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Database: Pfam
Entry: Viral_helicase1
LinkDB: Viral_helicase1
Original site: Viral_helicase1 
#=GF ID   Viral_helicase1
#=GF AC   PF01443.19
#=GF DE   Viral (Superfamily 1) RNA helicase
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU   Ahola T;
#=GF SE   Prodom_1256 (release 99.1)
#=GF GA   20.90 20.90;
#=GF TC   20.90 20.90;
#=GF NC   20.80 20.80;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 47079205 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RC   This family is discussed pages 388-391.
#=GF RN   [1]
#=GF RM   8269709
#=GF RT   Evolution and taxonomy of positive-strand RNA viruses:
#=GF RT   implications of comparative analysis of amino acid sequences. 
#=GF RA   Koonin EV, Dolja VV; 
#=GF RL   Crit Rev Biochem Mol Biol 1993;28:375-430.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   10217401
#=GF RT   RNA helicase activity of Semliki Forest virus replicase protein
#=GF RT   NSP2. 
#=GF RA   Gomez de Cedron M, Ehsani N, Mikkola ML, Garcia JA, Kaariainen
#=GF RA   L; 
#=GF RL   FEBS Lett 1999;448:19-22.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   8057461
#=GF RT   ATPase and GTPase activities associated with Semliki Forest
#=GF RT   virus nonstructural protein nsP2. 
#=GF RA   Rikkonen M, Peranen J, Kaariainen L; 
#=GF RL   J Virol 1994;68:5804-5810.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   10982322
#=GF RT   Helicase and capping enzyme active site mutations in brome
#=GF RT   mosaic virus protein 1a cause defects in template recruitment,
#=GF RT   negative-strand RNA synthesis, and viral RNA capping. 
#=GF RA   Ahola T, den Boon JA, Ahlquist P; 
#=GF RL   J Virol 2000;74:8803-8811.
#=GF DR   INTERPRO; IPR027351;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   Helicase activity for this family has been demonstrated [1] and
#=GF CC   NTPase activity [2]. This helicase has multiple roles at
#=GF CC   different stages of viral RNA replication, as dissected by
#=GF CC   mutational analysis [3].
#=GF SQ   982
#=GS A0A1W2EWW1_9PSEU/444-662    AC A0A1W2EWW1.1
#=GS B6RTB0_9VIRU/976-1238       AC B6RTB0.1
#=GS V6L2P0_9ACTN/424-650        AC V6L2P0.1
#=GS A0A1L3KK66_9VIRU/2302-2574  AC A0A1L3KK66.1
#=GS TRAA_SINFN/651-737          AC P55418.1
#=GS B9UZ24_9VIRU/25-226         AC B9UZ24.1
#=GS G5DFC6_9VIRU/1579-1868      AC G5DFC6.1
#=GS A0A0Q9YL71_9COXI/585-695    AC A0A0Q9YL71.1
#=GS A0A346FH30_9CLOS/2458-2727  AC A0A346FH30.1
#=GS RDRP_ICRSV/935-1166         AC Q918W3.1
#=GS A4ZWC6_9VIRU/24-223         AC A4ZWC6.1
#=GS B3CJG2_9VIRU/933-1168       AC B3CJG2.1
#=GS A0A0A8JBS1_9CLOS/2753-3031  AC A0A0A8JBS1.1
#=GS A0A0W0XTI3_9GAMM/656-759    AC A0A0W0XTI3.1
