KEGG   ORTHOLOGY: K12623
Entry
K12623                      KO                                     

Symbol
LSM4
Name
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
Pathway
map03018  RNA degradation
map03040  Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03040 Spliceosome
    K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
   03041 Spliceosome
    K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    P-body specific factors
     K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
  mRNA degradation factors
   5'-3' decay
    Lsm complex
     K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
Spliceosome [BR:ko03041]
 Complex B
  U4/U6.U5 tri-snRNP components
   LSm proteins
    K12623  LSM4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
Other DBs
COG: COG1958
Genes
HSA: 25804(LSM4)
PTR: 747984(LSM4)
PPS: 100977348(LSM4)
GGO: 101127128(LSM4)
PON: 100439809(LSM4)
NLE: 100600323(LSM4)
MCC: 720192(LSM4)
MCF: 102115467(LSM4)
CSAB: 103234177(LSM4)
CATY: 105601698(LSM4)
PANU: 101011760(LSM4)
RRO: 104680616(LSM4)
RBB: 108534216(LSM4)
TFN: 117074243(LSM4)
CJC: 100408877(LSM4)
SBQ: 101034609(LSM4)
MMUR: 105855021(LSM4)
MMU: 50783(Lsm4)
MCAL: 110300133(Lsm4)
MPAH: 110336772(Lsm4)
RNO: 290647(Lsm4)
MCOC: 116069479(Lsm4)
MUN: 110549161(Lsm4)
PLEU: 114682865(Lsm4)
NGI: 103726873(Lsm4)
HGL: 101720806(Lsm4)
CCAN: 109683691(Lsm4)
OCU: 103347114(LSM4)
OPI: 101524907(LSM4)
CFA: 609922(LSM4)
VVP: 112913088(LSM4)
VLG: 121496102(LSM4)
AML: 100477624(LSM4)
UMR: 103674940(LSM4)
UAH: 113256712(LSM4)
ORO: 101373563(LSM4)
ELK: 111143806
MPUF: 101677506(LSM4)
EJU: 114196418(LSM4)
MLX: 118005132(LSM4)
FCA: 101086377(LSM4)
PYU: 121011011(LSM4)
PBG: 122487102(LSM4)
PTG: 102969185(LSM4)
PPAD: 109247617(LSM4)
AJU: 106969085(LSM4)
HHV: 120239218(LSM4)
BTA: 613634(LSM4)
BOM: 102273335(LSM4)
BIU: 109561411(LSM4)
BBUB: 102411612(LSM4)
CHX: 106502273(LSM4)
OAS: 114114815(LSM4)
ODA: 120864264(LSM4)
CCAD: 122440754(LSM4)
SSC: 110259317(LSM4)
CFR: 102510075(LSM4)
CBAI: 105082572(LSM4)
CDK: 105101874(LSM4)
BACU: 103008422(LSM4)
LVE: 103086002(LSM4)
OOR: 101279834(LSM4)
DLE: 111166678(LSM4)
PCAD: 102975307 102993076(LSM4)
ECB: 100070928(LSM4)
EAI: 106825000(LSM4)
MYB: 102261004 102262722(LSM4)
MYD: 102751594(LSM4)
MMYO: 118657585(LSM4)
MNA: 107535329(LSM4)
HAI: 109382482(LSM4)
DRO: 112305229(LSM4)
SHON: 118975107(LSM4)
AJM: 119046838(LSM4)
MMF: 118616470(LSM4)
PALE: 102880629(LSM4)
PGIG: 120606558(LSM4)
RAY: 107503753(LSM4)
MJV: 108406023(LSM4)
TOD: 119241123(LSM4)
LAV: 100671008(LSM4)
TMU: 101342777
MDO: 100021060(LSM4)
SHR: 100928431(LSM4)
PCW: 110223463(LSM4)
OAA: 100091872(LSM4)
GGA: 420128(LSM4)
PCOC: 116235722(LSM4)
MGP: 100549544(LSM4)
CJO: 107325591(LSM4)
NMEL: 110388848(LSM4)
APLA: 106020318(LSM4)
ACYG: 106029443(LSM4)
TGU: 100190604(LSM4)
LSR: 110478478(LSM4)
SCAN: 103824704(LSM4)
PMOA: 120499052(LSM4)
OTC: 121346693(LSM4)
