ID FG_GAP; MATRIX.
AC PS51470;
DT 01-DEC-2009 CREATED; 01-APR-2016 DATA UPDATE; 25-MAY-2022 INFO UPDATE.
DE FG-GAP repeat profile.
MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=61;
MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=61;
MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6799066; R2=0.0073510; TEXT='NScore';
MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=928; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=520; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='R?';
MA /DEFAULT: M0=-19; D=-250; I=-250; B1=-200; E1=-200; MI=-155; MD=-155; IM=-155; DM=-155;
MA /I: B1=0; BI=-155; BD=-155;
MA /M: SY='Q'; M=-18,-23,1,6,-33,-17,10,-12,-12,-18,-25,36,-28,40,-4,-5,-8,-22,-35,-26;
MA /I: B1=-25; BI=-155; BD=-155;
MA /M: SY='R'; M=-10,-21,-6,-13,-17,0,-12,0,-6,7,0,-7,6,-13,15,2,6,11,-9,0;
MA /I: B1=-50; BI=-155; BD=-155;
MA /M: SY='D'; M=-9,-24,19,-1,-13,-8,-21,11,-13,8,-14,-14,7,-19,-8,3,10,2,-3,-18;
MA /I: B1=-70; BI=-155; BD=-155;
MA /M: SY='T'; M=-3,-30,2,8,0,-23,9,-6,-3,10,-15,-8,9,10,-5,-9,10,1,-31,-3;
MA /M: SY='G'; M=2,-10,-18,10,-21,16,9,-10,1,-13,-10,-3,1,-9,0,12,6,-12,-32,-3;
MA /I: B1=-100; BI=-155; BD=-155; I=-44; MD=-27;
MA /M: SY='S'; M=-6,-41,9,-21,-21,19,8,0,-14,-25,-33,13,6,-7,-23,30,-7,-18,-68,-13; D=-44;
MA /I: I=-44; MD=-27;
MA /M: SY='W'; M=-7,-71,-7,-16,-5,-26,36,-46,-1,-40,-43,-28,30,8,-42,20,-4,-29,40,-34; D=-44;
MA /I: I=-44; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA /M: SY='E'; M=-22,-2,-17,33,20,30,-6,-45,-42,-26,-26,-18,-14,-19,-34,-8,-36,-43,-32,-33; D=-44;
MA /I: I=-44; DM=-27;
MA /M: SY='E'; M=-28,-67,14,28,-13,28,1,-18,-9,-41,-17,12,0,25,-1,1,-21,-51,-68,-32; D=-44;
MA /I: I=-44; DM=-27;
MA /M: SY='Q'; M=-29,-67,-14,4,-10,-34,28,-39,32,-28,10,-25,36,49,5,-8,-18,-22,-59,19; D=-44;
MA /I: I=-44; DM=-27;
MA /M: SY='G'; M=-8,-49,13,20,-25,24,-1,-5,-25,-27,18,-15,21,-5,3,6,12,-13,-64,-14;
MA /M: SY='Y'; M=-1,-60,2,-31,16,34,7,-20,-45,0,34,35,-13,-48,-42,5,-30,-49,7,36;
MA /M: SY='S'; M=16,50,-18,-9,-62,7,-21,-52,-16,-46,19,-26,-33,46,4,53,-17,-53,-67,-44;
MA /M: SY='W'; M=-38,-67,-53,-19,4,-16,10,-53,-23,-31,20,-21,-39,44,30,4,-13,-55,87,69;
MA /M: SY='F'; M=-25,-18,-68,-31,96,-39,-54,-16,-61,29,4,-62,-69,-20,-39,-45,-36,-29,-39,-18;
MA /M: SY='G'; M=-37,-64,-52,-64,-70,99,-59,-77,-57,-73,-62,-38,-56,-55,-65,-37,-56,-56,-61,-65;
MA /M: SY='Y'; M=-1,-44,-51,-32,50,-24,-10,-11,-44,-4,-2,-53,-63,8,-17,12,-9,2,33,67;
MA /M: SY='S'; M=28,-41,-29,-19,-60,-32,-50,-49,-45,-58,-53,-23,-37,-35,-42,79,41,-19,-70,-55;
