EC               Enzyme                                 

[histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase;
KDM5A (gene name);
KDM5B (gene name);
KDM5C (gene name);
KDM5D (gene name);
JARID1A (gene name)
Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen;
With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor
[histone H3]-N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine4,2-oxoglutarate:oxygen oxidoreductase
a [histone H3]-N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine4 + 3 2-oxoglutarate + 3 O2 = a [histone H3]-L-lysine4 + 3 succinate + 3 formaldehyde + 3 CO2 (overall reaction) [RN:R12461];
(1a) a [histone H3]-N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine4 + 2-oxoglutarate + O2 = a [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 + succinate + formaldehyde + CO2 [RN:R12460];
(1b) a [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 + 2-oxoglutarate + O2 = a [histone H3]-N6-methyl-L-lysine4 + succinate + formaldehyde + CO2 [RN:R09510];
(1c) a [histone H3]-N6-methyl-L-lysine4 + 2-oxoglutarate + O2 = a [histone H3]-L-lysine4 + succinate + formaldehyde + CO2 [RN:R09511]
[histone H3]-N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine4;
2-oxoglutarate [CPD:C00026];
O2 [CPD:C00007];
[histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4;
[histone H3]-N6-methyl-L-lysine4
[histone H3]-L-lysine4;
succinate [CPD:C00042];
formaldehyde [CPD:C00067];
CO2 [CPD:C00011];
[histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4;
[histone H3]-N6-methyl-L-lysine4
Requires iron(II). This entry describes a group of enzymes that demethylate N-methylated L-lysine residues at position 4 of histone H3 (H3K4). The enzymes are dioxygenases and act by hydroxylating the methyl group, forming an unstable hemiaminal that leaves as formaldehyde. They can act on tri-, di-, and mono-methylated forms.
EC created 2019
K11446  [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase
HSA: 10765(KDM5B) 5927(KDM5A) 8242(KDM5C) 8284(KDM5D)
PTR: 449032(KDM5D) 451737(KDM5A) 457630(KDM5B) 744380(KDM5C)
PPS: 100969555(KDM5B) 100970129(KDM5C) 100980071(KDM5A)
GGO: 101127412(KDM5C) 101149215(KDM5A) 101153769(KDM5B)
PON: 100172643(KDM5C) 100434572(KDM5A) 100450767(KDM5B)
NLE: 100590577(KDM5C) 100591974(KDM5B) 100593603(KDM5A)
MCC: 100270697(KDM5D) 106992262(KDM5C) 706437(KDM5B) 721599(KDM5A)
MCF: 102118086(KDM5C) 102126562(KDM5B) 102140751(KDM5A)
CSAB: 103218353(KDM5A) 103230303(KDM5B) 103232010(KDM5C) 103246987(KDM5D)
CATY: 105576364(KDM5C) 105577027(KDM5B) 105582941(KDM5A)
PANU: 101006817(KDM5B) 101008965(KDM5C) 101017644(KDM5A) 116272372(KDM5D)
RRO: 104658712(KDM5D) 104663374(KDM5C) 104672250(KDM5A) 104674506(KDM5B)
RBB: 108523797 108523849(KDM5A) 108545038(KDM5B)
TFN: 117076567(KDM5B) 117077894(KDM5C) 117090613 117090733(KDM5A)
PTEH: 111520308(KDM5A) 111522705(KDM5B) 111535695(KDM5D) 111536175(KDM5C)
CJC: 100399585 100401370(KDM5C) 100405218(KDM5B)
SBQ: 101040986(KDM5C) 101053880(KDM5A) 101054224(KDM5B)
MMUR: 105860036(KDM5B) 105861236(KDM5C) 105862177(KDM5A)
MMU: 20591(Kdm5c) 20592(Kdm5d) 214899(Kdm5a) 75605(Kdm5b)
MCAL: 110286928(Kdm5c) 110295764(Kdm5a) 110304747(Kdm5b)
MPAH: 110313472(Kdm5c) 110316599(Kdm5a) 110322297(Kdm5b)
RNO: 100312983(Kdm5d) 304809(Kdm5b) 312678(Kdm5a) 317432(Kdm5c)
MCOC: 116089874 116096519 116099508(Kdm5a) 116099545(Kdm5b)
