
#=GS I3Y948_THIV6/139-332        AC I3Y948.1
#=GS A0A0F0LXH1_9MICO/295-636    AC A0A0F0LXH1.1
#=GS U9VXF5_9CYAN/159-527        AC U9VXF5.1
#=GS A0A0S4LCE4_9BACT/164-546    AC A0A0S4LCE4.1
#=GS A0A013VF28_9SPHN/70-453     AC A0A013VF28.1
#=GS A0A0F5PBL1_9SPHN/224-610    AC A0A0F5PBL1.1
#=GS A0A1G2EZM8_9BACT/17-173     AC A0A1G2EZM8.1
#=GS A0A1T4NHH0_9BACT/377-719    AC A0A1T4NHH0.1
#=GS A0A0G1AWT0_9BACT/22-353     AC A0A0G1AWT0.1
#=GS A0A0F9ZBH3_9BACT/315-651    AC A0A0F9ZBH3.1
#=GS A0A0D1P8T2_BRAEL/154-513    AC A0A0D1P8T2.1
#=GS A0A285TDQ6_9RHOB/433-515    AC A0A285TDQ6.1
#=GS A0A1F6IU54_9BACT/344-693    AC A0A1F6IU54.1
#=GS A0A1G1Z6E7_9BACT/39-377     AC A0A1G1Z6E7.1
#=GS A0A0G1UKK9_9BACT/15-355     AC A0A0G1UKK9.1
#=GS A0A0G1XRH5_9BACT/16-353     AC A0A0G1XRH5.1
#=GS C2W8G4_BACCE/37-402         AC C2W8G4.1
#=GS A0A257KUU4_9BRAD/159-533    AC A0A257KUU4.1
#=GS A0A1Q3YHX7_9BURK/21-81      AC A0A1Q3YHX7.1
#=GS A0A0G0YWJ1_9BACT/507-576    AC A0A0G0YWJ1.1
#=GS A0A1F7GHZ7_9BACT/9-389      AC A0A1F7GHZ7.1
#=GS A0A0G0D627_9BACT/25-360     AC A0A0G0D627.1
#=GS A0A1M7Q7B9_9SPHI/387-744    AC A0A1M7Q7B9.1
#=GS A0A1G2FKW2_9BACT/425-605    AC A0A1G2FKW2.1
#=GS A0A1G2H6X9_9BACT/17-349     AC A0A1G2H6X9.1
#=GS A0A1F6V8I3_9BACT/502-573    AC A0A1F6V8I3.1
#=GS A0A1G2L7W8_9BACT/234-381    AC A0A1G2L7W8.1
#=GS A0A1J4T1M8_9BACT/13-360     AC A0A1J4T1M8.1
#=GS A0A0G0JXH6_9BACT/329-660    AC A0A0G0JXH6.1
#=GS A0A1E4MCS3_9SPHN/172-554    AC A0A1E4MCS3.1
#=GS A0A1G1YJW5_9BACT/20-375     AC A0A1G1YJW5.1
#=GS A0A0C1YCN8_9CYAN/95-481     AC A0A0C1YCN8.1
#=GS A0A0G1CD13_9BACT/329-503    AC A0A0G1CD13.1
#=GS I0ILY2_LEPFC/14-411         AC I0ILY2.1
#=GS A0A1G2CQU5_9BACT/17-347     AC A0A1G2CQU5.1
#=GS A0A076I376_9BACT/126-512    AC A0A076I376.1
#=GS A0A0W0WRR6_9GAMM/168-535    AC A0A0W0WRR6.1
#=GS A0A0F3NY13_ORITS/39-379     AC A0A0F3NY13.1
#=GS A0A0G1UZ30_9BACT/361-707    AC A0A0G1UZ30.1
#=GS A0A0G1EYR4_9BACT/16-355     AC A0A0G1EYR4.1
#=GS A0A0A3YMC1_9GAMM/171-563    AC A0A0A3YMC1.1
#=GS A0A1F5Y0W8_9BACT/1-318      AC A0A1F5Y0W8.1
#=GS A0A098GBG9_9GAMM/176-569    AC A0A098GBG9.1
#=GS A0A1F8B8K0_9BACT/9-344      AC A0A1F8B8K0.1
#=GS A0A0G0XSY1_9BACT/19-358     AC A0A0G0XSY1.1
#=GS A0A2G1WH96_9EURY/676-1046   AC A0A2G1WH96.1
#=GS E0ULT5_CYAP2/264-513        AC E0ULT5.1
