#=GF ID Ail_Lom
#=GF AC PF06316.17
#=GF DE Enterobacterial Ail/Lom protein
#=GF AU Moxon SJ;0000-0003-4644-1816
#=GF SE Pfam-B_12325 (release 9.0)
#=GF GA 23.00 23.00;
#=GF TC 23.30 23.00;
#=GF NC 22.10 22.60;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 -Z 90746521 --cpu 8 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF WK Virulence-related_outer_membrane_protein_family
#=GF CL CL0193
#=GF RN [1]
#=GF RM 11555286
#=GF RT Identification of regions of Ail required for the invasion and
#=GF RT serum resistance phenotypes.
#=GF RA Miller VL, Beer KB, Heusipp G, Young BM, Wachtel MR;
#=GF RL Mol Microbiol 2001;41:1053-1062.
#=GF RN [2]
#=GF RM 2144037
#=GF RT A bacterial virulence determinant encoded by lysogenic coliphage
#=GF RT lambda.
#=GF RA Barondess JJ, Beckwith J;
#=GF RL Nature 1990;346:871-874.
#=GF DR INTERPRO; IPR000758;
#=GF DR SCOP; 1qj9; fa;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This family consists of several bacterial and phage Ail/Lom-like
#=GF CC proteins. The Yersinia enterocolitica Ail protein is a known
#=GF CC virulence factor. Proteins in this family are predicted to
#=GF CC consist of eight transmembrane beta-sheets and four cell
#=GF CC surface-exposed loops. It is thought that Ail directly promotes
#=GF CC invasion and loop 2 contains an active site, perhaps a
#=GF CC receptor-binding domain [1]. The phage protein Lom is expressed
#=GF CC during lysogeny, and encode host-cell envelope proteins. Lom is
#=GF CC found in the bacterial outer membrane, and is homologous to
#=GF CC virulence proteins of two other enterobacterial genera. It has
#=GF CC been suggested that lysogeny may generally have a role in
#=GF CC bacterial survival in animal hosts, and perhaps in pathogenesis
#=GF CC [2].
#=GF SQ 156
#=GS PAGC_SALTY/1-185 AC P23988.2
#=GS A0A2C6CPL5_9GAMM/1-192 AC A0A2C6CPL5.1
#=GS I2B8P1_SHIBC/1-147 AC I2B8P1.1
#=GS A0A0P0ZD12_9CAUD/1-199 AC A0A0P0ZD12.1
#=GS G3CFP4_9CAUD/69-244 AC G3CFP4.1
#=GS A0A085U4B3_YERRU/1-174 AC A0A085U4B3.1
#=GS Q7Y2U3_9CAUD/69-244 AC Q7Y2U3.1
#=GS A0A3D9UHE3_9GAMM/4-236 AC A0A3D9UHE3.1
#=GS G9L6L6_9CAUD/69-244 AC G9L6L6.1
#=GS B6DZZ1_9CAUD/1-199 AC B6DZZ1.1
#=GS A0A542BS17_SERFO/1-191 AC A0A542BS17.1
