ID PAC; MATRIX.
AC PS50113;
DT 01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 17-JUN-2020 INFO UPDATE.
DE PAC domain profile.
MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4010999; R2=0.0265788; TEXT='NScore';
MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1888.6279297; R2=1.3953488; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=230; H_SCORE=2210; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=155; H_SCORE=2105; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA /M: SY='R'; M=-10,-8,-25,-11,-2,-8,-20,2,-15,1,-10,-4,-4,-16,6,8,-6,-4,-15,-15,2,1;
MA /M: SY='D'; M=-8,8,-24,10,6,-22,-11,-7,-21,-1,-18,-13,5,-7,1,-4,2,2,-18,-28,-14,3;
MA /M: SY='V'; M=-7,-17,-21,-20,-15,-1,-17,-14,0,-14,-1,-1,-16,-22,-14,-13,-10,-4,2,-6,1,-15;
MA /M: SY='E'; M=-10,10,-27,17,36,-28,-17,-3,-27,7,-21,-18,3,-2,13,1,2,-5,-25,-31,-18,24;
MA /M: SY='F'; M=-9,-21,-21,-24,-20,9,-21,-14,4,-16,1,2,-18,-19,-18,-14,-14,-8,4,-7,8,-20;
MA /M: SY='R'; M=-8,-7,-26,-8,1,-21,-14,-5,-19,10,-16,-7,-4,-16,8,21,-4,-5,-14,-18,-11,3;
MA /M: SY='L'; M=-8,-24,-21,-28,-21,11,-27,-16,16,-21,20,14,-21,-25,-19,-18,-18,-8,13,-16,4,-20;
MA /M: SY='I'; M=-8,-18,-23,-20,-10,-4,-28,-16,9,-10,4,4,-15,-18,-9,-8,-12,-6,7,-19,-1,-12;
MA /M: SY='R'; M=-8,3,-23,-1,1,-20,-11,0,-22,6,-19,-11,7,-14,3,13,-1,-3,-19,-26,-12,1;
MA /I: I=-8; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
MA /M: SY='K'; M=-5,-5,-25,-5,0,-22,-15,-11,-21,12,-19,-11,-3,-1,1,12,-5,-6,-17,-24,-14,-1;
MA /M: SY='D'; M=-13,28,-27,37,11,-32,-5,1,-32,-1,-27,-22,17,-8,1,-7,4,-5,-26,-35,-18,6;
MA /M: SY='G'; M=-1,-5,-28,-5,-13,-28,48,-16,-34,-14,-27,-18,3,-18,-14,-14,1,-15,-26,-23,-26,-13;
MA /M: SY='S'; M=0,-1,-19,-3,4,-22,-8,-10,-21,0,-20,-14,2,-10,3,3,12,10,-14,-29,-16,3;
MA /M: M=-7,-16,-20,-17,-9,-13,-21,-17,-2,-9,-4,-1,-14,-5,-9,-9,-8,-4,-2,-21,-11,-10;
MA /M: SY='F'; M=-10,-22,-23,-26,-19,12,-24,-15,5,-10,5,3,-16,-24,-16,-1,-15,-9,5,-12,6,-18;
MA /M: SY='W'; M=-13,-25,-33,-25,-18,1,-22,-12,-11,-16,-12,-10,-23,-12,-14,-14,-19,-12,-16,47,14,-15;
MA /M: SY='V'; M=-1,-20,-8,-25,-21,0,-20,-21,11,-21,10,6,-17,-25,-20,-20,-12,-6,13,-23,-7,-21;
MA /M: SY='E'; M=-10,-7,-26,-5,5,-11,-22,3,-9,-7,0,-2,-8,-17,1,-4,-11,-10,-10,-21,-2,2;
MA /M: SY='V'; M=-1,-19,-19,-21,-16,0,-19,-19,6,-18,7,2,-17,-22,-15,-16,-8,-2,8,-17,-5,-16;
MA /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0;
