GenomeNet

Database: Pfam
Entry: CLP1_P
LinkDB: CLP1_P
Original site: CLP1_P 
#=GF ID   CLP1_P
#=GF AC   PF16575.7
#=GF DE   mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop
#=GF AU   Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE   pdb-2npi
#=GF GA   26.60 26.60;
#=GF TC   26.60 26.60;
#=GF NC   26.50 26.50;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF CL   CL0023
#=GF RN   [1]
#=GF RM   17151076
#=GF RT   Structure of a nucleotide-bound Clp1-Pcf11 polyadenylation
#=GF RT   factor.
#=GF RA   Noble CG, Beuth B, Taylor IA;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2007;35:87-99.
#=GF DR   INTERPRO; IPR032319;
#=GF DR   SCOP; 1np6; fa;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   CLP1_P is the P-loop carrying domain of Clp1 mRNA cleavage and
#=GF CC   polyadenylation factor, Clp1, proteins in eukaryotes. Clp1 is
#=GF CC   essential for 3'-end processing of mRNAs.  This region carries
#=GF CC   the P-loop suggesting it is the region that binds adenine or
#=GF CC   guanine nucleotide [1].
#=GF SQ   3541
#=GS A0A1Y2DZU9_9PEZI/145-350    AC A0A1Y2DZU9.1
#=GS C5DF21_LACTC/128-330        AC C5DF21.1
#=GS CLP1_DROMO/118-304          AC B4KML2.1
#=GS A0A0M9VV61_9HYPO/144-360    AC A0A0M9VV61.1
#=GS A0A0D1ZIT4_9EURO/233-434    AC A0A0D1ZIT4.1
#=GS H3GV05_PHYRM/112-305        AC H3GV05.1
#=GS A0A1J9QGJ0_9EURO/147-330    AC A0A1J9QGJ0.1
#=GS A0A653C813_CALMS/572-731    AC A0A653C813.1
#=GS A0A1J8PXU0_9AGAM/140-351    AC A0A1J8PXU0.1
#=GS A0A0A1T3Y4_9HYPO/271-469    AC A0A0A1T3Y4.1
#=GS A0A232M1F2_9EURO/97-300     AC A0A232M1F2.1
#=GS A0A1V8TE12_9PEZI/142-347    AC A0A1V8TE12.1
#=GS A0A1S4DIJ1_TOBAC/134-309    AC A0A1S4DIJ1.1
#=GS A0A2N3NFL2_9PEZI/327-528    AC A0A2N3NFL2.1
#=GS A0A340X9T4_LIPVE/121-307    AC A0A340X9T4.1
#=GS A0A409YDK3_9AGAR/133-343    AC A0A409YDK3.1
#=GS A0A6I8UW75_DROPS/542-706    AC A0A6I8UW75.1
#=GS A0A1Y1X634_9FUNG/349-548    AC A0A1Y1X634.1
#=GS A0A094BNP9_9PEZI/130-333    AC A0A094BNP9.1
#=GS A0A0F4YV38_TALEM/327-530    AC A0A0F4YV38.1
#=GS A0A395IY30_9HELO/249-450    AC A0A395IY30.1
#=GS A0A1D3THA1_9APIC/384-488    AC A0A1D3THA1.1
#=GS A0A061FPU1_THECC/43-246     AC A0A061FPU1.1
#=GS N4U5T9_FUSC1/129-337        AC N4U5T9.1
#=GS A0A371CS24_9APHY/362-563    AC A0A371CS24.1
#=GS A0A5N6K6A9_9HELO/130-336    AC A0A5N6K6A9.1
#=GS A0A058Z8P8_FONAL/269-469    AC A0A058Z8P8.1
#=GS L1LFU5_THEEQ/131-235        AC L1LFU5.1
#=GS A0A0R3X9H3_HYDTA/102-165    AC A0A0R3X9H3.1
#=GS S8DKD2_9LAMI/1-69           AC S8DKD2.1
#=GS A0A372QMU2_9GLOM/126-325    AC A0A372QMU2.1