MA /M: SY='V'; M=8,-56,-68,-62,-38,-53,-61,31,-61,48,25,-62,-64,-58,-62,-22,-20,51,-65,-46;
MA /M: SY='A'; M=41,20,22,-20,-31,-46,36,-49,-21,-14,-46,-42,-56,6,11,21,18,3,-69,-50;
MA /M: SY='G'; M=9,-59,-54,-34,18,30,-31,-5,-40,-11,-20,-18,-8,9,-1,25,0,15,-12,-7;
MA /I: I=-17; MD=-10;
MA /M: SY='H'; M=-1,-63,-40,-34,-27,13,42,-29,-43,9,-24,0,-64,-1,-50,-2,19,11,-69,1; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='D'; M=-74,-88,88,-11,-92,-72,3,-92,-52,-90,-87,-30,-36,-38,-68,-63,-65,-89,-106,-57; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='L'; M=-49,-47,-99,-92,-8,-99,-89,14,-90,25,-5,-93,-95,-88,-68,-86,-59,12,-87,-68; D=-17;
MA /I: I=-17; DM=-10;
MA /M: SY='N'; M=-64,-84,49,-52,-89,-59,-62,-87,-56,-60,-83,61,-82,-45,-60,-31,-18,-77,-105,-59; D=-17;
MA /I: I=-17; DM=-10;
MA /M: SY='G'; M=-37,-77,-21,-36,-80,43,-16,-77,0,-63,-6,2,-56,42,-1,-13,-53,-55,-78,-69; D=-17;
MA /I: I=-17; DM=-10;
MA /M: SY='D'; M=-46,-73,80,-31,-80,-45,-49,-77,-15,-80,-73,56,19,-44,-41,-39,-36,-76,-91,-68; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='G'; M=-42,-70,-30,-59,-64,78,-37,-81,-23,-78,-68,-32,-63,-35,-19,12,-25,-75,-71,-69; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='Y'; M=-65,-80,-73,-34,10,-70,-20,-23,-1,9,-15,-16,-81,-37,-31,-21,-52,-33,22,47; D=-17;
MA /I: I=-17; DM=-10;
MA /M: SY='P'; M=-12,-67,-2,-26,-55,-14,1,-39,-52,-65,-28,31,49,8,-60,-22,48,-25,-79,-63; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='D'; M=-51,-67,90,-5,-72,-19,-23,-71,-12,-59,-66,2,-57,3,-16,24,-25,-58,-82,-39; D=-17;
MA /I: I=-17; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA /M: SY='L'; M=-36,-58,-71,-65,17,-72,-63,44,-64,52,-10,-67,-32,-62,-64,-59,-46,51,-60,-33;
MA /I: I=-76; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
MA /M: SY='L'; M=25,-55,-51,-60,-14,-63,-61,26,-60,49,7,-62,-64,-41,-61,-38,-22,46,-63,-45;
MA /M: SY='V'; M=15,-55,-67,-62,-16,-56,-66,39,-60,8,15,-60,-63,-59,-62,-30,-1,69,-67,-47;
MA /M: SY='G'; M=-8,75,-54,-62,-67,87,-59,-73,-56,-69,-60,-41,-59,-56,-40,-14,-38,-65,-65,-65;
MA /M: SY='A'; M=82,-31,-39,-48,-63,5,-55,-53,-41,-51,-35,-46,-54,-46,-43,25,-20,-27,-64,-58;
MA /M: SY='P'; M=-53,-74,-55,-34,2,-58,22,-45,-46,-23,-50,-59,111,-29,-44,-52,-41,-11,-21,-31;
MA /M: SY='G'; M=-39,-62,-46,-43,9,46,1,-48,-5,14,6,-13,-60,4,41,-9,-1,-52,20,2;
MA /M: SY='Y'; M=24,-61,2,15,9,-15,5,-34,-34,-36,-47,-34,-46,6,-20,24,-13,-11,54,58;
MA /I: I=-33; MD=-21;
MA /M: SY='H'; M=-6,-63,14,-5,20,17,31,-29,-2,-28,11,5,-29,-23,-35,10,-12,-16,-5,30; D=-33;