#=GS A0A3L7LTE7_9GAMM/1-93 AC A0A3L7LTE7.1
#=GS A0A0N7C1Z8_9CAUD/68-244 AC A0A0N7C1Z8.1
#=GS H9L494_SALTY/1-185 AC H9L494.1
#=GS A0A653FTV3_9CAUD/1-199 AC A0A653FTV3.1
#=GS Q9EV15_BPVT1/1-199 AC Q9EV15.1
#=GS A0A014NI39_9GAMM/2-191 AC A0A014NI39.1
#=GS A0A0H2V6M8_ECOL6/1-199 AC A0A0H2V6M8.1
#=GS A0A0N7C1B9_9CAUD/69-244 AC A0A0N7C1B9.1
#=GS A7ZKR0_ECO24/1-81 AC A7ZKR0.1
#=GS A5LH44_9CAUD/1-199 AC A5LH44.1
#=GS A0A1I4VV72_9GAMM/1-186 AC A0A1I4VV72.1
#=GS A0A379AIN1_ENTAG/1-108 AC A0A379AIN1.1
#=GS K7PJP9_9CAUD/1-199 AC K7PJP9.1
#=GS A0A0H2Z6Z6_ECOK1/1-199 AC A0A0H2Z6Z6.1
#=GS A0AAE9XJZ2_9CAUD/1-199 AC A0AAE9XJZ2.1
#=GS A0A3B0J865_9GAMM/52-162 AC A0A3B0J865.1
#=GS A0A8K0V582_9ENTR/1-186 AC A0A8K0V582.1
#=GS A0A1J7C8V3_9GAMM/42-146 AC A0A1J7C8V3.1
#=GS B7LBD6_ECO55/1-199 AC B7LBD6.1
#=GS Q8XBY9_ECO57/3-177 AC Q8XBY9.2
#=GS A0A9X9P0L9_9CAUD/1-199 AC A0A9X9P0L9.1
#=GS W0HPZ2_9GAMM/42-230 AC W0HPZ2.1
#=GS E9CLI1_9GAMM/1-172 AC E9CLI1.1
#=GS A0A096XEU2_9CAUD/69-244 AC A0A096XEU2.1
#=GS A0A653FVL0_9CAUD/1-199 AC A0A653FVL0.1
#=GS B6ETG5_9CAUD/1-199 AC B6ETG5.1
#=GS A0A0H2YYT8_ECOK1/1-199 AC A0A0H2YYT8.1
#=GS A0A653FU48_9CAUD/1-199 AC A0A653FU48.1
#=GS A0A9E7LRK3_9CAUD/1-199 AC A0A9E7LRK3.1
#=GS A0AAU8PKZ3_EDWPI/54-220 AC A0AAU8PKZ3.1
#=GS B7L8N5_ECO55/1-199 AC B7L8N5.1
#=GS A0A653FSK0_9CAUD/1-199 AC A0A653FSK0.1
#=GS A0A0H2VB71_ECOL6/1-199 AC A0A0H2VB71.1
#=GS Q9KXB2_BPVT2/69-244 AC Q9KXB2.1
#=GS A0A9E7J7A0_9CAUD/1-56 AC A0A9E7J7A0.1
#=GS E0WUU2_9ENTR/1-205 AC E0WUU2.1
#=GS VLOM_LAMBD/1-206 AC P03701.1
#=GS A0A0H3DVP8_EDWTF/51-220 AC A0A0H3DVP8.1
#=GS A0A0L0AE49_9ENTR/7-194 AC A0A0L0AE49.1
#=GS Q3YZL0_SHISS/1-160 AC Q3YZL0.1
#=GS D8MWP5_ERWBE/1-187 AC D8MWP5.1
#=GS A0A7R7D122_9CAUD/1-92 AC A0A7R7D122.1
#=GS B7ULW1_ECO27/1-199 AC B7ULW1.1
#=GS A0A2G8EL49_9GAMM/1-186 AC A0A2G8EL49.1
#=GS A0A1U9AJL9_9CAUD/71-244 AC A0A1U9AJL9.1
#=GS A0A2A2GWD5_9GAMM/56-234 AC A0A2A2GWD5.1
#=GS B7L484_ECO55/1-199 AC B7L484.1
#=GS A0A7R7HLF6_9CAUD/1-199 AC A0A7R7HLF6.1
#=GS D2TSV6_CITRI/1-191 AC D2TSV6.1
#=GS A0A4R1NEG4_9GAMM/1-191 AC A0A4R1NEG4.1
#=GS A0A427K9L5_9GAMM/2-192 AC A0A427K9L5.1
#=GS B2U0E1_SHIB3/1-199 AC B2U0E1.1
#=GS A0A2L1IV31_9CAUD/78-245 AC A0A2L1IV31.1
#=GS A0A1S1V5W8_9FIRM/1-206 AC A0A1S1V5W8.1