#=GS A0A0F0EPD4_9MICO/522-716    AC A0A0F0EPD4.1
#=GS A0A1L3KKA8_9VIRU/1833-2109  AC A0A1L3KKA8.1
#=GS A0A285V4V3_9RHIZ/664-741    AC A0A285V4V3.1
#=GS A8C5N2_9VIRU/24-221         AC A8C5N2.1
#=GS A0A256FRY2_9RHIZ/620-728    AC A0A256FRY2.1
#=GS Q6UNI6_9VIRU/824-1055       AC Q6UNI6.1
#=GS A4ZWC5_9VIRU/1184-1445      AC A4ZWC5.1
#=GS RDRP_PVXHB/731-964          AC Q07630.1
#=GS A0A0A0P9V6_9VIRU/1060-1308  AC A0A0A0P9V6.1
#=GS A0A0A7M9C7_9VIRU/1166-1432  AC A0A0A7M9C7.1
#=GS C7PJH8_CHIPD/706-838        AC C7PJH8.1
#=GS A0A1R4I786_9MICO/215-330    AC A0A1R4I786.1
#=GS RDRP_SMYEA/601-834          AC P28897.1
#=GS A0A1B2RVP2_9VIRU/799-1032   AC A0A1B2RVP2.1
#=GS RPOA_PRRSB/3290-3516        AC Q8B912.3
#=GS A0A0G2UPV3_9NIDO/2851-3080  AC A0A0G2UPV3.1
#=GS A0A0F5LQS9_9RHIZ/662-737    AC A0A0F5LQS9.1
#=GS Q86820_PAMV/877-1112        AC Q86820.1
#=GS A0A0Q7BDL2_9ACTN/522-740    AC A0A0Q7BDL2.1
#=GS Q8BF56_9VIRU/637-868        AC Q8BF56.1
#=GS R1AB_LIYV9/1574-1840        AC Q83045.2
#=GS C2CPI2_CORST/522-740        AC C2CPI2.1
#=GS A0A2T0XV51_9MICO/526-755    AC A0A2T0XV51.1
#=GS A0A3S9PCQ3_STRLT/51-125     AC A0A3S9PCQ3.1
#=GS A0A410JX24_9BACT/739-869    AC A0A410JX24.1
#=GS A0A2G3JZM6_9BURK/1-46       AC A0A2G3JZM6.1
#=GS A0A1L3KJ67_9NIDO/4322-4602  AC A0A1L3KJ67.1
#=GS B6VDY6_9NIDO/4866-5165      AC B6VDY6.1
#=GS A0A1M5GYW4_9BACE/114-330    AC A0A1M5GYW4.1
#=GS A0A2K1E7W3_9SPHN/11-115     AC A0A2K1E7W3.1
#=GS A0A1L3KKA1_9VIRU/1817-2064  AC A0A1L3KKA1.1
#=GS A0A2W4BV66_9RHIZ/651-737    AC A0A2W4BV66.1
#=GS C7B977_9CLOS/1590-1856      AC C7B977.1
#=GS TGB1_BNYVS/119-353          AC Q65674.1
#=GS TGB1_FXMV/27-229            AC P22169.2
#=GS C7AGE9_9VIRU/1195-1453      AC C7AGE9.1
#=GS C7GZC9_9FIRM/482-608        AC C7GZC9.1
#=GS A0A1L3KJH5_9VIRU/2082-2349  AC A0A1L3KJH5.1
#=GS Q65007_9VIRU/27-230         AC Q65007.1
#=GS A0A418WSE0_9SPHN/642-700    AC A0A418WSE0.1
#=GS A0A1I1C266_9RHIZ/655-737    AC A0A1I1C266.1
#=GS A0A2P4UKI2_9ACTN/514-710    AC A0A2P4UKI2.1
#=GS Q6VRA8_9CLOS/1638-1903      AC Q6VRA8.1
#=GS A0A418W8D1_9SPHN/642-700    AC A0A418W8D1.1
#=GS Q993S6_9VIRU/28-223         AC Q993S6.1
#=GS A0A0Q7YDX6_9RHIZ/663-741    AC A0A0Q7YDX6.1
#=GS U9VKE9_9CYAN/724-852        AC U9VKE9.1
#=GS A0A316BQ66_PSESE/679-741    AC A0A316BQ66.1
#=GS Q3V6G7_9VIRU/868-1103       AC Q3V6G7.1
#=GS A0A2P7SJV4_9RHIZ/653-737    AC A0A2P7SJV4.1
#=GS A0A421BDU8_9LACT/118-339    AC A0A421BDU8.1
#=GS Q5G7G7_9CLOS/2132-2398      AC Q5G7G7.1
#=GS A0A0C3ER45_9AGAM/123-193    AC A0A0C3ER45.1
#=GS K4MRE6_9VIRU/24-232         AC K4MRE6.1
#=GS TGB1_WCMVM/24-228           AC P09499.1
#=GS A0A0L8HVY5_OCTBM/297-402    AC A0A0L8HVY5.1
#=GS RDRP_BBSCV/1162-1421        AC Q65652.1
#=GS A0A386E7N5_9RHIZ/670-742    AC A0A386E7N5.1
