#=GF ID DUF87
#=GF AC PF01935.21
#=GF DE Helicase HerA, central domain
#=GF AU Enright A;0000-0002-6090-3100
#=GF AU Ouzounis C;0000-0002-0086-8657
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF SE Enright A
#=GF GA 23.20 23.20;
#=GF TC 23.20 23.20;
#=GF NC 23.10 23.10;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch --cpu 4 -E 1000 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF WK Domain_of_unknown_function
#=GF CL CL0023
#=GF RN [1]
#=GF RM 14990749
#=GF RT A bipolar DNA helicase gene, herA, clusters with rad50, mre11
#=GF RT and nurA genes in thermophilic archaea.
#=GF RA Constantinesco F, Forterre P, Koonin EV, Aravind L, Elie C;
#=GF RL Nucleic Acids Res. 2004;32:1439-1447.
#=GF RN [2]
#=GF RM 25880130
#=GF RT Efficient 5'-3' DNA end resection by HerA and NurA is essential
#=GF RT for cell viability in the crenarchaeon Sulfolobus islandicus.
#=GF RA Huang Q, Liu L, Liu J, Ni J, She Q, Shen Y;
#=GF RL BMC Mol Biol. 2015;16:2.
#=GF RN [3]
#=GF RM 25420454
#=GF RT Structure of the hexameric HerA ATPase reveals a mechanism of
#=GF RT translocation-coupled DNA-end processing in archaea.
#=GF RA Rzechorzek NJ, Blackwood JK, Bray SM, Maman JD, Pellegrini L,
#=GF RA Robinson NP;
#=GF RL Nat Commun. 2014;5:5506.
#=GF DR INTERPRO; IPR002789;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This entry represents the central domain found in archaeal
#=GF CC proteins such as DNA double-strand break repair helicase HerA
#=GF CC (EC:3.6.4.12). HerA is a helicase which is able to utilise
#=GF CC either 3' or 5' single-stranded DNA extensions for loading and
#=GF CC subsequent DNA duplex unwinding [1]. It forms a complex with
#=GF CC NurA nuclease, this complex has the 5'-3' DNA end resection
#=GF CC activity and is essential for cell viability in the crenarchaeon
#=GF CC Sulfolobus islandicus [2]. This domain includes the the central
#=GF CC RecA-like catalytic core and a flanking four-helix bundle [3].
#=GF CC The function of this prokaryotic domain is unknown. It contains
#=GF CC several conserved aspartates and histidines that could be metal
#=GF CC ligands.
#=GF SQ 5521
#=GS A0A7W7CL29_9PSEU/544-642 AC A0A7W7CL29.1