MA /M: SY='N'; M=-6,5,-19,3,1,-16,-13,-1,-18,1,-18,-12,7,-14,2,3,6,5,-13,-23,-8,0; D=-3;
MA /I: DM=-16;
MA /M: SY='A'; M=8,-16,-18,-20,-16,-11,-4,-20,2,-15,-2,-1,-12,-19,-16,-16,-3,-3,7,-22,-12,-17; D=-3;
MA /I: DM=-16;
MA /M: SY='S'; M=0,-9,-12,-12,-6,-16,-13,-10,-11,-6,-13,-7,-5,-16,-3,-5,5,4,-5,-27,-11,-5;
MA /M: SY='P'; M=-2,-19,-27,-15,-6,-18,-17,-20,-10,-13,-13,-11,-18,35,-13,-18,-8,-8,-12,-27,-21,-12;
MA /M: SY='I'; M=-9,-20,-23,-25,-17,-1,-28,-14,17,-16,9,12,-16,-21,-12,-13,-12,-4,12,-18,2,-17;
MA /M: SY='R'; M=-15,-16,-23,-18,-10,1,-23,-2,-10,1,-4,-1,-10,-21,-5,16,-13,-7,-8,-14,5,-10;
MA /M: SY='D'; M=-13,27,-27,33,7,-26,-4,1,-30,-4,-26,-22,19,-15,-2,-8,2,-6,-26,-26,-12,2;
MA /M: SY='E'; M=0,3,-24,6,14,-26,-7,-6,-22,1,-20,-14,1,-7,8,-3,4,-4,-18,-27,-17,10;
MA /M: SY='D'; M=-4,7,-25,8,5,-26,-4,-5,-25,4,-22,-15,6,-14,4,4,2,-5,-20,-26,-16,4;
MA /M: SY='G'; M=-6,6,-29,10,-3,-32,35,-8,-37,-10,-28,-20,6,-16,-6,-12,0,-15,-30,-26,-24,-5;
MA /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA /M: SY='E'; M=-6,1,-17,1,10,-20,-13,1,-20,4,-16,-10,2,-12,10,5,0,-4,-18,-23,-11,10; D=-6;
MA /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
MA /M: SY='V'; M=-2,-20,-15,-21,-17,2,-21,-17,11,-15,8,5,-19,-13,-17,-13,-11,-3,14,-14,-3,-17; D=-6;
MA /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA /M: SY='I'; M=-6,-12,-23,-14,-7,-15,-23,-13,1,-5,-4,0,-9,-14,-1,-2,-6,-3,1,-23,-9,-6;
MA /M: SY='G'; M=-8,-10,-27,-11,-7,-11,4,-2,-18,-6,-12,-7,-5,-19,-6,-3,-8,-13,-16,-14,0,-8;
MA /M: SY='F'; M=-9,-25,-22,-30,-22,21,-29,-17,13,-21,11,7,-21,-25,-21,-18,-16,-6,10,-4,15,-22;
MA /M: SY='I'; M=-7,-22,-16,-26,-19,-2,-28,-19,18,-21,16,11,-19,-23,-14,-17,-13,-4,15,-24,-5,-18;
MA /M: SY='G'; M=2,-16,-13,-19,-20,-13,19,-21,-15,-20,-9,-8,-11,-23,-20,-19,-5,-11,-7,-23,-18,-20;
MA /M: SY='V'; M=-3,-16,-17,-22,-19,2,-21,-19,11,-17,3,6,-12,-21,-16,-16,-4,5,14,-23,-5,-18;
MA /M: M=-3,-14,-19,-18,-14,-4,-8,-8,-5,-17,-5,-1,-9,-20,-9,-15,-6,-8,-5,-18,-5,-12;
MA /M: SY='R'; M=-8,-10,-24,-12,-3,-16,-21,-5,-8,3,-7,-1,-5,-17,5,13,-4,-3,-7,-24,-9,-1;
MA /M: SY='D'; M=-18,45,-29,62,18,-37,-10,-1,-37,-1,-29,-28,19,-9,0,-10,1,-9,-28,-39,-20,9;
MA /M: SY='I'; M=-7,-27,-24,-34,-27,-1,-30,-27,35,-26,18,16,-21,-23,-21,-25,-17,-6,26,-22,-4,-27;
MA /M: SY='T'; M=2,1,-12,-6,-7,-14,-13,-16,-13,-9,-15,-12,2,-11,-7,-9,22,37,-4,-32,-13,-7;
MA /M: SY='E'; M=-5,9,-27,15,27,-30,-12,-3,-26,4,-20,-16,1,-4,11,-3,0,-9,-23,-28,-18,19;