#=GS A0A9E7J6B3_9CAUD/1-199 AC A0A9E7J6B3.1
#=GS E3G1H6_ENTLS/3-182 AC E3G1H6.1
#=GS A0A848MQS1_9GAMM/1-190 AC A0A848MQS1.1
#=GS A0A2S0M3K2_9CAUD/71-244 AC A0A2S0M3K2.1
#=GS A0A0H3JGR7_ECO57/1-199 AC A0A0H3JGR7.1
#=GS A0A7T6ZM82_9CAUD/32-218 AC A0A7T6ZM82.1
#=GS A7UQW0_ECO57/69-244 AC A7UQW0.1
#=GS A0A0P0ZE39_9CAUD/1-199 AC A0A0P0ZE39.1
#=GS A0AAD1VIJ2_9CAUD/1-199 AC A0AAD1VIJ2.1
#=GS B6DZB6_9CAUD/1-199 AC B6DZB6.1
#=GS B2TVZ3_SHIB3/1-199 AC B2TVZ3.1
#=GS A0A7R7D1N2_9CAUD/1-207 AC A0A7R7D1N2.1
#=GS A0A090V5V0_PSEVU/1-186 AC A0A090V5V0.1
#=GS A0A085GK80_EWIA3/1-175 AC A0A085GK80.1
#=GS B7UR56_ECO27/1-199 AC B7UR56.1
#=GS H2IQL6_RAHAC/1-177 AC H2IQL6.1
#=GS A0A0G4JSX8_9GAMM/1-175 AC A0A0G4JSX8.1
#=GS A0A085G8S4_EWIA3/2-184 AC A0A085G8S4.1
#=GS A0A085JPZ9_9GAMM/1-196 AC A0A085JPZ9.1
#=GS A0A0H3JEC0_ECO57/1-199 AC A0A0H3JEC0.1
#=GS A0A9E7L8Q4_9CAUD/1-146 AC A0A9E7L8Q4.1
#=GS A0A5M7QGQ9_9GAMM/2-187 AC A0A5M7QGQ9.1
#=GS H5V7G5_ATLHE/1-186 AC H5V7G5.1
#=GS W0I1N5_9GAMM/4-200 AC W0I1N5.1
#=GS A0A2A2GQL0_9GAMM/74-237 AC A0A2A2GQL0.1
#=GS A0A0P0ZBM1_9CAUD/68-244 AC A0A0P0ZBM1.1
#=GS A0A2X4WF98_SALER/1-185 AC A0A2X4WF98.1
#=GS Q8X281_ECO57/1-199 AC Q8X281.1
#=GS A0A085JQ03_9GAMM/1-191 AC A0A085JQ03.1
#=GS A0A2Y9U0Q6_9GAMM/3-192 AC A0A2Y9U0Q6.1
#=GS Q9XJL5_BP933/69-244 AC Q9XJL5.1
#=GS A0A1J7D0W6_9GAMM/3-66 AC A0A1J7D0W6.1
#=GS B7ML67_ECO45/1-199 AC B7ML67.1
#=GS Q6H9T1_9CAUD/1-199 AC Q6H9T1.1
#=GS A0A095T6S5_9GAMM/1-187 AC A0A095T6S5.2
#=GS A0A291AWV3_9CAUD/1-199 AC A0A291AWV3.1
#=GS A0A2A2HEL1_9GAMM/9-68 AC A0A2A2HEL1.1
#=GS A0A4Z0KF96_SALET/1-113 AC A0A4Z0KF96.1
#=GS A0A085JE62_9GAMM/2-191 AC A0A085JE62.1
#=GS A0A370QGJ3_9GAMM/1-192 AC A0A370QGJ3.1
#=GS A0A6G9ID86_9GAMM/1-192 AC A0A6G9ID86.1
#=GS B2TXK4_SHIB3/1-84 AC B2TXK4.1
#=GS A0A0H2VTL0_SHIFL/1-199 AC A0A0H2VTL0.1
#=GS A0A0Q9WNE6_DROWI/1-109 AC A0A0Q9WNE6.1
#=GS A0A653FUS5_9CAUD/1-199 AC A0A653FUS5.1
#=GS A0A379AID6_ENTAG/4-190 AC A0A379AID6.1
#=GS G2H0P7_9ENTR/5-107 AC G2H0P7.1
#=GS A0A3R9AHB4_9GAMM/2-187 AC A0A3R9AHB4.1
#=GS A0A8H9Z0U6_9PSED/2-187 AC A0A8H9Z0U6.1
#=GS A0A0M2K6K7_9GAMM/2-191 AC A0A0M2K6K7.1
#=GS H6WZM8_9CAUD/1-199 AC H6WZM8.1
#=GS A0A0H2YY77_ECOK1/1-199 AC A0A0H2YY77.1
#=GS Q8X547_ECO57/1-199 AC Q8X547.1
#=GS B7MEW6_ECO45/1-199 AC B7MEW6.1