#=GS A0A2I2KVM6_9ACTN/301-450 AC A0A2I2KVM6.1
#=GS A0A202DFS9_9ARCH/444-617 AC A0A202DFS9.1
#=GS A0A853JGL5_9GAMM/53-299 AC A0A853JGL5.1
#=GS M1WZZ6_9NOST/168-404 AC M1WZZ6.1
#=GS A0A832V854_9ARCH/137-187 AC A0A832V854.1
#=GS A0A4D7C9F9_9SPHN/151-389 AC A0A4D7C9F9.1
#=GS D3PZT2_STANL/639-892 AC D3PZT2.1
#=GS Q97WE1_SACS2/170-465 AC Q97WE1.1
#=GS A0A399CR68_9BACT/402-485 AC A0A399CR68.1
#=GS A0A7W6CWS4_9HYPH/5-119 AC A0A7W6CWS4.1
#=GS A0RVG1_CENSY/44-278 AC A0RVG1.1
#=GS D4GZX0_HALVD/18-151 AC D4GZX0.1
#=GS A0A6N7EV25_9GAMM/10-156 AC A0A6N7EV25.1
#=GS A0A843RPM4_9PROT/148-383 AC A0A843RPM4.1
#=GS A0A256IQE2_9EURY/17-174 AC A0A256IQE2.1
#=GS A0A4S8RI38_9FLAO/148-466 AC A0A4S8RI38.1
#=GS A0A8J7F0X9_9CYAN/173-409 AC A0A8J7F0X9.1
#=GS A0A401ZQQ1_9CHLR/590-812 AC A0A401ZQQ1.1
#=GS A0A1I1LKS3_9GAMM/141-406 AC A0A1I1LKS3.1
#=GS A0A0U3P9K0_9HYPH/160-341 AC A0A0U3P9K0.1
#=GS A0A285QBQ6_9SPHN/154-388 AC A0A285QBQ6.1
#=GS D3D267_9ACTN/342-457 AC D3D267.1
#=GS A0A1H7JTI7_9GAMM/152-257 AC A0A1H7JTI7.1
#=GS A0A515KGP5_9BRAD/235-343 AC A0A515KGP5.1
#=GS A0A3R9YEJ2_9HYPH/5-115 AC A0A3R9YEJ2.1
#=GS A0A6I4Z4T6_9PROT/9-125 AC A0A6I4Z4T6.1
#=GS A0A410P3J3_9BACT/347-507 AC A0A410P3J3.1
#=GS A0A2Z5EEG3_9SPHN/154-388 AC A0A2Z5EEG3.1
#=GS A0A437GWV3_9SPHN/238-472 AC A0A437GWV3.1
#=GS A0A7X6S112_9STRE/434-541 AC A0A7X6S112.1
#=GS A0A0Q8C5Y1_9MICO/1-214 AC A0A0Q8C5Y1.1
#=GS A0A418NVB6_9SPHN/172-406 AC A0A418NVB6.1
#=GS A8A903_IGNH4/95-283 AC A8A903.1
#=GS A0A5N5U6F2_9EURY/6-166 AC A0A5N5U6F2.1
#=GS A0A2K2UA21_9ACTN/475-585 AC A0A2K2UA21.1
#=GS A0A317DNA2_9ACTN/234-370 AC A0A317DNA2.1
#=GS A0A0B8PX13_9VIBR/5-221 AC A0A0B8PX13.1
#=GS A0A5J4KM33_9CHLR/168-400 AC A0A5J4KM33.1
#=GS A0A7G9B792_9FIRM/439-591 AC A0A7G9B792.1
#=GS A0A0V8QB27_9FIRM/154-386 AC A0A0V8QB27.1
#=GS D4GXE5_HALVD/20-167 AC D4GXE5.1
#=GS A0A370G4R5_GLULI/5-117 AC A0A370G4R5.1
#=GS A0A2R5FNQ6_NOSCO/175-411 AC A0A2R5FNQ6.1
#=GS A0A1W2ED15_9HYPH/5-95 AC A0A1W2ED15.1
#=GS A0A3D8IIB4_9HELI/393-662 AC A0A3D8IIB4.1
#=GS A0A7W5ZXK6_9SPHN/167-401 AC A0A7W5ZXK6.1
#=GS D3G192_ALKPO/261-520 AC D3G192.1
#=GS A0A4R4SDX6_9ACTN/294-405 AC A0A4R4SDX6.1
#=GS A5PCH8_9SPHN/5-105 AC A5PCH8.1
#=GS A0A1I7MTK4_9HYPH/699-929 AC A0A1I7MTK4.1