#=GS A0A101MYS5_9ACTN/519-715    AC A0A101MYS5.1
#=GS Q5DKR2_9VIRU/24-89          AC Q5DKR2.1
#=GS TGB1_LOLV/27-236            AC B1PS77.1
#=GS Q6JE42_9BROM/753-1011       AC Q6JE42.1
#=GS H9BR24_9NIDO/4750-5049      AC H9BR24.1
#=GS A0A0N1KXS5_9RHIZ/655-737    AC A0A0N1KXS5.1
#=GS A0A1Q9JK30_9FIRM/497-608    AC A0A1Q9JK30.1
#=GS B9K3N7_AGRVS/675-760        AC B9K3N7.1
#=GS I2E5K5_9VIRU/23-224         AC I2E5K5.1
#=GS RDRP_GFKVM/1044-1277        AC Q8UZB6.1
#=GS A0A161JHF9_STRLU/542-769    AC A0A161JHF9.1
#=GS F4ZNG9_9VIRU/965-1119       AC F4ZNG9.1
#=GS Q9ICW6_9VIRU/24-220         AC Q9ICW6.1
#=GS A0A059KN41_9BURK/53-154     AC A0A059KN41.1
#=GS Q4U0G5_9VIRU/1130-1388      AC Q4U0G5.2
#=GS W9GH97_9MICO/521-716        AC W9GH97.1
#=GS A0A2A9DQD1_9CORY/535-744    AC A0A2A9DQD1.1
#=GS A0A1C7P7X9_9RHIZ/658-737    AC A0A1C7P7X9.1
#=GS A0A161SE41_9MICO/507-704    AC A0A161SE41.1
#=GS B9JPA6_AGRRK/668-747        AC B9JPA6.1
#=GS D5BMF1_PUNMI/788-903        AC D5BMF1.1
#=GS A0A1L3KJN1_9VIRU/648-915    AC A0A1L3KJN1.1
#=GS A0A2N0ZAZ8_9BACI/209-477    AC A0A2N0ZAZ8.1
#=GS A0A1H4GKN2_9BACT/435-556    AC A0A1H4GKN2.1
#=GS Q5ICV9_9CLOS/1632-1897      AC Q5ICV9.1
#=GS A0A1E4T819_9ASCO/1-47       AC A0A1E4T819.1
#=GS A0A0N1ACV4_9SPHN/604-701    AC A0A0N1ACV4.1
#=GS A0A0Y0BX48_9NIDO/2843-3072  AC A0A0Y0BX48.1
#=GS G8H9D4_9VIRU/920-1143       AC G8H9D4.1
#=GS A9CTE4_ENTBH/691-891        AC A9CTE4.1
#=GS A0A0A7MDS8_9VIRU/1183-1446  AC A0A0A7MDS8.1
#=GS A0A2V5CLB5_9SPHN/105-215    AC A0A2V5CLB5.1
#=GS S5TK41_9CLOS/2079-2346      AC S5TK41.1
#=GS A0A380NM48_9FIRM/22-99      AC A0A380NM48.1
#=GS A0A1A9GDD3_9RHIZ/656-737    AC A0A1A9GDD3.1
#=GS A0A088MGX0_9CLOS/2373-2645  AC A0A088MGX0.1
#=GS A0A0J8D7V8_CLOCY/32-325     AC A0A0J8D7V8.1
#=GS A0A146FDC8_9CLOS/1884-2156  AC A0A146FDC8.1
#=GS Q5L4G0_9VIRU/1283-1545      AC Q5L4G0.1
#=GS I6LMN0_9NIDO/5952-6231      AC I6LMN0.1
#=GS A0A285V093_9RHIZ/662-737    AC A0A285V093.1
#=GS E0UP03_CYAP2/748-852        AC E0UP03.1
#=GS C7B978_9CLOS/1590-1856      AC C7B978.1
#=GS X2D7M0_9NIDO/785-1014       AC X2D7M0.1
#=GS A0A2L0WIB4_9RHIZ/659-737    AC A0A2L0WIB4.1
#=GS A0A0S2ZXD6_9VIRU/26-224     AC A0A0S2ZXD6.1
#=GS A0A0B5JQL5_9NIDO/3044-3272  AC A0A0B5JQL5.1
#=GS A0A372P7E6_9ACTN/696-769    AC A0A372P7E6.1
#=GS A0A140ESF0_9NIDO/4825-5124  AC A0A140ESF0.1
#=GS A0A096XNP3_CVHSA/5601-5867  AC A0A096XNP3.1
#=GS A0A1L3KK61_9VIRU/1024-1246  AC A0A1L3KK61.1
#=GS A0A1L3KJX4_9VIRU/723-958    AC A0A1L3KJX4.1
#=GS E7FL32_RUBV/1352-1578       AC E7FL32.1
#=GS Q6QCI4_9CLOS/1647-1919      AC Q6QCI4.4
#=GS D7P4B9_EAV/2529-2765        AC D7P4B9.1
#=GS A0A1M5B5Z2_9BURK/286-505    AC A0A1M5B5Z2.1
#=GS A0A1Z2RT09_9VIRU/1308-1577  AC A0A1Z2RT09.1
#=GS L2GMZ7_VITCO/865-1062       AC L2GMZ7.1