PRUF: 121352675(LSM4)
GFR: 102039794(LSM4)
FAB: 101808950(LSM4)
PHI: 102104124(LSM4)
PMAJ: 107215506(LSM4)
CCAE: 111940319(LSM4)
CCW: 104697381(LSM4)
ETL: 114070328(LSM4)
FPG: 101915599(LSM4)
FCH: 102057255(LSM4)
EGZ: 104135645(LSM4)
NNI: 104018714(LSM4)
ACUN: 113489329(LSM4)
AAM: 106495586(LSM4)
AROW: 112966752(LSM4)
NPD: 112946875(LSM4)
DNE: 112995799(LSM4)
ASN: 102387363(LSM4)
AMJ: 102558189(LSM4)
CPOO: 109312356(LSM4)
GGN: 109294996(LSM4)
PSS: 102464015(LSM4)
CMY: 102934077(LSM4)
CPIC: 101943314(LSM4)
TST: 117868966(LSM4)
CABI: 116826224(LSM4)
PVT: 110072585(LSM4)
PBI: 103051378(LSM4)
PMUR: 107282280(LSM4)
PGUT: 117677438(LSM4)
PMUA: 114588442(LSM4)
ZVI: 118087802(LSM4)
XLA: 108712979(lsm4.L) 495318(lsm4.S)
XTR: 395002(lsm4)
NPR: 108793095(LSM4)
DRE: 393669(lsm4)
IPU: 108271207(lsm4)
PHYP: 113529843(lsm4)
AMEX: 103043545(lsm4)
EEE: 113581926(lsm4)
TRU: 101078563(lsm4)
LCO: 104930913(lsm4)
NCC: 104958138(lsm4)
CGOB: 115006793(lsm4)
ELY: 117253602(lsm4)
PLEP: 121965093(lsm4)
SLUC: 116053068(lsm4)
ECRA: 117950325(lsm4)
PFLV: 114561726(lsm4)
GAT: 120823864(lsm4)
PPUG: 119216538(lsm4)
MSAM: 119900494(lsm4)
CUD: 121512014(lsm4)
MZE: 101482859(lsm4)
ONL: 100695309(lsm4)
OAU: 116313941(lsm4)
OLA: 101168448(lsm4)
OML: 112150409(lsm4)
XMA: 102222501(lsm4)
XCO: 114150719(lsm4)
XHE: 116726135(lsm4)
PRET: 103463330(lsm4)
CVG: 107088255(lsm4) 107098670
CTUL: 119794385(lsm4)
NFU: 107392831(lsm4)
KMR: 108234286(lsm4)
ALIM: 106519237(lsm4)
AOCE: 111574023(lsm4)
CSEM: 103394678(lsm4)
POV: 109636572(lsm4)
SDU: 111216781(lsm4)
SLAL: 111649930(lsm4)
XGL: 120790481(lsm4)
HCQ: 109518980(lsm4)
BPEC: 110170504(lsm4)
MALB: 109966843(lsm4)
SASA: 106573909(LSM4) 106613629(LSM4)
SNH: 120053682 120054683(lsm4)
ELS: 105026207(lsm4)
SFM: 108930554(lsm4)
PKI: 111860164(lsm4)
AANG: 118228945(lsm4)
LOC: 102683886(lsm4)
LCM: 102357508(LSM4)
CMK: 103182042(lsm4)
BFO: 118430554
BBEL: 109472709
CIN: 100184512
SPU: 105446682
APLC: 110988050
DME: Dmel_CG17768(CG17768)
DER: 6542820
DSE: 6611989
DSI: Dsimw501_GD22262(Dsim_GD22262)
DAN: 6496929
DSR: 110183275
DPE: 6589875
DMN: 108164039
DWI: 6641938
DGR: 6566715
DAZ: 108610919
DNV: 115562495
DHE: 111592674
DVI: 6627820
CCAT: 101457891
BOD: 106623909
MDE: 101890576
SCAC: 106091317
LCQ: 111683911
ACOZ: 120959107
AARA: 120904439
AAG: 5566398
CPII: 120416605
AME: 552529
ACER: 107992652
BIM: 100748484
BBIF: 117204770
BVK: 117230188
BVAN: 117163688
BTER: 100651490
CCAL: 108630677
OBB: 114878371
MGEN: 117224196
NMEA: 116432688
CGIG: 122397046
SOC: 105199619
MPHA: 105829642
AEC: 105151631
ACEP: 105617675
PBAR: 105428412
VEM: 105559298
HST: 105189448
DQU: 106743499
CFO: 105252348
FEX: 115233411
LHU: 105677865
PGC: 109854417
OBO: 105286239
PCF: 106789802
NVI: 100678497
CSOL: 105365780
TPRE: 106650141
MDL: 103569808
FAS: 105266954
DAM: 107041630
CCIN: 107272329
TCA: 664220
DPA: 109542549
ATD: 109605493