MA /I: I=-33; MD=-21;
MA /M: SY='W'; M=-17,-74,-9,-7,-24,-17,-3,-30,-15,-38,-61,14,-36,-5,-22,5,-3,-14,42,-12; D=-33;
MA /I: I=-33; MD=-21;
MA /M: SY='R'; M=-4,-76,-36,-21,-44,-20,-17,-19,-43,-30,-60,-34,-2,-12,14,-5,-3,9,-83,-67; D=-33;
MA /I: I=-33; MD=-21;
MA /M: SY='C'; M=-22,26,-34,-36,-46,-21,-43,-55,-47,-30,-71,-29,-53,6,-48,-37,-13,-13,-89,-12; D=-33;
MA /I: I=-33; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA /M: SY='Y'; M=-40,-66,29,6,8,-43,-23,-41,-9,2,-33,20,-63,20,-1,-29,9,-31,-54,55; D=-33;
MA /I: I=-33; DM=-21;
MA /M: SY='W'; M=-47,-69,-20,19,-30,-30,25,-42,-19,-13,-26,-2,13,24,44,-2,-17,-41,97,-21; D=-33;
MA /I: I=-33; DM=-21;
MA /M: SY='T'; M=12,-58,-25,-20,-37,0,-8,-18,3,-31,-6,-6,-3,25,17,25,34,3,-65,-26;
MA /M: SY='G'; M=-39,-65,-29,-56,-67,90,-54,-74,-38,-62,-43,-39,-57,-7,28,-39,-55,-56,-61,-35;
MA /M: SY='P'; M=31,-27,-17,-44,-48,3,-27,-11,-5,-17,4,-40,47,24,12,9,8,-17,-65,-54;
MA /M: SY='V'; M=-21,71,-70,-65,-12,-62,-68,28,-62,7,-17,-63,-67,-46,-64,-47,-37,74,-71,-48;
MA /M: SY='Y'; M=-12,-62,-62,-60,45,-43,-7,9,-42,11,-34,-58,-67,-39,-30,-9,-36,9,1,89;
MA /M: SY='I'; M=-16,-60,3,-27,-38,-50,-3,32,7,19,-12,-30,-60,5,9,-4,4,28,17,-14;
MA /M: SY='C'; M=-9,75,-36,-33,42,-64,-36,10,-31,7,-8,-43,-67,-29,-57,-43,-21,19,-46,62;
MA /M: SY='P'; M=-33,-62,6,-11,-39,-18,24,-19,-13,-13,-19,34,41,22,11,14,20,-40,-63,15;
MA /M: SY='Q'; M=3,-33,-13,-30,-37,28,-28,-4,-23,-8,-25,10,18,28,-43,18,-4,12,16,-17;
MA /M: SY='N'; M=-11,-60,19,12,-44,-3,26,-36,3,-52,-29,38,-6,22,8,29,21,-28,-70,-47;
MA /M: SY='Q'; M=-8,-60,-2,0,5,-1,-14,-16,4,12,10,-13,-3,36,-13,13,10,-12,-15,-38;
MA /I: E1=-100; IE=-155; DE=-155;
MA /M: SY='Q'; M=-9,-19,2,2,-15,12,1,-7,2,-8,-11,14,-12,14,11,9,1,-21,-33,-26;
MA /I: E1=-70; IE=-155; DE=-155;
MA /M: SY='G'; M=-11,-30,-4,-15,15,15,-7,-2,-13,-3,0,-1,4,-7,8,2,5,0,-29,-11;
MA /M: SY='C'; M=-1,17,-3,5,-4,-8,-16,5,-10,2,-15,2,6,6,-8,5,8,-12,4,-5;
MA /I: E1=-30; IE=-155; DE=-155;
MA /M: SY='P'; M=-5,-4,7,1,5,-6,-11,-16,-3,-3,-6,0,22,5,6,8,4,-15,-15,-15;
MA /I: E1=-15; IE=-155; DE=-155;
MA /M: SY='P'; M=-6,10,0,2,-6,-14,-8,-11,-1,-8,0,-4,16,11,6,12,2,-14,6,4;
MA /I: E1=0; IE=-155; DE=-155;
NR /RELEASE=2022_02,567483;
NR /TOTAL=423(62); /POSITIVE=423(62); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR /FALSE_NEG=10; /PARTIAL=0;
CC /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC /SCALING_DB=reversed;
CC /AUTHOR=N_Hulo;
CC /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=7;