#=GS A0A1Y2DI27_9PEZI/297-489    AC A0A1Y2DI27.1
#=GS W4FJX1_9STRA/254-435        AC W4FJX1.1
#=GS S7PMD3_MYOBR/2-114          AC S7PMD3.1
#=GS A0A5M6CA09_9TREE/377-586    AC A0A5M6CA09.1
#=GS A0A3M0J9W3_HIRRU/121-307    AC A0A3M0J9W3.1
#=GS A0A2B7Y3J3_9EURO/305-508    AC A0A2B7Y3J3.1
#=GS A0A0V1M9J7_9BILA/769-955    AC A0A0V1M9J7.1
#=GS A0A2A2KT30_9BILA/98-284     AC A0A2A2KT30.1
#=GS A0A2G5F3N3_AQUCA/135-279    AC A0A2G5F3N3.1
#=GS Q8ZVK2_PYRAE/98-273         AC Q8ZVK2.1
#=GS A0A5B8MJS2_9CHLO/211-398    AC A0A5B8MJS2.1
#=GS A0A066WVI9_COLSU/133-341    AC A0A066WVI9.1
#=GS A0A094C851_9PEZI/291-491    AC A0A094C851.1
#=GS A0A068YCH9_ECHMU/222-374    AC A0A068YCH9.1
#=GS A0A5A8CRI0_CAFRO/137-304    AC A0A5A8CRI0.1
#=GS C5XML8_SORBI/50-205         AC C5XML8.1
#=GS A0A6A6M4S7_HEVBR/134-322    AC A0A6A6M4S7.1
#=GS CLP1_RAT/121-307            AC Q5PQL4.1
#=GS A0A498LWF9_LABRO/133-319    AC A0A498LWF9.1
#=GS A0A2T2N9L4_CORCC/133-337    AC A0A2T2N9L4.1
#=GS A0A2H3X293_PHODC/46-207     AC A0A2H3X293.1
#=GS A0A125YM11_TOXGV/237-324    AC A0A125YM11.1
#=GS A0A0D2CEY1_9EURO/128-347    AC A0A0D2CEY1.1
#=GS A4HIH2_LEIBR/130-321        AC A4HIH2.1
#=GS G1PAA7_MYOLU/121-307        AC G1PAA7.1
#=GS A0A395IUM6_9HELO/130-317    AC A0A395IUM6.1
#=GS A0A319EYP3_9EURO/334-537    AC A0A319EYP3.1
#=GS A0A3L6SHY3_PANMI/51-197     AC A0A3L6SHY3.1
#=GS CLP1_CHICK/121-307          AC Q5ZJL4.2
#=GS A0A496AUE8_9BACT/106-245    AC A0A496AUE8.1
#=GS A0A0D2J1F9_9EURO/233-434    AC A0A0D2J1F9.1
#=GS I3EK76_NEMP3/5-175          AC I3EK76.1
#=GS I0Z1G8_COCSC/69-219         AC I0Z1G8.1
#=GS A0A368UHR9_SOYBN/127-315    AC A0A368UHR9.1
#=GS G0QJ33_ICHMG/120-170        AC G0QJ33.1
#=GS A0A2G8RST5_9APHY/134-345    AC A0A2G8RST5.1
#=GS A0A1V6RPI5_9EURO/334-537    AC A0A1V6RPI5.1
#=GS A0A094B375_9PEZI/130-333    AC A0A094B375.1
#=GS A0A4Y8CNL3_9HELO/131-337    AC A0A4Y8CNL3.1
#=GS A0A3N4LRQ6_9PEZI/340-544    AC A0A3N4LRQ6.1
#=GS A0A6V8H0I1_9EURO/166-380    AC A0A6V8H0I1.1
#=GS A5E5N7_LODEL/284-472        AC A5E5N7.1
#=GS A0A017SNH7_9EURO/334-537    AC A0A017SNH7.1
#=GS A0A072P6P6_9EURO/130-347    AC A0A072P6P6.1
#=GS C0NGS7_AJECG/310-513        AC C0NGS7.1
#=GS A0A1E4TF07_9ASCO/27-197     AC A0A1E4TF07.1
#=GS A0A2J7ZGY6_9CHLO/123-153    AC A0A2J7ZGY6.1
#=GS A0A4P9XV59_9FUNG/165-289    AC A0A4P9XV59.1
#=GS A0A443NPX0_9MAGN/1-177      AC A0A443NPX0.1
#=GS A0A3P7FB41_WUCBA/125-311    AC A0A3P7FB41.1
#=GS K2MVE1_TRYCR/148-355        AC K2MVE1.1
#=GS A0A179A144_9EURO/150-338    AC A0A179A144.1
#=GS F4RM77_MELLP/150-258        AC F4RM77.1
