KEGG   ORTHOLOGY: K25986
Entry
K25986                      KO                                     
Symbol
ydcJ
Name
2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase [EC:1.13.11.93]
Pathway
map00310  Lysine degradation
map01100  Metabolic pathways
map01120  Microbial metabolism in diverse environments
Module
M00960  Lysine degradation, bacteria, L-lysine => D-lysine => succinate
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09105 Amino acid metabolism
   00310 Lysine degradation
    K25986  ydcJ; 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase
Enzymes [BR:ko01000]
 1. Oxidoreductases
  1.13  Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases)
   1.13.11  With incorporation of two atoms of oxygen
    1.13.11.93  2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase
     K25986  ydcJ; 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase
Other DBs
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COG: COG5383
Genes
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Reference
PMID:31064836
  Authors
Thompson MG, Blake-Hedges JM, Cruz-Morales P, Barajas JF, Curran SC, Eiben CB, Harris NC, Benites VT, Gin JW, Sharpless WA, Twigg FF, Skyrud W, Krishna RN, Pereira JH, Baidoo EEK, Petzold CJ, Adams PD, Arkin AP, Deutschbauer AM, Keasling JD.
  Title
Massively Parallel Fitness Profiling Reveals Multiple Novel Enzymes in Pseudomonas putida Lysine Metabolism.
  Journal
mBio 10:e02577-18 (2019)
DOI:10.1128/mBio.02577-18
  Sequence
[ppu:PP_5260]

  All links  
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   KEGG BRITE (2)   
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   KEGG REACTION (1)   
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KEGG   ENZYME: 1.13.11.93
Entry
EC 1.13.11.93               Enzyme                                 
Name
2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase;
ydcJ (gene name)
Class
Oxidoreductases;
Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases);
With incorporation of two atoms of oxygen
Sysname
2-oxoadipate dioxygenase/carboxy lyase
Reaction(IUBMB)
2-oxoadipate + O2 = (R)-2-hydroxyglutarate + CO2 [RN:R13011]
Reaction(KEGG)
R13011
Substrate
2-oxoadipate [CPD:C00322];
O2 [CPD:C00007]
Product
(R)-2-hydroxyglutarate [CPD:C01087];
CO2 [CPD:C00011]
Comment
The enzyme, characterized from the bacterium Pseudomonas putida, is involved in an L-lysine catabolic pathway. Contains Fe(II).
History
EC 1.13.11.93 created 2022
Pathway
ec00310  Lysine degradation
ec01100  Metabolic pathways
ec01120  Microbial metabolism in diverse environments
Orthology
K25986  2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase
Genes
ECO: b1423(ydcJ)
ECJ: JW1419(ydcJ)
ECD: ECDH10B_1551(ydcJ)
EBW: BWG_1249(ydcJ)
ECOK: ECMDS42_1140(ydcJ)
ECS: ECs_2028(ydcJ)
ECF: ECH74115_2028
ELX: CDCO157_1873
EOI: ECO111_1813(ydcJ)
EOJ: ECO26_2022(ydcJ)
EOH: ECO103_1555(ydcJ)
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Reference
1  [PMID:31064836]
  Authors
Thompson MG, Blake-Hedges JM, Cruz-Morales P, Barajas JF, Curran SC, Eiben CB, Harris NC, Benites VT, Gin JW, Sharpless WA, Twigg FF, Skyrud W, Krishna RN, Pereira JH, Baidoo EEK, Petzold CJ, Adams PD, Arkin AP, Deutschbauer AM, Keasling JD.
  Title
Massively Parallel Fitness Profiling Reveals Multiple Novel Enzymes in Pseudomonas putida Lysine Metabolism.
  Journal
mBio 10:e02577-18 (2019)
DOI:10.1128/mBio.02577-18
  Sequence
[ppu:PP_5260]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.13.11.93
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.13.11.93
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.13.11.93
BRENDA, the Enzyme Database: 1.13.11.93

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KEGG   REACTION: R13011
Entry
R13011                      Reaction                               
Name
2-oxoadipate dioxygenase/carboxy lyase
Definition
2-Oxoadipate + Oxygen <=> (R)-2-Hydroxyglutarate + CO2
Equation
C00322 + C00007 <=> C01087 + C00011
Enzyme
1.13.11.93
Pathway
rn00310  Lysine degradation
rn01100  Metabolic pathways
rn01120  Microbial metabolism in diverse environments
Module
M00960  Lysine degradation, bacteria, L-lysine => D-lysine => succinate
Orthology
K25986  2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase [EC:1.13.11.93]

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