MUN: 110546054(Kdm5a) 110546738(Kdm5b) 110566279(Kdm5c)
CGE: 100757111(Kdm5a) 100758549(Kdm5c) 100761435(Kdm5b)
PLEU: 114683381 114698112(Kdm5b) 114700746(Kdm5a) 114702841
NGI: 103731840(Kdm5b) 103739366(Kdm5a) 103747323(Kdm5c)
HGL: 101697034(Kdm5a) 101709640(Kdm5c) 101711865(Kdm5b)
CCAN: 109684662 109686312(Kdm5b) 109694623(Kdm5a) 109702638
OCU: 100341721(KDM5C) 100351408(KDM5A) 100356218(KDM5B)
OPI: 101516236(KDM5A) 101531399(KDM5C) 101533952(KDM5B)
TUP: 102477639(KDM5B) 102483934(KDM5C) 102494185(KDM5A)
CFA: 477727(KDM5A) 479999(KDM5B) 491894(KDM5C)
VVP: 112911956(KDM5C) 112911964 112917407(KDM5A) 112934568(KDM5B)
VLG: 121479758(KDM5A) 121482909(KDM5C) 121493398(KDM5B)
AML: 100476032(KDM5A) 100483283(KDM5B) 100484551(KDM5C)
UMR: 103657783(KDM5B) 103675225 103675721(KDM5A)
UAH: 113242535(KDM5B) 113247519(KDM5C) 113258031(KDM5A)
ORO: 101370942(KDM5B) 101371710(KDM5C) 101372331(KDM5A) 101375635
MPUF: 101671203(KDM5A) 101678160(KDM5B) 101691151(KDM5C)
EJU: 114200632(KDM5C) 114221914(KDM5B) 114222472(KDM5A)
MLX: 117997497(KDM5C) 118006907 118014191(KDM5B) 118025790(KDM5A)
FCA: 101087846(KDM5A) 101091600(KDM5C) 101101609(KDM5B)
PYU: 121021637(KDM5B) 121021978(KDM5A) 121024589 121024802(KDM5C)
PBG: 122473228(KDM5A) 122475994(KDM5B) 122477397(KDM5C)
PTG: 102953605(KDM5B) 102957240(KDM5C) 102962286(KDM5A) 102965571
PPAD: 109256462(KDM5B) 109260277(KDM5C) 109276231(KDM5A)
AJU: 106965399(KDM5A) 106974127(KDM5B) 106985380(KDM5C) 106989091
HHV: 120222959(KDM5C) 120228852(KDM5B) 120234454(KDM5A)
BTA: 281490(KDM5C) 507962(KDM5A) 540633(KDM5B)
BOM: 102271619(KDM5A) 102276246(KDM5B) 102285874(KDM5C)
BIU: 109555159(KDM5C) 109559764(KDM5A) 109570476(KDM5B)
BBUB: 102393119(KDM5A) 102405105(KDM5C) 102408415(KDM5B)
CHX: 102178381(KDM5B) 102183856(KDM5A) 102185641(KDM5C)
OAS: 101110351(KDM5B) 101115023(KDM5A) 101121317(KDM5C)
ODA: 120857856(KDM5A) 120880089(KDM5B) 120882154(KDM5C)
CCAD: 122423036(KDM5A) 122434579(KDM5C) 122451861(KDM5B)
SSC: 100037295(KDM5C) 100294704(KDM5A) 102163404(KDM5B) 110257883
CFR: 102504875(KDM5B) 102505415(KDM5C) 102520574(KDM5A) 102523369
CBAI: 105069985(KDM5B) 105076333(KDM5A) 105081455(KDM5C)
CDK: 105096692(KDM5C) 105102938(KDM5A) 105105928(KDM5B)
BACU: 103009652(KDM5D) 103009914(KDM5B) 103010727(KDM5A) 103011953(KDM5C)
LVE: 103072576(KDM5B) 103083652(KDM5A) 103088289(KDM5C)
OOR: 101270071(KDM5A) 101271172(KDM5C) 101288712(KDM5B)
DLE: 111168309(KDM5B) 111170781(KDM5C) 111176614(KDM5A)
PCAD: 102983382(KDM5B) 102988928(KDM5A) 102992593(KDM5C)
ECB: 100034190(KDM5C) 100056935(KDM5A) 100064707(KDM5B)
EPZ: 103543421 103555110(KDM5B)
MYB: 102239080(KDM5B) 102245023(KDM5C) 102255481(KDM5A)
MYD: 102752699(KDM5A) 102762785(KDM5B) 102775396(KDM5C)
MMYO: 118651885(KDM5A) 118653696(KDM5C) 118678752(KDM5B)
MNA: 107536012(KDM5B) 107542357(KDM5C) 107542684 107546447(KDM5A)
HAI: 109380463(KDM5B) 109388945(KDM5A) 109396384(KDM5C)
DRO: 112311208(KDM5A) 112318809(KDM5B) 112322361(KDM5C)
SHON: 118997784(KDM5C) 119000006(KDM5A) 119003944(KDM5B)
AJM: 119045227(KDM5A) 119055492(KDM5C) 119060683(KDM5B)
MMF: 118624543(KDM5A) 118635575(KDM5C) 118640502(KDM5B) 118643098 118643102
PALE: 102878118(KDM5A) 102882705(KDM5B) 102883012(KDM5C) 102887656
PGIG: 120593576(KDM5C) 120607339(KDM5A) 120612197 120619291(KDM5B)
RAY: 107502986(KDM5B) 107503761(KDM5C) 107509747(KDM5A)
MJV: 108384283(KDM5C) 108396319(KDM5B) 108399069(KDM5A)