MA /M: SY='R'; M=-11,-10,-26,-12,0,-14,-21,2,-15,5,-6,-2,-6,-18,8,19,-9,-7,-13,-21,-5,2;
MA /M: SY='K'; M=-11,-4,-28,-4,3,-21,-21,-3,-19,25,-19,-6,-3,-14,6,19,-9,-8,-13,-20,-5,3;
MA /M: SY='Q'; M=-7,-3,-26,-3,16,-23,-19,-3,-16,7,-11,-3,-3,-12,18,10,-3,-5,-17,-24,-12,16;
MA /M: SY='A'; M=15,-16,-17,-21,-13,-9,-13,-19,-1,-14,0,-1,-14,-9,-12,-17,-2,0,2,-21,-11,-13;
MA /M: SY='E'; M=-8,-2,-28,0,22,-23,-19,-2,-15,3,-10,-5,-4,-11,18,2,-5,-9,-18,-23,-10,19;
MA /M: SY='E'; M=-4,3,-25,5,12,-24,-15,-2,-17,1,-13,-8,0,-12,12,1,-1,-7,-17,-26,-12,12;
MA /M: SY='E'; M=1,-1,-24,-2,11,-24,-15,-5,-19,8,-16,-9,0,-10,9,11,-1,-7,-17,-24,-15,9;
MA /M: SY='L'; M=-7,-22,-21,-23,-13,4,-26,-17,9,-19,28,11,-22,-25,-13,-12,-20,-8,4,-20,-3,-13;
MA /M: SY='Q'; M=-5,-1,-25,-3,7,-24,-17,1,-16,6,-15,-7,2,-13,14,10,-1,-4,-16,-25,-11,9;
MA /M: SY='E'; M=-5,2,-23,2,13,-23,-15,-4,-22,8,-17,-12,2,-11,9,12,-2,-5,-19,-25,-14,10;
MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR /RELEASE=2020_03,562755;
NR /TOTAL=144(115); /POSITIVE=144(115); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR /FALSE_NEG=107; /PARTIAL=0;
CC /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC /SCALING_DB=reversed;
CC /AUTHOR=K_Hofmann;
CC /TAXO-RANGE=A?EP?; /MAX-REPEAT=4;
CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=PAC;
CC /VERSION=6;
DR P58363 , ARCB_ECO57 , T; P0AEC3 , ARCB_ECOLI , T;
DR P0AEC4 , ARCB_SHIFL , T; Q06067 , ATOS_ECOLI , T;
DR Q9HPU8 , BAT_HALSA , T; Q9I3S1 , BDLA_PSEAE , T;
DR P26762 , BVGS_BORBR , T; P40330 , BVGS_BORPA , T;
DR P16575 , BVGS_BORPE , T; P35841 , DCRA_DESVH , T;
DR P37739 , DCTS_RHOCA , T; P38097 , DGCE_ECOLI , T;
DR Q8X8Q3 , DGCM_ECO57 , T; P77302 , DGCM_ECOLI , T;
DR A0A0H3AFM6, DGC_VIBC3 , T; Q54SP4 , DHKD_DICDI , T;
DR Q551X9 , DHKF_DICDI , T; Q86AT9 , DHKI_DICDI , T;
DR P76129 , DOSP_ECOLI , T; E5KK10 , FILI_METH6 , T;
DR P26489 , FIXL_AZOC5 , T; P23222 , FIXL_BRADU , T;
DR P10955 , FIXL_RHIME , T; Q02280 , KCNAE_DROME, T;
DR O18965 , KCNH1_BOVIN, T; O95259 , KCNH1_HUMAN, T;
DR Q60603 , KCNH1_MOUSE, T; Q63472 , KCNH1_RAT , T;
DR Q9TSZ3 , KCNH2_CANLF, T; Q12809 , KCNH2_HUMAN, T;
DR O35219 , KCNH2_MOUSE, T; Q8WNY2 , KCNH2_RABIT, T;
DR O08962 , KCNH2_RAT , T; Q9ULD8 , KCNH3_HUMAN, T;
DR Q9WVJ0 , KCNH3_MOUSE, T; O89047 , KCNH3_RAT , T;
DR Q9UQ05 , KCNH4_HUMAN, T; Q9R1T9 , KCNH4_RAT , T;
DR Q8NCM2 , KCNH5_HUMAN, T; Q920E3 , KCNH5_MOUSE, T;