#=GS A0A8K0XXX3_9ENTR/1-186 AC A0A8K0XXX3.1
#=GS A0A4Y6ELN3_9CAUD/69-245 AC A0A4Y6ELN3.1
#=GS Q8X282_ECO57/1-199 AC Q8X282.1
#=GS A0A0N0IA49_9GAMM/2-185 AC A0A0N0IA49.1
#=GS A0A1J7CYB8_9GAMM/5-200 AC A0A1J7CYB8.1
#=GS A0A5M7QU23_9GAMM/17-215 AC A0A5M7QU23.1
#=GS A0A3L7LTT8_9GAMM/2-103 AC A0A3L7LTT8.1
#=GS A0A077ZIE9_TRITR/1-199 AC A0A077ZIE9.1
#=GS A9MG61_SALAR/1-185 AC A9MG61.1
#=GS A0A653FT52_9CAUD/1-199 AC A0A653FT52.1
#=GS A0A088CE87_9CAUD/67-244 AC A0A088CE87.1
#=GS A0A2Y9TZM7_9GAMM/1-190 AC A0A2Y9TZM7.1
#=GS B7MNH2_ECO45/1-199 AC B7MNH2.1
#=GS B7LEU6_ECO55/1-199 AC B7LEU6.1
#=GS Q3Z1B4_SHISS/1-199 AC Q3Z1B4.1
#=GS A0A0H3JEP4_ECO57/1-199 AC A0A0H3JEP4.1
#=GS A0A0P0ZH34_9CAUD/68-244 AC A0A0P0ZH34.1
#=GS A0A7R7D1B0_9CAUD/1-199 AC A0A7R7D1B0.1
#=GS A0A1J7C9M0_9GAMM/7-224 AC A0A1J7C9M0.1
#=GS A0A0H3EI22_ECO8N/1-199 AC A0A0H3EI22.1
#=GS A0A2X3ED93_KLUCR/1-169 AC A0A2X3ED93.1
#=GS A0A4Z0MXH0_SALET/1-185 AC A0A4Z0MXH0.1
#=GS A0A653FQV5_9CAUD/1-199 AC A0A653FQV5.1
#=GS A0A7G0XWA8_9CAUD/1-206 AC A0A7G0XWA8.1
#=GS A0A1S1YSD8_FLAPC/1-178 AC A0A1S1YSD8.1
#=GS A0A0H3JE79_ECO57/1-199 AC A0A0H3JE79.1
#=GS A0A370QSB5_9GAMM/2-194 AC A0A370QSB5.1
#=GS W0I4C8_9GAMM/9-230 AC W0I4C8.1
#=GS Q08J76_9CAUD/72-244 AC Q08J76.1
#=GS D4GGG9_PANAM/1-186 AC D4GGG9.1
#=GS A0A7R7D2B8_9CAUD/1-207 AC A0A7R7D2B8.1
#=GS A0A3B0JD49_9GAMM/1-36 AC A0A3B0JD49.1
#=GS B7UI17_ECO27/1-182 AC B7UI17.1
#=GS A0A077PI63_XENBV/1-81 AC A0A077PI63.1
#=GS A0A2D0KM87_9GAMM/3-225 AC A0A2D0KM87.1
#=GS A0A7G3RZC4_9CAUD/1-199 AC A0A7G3RZC4.1
#=GS LOMR_ECOLI/1-51 AC P77184.4
PAGC_SALTY/1-185 ...........................................................mkn------I.ILST.L.V.I.T.T.SV..L.V..V..NVA.Q..A..D..T...NAFSVGYA......QS....K........V...-......-.......Q.......D........F......K......N.........I..R.....GV..NVKYRYE.D.D.S..P..VSFISSLS.Y.L......YG.D.......R...Q.......A..S...G....S.V.....E....pE........G....I.......H.......Y.........H....D...K.F.......E.VK.Y...GSLMVGPAYRLSDNFSLYALAGVGT..V..-..--.-..-.....-.---......-K.A.T.FKE....HS...........TQDG.DS.........FSNKI.S..SR..KTG.FAWGAGVQMN....P.L.ENIVVDVGYEG...S..........N.......I...........S.......S.....T....K......I....N..GFNVGVGYRF............................................................