#=GS A0A0G0C4T3_9BACT/416-753    AC A0A0G0C4T3.1
#=GS A0A1U7IUS6_9NOSO/267-513    AC A0A1U7IUS6.1
#=GS A0A0G0DM03_9BACT/20-375     AC A0A0G0DM03.1
#=GS A0A0G0RNA9_9BACT/19-363     AC A0A0G0RNA9.1
#=GS A0A0A0ST29_9VIBR/181-578    AC A0A0A0ST29.1
#=GS A0A1F7BN45_9BACT/16-375     AC A0A1F7BN45.1
#=GS A0A1Y3S6S6_9FIRM/8-72       AC A0A1Y3S6S6.1
#=GS I1AYY7_9RHOB/436-521        AC I1AYY7.1
#=GS A0A1Y0GD07_9PROT/71-462     AC A0A1Y0GD07.1
#=GS A0A1F6C184_9BACT/17-353     AC A0A1F6C184.1
#=GS A0A270BGY2_9SPHN/172-554    AC A0A270BGY2.1
#=GS A0A1G2BQT2_9BACT/23-352     AC A0A1G2BQT2.1
#=GS A0A0G1LFQ8_9BACT/336-665    AC A0A0G1LFQ8.1
#=GS A0A255DE12_9MYCO/305-642    AC A0A255DE12.1
#=GS A0A1F5H2V7_9BACT/373-711    AC A0A1F5H2V7.1
#=GS D8JCS4_HALJB/31-378         AC D8JCS4.1
#=GS A0A0F3MB62_ORITS/40-422     AC A0A0F3MB62.1
#=GS F9UAG9_9GAMM/140-308        AC F9UAG9.1
#=GS A4V7C3_PSEFS/22-100         AC A4V7C3.1
#=GS A0A1B1ZJ25_9PSEU/385-472    AC A0A1B1ZJ25.1
#=GS A0A1F6FZ19_9BACT/31-359     AC A0A1F6FZ19.1
#=GS A0A2A5YMC8_9SPHN/170-551    AC A0A2A5YMC8.1
#=GS A0A0F3PD83_ORITS/17-88      AC A0A0F3PD83.1
#=GS A0A0F3RL31_ORITS/63-403     AC A0A0F3RL31.1
#=GS A0A0A7LQ56_9BACT/420-507    AC A0A0A7LQ56.1
#=GS A0A0F3NQT9_ORITS/16-398     AC A0A0F3NQT9.1
#=GS A0A0G1XPG6_9BACT/368-703    AC A0A0G1XPG6.1
#=GS A0A1E1EYS9_9SPHN/172-554    AC A0A1E1EYS9.1
#=GS D8J9Y4_HALJB/67-147         AC D8J9Y4.1
#=GS A0A077C4K0_9PROT/198-584    AC A0A077C4K0.1
#=GS R5LFP8_9CLOT/369-569        AC R5LFP8.1
#=GS A0A1F5Y0S7_9BACT/48-379     AC A0A1F5Y0S7.1
#=GS A0A2A8IE96_9BACI/191-266    AC A0A2A8IE96.1
#=GS A0A212PF98_9DELT/25-396     AC A0A212PF98.1
#=GS A0A0M3AP66_9SPHN/225-611    AC A0A0M3AP66.1
#=GS Q5V7P5_HALMA/133-500        AC Q5V7P5.1
#=GS Q30Q33_SULDN/95-423         AC Q30Q33.1
#=GS Q11ZH3_POLSJ/474-623        AC Q11ZH3.1
#=GS A0A0W0VIT3_9GAMM/173-319    AC A0A0W0VIT3.1
#=GS A0A218QUV6_9CYAN/124-520    AC A0A218QUV6.1
#=GS B4WVQ4_SYNS7/328-503        AC B4WVQ4.1
#=GS U2ZXJ1_9SPHN/172-554        AC U2ZXJ1.1
#=GS A0A1F8EAG2_9BACT/647-830    AC A0A1F8EAG2.1
#=GS A0A0G0RSU6_9BACT/363-723    AC A0A0G0RSU6.1
#=GS A0A0G0C8S5_9BACT/465-818    AC A0A0G0C8S5.1
#=GS F8L2X3_SIMNZ/192-577        AC F8L2X3.1
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