#=GS A0A1L3SWT2_9HYPH/7-120 AC A0A1L3SWT2.1
#=GS A0A8J4EA19_9ACTN/644-897 AC A0A8J4EA19.1
#=GS A0A2P6BZI8_9BACT/151-395 AC A0A2P6BZI8.1
#=GS R5SYR6_9CLOT/122-409 AC R5SYR6.1
#=GS A0A102DFE6_9SPHN/5-123 AC A0A102DFE6.1
#=GS A0A3A6PJ59_9EURY/243-487 AC A0A3A6PJ59.1
#=GS A0A087CIV2_9BIFI/438-537 AC A0A087CIV2.1
#=GS A0A6F8YAC9_9ACTN/682-936 AC A0A6F8YAC9.1
#=GS A0A1N6W4Z6_9ACTN/411-544 AC A0A1N6W4Z6.1
#=GS F0F1W2_9NEIS/148-254 AC F0F1W2.1
#=GS A0A7X4GCU8_9SPHN/5-145 AC A0A7X4GCU8.1
#=GS A0A2P8AWX3_9ACTN/692-795 AC A0A2P8AWX3.1
#=GS A0A7D5GJK4_9EURY/13-250 AC A0A7D5GJK4.1
#=GS Q2K7U3_RHIEC/2-114 AC Q2K7U3.1
#=GS A0A0M0G126_SPOGL/183-479 AC A0A0M0G126.1
#=GS R4LJ03_9ACTN/631-752 AC R4LJ03.1
#=GS A0A2H6BJQ1_9HYPH/29-141 AC A0A2H6BJQ1.1
#=GS A0A421BJW5_9RHOB/158-352 AC A0A421BJW5.1
#=GS A0A133V9Y9_9EURY/16-270 AC A0A133V9Y9.1
#=GS A0A8J7HLH2_9NOST/173-409 AC A0A8J7HLH2.1
#=GS J0QTG8_9HYPH/5-122 AC J0QTG8.1
#=GS I3TG23_THEC1/144-375 AC I3TG23.1
#=GS K9YJV5_CYASC/159-395 AC K9YJV5.1
#=GS A0A318TFP8_9HYPH/12-122 AC A0A318TFP8.1
#=GS A0A7J9SID7_9EURY/23-173 AC A0A7J9SID7.1
#=GS A0A6I1MKL0_9CLOT/524-763 AC A0A6I1MKL0.1
#=GS A0A2T1EIP7_9CHRO/167-403 AC A0A2T1EIP7.1
#=GS A0A7Y5NUR7_9DELT/24-137 AC A0A7Y5NUR7.1
#=GS A0A246JQC6_9SPHN/124-358 AC A0A246JQC6.1
#=GS A0A6I6DDI2_9FIRM/154-400 AC A0A6I6DDI2.1
#=GS B4VWW6_9CYAN/165-401 AC B4VWW6.1
#=GS A0A6I4VYZ6_9BACL/186-399 AC A0A6I4VYZ6.1
#=GS A0A5D8QHX4_9THEO/153-396 AC A0A5D8QHX4.1
#=GS A0A1W2FPT4_9PSEU/421-526 AC A0A1W2FPT4.1
#=GS A0A317CA67_9GAMM/13-227 AC A0A317CA67.1
#=GS A0A365H8R7_9ACTN/373-465 AC A0A365H8R7.1
#=GS A0A1H6TA63_9EURY/234-479 AC A0A1H6TA63.1
#=GS A0A1C2GR87_9SPHI/241-333 AC A0A1C2GR87.1
#=GS A0A6I7M1B1_9BACT/13-261 AC A0A6I7M1B1.1
#=GS A0A348AMY0_9FIRM/238-418 AC A0A348AMY0.1
#=GS T0LIB7_9ARCH/23-253 AC T0LIB7.1
#=GS A0A6M0LAC6_9LACT/150-412 AC A0A6M0LAC6.1
#=GS A0A1C5HY92_9ACTN/693-947 AC A0A1C5HY92.1
#=GS A0A7D5S5D5_9PROT/151-417 AC A0A7D5S5D5.1
#=GS Q0G5I4_9HYPH/5-95 AC Q0G5I4.1
#=GS A0A2C9DB95_9HYPH/113-360 AC A0A2C9DB95.1
#=GS A0A401Z9D2_9CHLR/381-637 AC A0A401Z9D2.1
#=GS A0A7X5F2L0_9HYPH/5-131 AC A0A7X5F2L0.1
#=GS A0A6G4V7Z3_9ACTN/633-885 AC A0A6G4V7Z3.1
#=GS A0A7W4W4T0_9GAMM/1367-1582 AC A0A7W4W4T0.1
