#=GF ID RFX1_trans_act
#=GF AC PF04589.16
#=GF DE RFX1 transcription activation region
#=GF AU Kerrison ND;0000-0002-1471-953X
#=GF SE DOMO:DM04454;
#=GF GA 25.00 25.00;
#=GF TC 26.10 25.00;
#=GF NC 24.70 24.70;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 9278482
#=GF RT The transcriptional activation and repression domains of RFX1, a
#=GF RT context-dependent regulator, can mutually neutralize their
#=GF RT activities.
#=GF RA Katan Y, Agami R, Shaul Y;
#=GF RL Nucleic Acids Res 1997;25:3621-3628.
#=GF DR INTERPRO; IPR007668;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC The RFX family is a family of winged-helix DNA binding proteins.
#=GF CC RFX1 is a regulatory factor essential for expression of MHC
#=GF CC class II genes. This region is to found N terminal to the RFX
#=GF CC DNA binding region (Pfam:PF02257) in some mammalian RFX
#=GF CC proteins, and is thought to activate transcription when
#=GF CC associated with DNA. Deletion analysis has identified the
#=GF CC region 233-351 in human RFX1 (Swiss:P22670) as being required
#=GF CC for maximal activation [1].
#=GF SQ 1805
#=GS A0A671TIM9_SPAAU/11-176 AC A0A671TIM9.1
#=GS A0A5F4BPM4_CANLF/212-371 AC A0A5F4BPM4.1
#=GS A0A6P6EKL0_OCTDE/1-56 AC A0A6P6EKL0.1
#=GS A0A3Q7ULE1_URSAR/4-159 AC A0A3Q7ULE1.1
#=GS A0A3Q1EX23_9TELE/10-138 AC A0A3Q1EX23.1
#=GS A0A6I9Q762_9TELE/4-163 AC A0A6I9Q762.1
#=GS A0A093H603_GAVST/7-137 AC A0A093H603.1
#=GS A0A2K5X7I3_MACFA/6-148 AC A0A2K5X7I3.2
#=GS H2TBN7_TAKRU/4-163 AC H2TBN7.2
#=GS A0A6G1BG61_CROCR/110-285 AC A0A6G1BG61.1
#=GS A0A6P8TNU8_GYMAC/4-163 AC A0A6P8TNU8.1
#=GS A0A674JRD0_TERCA/1-69 AC A0A674JRD0.1
#=GS A0A4X2MB40_VOMUR/287-432 AC A0A4X2MB40.1
#=GS A0A6J0WD99_ODOVR/9-153 AC A0A6J0WD99.1
#=GS A0A6J3FQW7_SAPAP/1-109 AC A0A6J3FQW7.1
#=GS A0A1S3LS01_SALSA/3-136 AC A0A1S3LS01.1
#=GS A0A6P8G3S9_CLUHA/4-160 AC A0A6P8G3S9.1
#=GS A0A6J0ZFH5_ODOVR/214-373 AC A0A6J0ZFH5.1
#=GS A0A6P5KXI0_PHACI/205-290 AC A0A6P5KXI0.1
#=GS A0A087XHK0_POEFO/119-282 AC A0A087XHK0.2
#=GS A0A2K6D1J7_MACNE/7-137 AC A0A2K6D1J7.1
#=GS M3XIP0_LATCH/2-262 AC M3XIP0.1
#=GS A0A671QX82_9TELE/1-104 AC A0A671QX82.1
#=GS A0A3Q7NKY9_CALUR/212-371 AC A0A3Q7NKY9.1
#=GS A0A6J0U565_9SAUR/105-197 AC A0A6J0U565.1