DR Q9EPI9 , KCNH5_RAT , T; Q96L42 , KCNH8_HUMAN, T;
DR P59111 , KCNH8_MOUSE, T; Q9QWS8 , KCNH8_RAT , T;
DR P39764 , KINC_BACSU , T; B2SB67 , LOVHK_BRUA1, T;
DR Q2YKK7 , LOVHK_BRUA2, T; Q577Y7 , LOVHK_BRUAB, T;
DR A9MBM8 , LOVHK_BRUC2, T; Q8YC53 , LOVHK_BRUME, T;
DR A5VUS1 , LOVHK_BRUO2, T; A9WYQ7 , LOVHK_BRUSI, T;
DR Q8FW73 , LOVHK_BRUSU, T; A6X554 , LOVHK_OCHA4, T;
DR Q48IV1 , LOVHK_PSE14, T; Q881J7 , LOVHK_PSESM, T;
DR Q4ZSY3 , LOVHK_PSEU2, T; Q1M667 , LOVHK_RHIL3, T;
DR Q2NCA3 , LVHK1_ERYLH, T; Q2NB77 , LVHK2_ERYLH, T;
DR Q2NB98 , LVHTH_ERYLH, T; Q9P7Q7 , MAK1_SCHPO , T;
DR O74539 , MAK3_SCHPO , T; Q8THF6 , MSMS_METAC , T;
DR P30663 , NIFL_AZOVI , T; P56267 , NIFL_KLEOX , T;
DR P06772 , NIFL_KLEPN , T; P15939 , NODV_BRADU , T;
DR O48963 , PHOT1_ARATH, T; P93025 , PHOT2_ARATH, T;
DR Q9ST27 , PHOT2_ORYSJ, T; O34627 , PHOT_BACSU , T;
DR Q8LPD9 , PHOT_CHLRE , T; Q92DM1 , PHOT_LISIN , T;
DR P58724 , PHOT_LISMO , T; Q2QYY8 , PHT1A_ORYSJ, T;
DR Q2RBR1 , PHT1B_ORYSJ, T; P25848 , PHY1_CERPU , T;
DR Q01549 , PHY1_SELMA , T; P33530 , PHYA1_TOBAC, T;
DR P30733 , PHYA_SOLTU , T; P55004 , PHYE_IPONI , T;
DR P33529 , PHY_MOUSC , T; Q9HWA7 , PPRA_PSEAE , T;
DR Q9P896 , TCSA_EMENI , T; O87939 , TDIS_THAAR , T;
DR O64511 , TLOV1_ARATH, T; Q8KIY1 , TMOS_PSEME , T;
DR A5W4E3 , TODS_PSEP1 , T; E0X9C7 , TODS_PSEPT , T;
DR Q45614 , WALK_BACSU , T; A7WWQ7 , WALK_STAA1 , T;
DR A6TXG9 , WALK_STAA2 , T; Q2FKN7 , WALK_STAA3 , T;
DR Q2G2U4 , WALK_STAA8 , T; A5INR0 , WALK_STAA9 , T;
DR Q2YUQ2 , WALK_STAAB , T; Q5HJX6 , WALK_STAAC , T;
DR A6QD58 , WALK_STAAE , T; Q7A305 , WALK_STAAM , T;
DR Q7A8E0 , WALK_STAAN , T; Q6GKS6 , WALK_STAAR , T;
DR Q6GD71 , WALK_STAAS , T; A8YYU2 , WALK_STAAT , T;
DR Q9RDT3 , WALK_STAAU , T; Q7A215 , WALK_STAAW , T;
DR Q5HK19 , WALK_STAEQ , T; Q8CU87 , WALK_STAES , T;
DR Q4LAJ8 , WALK_STAHJ , T; Q4A159 , WALK_STAS1 , T;
DR Q52969 , Y1002_RHIME, T; P9WLZ6 , Y1364_MYCTO, T;
DR P9WLZ7 , Y1364_MYCTU, T; Q04855 , Y3085_AZOC5, T;
DR P55552 , Y4LL_SINFN , T;
DR Q94BT6 , ADO1_ARATH , N; Q8W420 , ADO2_ARATH , N;
DR Q9C9W9 , ADO3_ARATH , N; O02219 , AHA1_CAEEL , N;
DR Q95LD9 , AHR_DELLE , N; P35869 , AHR_HUMAN , N;
DR P30561 , AHR_MOUSE , N; Q8R4S7 , AHR_MUSCR , N;
DR Q8R4S6 , AHR_MUSMC , N; Q8R4S5 , AHR_MUSMM , N;
DR Q8R4S4 , AHR_MUSSI , N; Q8R4S2 , AHR_MUSSP , N;
DR O02747 , AHR_RABIT , N; P41738 , AHR_RAT , N;
DR Q9DG12 , ARNT2_DANRE, N; Q9HBZ2 , ARNT2_HUMAN, N;