#=GS A0A178MPR2_9PROT/5-117 AC A0A178MPR2.1
#=GS A0A1R4H0N9_9GAMM/80-331 AC A0A1R4H0N9.1
#=GS A0A0N9V2P3_SPHMC/169-403 AC A0A0N9V2P3.1
#=GS A0A662ZKE8_9GAMM/123-216 AC A0A662ZKE8.1
#=GS A0A4D7QGL5_9HYPH/5-117 AC A0A4D7QGL5.1
#=GS A0A6N7ZX57_9HYPH/174-394 AC A0A6N7ZX57.1
#=GS A0A068M1S5_BACMM/338-597 AC A0A068M1S5.1
#=GS A0A074LMG4_9BACL/156-354 AC A0A074LMG4.1
#=GS A0A1C5IJ61_9ACTN/403-554 AC A0A1C5IJ61.1
#=GS A0A2A2K572_9BILA/3-118 AC A0A2A2K572.1
#=GS A0A243PJP9_9SPHN/5-123 AC A0A243PJP9.1
#=GS A0A4P6K321_9CHLR/1377-1582 AC A0A4P6K321.1
#=GS C7NZG6_HALMD/17-211 AC C7NZG6.1
#=GS A0A1Y2QPN2_9SPHN/7-105 AC A0A1Y2QPN2.1
#=GS Q8TST6_METAC/331-583 AC Q8TST6.1
#=GS A1ZJV9_9BACT/214-433 AC A1ZJV9.1
#=GS A0A2V4ACP9_9PSEU/425-535 AC A0A2V4ACP9.1
#=GS A0A326U2U5_THEHA/557-770 AC A0A326U2U5.1
#=GS A0A8J7NGA4_9ARCH/129-353 AC A0A8J7NGA4.1
#=GS A0A6P2FSB1_9BURK/9-132 AC A0A6P2FSB1.1
#=GS A0A5N8YG55_9CHLR/142-379 AC A0A5N8YG55.1
#=GS A0A7J9SQA3_9EURY/257-501 AC A0A7J9SQA3.1
#=GS A0A1I2FGK3_9PROT/144-410 AC A0A1I2FGK3.1
#=GS A0A366CXG5_9NOCA/411-523 AC A0A366CXG5.1
#=GS A0A4V0HVQ6_9BACT/166-344 AC A0A4V0HVQ6.1
#=GS N9VCM7_CLOIN/427-639 AC N9VCM7.1
#=GS M0CPP5_9EURY/252-496 AC M0CPP5.1
#=GS Q971Q3_SULTO/281-446 AC Q971Q3.1
#=GS A0A656Z0L6_9EURY/138-351 AC A0A656Z0L6.1
#=GS A0A1Z4UK00_9CYAN/171-407 AC A0A1Z4UK00.1
#=GS A0A846XF86_9NOCA/409-525 AC A0A846XF86.1
#=GS D2S2X6_HALTV/716-981 AC D2S2X6.1
#=GS A0A023D8K8_ACIMT/130-416 AC A0A023D8K8.1
#=GS A0A2T0SNV4_9PSEU/416-640 AC A0A2T0SNV4.1
#=GS A0A074M4Z2_ERYLO/5-124 AC A0A074M4Z2.1
#=GS A0A8J3FLN9_9ACTN/252-375 AC A0A8J3FLN9.1
#=GS A0A1B3MTN6_9SPHN/11-129 AC A0A1B3MTN6.1
#=GS A0A1Q8ZRL5_9HYPH/151-391 AC A0A1Q8ZRL5.1
#=GS A0A243PB47_9SPHN/147-381 AC A0A243PB47.1
#=GS R5M1P8_9MOLU/101-281 AC R5M1P8.1
#=GS A0A8J7T5Q7_9ARCH/114-336 AC A0A8J7T5Q7.1
#=GS A0A2X0WWV4_9GAMM/2-51 AC A0A2X0WWV4.1
#=GS A0A2P7SD47_9HYPH/142-456 AC A0A2P7SD47.1
#=GS A0A1C4ZZZ2_MICEC/717-972 AC A0A1C4ZZZ2.1
#=GS A0A0N8VKP9_9ARCH/136-349 AC A0A0N8VKP9.1
#=GS A0A484I933_9ARCH/152-353 AC A0A484I933.1
#=GS A0A495RWD2_SPHMI/5-132 AC A0A495RWD2.1
#=GS A0A1G7UM21_9PROT/120-355 AC A0A1G7UM21.1
#=GS Q7WWX6_CUPNH/155-253 AC Q7WWX6.1