#=GS A0A6I9Q6V5_9TELE/4-163 AC A0A6I9Q6V5.1
#=GS A0A4W3IHN4_CALMI/18-133 AC A0A4W3IHN4.1
#=GS A0A4W2EPQ8_BOBOX/4-159 AC A0A4W2EPQ8.1
#=GS A0A6P6EZJ8_OCTDE/7-137 AC A0A6P6EZJ8.1
#=GS A0A674K967_TERCA/85-227 AC A0A674K967.1
#=GS A0A6J2PM63_COTGO/8-133 AC A0A6J2PM63.1
#=GS A0A672YIZ1_9TELE/122-284 AC A0A672YIZ1.1
#=GS A0A2Y9N8L5_DELLE/7-137 AC A0A2Y9N8L5.1
#=GS A0A3Q3GW07_9LABR/4-163 AC A0A3Q3GW07.1
#=GS A0A315VT51_GAMAF/7-135 AC A0A315VT51.1
#=GS A0A3Q1C0U2_AMPOC/8-133 AC A0A3Q1C0U2.1
#=GS A0A3Q3EL62_9LABR/122-277 AC A0A3Q3EL62.1
#=GS A0A6P6MQK6_CARAU/4-160 AC A0A6P6MQK6.1
#=GS A0A4W5R554_9TELE/33-131 AC A0A4W5R554.1
#=GS A0A671FPH9_RHIFE/4-158 AC A0A671FPH9.1
#=GS A0A2K5RB54_CEBIM/10-161 AC A0A2K5RB54.1
#=GS A0A452FRR1_CAPHI/3-154 AC A0A452FRR1.1
#=GS I3N8X3_ICTTR/4-134 AC I3N8X3.2
#=GS F6R1R2_MACMU/4-106 AC F6R1R2.3
#=GS A0A2K6D1M1_MACNE/7-137 AC A0A2K6D1M1.1
#=GS M3ZK05_XIPMA/4-155 AC M3ZK05.2
#=GS A0A402FSA7_9SAUR/281-440 AC A0A402FSA7.1
#=GS A0A4W3HPK6_CALMI/3-100 AC A0A4W3HPK6.1
#=GS A0A2K6D1L2_MACNE/6-136 AC A0A2K6D1L2.1
#=GS A0A2K5CL06_AOTNA/215-375 AC A0A2K5CL06.1
#=GS F6Y5S3_MACMU/215-485 AC F6Y5S3.3
#=GS A0A6J0SJE0_9SAUR/4-159 AC A0A6J0SJE0.1
#=GS A0A6P9BE07_PANGU/7-137 AC A0A6P9BE07.1
#=GS A0A663F8S5_AQUCH/8-137 AC A0A663F8S5.1
#=GS A0A6P5L525_PHACI/184-255 AC A0A6P5L525.1
#=GS A0A341BF99_NEOAA/4-164 AC A0A341BF99.1
#=GS A0A669QRM1_PHACC/4-159 AC A0A669QRM1.1
#=GS A0A218VAM8_9PASE/9-137 AC A0A218VAM8.1
#=GS A0A4W4GRP1_ELEEL/101-180 AC A0A4W4GRP1.1
#=GS A0A663MQ66_ATHCN/4-160 AC A0A663MQ66.1
#=GS A0A665T416_ECHNA/121-284 AC A0A665T416.1
#=GS A0A2Y9M798_DELLE/35-195 AC A0A2Y9M798.1
#=GS Q5U2M9_RAT/5-137 AC Q5U2M9.1
#=GS A0A218UCC4_9PASE/4-142 AC A0A218UCC4.1
#=GS A0A6P7I284_9TELE/4-163 AC A0A6P7I284.1
#=GS A0A2R9ACI7_PANPA/215-375 AC A0A2R9ACI7.1
#=GS A0A2K6D1I6_MACNE/8-143 AC A0A2K6D1I6.1
#=GS A0A6P6PWL4_CARAU/10-130 AC A0A6P6PWL4.1
#=GS A0A212D133_CEREH/8-114 AC A0A212D133.1
#=GS H2TKV3_TAKRU/8-89 AC H2TKV3.3
#=GS A0A667Z5E4_9TELE/3-73 AC A0A667Z5E4.1
#=GS A0A668SMN5_OREAU/1-134 AC A0A668SMN5.1
#=GS A0A672HCI7_SALFA/6-146 AC A0A672HCI7.1
#=GS A0A6J3IWK3_SAPAP/7-137 AC A0A6J3IWK3.1
#=GS A0A665UL11_ECHNA/1-142 AC A0A665UL11.1