#=GS N6U8Q7_9RHIZ/666-737        AC N6U8Q7.1
#=GS L7P0G8_9CLOS/1508-1765      AC L7P0G8.2
#=GS Q9IMS9_9VIRU/1059-1306      AC Q9IMS9.1
#=GS M3UWY0_9ACTN/682-768        AC M3UWY0.1
#=GS B8Q8Q1_CVHSA/5611-5877      AC B8Q8Q1.1
#=GS A0A0N9UZ66_SPHMC/767-875    AC A0A0N9UZ66.1
#=GS A0A0U3ALY5_9VIRU/1048-1310  AC A0A0U3ALY5.1
#=GS A0A1L3KK77_9VIRU/1422-1688  AC A0A1L3KK77.1
#=GS A0A2H4MWN4_9NIDO/3236-3462  AC A0A2H4MWN4.1
#=GS R1AB_WBV24/5645-5924        AC Q008X6.1
#=GS A0A1D2IKW1_9ACTN/523-753    AC A0A1D2IKW1.1
#=GS G9ZKB4_9LACO/2-175          AC G9ZKB4.1
#=GS A0A2A9DYT8_9MICO/510-714    AC A0A2A9DYT8.1
#=GS TRAA_AGRFC/656-737          AC Q44349.2
#=GS M1JAW3_9VIRU/1547-1834      AC M1JAW3.1
#=GS Q3SHW0_THIDA/753-853        AC Q3SHW0.1
#=GS A0A1L6Z3P9_9NIDO/3257-3484  AC A0A1L6Z3P9.1
#=GS Q84918_9VIRU/892-1148       AC Q84918.1
#=GS A0A0Q7XCR7_9RHIZ/640-737    AC A0A0Q7XCR7.1
#=GS POLN_HEVCH/971-1185         AC Q81862.1
#=GS A7XVN0_9VIRU/951-1196       AC A7XVN0.2
#=GS M7SBW0_EUTLA/1688-1945      AC M7SBW0.1
#=GS A0A1L3KK11_9VIRU/1772-2030  AC A0A1L3KK11.1
#=GS A0A3N2FP38_9CELL/499-710    AC A0A3N2FP38.1
#=GS W8IF22_ENSAD/654-731        AC W8IF22.1
#=GS F3ZQI2_9BACE/90-333         AC F3ZQI2.1
#=GS A0A2T1CBV5_9CYAN/361-488    AC A0A2T1CBV5.1
#=GS Q2V0R9_9VIRU/23-222         AC Q2V0R9.1
#=GS Q5QDM5_9BROM/784-1043       AC Q5QDM5.1
#=GS Q8SQK2_ENCCU/641-916        AC Q8SQK2.1
#=GS Q7CW18_AGRFC/704-764        AC Q7CW18.2
#=GS D5X4X6_THIK1/791-899        AC D5X4X6.1
#=GS D6D3J7_9BACE/24-310         AC D6D3J7.1
#=GS A0A3A4KXP5_9NOCA/491-706    AC A0A3A4KXP5.1
#=GS G8H9C9_9VIRU/926-1151       AC G8H9C9.1
#=GS A0A0Q6SIU9_9RHIZ/672-737    AC A0A0Q6SIU9.1
#=GS H9BR34_9NIDO/4728-5027      AC H9BR34.1
#=GS A0A482WP41_LAOST/311-536    AC A0A482WP41.1
#=GS Q5GR23_9VIRU/1193-1461      AC Q5GR23.1
#=GS A0A1L3KK59_9VIRU/1267-1515  AC A0A1L3KK59.1
#=GS J7HA37_9VIRU/932-1157       AC J7HA37.1
#=GS A0A1R3TXL7_9RHIZ/669-742    AC A0A1R3TXL7.1
#=GS V5LWR9_9VIRU/626-856        AC V5LWR9.1
#=GS Q85064_9BROM/719-986        AC Q85064.1
#=GS Q83077_9VIRU/188-413        AC Q83077.1
#=GS A0A3G2LQI1_9VIRU/441-686    AC A0A3G2LQI1.1
#=GS A0A1L3KK55_9VIRU/1119-1345  AC A0A1L3KK55.1
#=GS Q2TJB0_9VIRU/24-221         AC Q2TJB0.1
#=GS A0A0B2UJ34_9MICR/692-967    AC A0A0B2UJ34.1
#=GS A0A0F4IWJ0_9ACTN/10-223     AC A0A0F4IWJ0.1
#=GS X2D5B8_9NIDO/786-1015       AC X2D5B8.1
#=GS Q8JUV0_9CLOS/1679-1944      AC Q8JUV0.2
#=GS A0A1L3KK82_9VIRU/1336-1562  AC A0A1L3KK82.1
#=GS B9K3V6_AGRVS/649-737        AC B9K3V6.1
#=GS F8SRF7_RMV/823-1076         AC F8SRF7.1
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#=GS C2KVJ3_9FIRM/464-608        AC C2KVJ3.1
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