CC /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=FG-GAP;
CC /VERSION=2;
DR Q03600 , INA1_CAEEL , T; O75578 , ITA10_HUMAN, T;
DR Q9UKX5 , ITA11_HUMAN, T; P61622 , ITA11_MOUSE, T;
DR Q24247 , ITA1_DROME , T; P56199 , ITA1_HUMAN , T;
DR Q3V3R4 , ITA1_MOUSE , T; P18614 , ITA1_RAT , T;
DR P08514 , ITA2B_HUMAN, T; Q9QUM0 , ITA2B_MOUSE, T;
DR P53711 , ITA2B_PAPCY, T; P53710 , ITA2_BOVIN , T;
DR P12080 , ITA2_DROME , T; P17301 , ITA2_HUMAN , T;
DR Q62469 , ITA2_MOUSE , T; F1MMS9 , ITA3_BOVIN , T;
DR P17852 , ITA3_CRIGR , T; O44386 , ITA3_DROME , T;
DR P26006 , ITA3_HUMAN , T; Q62470 , ITA3_MOUSE , T;
DR Q9V7A4 , ITA4_DROME , T; P13612 , ITA4_HUMAN , T;
DR Q00651 , ITA4_MOUSE , T; Q91687 , ITA4_XENLA , T;
DR Q9W1M8 , ITA5_DROME , T; P08648 , ITA5_HUMAN , T;
DR P11688 , ITA5_MOUSE , T; Q06274 , ITA5_XENLA , T;
DR P26007 , ITA6_CHICK , T; P23229 , ITA6_HUMAN , T;
DR Q61739 , ITA6_MOUSE , T; Q13683 , ITA7_HUMAN , T;
DR Q61738 , ITA7_MOUSE , T; Q63258 , ITA7_RAT , T;
DR P26009 , ITA8_CHICK , T; P53708 , ITA8_HUMAN , T;
DR A2ARA8 , ITA8_MOUSE , T; Q13797 , ITA9_HUMAN , T;
DR B8JK39 , ITA9_MOUSE , T; Q13349 , ITAD_HUMAN , T;
DR Q3V0T4 , ITAD_MOUSE , T; Q9QYE7 , ITAD_RAT , T;
DR P38570 , ITAE_HUMAN , T; Q60677 , ITAE_MOUSE , T;
DR P61625 , ITAL_BOVIN , T; P20701 , ITAL_HUMAN , T;
DR P24063 , ITAL_MOUSE , T; P11215 , ITAM_HUMAN , T;
DR P05555 , ITAM_MOUSE , T; P80746 , ITAV_BOVIN , T;
DR P26008 , ITAV_CHICK , T; P06756 , ITAV_HUMAN , T;
DR P43406 , ITAV_MOUSE , T; P20702 , ITAX_HUMAN , T;
DR Q9QXH4 , ITAX_MOUSE , T; A8X3A7 , PAT2_CAEBR , T;
DR P34446 , PAT2_CAEEL , T; P80109 , PHLD_BOVIN , T;
DR P80108 , PHLD_HUMAN , T; O70362 , PHLD_MOUSE , T;
DR Q8R2H5 , PHLD_RAT , T; Q86AV9 , PLDG_DICDI , T;
DR Q9NQ79 , CRAC1_HUMAN, N; Q8R555 , CRAC1_MOUSE, N;
DR Q0V9M0 , CRAC1_XENTR, N; Q27969 , ITFG2_BOVIN, N;
DR Q969R8 , ITFG2_HUMAN, N; Q91WI7 , ITFG2_MOUSE, N;
DR Q5RBH8 , ITFG2_PONAB, N; Q8TB96 , TIP_HUMAN , N;
DR Q99KW9 , TIP_MOUSE , N; Q8R4E1 , TIP_RAT , N;
3D 1JV2; 1L5G; 1M1X; 1TYE; 1U8C; 2VC2; 2VDK; 2VDL; 2VDM; 2VDN; 2VDO; 2VDP;
3D 2VDQ; 2VDR; 3FCS; 3FCU; 3IJE; 3K6S; 3K71; 3K72; 3NID; 3NIF; 3NIG; 3T3M;
3D 3T3P; 3V4P; 3V4V; 3VI3; 3VI4; 3ZDX; 3ZDY; 3ZDZ; 3ZE0; 3ZE1; 3ZE2; 4CAK;
3D 4G1E; 4G1M; 4MMX; 4MMY; 4MMZ; 4NEH; 4NEN; 4O02; 4UM8; 4UM9; 4WJK; 4WK0;
3D 4WK2; 4WK4; 4Z7N; 4Z7O; 4Z7Q; 5E6R; 5E6S; 5E6U; 5ES4; 5FFG; 5FFO; 5HDB;
3D 5NEM; 5NER; 5NET; 5NEU; 6AVQ; 6AVR; 6AVU; 6DJP; 6MK0; 6MSL; 6MSU; 6NAJ;
3D 6OM1; 6OM2; 6UJA; 6UJB; 6UJC; 6V4P; 7CEB; 7CEC; 7LA4; 7NWL; 7NXD;
PR PRU00803;
DO PDOC51470;
//