#=GS A7ARR6_BABBO/133-311        AC A7ARR6.1
#=GS K2RVI1_MACPH/114-318        AC K2RVI1.1
#=GS A0A316ZFC3_9BASI/306-458    AC A0A316ZFC3.1
#=GS A0A0B2UIL3_TOXCA/4-172      AC A0A0B2UIL3.1
#=GS A0A1L9TRQ3_9EURO/156-370    AC A0A1L9TRQ3.1
#=GS A0A5D2VAE6_GOSMU/139-327    AC A0A5D2VAE6.1
#=GS F7EAI4_MONDO/129-315        AC F7EAI4.2
#=GS A0A1E1LCW0_9HELO/322-517    AC A0A1E1LCW0.1
#=GS F6U3G0_MONDO/121-307        AC F6U3G0.1
#=GS A0A133V266_9EURY/99-274     AC A0A133V266.1
#=GS A0A3Q3L0A3_9TELE/324-469    AC A0A3Q3L0A3.1
#=GS F4B6K8_ACIHW/85-239         AC F4B6K8.1
#=GS H3ENI1_PRIPA/115-301        AC H3ENI1.2
#=GS A0A445L1S8_GLYSO/35-238     AC A0A445L1S8.1
#=GS M3VV67_FELCA/293-455        AC M3VV67.3
#=GS A0A0G4F5K1_VITBC/340-484    AC A0A0G4F5K1.1
#=GS V5ETV5_KALBG/524-592        AC V5ETV5.1
#=GS A0A0U5C4H8_9EURO/347-550    AC A0A0U5C4H8.1
#=GS Q7REH5_PLAYO/580-769        AC Q7REH5.1
#=GS A0A0F7IFW3_9EURY/84-246     AC A0A0F7IFW3.1
#=GS A0A1Y1UGR4_9TREE/134-313    AC A0A1Y1UGR4.1
#=GS M4ADV9_XIPMA/326-497        AC M4ADV9.2
#=GS Q4E2J0_TRYCC/128-335        AC Q4E2J0.1
#=GS A0A0P7B0S1_9HYPO/131-339    AC A0A0P7B0S1.1
#=GS A0A3Q2E3L5_CYPVA/118-270    AC A0A3Q2E3L5.1
#=GS A0A074YR71_AURSE/138-343    AC A0A074YR71.1
#=GS A0A401P3J0_SCYTO/371-543    AC A0A401P3J0.1
#=GS A0A370TDL1_9HELO/311-511    AC A0A370TDL1.1
#=GS A0A444DWJ4_ENSVE/44-95      AC A0A444DWJ4.1
#=GS A0A1S3X3I8_TOBAC/43-245     AC A0A1S3X3I8.1
#=GS A0A453NRU2_AEGTS/1-111      AC A0A453NRU2.1
#=GS A0A3L6SQC5_PANMI/52-254     AC A0A3L6SQC5.1
#=GS A0A0F0I2N3_ASPPU/186-400    AC A0A0F0I2N3.1
#=GS A0A4V1IYR2_9FUNG/114-311    AC A0A4V1IYR2.1
#=GS A0A0L0V0C2_9BASI/305-517    AC A0A0L0V0C2.1
#=GS A0A091WP32_OPIHO/1-106      AC A0A091WP32.1
#=GS A0A5D6XJ55_9STRA/281-470    AC A0A5D6XJ55.1
#=GS W9C4Y8_SCLBF/130-336        AC W9C4Y8.1
#=GS A0A3M7RP45_BRAPC/47-233     AC A0A3M7RP45.1
#=GS I1HCR5_BRADI/78-274         AC I1HCR5.1
#=GS W4FLT9_9STRA/254-435        AC W4FLT9.1
#=GS U3K9D2_FICAL/121-307        AC U3K9D2.1
#=GS A0A1E3NYE8_WICAA/253-439    AC A0A1E3NYE8.1
#=GS A0A401GHW4_9APHY/150-361    AC A0A401GHW4.1
#=GS S9X0C3_9TRYP/5-172          AC S9X0C3.1
#=GS A0A1Q5UQB7_9EURO/329-532    AC A0A1Q5UQB7.1
#=GS A0A1M8A1H9_MALS4/229-428    AC A0A1M8A1H9.1
#=GS A0A453NAX1_AEGTS/3-147      AC A0A453NAX1.1
#=GS A0A284QWI8_ARMOS/46-257     AC A0A284QWI8.1
#=GS S7RTJ0_GLOTA/69-281         AC S7RTJ0.1
#=GS A0A422MZS5_TRYRA/133-257    AC A0A422MZS5.1
#=GS A0A367J0C2_RHIST/118-317    AC A0A367J0C2.1
#=GS A0A2K6GHS5_PROCO/300-418    AC A0A2K6GHS5.1
#=GS A0A444YRI6_ARAHY/83-199     AC A0A444YRI6.1
