GenomeNet

Database: PROSITE
Entry: PS50068
LinkDB: PS50068
Original site: PS50068 
ID   LDLRA_2; MATRIX.
AC   PS50068;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 10-APR-2019 INFO UPDATE.
DE   LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.4750000; R2=0.0125000; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1068.0335693; R2=3.5369127; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=798; H_SCORE=3890; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=638; H_SCORE=3325; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-21,-4,1,-17,-13,-9,-15,-2,-14,-9,-1,-9,0,-2,3,5,-11,-27,-13,0;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-1,-25,0,2,-22,-8,-6,-20,-2,-20,-13,0,1,1,-4,3,-2,-17,-28,-16,0;
MA   /I: II=-7; MI=-7; IM=-7; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='P'; M=-1,-5,-21,-3,3,-22,-10,-12,-18,-4,-19,-13,-5,11,-2,-8,1,-3,-16,-27,-18,-1; D=-3;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='N'; M=-7,8,-23,8,1,-21,0,-3,-24,-5,-20,-15,9,-14,-3,-5,4,-1,-19,-28,-13,-2;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='E'; M=-9,0,-27,3,19,-22,-15,3,-22,4,-17,-9,-1,-10,16,2,-2,-8,-22,-21,-9,17;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-27,-22,-34,-26,58,-29,-12,0,-24,7,1,-18,-28,-31,-16,-18,-10,0,7,27,-26;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-3,-25,-4,6,-24,-17,0,-19,9,-17,-6,-2,-10,15,13,-1,-3,-17,-24,-10,9;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-1,-24,-1,0,-22,-3,-7,-22,0,-20,-13,0,-6,-2,-1,2,-4,-17,-26,-15,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-5,18,-20,14,1,-22,-2,-1,-22,-4,-24,-17,22,-15,-2,-6,10,1,-20,-33,-17,-1;
MA   /I: II=-4; MI=-5; IM=-5; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-4,-26,-5,-8,-23,25,-8,-28,-8,-22,-14,2,-16,-8,-7,0,-11,-23,-23,-18,-9; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-5,-24,-6,4,-19,-18,-2,-16,8,-14,-6,-2,-14,8,13,-1,-2,-13,-24,-8,5;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-30;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-29,-25,-36,-28,2,-36,-27,40,-27,20,17,-22,-23,-21,-26,-19,-8,29,-20,0,-28;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-4,-28,-1,2,-24,-13,-9,-19,-5,-23,-15,-4,27,-3,-10,2,-3,-21,-29,-19,-3; D=-4;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-8,-24,-10,-2,-15,-14,-9,-11,-1,-9,-3,-5,-11,-1,1,-5,-6,-10,-21,-10,-3;
MA   /M: SY='S'; M=-3,0,-21,0,2,-17,-9,-3,-18,-3,-16,-11,2,-14,0,-2,6,0,-14,-25,-10,1;