DR Q61324 , ARNT2_MOUSE, N; Q78E60 , ARNT2_RAT , N;
DR Q9BE97 , ARNT_BOVIN , N; O15945 , ARNT_DROME , N;
DR P27540 , ARNT_HUMAN , N; P53762 , ARNT_MOUSE , N;
DR P79832 , ARNT_ONCMY , N; O02748 , ARNT_RABIT , N;
DR P41739 , ARNT_RAT , N; Q9I8T7 , BMAL1_CHICK, N;
DR A0MLS5 , BMAL1_HORSE, N; O00327 , BMAL1_HUMAN, N;
DR O88529 , BMAL1_MESAU, N; Q9WTL8 , BMAL1_MOUSE, N;
DR Q91YA9 , BMAL1_NANGA, N; Q5R4T2 , BMAL1_PONAB, N;
DR Q9EPW1 , BMAL1_RAT , N; Q6YGZ5 , BMAL1_TYTAL, N;
DR Q8QGQ7 , BMAL2_CHICK, N; Q8WYA1 , BMAL2_HUMAN, N;
DR Q2VPD4 , BMAL2_MOUSE, N; Q8QGQ6 , CLOCK_CHICK, N;
DR O15516 , CLOCK_HUMAN, N; O08785 , CLOCK_MOUSE, N;
DR Q91YB0 , CLOCK_NANGA, N; Q5RAK8 , CLOCK_PONAB, N;
DR Q9WVS9 , CLOCK_RAT , N; Q91YB2 , CLOCK_SPACA, N;
DR Q91YA8 , CLOCK_SPAJD, N; Q6YGZ4 , CLOCK_TYTAL, N;
DR O61734 , CYCL_DROME , N; Q54U87 , DHKA_DICDI , N;
DR Q54RP6 , DHKL_DICDI , N; Q99814 , EPAS1_HUMAN, N;
DR P97481 , EPAS1_MOUSE, N; Q9JHS1 , EPAS1_RAT , N;
DR Q0PGG7 , HIF1A_BOSMU, N; Q9XTA5 , HIF1A_BOVIN, N;
DR Q9YIB9 , HIF1A_CHICK, N; Q309Z6 , HIF1A_EOSFB, N;
DR Q16665 , HIF1A_HUMAN, N; Q61221 , HIF1A_MOUSE, N;
DR Q98SW2 , HIF1A_ONCMY, N; O35800 , HIF1A_RAT , N;
DR Q9I8A9 , HIF1A_XENLA, N; G5EGD2 , HIF1_CAEEL , N;
DR Q9PT84 , KCNH6_CHICK, N; Q9H252 , KCNH6_HUMAN, N;
DR O54853 , KCNH6_RAT , N; Q9NS40 , KCNH7_HUMAN, N;
DR Q9ER47 , KCNH7_MOUSE, N; O54852 , KCNH7_RAT , N;
DR P16497 , KINA_BACSU , N; O34206 , KINB_PSEAI , N;
DR Q99742 , NPAS1_HUMAN, N; P97459 , NPAS1_MOUSE, N;
DR Q5ZQU2 , NPAS2_CHICK, N; Q99743 , NPAS2_HUMAN, N;
DR P97460 , NPAS2_MOUSE, N; Q8IXF0 , NPAS3_HUMAN, N;
DR Q9QZQ0 , NPAS3_MOUSE, N; Q8IUM7 , NPAS4_HUMAN, N;
DR Q8BGD7 , NPAS4_MOUSE, N; Q8CJH6 , NPAS4_RAT , N;
DR Q1ECW2 , NPS4A_DANRE, N; O60658 , PDE8A_HUMAN, N;
DR O88502 , PDE8A_MOUSE, N; O15534 , PER1_HUMAN , N;
DR O35973 , PER1_MOUSE , N; Q8CHI5 , PER1_RAT , N;
DR Q8K3T3 , PER1_SPAJD , N; Q8QGQ8 , PER2_CHICK , N;
DR O15055 , PER2_HUMAN , N; O54943 , PER2_MOUSE , N;
DR Q9Z301 , PER2_RAT , N; Q8K3T2 , PER2_SPAJD , N;
DR P56645 , PER3_HUMAN , N; O70361 , PER3_MOUSE , N;
DR Q8CJE2 , PER3_RAT , N; P14712 , PHYA_ARATH , N;
DR Q98SJ5 , SIM1A_DANRE, N; P81133 , SIM1_HUMAN , N;
DR Q61045 , SIM1_MOUSE , N; A1YFY6 , SIM1_PANPA , N;
DR A2T6X9 , SIM1_PANTR , N; Q14190 , SIM2_HUMAN , N;
DR Q61079 , SIM2_MOUSE , N; Q24167 , SIMA_DROME , N;
DR Q24119 , TRH_DROME , N; A5A2P0 , WALK_STASR , N;
DR Q01371 , WC1_NEUCR , N;
PR PRU00141;
DO PDOC50112;
//