#=GS K2FJV2_9BACI/253-472 AC K2FJV2.1
#=GS A0A1H9DQ50_9HYPH/5-120 AC A0A1H9DQ50.1
#=GS A0A0B4X2S4_9HYPH/5-121 AC A0A0B4X2S4.1
#=GS A0A1M5JXE6_9FLAO/471-706 AC A0A1M5JXE6.1
#=GS L0K3K1_9EURY/8-156 AC L0K3K1.1
#=GS A0A3D8I9Q7_9HELI/99-296 AC A0A3D8I9Q7.1
#=GS A0A0C9MM62_9FUNG/204-273 AC A0A0C9MM62.1
#=GS R9K0Y1_9FIRM/4-208 AC R9K0Y1.1
#=GS F2KPM2_ARCVS/138-350 AC F2KPM2.1
#=GS A0A256J5S5_9EURY/2-157 AC A0A256J5S5.1
#=GS A0A4U7F6N5_9EURY/23-110 AC A0A4U7F6N5.1
#=GS A0A328VRB5_9CHLR/168-401 AC A0A328VRB5.1
#=GS A0A549TG93_9HYPH/5-128 AC A0A549TG93.1
#=GS A0A2K3UWE9_9DEIO/10-125 AC A0A2K3UWE9.1
#=GS A0A2L0AFA8_9SPHN/5-129 AC A0A2L0AFA8.1
#=GS A0A8J3VDH6_9ACTN/645-898 AC A0A8J3VDH6.1
#=GS R1E5E2_NANST/21-265 AC R1E5E2.1
#=GS G4CEG4_9NEIS/149-411 AC G4CEG4.1
#=GS A0A7I7XHN6_9MYCO/650-853 AC A0A7I7XHN6.1
#=GS A0A5N7MLX8_9HYPH/5-122 AC A0A5N7MLX8.1
#=GS Q3ADJ3_CARHZ/150-394 AC Q3ADJ3.1
#=GS F2NUW5_TRES6/134-390 AC F2NUW5.1
#=GS A0A0M8SR38_9ACTN/250-358 AC A0A0M8SR38.1
#=GS A0A2T4CPE4_9PROT/12-223 AC A0A2T4CPE4.1
#=GS A0A0H0XWA6_9SPHN/5-122 AC A0A0H0XWA6.1
#=GS A0A2R5HHI4_9LACT/70-320 AC A0A2R5HHI4.1
#=GS D3SGQ9_THISK/136-250 AC D3SGQ9.1
#=GS A0A1V8M8U8_9GAMM/133-383 AC A0A1V8M8U8.1
#=GS A0A240AL35_SERFI/142-406 AC A0A240AL35.1
#=GS A0A402CP13_9BACT/162-404 AC A0A402CP13.1
#=GS A0A4Y8ZU01_9SPHN/124-358 AC A0A4Y8ZU01.1
#=GS E0UD65_GLOV7/477-534 AC E0UD65.1
#=GS A0A7Y9S884_9MICC/129-421 AC A0A7Y9S884.1
#=GS A0A2P8DEV2_9ACTN/183-426 AC A0A2P8DEV2.1
#=GS A0A2T9WNV7_9CREN/168-486 AC A0A2T9WNV7.1
#=GS A0A0Q9I5G5_9HYPH/148-406 AC A0A0Q9I5G5.1
#=GS U1PYE0_9EURY/152-335 AC U1PYE0.1
#=GS A0A095TIL2_9GAMM/122-417 AC A0A095TIL2.1
#=GS A0A327MBC4_9PROT/5-120 AC A0A327MBC4.1
#=GS A0A1X9SQJ4_9PROT/179-486 AC A0A1X9SQJ4.1
#=GS A0A1C5K5H8_9ACTN/414-543 AC A0A1C5K5H8.1
#=GS A0A1G6HQ24_9LACO/10-274 AC A0A1G6HQ24.1
#=GS A0A1H8A7X3_9FIRM/152-392 AC A0A1H8A7X3.1
#=GS A0A428JBF9_9BACI/476-715 AC A0A428JBF9.1
#=GS A0A0U5H5B9_9EURY/209-456 AC A0A0U5H5B9.1
#=GS A0A133UEQ6_9EURY/138-352 AC A0A133UEQ6.1
#=GS A0A2V3JG89_9EURY/134-347 AC A0A2V3JG89.1
#=GS A0A6I5WMV6_9ACTN/341-467 AC A0A6I5WMV6.1
#=GS W4QY32_ALKA3/151-372 AC W4QY32.1
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