MA   /M: SY='W'; M=-11,-17,-30,-19,-10,0,-20,-12,-13,-3,-8,-7,-15,-22,-5,-2,-17,-13,-15,25,8,-7;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-19,-22,-21,-14,-6,-24,-14,2,-4,2,3,-16,-22,-9,3,-13,-6,7,-16,-5,-12;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-29,-29,-20,-19,-20,-39,-28,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
MA   /M: SY='D'; M=-17,46,-27,56,14,-34,-8,2,-34,0,-29,-27,29,-13,0,-8,2,-7,-29,-40,-20,7;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-5,-28,-6,-13,-25,42,-11,-33,-13,-25,-16,3,-19,-12,-11,-1,-15,-26,-22,-22,-13;
MA   /M: SY='D'; M=-8,1,-24,3,2,-15,-18,-3,-12,-2,-12,-8,-2,-16,-1,-4,-4,-5,-8,-25,-6,0;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='B'; M=-7,8,-23,7,1,-18,-14,-6,-17,-3,-18,-13,8,-5,-3,-5,-1,-4,-15,-27,-13,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-18,44,-29,59,18,-37,-9,2,-37,0,-28,-27,21,-11,1,-8,0,-9,-29,-39,-19,10;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-6,-26,-4,-1,-22,3,-9,-21,-5,-18,-12,-4,-2,-4,-6,0,-7,-18,-25,-16,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-16,39,-28,52,13,-33,-6,0,-35,-2,-28,-26,20,-11,-1,-9,1,-8,-28,-36,-17,6;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-4,-26,-6,-11,-24,33,-10,-30,-11,-24,-15,4,-18,-10,-11,0,-13,-25,-19,-19,-11;
MA   /M: SY='S'; M=5,2,-15,2,5,-20,-4,-8,-20,-7,-24,-16,7,-11,1,-9,25,11,-13,-35,-17,3;
MA   /M: SY='D'; M=-18,42,-29,60,18,-36,-10,0,-37,-1,-27,-27,16,-11,-1,-10,-1,-9,-27,-36,-18,8;
MA   /M: SY='E'; M=-10,11,-29,20,53,-29,-18,-1,-29,8,-20,-20,1,-2,17,-1,1,-9,-28,-30,-19,35;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-3,-22,-3,6,-19,-16,-6,-14,2,-11,-7,-3,-11,3,0,-2,-4,-12,-25,-11,4; D=-3;
MA   /I: DM=-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-23,6,-1,-20,-2,-2,-19,-5,-17,-12,10,-15,-2,-5,0,-6,-18,-28,-12,-3;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-3,-22,-3,0,-21,-4,-9,-19,-5,-19,-13,-1,-2,-4,-6,4,-1,-14,-28,-18,-3;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2019_03,559634;
NR   /TOTAL=914(165); /POSITIVE=914(165); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=11; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=36;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=LDL-receptor class A;
CC   /VERSION=6;
DR   Q6UXC1    , AEGP_HUMAN , T; A2AJA7    , AEGP_MOUSE , T;
DR   Q63191    , AEGP_RAT   , T; A6QNY1    , CD320_BOVIN, T;
DR   Q9NPF0    , CD320_HUMAN, T; Q9Z1P5    , CD320_MOUSE, T;
DR   Q5HZW5    , CD320_RAT  , T; P05156    , CFAI_HUMAN , T;
DR   Q61129    , CFAI_MOUSE , T; Q5R5A4    , CFAI_PONAB , T;
DR   Q9WUW3    , CFAI_RAT   , T; Q29RU4    , CO6_BOVIN  , T;
DR   P13671    , CO6_HUMAN  , T; P61134    , CO6_PANTR  , T;
DR   P61135    , CO6_PONPY  , T; Q811M5    , CO6_RAT    , T;