A0A2C6CPL5_9GAMM/1-192 ...........................................................mkk------A.IIAT.A.V.F.L.A.-L..G.V..S..NIA.Q..A..D..N...HTVTLGYA......QS....T........-...-......V.......Q.......N........F......D......D.........I..D.....GI..NVKYRYE.W.D.S..P..LSIISSFT.Y.M......SG.N.......D...D.......A..S...-....-.Y.....M.....V........S....R......dI.......I.........N....T...H.A.......E.IK.Y...YSLSAGPAYRINEMVSIYGLLGVNL..N..K..VD.-..Y.....S.SSW......LN.Y.-.--E....GF...........GNYT.NM.........GSISG.S..ER..KAS.LMYGAGLQIN....A.W.EGVTVDVGYEG...S..........Qld...idG...........Q.......N.....Y....S......I....N..GFNVGLGYRF............................................................
I2B8P1_SHIBC/1-147 ...........................................................mnk------V.ILAM.I.A.G.L.V.IS..A.P..P..AGA.E..N..H..-...-TLSAGYA......QG....S........-...-......V.......K.......G........Y......K......N.........V..R.....GA..NFQYRYE.F.D.Y..P..LSLLTSVT.Y.M......RA.D.......D...S.......S..Y...D....R.L.....L.....-........S....N.......Y.......A.........S....V...K.T.......D.AK.Y...MSWQVGPALRLHEYVSAYGLLGVSR..F..K..--.-..-.....-.---......--.-.-.---....--...........----.--.........-----.-..--..---.----------....-.-.-----------...-..........-.......-...........-.......-.....-....-......-....-..----------atghnawgnsasgyqvsnryreqstslacasg............................
A0A0P0ZD12_9CAUD/1-199 ..............................................................MRKLYAA.ILSA.A.I.C.L.A.VS..G.A..P..AWA.S..E..H..Q...STLSAGYL......HV....S........T...N......V.......P.......G........S......D......D.........L..N.....GI..NVKYRYE.F.T.D..T..LGMVTSFS.Y.A......GD.K.......N...R.......Q..L...T....R.Y.....S.....D........T....R.......W.......H.........E....D...S.V.......R.NR.W...FSVMAGPSVRVNEWFSAYAMAGVAY..S..R..VS.T..F.....S.GDY......LR.V.T.DNK....GK...........THDV.LT.........GSDDG.R..HS..NTS.LAWGAGVQFN....P.T.ESVAIDIAYEG...S..........G.......S...........G.......D.....W....R......T....D..GFIVGVGYKF............................................................
G3CFP4_9CAUD/69-244 ...........................................slgeytdgrvsgyegkdkn-------.----.-.-.-.-.-.--..-.-..-..---.-..-..-..-...--------......--....-........-...-......-.......-.......-........-......-......-.........P..Q.....GI..NIRYRYE.I.T.D..D..FGVITSFT.W.T......RS.L.......T...N.......S..Q...T....F.I.....DvqsadH........T....R.......KiknpaasA.........R....T...D.I.......R.AN.Y...WSLLAGPSWRVNQYMSLYAMAGMGV..A..K..VS.A..-.....-.--D......LK.I.K.DNI....NS...........S-GG.F-.........-SESN.S..TK..KTS.LAWAAGAQFN....L.N.ESVTLDVAYEG...S..........G.......S...........G.......D.....W....R......T....S..GVTAGIGLKF............................................................
A0A085U4B3_YERRU/1-174 ..............................................................MKKIACL.SAVA.A.C.V.L.A.VS..V.G..S..AFA.G..-..-..E...STVTGGYA......QS....-........-...D......L.......Q.......G.......vA......N......K.........A..S.....GF..NLKYRYE.W.S.D..S.qLGAIGSFT.H.T......--.-.......-...-.......E..K...S....S.F.....G.....D........K....-.......-.......D.........S....A...Y.N.......K.AQ.Y...NAITAGPAYRINDWASVYGVVGVSY..G..R..F-.-..-.....-.---......--.-.-.---....--...........TQNG.LA.........SDNKA.S..SS..DYG.LAYGAGVQLN....P.I.KNVALDFSYEQ...S..........R.......I...........R.......S.....V....D......V....G..TWIAGVGYTF............................................................
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