TOD: 119234368(KDM5B) 119246144(KDM5C) 119247840(KDM5A) 119250668
LAV: 100660048(KDM5C) 100665887(KDM5A) 100675094(KDM5B)
MDO: 100011885(KDM5B) 100020718(KDM5A) 100379644(KDM5C)
SHR: 100921713(KDM5A) 100925521(KDM5B) 116420405
PCW: 110201022 110218651(KDM5A) 110219561(KDM5B)
OAA: 100075501(KDM5C) 100077577(KDM5B) 100080164(KDM5A)
GGA: 418148(KDM5A) 421168(KDM5B)
PCOC: 116226856(KDM5A) 116238788(KDM5B)
MGP: 100548982(KDM5B)
CJO: 107315373(KDM5A) 107324646(KDM5B)
NMEL: 110388134(KDM5B) 110398370(KDM5A)
APLA: 101794048(KDM5A) 101802603(KDM5B)
ACYG: 106030948(KDM5A) 106045876(KDM5B)
TGU: 100220128(KDM5B) 100226987(KDM5A)
LSR: 110469157(KDM5B) 110472936(KDM5A)
SCAN: 103820453(KDM5A) 103822358(KDM5B)
PMOA: 120497275(KDM5B) 120501644(KDM5A) 120507211
OTC: 121332768(KDM5A) 121339173 121345536(KDM5B)
PRUF: 121362673(KDM5A) 121363516 121365432(KDM5B)
GFR: 102036946(KDM5B) 102042789(KDM5A)
FAB: 101810162(KDM5A) 101819778(KDM5B)
PHI: 102102154(KDM5B) 102104485(KDM5A) 102111304(KDM5C)
PMAJ: 107204784(KDM5A) 107214918(KDM5B)
CCAE: 111927901(KDM5A) 111939719(KDM5B)
CCW: 104692233(KDM5A) 104692454(KDM5B) 120412199
ETL: 114064760(KDM5B) 114069392(KDM5A)
FPG: 101914016(KDM5B) 101916107(KDM5A) 101921902(KDM5C)
FCH: 102046513(KDM5C) 102048054(KDM5B) 102049474(KDM5A)
CLV: 102091315(KDM5B) 102097139(KDM5A)
EGZ: 104122023(KDM5B) 104129750(KDM5A)
NNI: 104011099(KDM5B) 104020219(KDM5A)
ACUN: 113488968(KDM5B) 113491464(KDM5A)
PADL: 103913826(KDM5B) 103924376(KDM5A)
AAM: 106488690(KDM5A) 106500239(KDM5B)
AROW: 112965069(KDM5B) 112968311(KDM5A) 112972703(KDM5C)
NPD: 112958315(KDM5A) 112959167(KDM5B)
DNE: 112983853(KDM5B) 112993350(KDM5A)
AMJ: 102562466(KDM5C) 102563181(KDM5B) 106736739(KDM5A)
CPOO: 109316471(KDM5A) 109317567(KDM5B)
GGN: 109295154(KDM5B) 109296217(KDM5A)
PSS: 102450369(KDM5A) 102451841
CMY: 102934613(KDM5B) 102937604(KDM5C) 102937991(KDM5A)
CPIC: 101942004(KDM5B) 101948551(KDM5A) 101952359(KDM5C)
TST: 117876040(KDM5B) 117882381(KDM5A)
CABI: 116818908(KDM5C) 116833500(KDM5B) 116833549 116834559(KDM5A)
ACS: 100562154(kdm5a) 100562356(kdm5b) 100565551(kdm5c)
PVT: 110073373(KDM5B) 110076663(KDM5A) 110078625(KDM5C)
PBI: 103057421(KDM5C) 103064844(KDM5A) 103067839(KDM5B)
PMUR: 107285905(KDM5A) 107287109(KDM5B) 107289352(KDM5C)
TSR: 106543320(KDM5B) 106544479 106550471(KDM5A)
PGUT: 117655652(KDM5A) 117663729(KDM5B) 117675469(KDM5C)
PMUA: 114587654(KDM5C) 114599455(KDM5B) 114605015(KDM5A)
ZVI: 118088211(KDM5B) 118090810(KDM5A) 118097496(KDM5C)
GJA: 107105528 107107867(KDM5B) 107120238(KDM5A)
XLA: 108699964(kdm5c.S) 108704489(kdm5c.L) 108704575 108708118 108709501(kdm5b.S) 108712258
XTR: 100488170(kdm5b) 100492348(kdm5a) 780176(kdm5c)
NPR: 108787373(KDM5B) 108788900(KDM5C) 108804616(KDM5A)
DRE: 100333310(kdm5a) 327168(kdm5ba) 415256(kdm5bb) 553406(kdm5c)
IPU: 108254769 108265475 108265643(kdm5bb) 108279764(kdm5a)
NCC: 104953602(kdm5b)
CGOB: 115008327(kdm5b) 115028237(kdm5a)
ELY: 117249514(kdm5a) 117257016(kdm5ba) 117258130(kdm5c) 117258216(kdm5bb)
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SLUC: 116039762(kdm5a) 116043572(kdm5c) 116043576(kdm5bb) 116066445(kdm5ba)
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Other DBs
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IUBMB Enzyme Nomenclature:
ExPASy - ENZYME nomenclature database:
BRENDA, the Enzyme Database:

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