DR   Q29RQ1    , CO7_BOVIN  , T; P10643    , CO7_HUMAN  , T;
DR   Q9TUQ3    , CO7_PIG    , T; Q5RAD0    , CO7_PONAB  , T;
DR   P07357    , CO8A_HUMAN , T; Q8K182    , CO8A_MOUSE , T;
DR   P98136    , CO8A_RABIT , T; P07358    , CO8B_HUMAN , T;
DR   Q8BH35    , CO8B_MOUSE , T; Q90X85    , CO8B_ONCMY , T;
DR   Q9PVW7    , CO8B_PAROL , T; P98137    , CO8B_RABIT , T;
DR   P55314    , CO8B_RAT   , T; Q3MHN2    , CO9_BOVIN  , T;
DR   P48770    , CO9_HORSE  , T; P02748    , CO9_HUMAN  , T;
DR   P06683    , CO9_MOUSE  , T; P06682    , CO9_ONCMY  , T;
DR   P48747    , CO9_RABIT  , T; Q62930    , CO9_RAT    , T;
DR   P79755    , CO9_TAKRU  , T; Q9Y5Q5    , CORIN_HUMAN, T;
DR   Q9Z319    , CORIN_MOUSE, T; Q80YN4    , CORIN_RAT  , T;
DR   A0A0F7YYX3, CPROH_CONVC, T; B2DCR8    , CTX_SEPES  , T;
DR   A8X765    , EGG1_CAEBR , T; Q09967    , EGG1_CAEEL , T;
DR   E3LYX0    , EGG1_CAERE , T; Q21629    , EGG2_CAEEL , T;
DR   P98072    , ENTK_BOVIN , T; P98073    , ENTK_HUMAN , T;
DR   P97435    , ENTK_MOUSE , T; P98074    , ENTK_PIG   , T;
DR   P16222    , GLBL_LAMSP , T; P18207    , GLBL_TYLHE , T;
DR   P18208    , GLBM_TYLHE , T; P46023    , GR101_LYMST, T;
DR   P98153    , IDD_HUMAN  , T; P98154    , IDD_MOUSE  , T;
DR   Q99087    , LDLR1_XENLA, T; Q99088    , LDLR2_XENLA, T;
DR   P01131    , LDLR_BOVIN , T; P35950    , LDLR_CRIGR , T;
DR   P01130    , LDLR_HUMAN , T; P35951    , LDLR_MOUSE , T;
DR   Q28832    , LDLR_PIG   , T; P20063    , LDLR_RABIT , T;
DR   P35952    , LDLR_RAT   , T; Q5T700    , LRAD1_HUMAN, T;
DR   Q5SZI1    , LRAD2_HUMAN, T; Q86YD5    , LRAD3_HUMAN, T;
DR   A2AR95    , LRAD3_MOUSE, T; A4IHY6    , LRAD3_XENTR, T;
DR   O15165    , LRAD4_HUMAN, T; Q8BWJ4    , LRAD4_MOUSE, T;
DR   Q7Z4F1    , LRP10_HUMAN, T; Q7TQH7    , LRP10_MOUSE, T;
DR   Q86VZ4    , LRP11_HUMAN, T; Q8CB67    , LRP11_MOUSE, T;
DR   Q9Y561    , LRP12_HUMAN, T; Q9BE74    , LRP12_MACFA, T;
DR   Q8BUJ9    , LRP12_MOUSE, T; Q5R662    , LRP12_PONAB, T;
DR   Q9NZR2    , LRP1B_HUMAN, T; Q9JI18    , LRP1B_MOUSE, T;
DR   P98157    , LRP1_CHICK , T; Q07954    , LRP1_HUMAN , T;
DR   Q91ZX7    , LRP1_MOUSE , T; P98164    , LRP2_HUMAN , T;
DR   A2ARV4    , LRP2_MOUSE , T; C0HL13    , LRP2_PIG   , T;
DR   P98158    , LRP2_RAT   , T; O75074    , LRP3_HUMAN , T;
DR   O88204    , LRP3_RAT   , T; O75096    , LRP4_HUMAN , T;
DR   Q8VI56    , LRP4_MOUSE , T; Q9QYP1    , LRP4_RAT   , T;
DR   O75197    , LRP5_HUMAN , T; Q91VN0    , LRP5_MOUSE , T;
DR   O75581    , LRP6_HUMAN , T; O88572    , LRP6_MOUSE , T;
DR   Q98931    , LRP8_CHICK , T; Q14114    , LRP8_HUMAN , T;
DR   Q924X6    , LRP8_MOUSE , T; Q04833    , LRP_CAEEL  , T;