#=GS A0A388KMW0_CHABU/277-437    AC A0A388KMW0.1
#=GS A0A3S2PCS2_CHISP/549-707    AC A0A3S2PCS2.1
#=GS A0A167J087_METRR/291-483    AC A0A167J087.1
#=GS A0A341BTW5_NEOAA/140-326    AC A0A341BTW5.1
#=GS A0A2T9YGZ1_9FUNG/115-313    AC A0A2T9YGZ1.1
#=GS A0A397I510_9EURO/333-536    AC A0A397I510.1
#=GS A0A496AUE8_9BACT/29-103     AC A0A496AUE8.1
#=GS S7NRC4_MYOBR/170-356        AC S7NRC4.1
#=GS A0A0N4TJ10_BRUPA/125-241    AC A0A0N4TJ10.1
#=GS A0A1V6TZN7_9EURO/150-364    AC A0A1V6TZN7.1
#=GS A0A3Q1ENT4_9TELE/132-318    AC A0A3Q1ENT4.1
#=GS A0A133U9F4_9EURY/5-128      AC A0A133U9F4.1
#=GS G5AFL3_PHYSP/254-435        AC G5AFL3.1
#=GS A0A0B2WIY3_METAS/141-334    AC A0A0B2WIY3.1
#=GS A0A0Q3LZ76_AMAAE/253-342    AC A0A0Q3LZ76.1
#=GS A0A0H2RF66_9AGAM/127-335    AC A0A0H2RF66.1
#=GS K3XIU1_SETIT/47-252         AC K3XIU1.1
#=GS A0A545UTF5_9HYPO/137-345    AC A0A545UTF5.1
#=GS CLP1_COCIM/151-366          AC Q1DKL9.2
#=GS K1WRK5_MARBU/307-501        AC K1WRK5.1
#=GS A0A1X7T0W3_AMPQE/121-168    AC A0A1X7T0W3.1
#=GS A0A397XMK8_BRACM/36-237     AC A0A397XMK8.1
#=GS A0A4C1UDG2_EUMVA/1-92       AC A0A4C1UDG2.1
#=GS A0A168T2M2_ABSGL/106-305    AC A0A168T2M2.1
#=GS A0A0W8D146_PHYNI/253-450    AC A0A0W8D146.1
#=GS E3L742_PUCGT/140-359        AC E3L742.2
#=GS A0A667XL95_9TELE/335-481    AC A0A667XL95.1
#=GS A0A098VQU5_9MICR/178-347    AC A0A098VQU5.1
#=GS A0A5A7P3K6_STRAF/41-109     AC A0A5A7P3K6.1
#=GS A0A5N6QWB1_9ROSI/131-276    AC A0A5N6QWB1.1
#=GS A0A485LQD9_9STRA/33-238     AC A0A485LQD9.1
#=GS A0A673A5M9_9TELE/132-318    AC A0A673A5M9.1
#=GS A0A1W4XCT9_AGRPL/596-756    AC A0A1W4XCT9.1
#=GS A0A3S5IQL3_TRYRA/536-685    AC A0A3S5IQL3.1
#=GS A0A0G4G2J2_VITBC/133-234    AC A0A0G4G2J2.1
#=GS A0A0M8PJ60_9EURO/150-364    AC A0A0M8PJ60.1
#=GS K0KC64_WICCF/96-287         AC K0KC64.1
#=GS Q01DD5_OSTTA/123-309        AC Q01DD5.1
#=GS U1FU16_ENDPU/161-379        AC U1FU16.1
#=GS A0A1B8GCJ7_9PEZI/291-491    AC A0A1B8GCJ7.1
#=GS A0A0D3F2H1_9ORYZ/128-309    AC A0A0D3F2H1.1
#=GS A0A3D8R206_9HELO/162-359    AC A0A3D8R206.1
#=GS W9YZQ3_9EURO/237-437        AC W9YZQ3.1
#=GS CLP1_HUMAN/121-307          AC Q92989.1
#=GS A0A316YRV9_9BASI/238-435    AC A0A316YRV9.1
#=GS A0A0C4EZZ4_PUCT1/331-438    AC A0A0C4EZZ4.1
#=GS A0A0D2C9E3_9EURO/239-433    AC A0A0D2C9E3.1
#=GS A0A0D2LHB7_HYPSF/137-347    AC A0A0D2LHB7.1
#=GS A0A0K0E0C9_STRER/204-379    AC A0A0K0E0C9.1
#=GS A0A448ZDT9_9STRA/433-534    AC A0A448ZDT9.1
#=GS A0A0D9VDT1_9ORYZ/128-309    AC A0A0D9VDT1.1
#=GS A0A427YBY4_9TREE/136-351    AC A0A427YBY4.1
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