AGB: 108911372
LDC: 111509987
NVL: 108562122
APLN: 108739796
PPYR: 116166989
OTU: 111415644
BMOR: 101745795
BMAN: 114250472
MSEX: 115453720
BANY: 112046158
PMAC: 106711941
PXU: 106114631
PRAP: 111001789
ZCE: 119838438
HAW: 110380283
PXY: 105383190
DNX: 107167665
AGS: 114132775
RMD: 113553342
BTAB: 109029706
DCI: 103513429
CLEC: 106668703
HHAL: 106682113
NLU: 111060626
FOC: 113212834
ZNE: 110839722
CSEC: 111861338
FCD: 110859820
DMK: 116922135
PVM: 113803403
HAME: 121874110
HAZT: 108679350
EAF: 111700975
DSV: 119433192
RSAN: 119404658
RMP: 119181070
VDE: 111244388
VJA: 111263815
DPTE: 113794229
CSCU: 111615402
PTEP: 107443327
SDM: 118188018
CEL: CELE_F32A5.7(lsm-4)
CBR: CBG13115(Cbr-lsm-4)
BMY: BM_BM3741(Bma-lsm-4)
TSP: Tsp_08226
PCAN: 112573808
BGT: 106071242
GAE: 121375026
CRG: 105348485
MYI: 110442182
PMAX: 117326110
OBI: 106876251
OSN: 115226323
LAK: 106151197
EGL: EGR_04393
NVE: 5517112
EPA: 110236707
ATEN: 116291920
ADF: 107332484
AMIL: 114952928
PDAM: 113683736
SPIS: 111337672
DGT: 114527274
HMG: 100208978
ATH: AT5G27720(emb1644)
ALY: 9310419
CRB: 17883449
CPAP: 110821523
PVY: 116139016
TCC: 18613544
EGR: 104426751
VAR: 108325253
CCAJ: 109791789
LJA: Lj0g3v0215509.1(Lj0g3v0215509.1) Lj5g3v1631030.1(Lj5g3v1631030.1)
ADU: 107475933
AIP: 107626137
AHF: 112728519
FVE: 101304156
RCN: 112169462
PPER: 18768810
PMUM: 103333918
PAVI: 110761843
PDUL: 117636554
MNT: 21384727
MCHA: 111013478
SLY: 101255434
CANN: 107839620
ECAD: 122582267
LSV: 111917941
DCR: 108209567
BVG: 104899093
SOE: 110788605
OSA: 4326227
DOSA: Os01t0256900-01(Os01g0256900)
OBR: 102716642
BDI: 100821596
ATS: 109739341
SBI: 8073979
SITA: 101758941
PHAI: 112892036
PEQ: 110028010
AOF: 109827864
ATR: 18430322
APRO: F751_3055
SCE: YER112W(LSM4)
ERC: Ecym_7144
KMX: KLMA_80382(LSM4)
NCS: NCAS_0A14510(NCAS0A14510)
NDI: NDAI_0A01520(NDAI0A01520)
TPF: TPHA_0K00740(TPHA0K00740)
TBL: TBLA_0I00350(TBLA0I00350)
TDL: TDEL_0C02700(TDEL0C02700)
KAF: KAFR_0K01940(KAFR0K01940)
NCR: NCU07683
NTE: NEUTE1DRAFT116371(NEUTE1DRAFT_116371)
MGR: MGG_01509
SSCK: SPSK_01268
MAW: MAC_06763
MAJ: MAA_11505
CMT: CCM_02999
BFU: BCIN_03g08850(Bclsm4)
ANG: ANI_1_2458024(An02g04080)
PTE: PTT_19864
SPO: SPBC30D10.06(lsm4)
CNE: CNC05120
CNB: CNBC2050
TASA: A1Q1_00713
ABP: AGABI1DRAFT112946(AGABI1DRAFT_112946)
ABV: AGABI2DRAFT192916(AGABI2DRAFT_192916)
MGL: MGL_3235
MRT: MRET_2460
DDI: DDB_G0287053(lsm4)
DFA: DFA_02782(lsm4)
EHI: EHI_049370(21.t00001)
TAN: TA04990
TPV: TP03_0516
BBO: BBOV_I004760(19.m02880)
CPV: cgd4_2710
SMIN: v1.2.021967.t1(symbB.v1.2.021967.t1)
SPAR: SPRG_13150
 » show all
Reference
  Authors
Kufel J, Bousquet-Antonelli C, Beggs JD, Tollervey D
  Title
Nuclear pre-mRNA decapping and 5' degradation in yeast require the Lsm2-8p complex.
  Journal
Mol Cell Biol 24:9646-57 (2004)
DOI:10.1128/MCB.24.21.9646-9657.2004
  Sequence
[sce:YER112W]

DBGET integrated database retrieval system