DR   Q5VYJ5    , MALR1_HUMAN, T; A2AJX4    , MALR1_MOUSE, T;
DR   Q9BY79    , MFRP_HUMAN , T; Q8K480    , MFRP_MOUSE , T;
DR   G5EF33    , MIG13_CAEEL, T; B3EWZ5    , MLRP1_ACRMI, T;
DR   B3EWZ6    , MLRP2_ACRMI, T; Q9VER6    , MODSP_DROME, T;
DR   P34576    , MUA3_CAEEL , T; Q8TDF5    , NETO1_HUMAN, T;
DR   Q8R4I7    , NETO1_MOUSE, T; Q8NC67    , NETO2_HUMAN, T;
DR   Q8BNJ6    , NETO2_MOUSE, T; C6K2K4    , NETO2_RAT  , T;
DR   P98159    , NUDEL_DROME, T; P98160    , PGBM_HUMAN , T;
DR   Q05793    , PGBM_MOUSE , T; P85831    , PROH4_APIME, T;
DR   E2AX35    , PROH4_CAMFO, T; P98162    , RSVR_COTJA , T;
DR   Q9HBX9    , RXFP1_HUMAN, T; Q6R6I7    , RXFP1_MOUSE, T;
DR   Q5R5V8    , RXFP1_PONAB, T; Q6R6I6    , RXFP1_RAT  , T;
DR   Q5XM32    , RXFP2_CANLF, T; Q8WXD0    , RXFP2_HUMAN, T;
DR   Q91ZZ5    , RXFP2_MOUSE, T; O76411    , SCD2_CAEEL , T;
DR   Q98930    , SORL_CHICK , T; Q92673    , SORL_HUMAN , T;
DR   O88307    , SORL_MOUSE , T; Q95209    , SORL_RABIT , T;
DR   O43278    , SPIT1_HUMAN, T; Q9R097    , SPIT1_MOUSE, T;
DR   P98167    , SSPO_BOVIN , T; Q2PC93    , SSPO_CHICK , T;
DR   A2VEC9    , SSPO_HUMAN , T; Q8CG65    , SSPO_MOUSE , T;
DR   Q700K0    , SSPO_RAT   , T; Q0IIH7    , ST14_BOVIN , T;
DR   Q9Y5Y6    , ST14_HUMAN , T; P56677    , ST14_MOUSE , T;
DR   O15393    , TMPS2_HUMAN, T; Q9JIQ8    , TMPS2_MOUSE, T;
DR   P57727    , TMPS3_HUMAN, T; Q8K1T0    , TMPS3_MOUSE, T;
DR   Q8IU80    , TMPS6_HUMAN, T; Q9DBI0    , TMPS6_MOUSE, T;
DR   Q7RTY8    , TMPS7_HUMAN, T; Q8BIK6    , TMPS7_MOUSE, T;
DR   P86091    , TMPS7_RAT  , T; Q7Z410    , TMPS9_HUMAN, T;
DR   P69525    , TMPS9_MOUSE, T; P69526    , TMPS9_RAT  , T;
DR   Q06561    , UNC52_CAEEL, T; Q6X0I2    , VGR_SOLIN  , T;
DR   P98165    , VLDLR_CHICK, T; P98155    , VLDLR_HUMAN, T;
DR   P98156    , VLDLR_MOUSE, T; P35953    , VLDLR_RABIT, T;
DR   P98166    , VLDLR_RAT  , T; P34434    , YL54_CAEEL , T;
DR   P98163    , YL_DROME   , T;
DR   Q9UM73    , ALK_HUMAN  , N; P97793    , ALK_MOUSE  , N;
DR   Q28034    , GLU2B_BOVIN, N; P14314    , GLU2B_HUMAN, N;
DR   O08795    , GLU2B_MOUSE, N; P98161    , PKD1_HUMAN , N;
DR   O08852    , PKD1_MOUSE , N; Q9NRS4    , TMPS4_HUMAN, N;
DR   Q8VCA5    , TMPS4_MOUSE, N; Q9BYE2    , TMPSD_HUMAN, N;
DR   Q5U405    , TMPSD_MOUSE, N;
3D   1AJJ; 1CR8; 1D2J; 1D2L; 1F5Y; 1F8Z; 1J8E; 1JRF; 1K7B; 1LDL; 1LDR; 1N7D;
3D   1V9U; 1XFE; 2FCW; 2FYJ; 2FYL; 2I1P; 2JM4; 2KNX; 2KNY; 2KRI; 2LGP; 2M0P;
3D   2M7P; 2M96; 2XRC; 3A7Q; 3DPR; 3M0C; 3OJY; 3P5C; 3T5O; 4A5W; 4E0S; 4ZRP;
3D   4ZRQ; 5B4X; 5B4Y; 5FMW; 5O32; 5OY9; 5OYL; 6BYV; 6CXO; 6DLW; 6H04;
PR   PRU00124;
DO   PDOC00929;
//
DBGET integrated database retrieval system