#=GS A0A670KID4_PODMU/164-318 AC A0A670KID4.1
#=GS A0A2K6S8G0_SAIBB/4-154 AC A0A2K6S8G0.1
#=GS A0A093GJB3_DRYPU/10-137 AC A0A093GJB3.1
#=GS A0A6P6PW84_CARAU/4-160 AC A0A6P6PW84.1
#=GS A0A6J1XWU3_ACIJB/14-164 AC A0A6J1XWU3.1
#=GS A0A3Q7SLK6_VULVU/12-151 AC A0A3Q7SLK6.1
#=GS A0A091VQY0_NIPNI/4-160 AC A0A091VQY0.1
#=GS A0A6P8NXT2_GEOSA/8-137 AC A0A6P8NXT2.1
#=GS A0A7N6A597_ANATE/1-173 AC A0A7N6A597.1
#=GS A0A6J2LL53_9CHIR/10-151 AC A0A6J2LL53.1
#=GS A0A3P9BIW4_9CICH/122-284 AC A0A3P9BIW4.1
#=GS A0A2K5Y971_MANLE/215-375 AC A0A2K5Y971.1
#=GS A0A5N3X324_MUNRE/19-90 AC A0A5N3X324.1
#=GS A0A673K2N4_9TELE/14-236 AC A0A673K2N4.1
#=GS A0A670ZWC0_PSETE/6-137 AC A0A670ZWC0.1
#=GS G1RC04_NOMLE/7-137 AC G1RC04.1
#=GS W5PAV5_SHEEP/195-355 AC W5PAV5.1
#=GS A0A452G3J4_CAPHI/214-373 AC A0A452G3J4.1
#=GS A0A2G9RI34_LITCT/141-319 AC A0A2G9RI34.1
#=GS A0A3N0Y9M7_ANAGA/120-397 AC A0A3N0Y9M7.1
#=GS A0A6P8EQ65_CLUHA/8-138 AC A0A6P8EQ65.1
#=GS G3W880_SARHA/305-475 AC G3W880.2
#=GS A0A6P6JTZ5_CARAU/119-395 AC A0A6P6JTZ5.1
#=GS A0A455BAM8_PHYMC/107-266 AC A0A455BAM8.1
#=GS A0A093NAL9_PYGAD/4-160 AC A0A093NAL9.1
#=GS A0A2K6L7Z3_RHIBE/4-154 AC A0A2K6L7Z3.1
#=GS A0A6J3FQE7_SAPAP/4-154 AC A0A6J3FQE7.1
#=GS A0A665WDT4_ECHNA/4-163 AC A0A665WDT4.1
#=GS A0A6P5IXX6_PHACI/39-143 AC A0A6P5IXX6.1
#=GS A0A2K5XRI7_MANLE/4-154 AC A0A2K5XRI7.1
#=GS A0A674DAI9_SALTR/21-155 AC A0A674DAI9.1
#=GS A0A670KD49_PODMU/53-122 AC A0A670KD49.1
#=GS A0A485PL03_LYNPA/4-158 AC A0A485PL03.1
#=GS A0A1V4L2J2_PATFA/15-168 AC A0A1V4L2J2.1
#=GS A0A3Q1GKX8_9TELE/8-167 AC A0A3Q1GKX8.1
#=GS A0A671QM94_9TELE/10-130 AC A0A671QM94.1
#=GS A0A5F9C7Z4_RABIT/26-168 AC A0A5F9C7Z4.1
#=GS A0A3Q4MAZ1_NEOBR/8-136 AC A0A3Q4MAZ1.1
#=GS A0A7N9B0G2_9TELE/23-156 AC A0A7N9B0G2.1
#=GS A0A665WE27_ECHNA/4-163 AC A0A665WE27.1
#=GS A0A287BBF1_PIG/216-505 AC A0A287BBF1.2
#=GS L5L862_PTEAL/1-109 AC L5L862.1
#=GS A0A2K6BLY3_MACNE/4-154 AC A0A2K6BLY3.1
#=GS A0A7F8RCU3_LEPWE/7-147 AC A0A7F8RCU3.1
#=GS A0A672YJ60_9TELE/167-249 AC A0A672YJ60.1
#=GS A0A6P7I6Z2_9TELE/4-163 AC A0A6P7I6Z2.1
#=GS A0A6I9MYW6_9TELE/127-385 AC A0A6I9MYW6.1
#=GS A0A3P9CU09_9CICH/4-163 AC A0A3P9CU09.1
#=GS A0A6J0ZEM1_ODOVR/4-159 AC A0A6J0ZEM1.1
#=GS G1N0Y0_MELGA/8-137 AC G1N0Y0.2
#=GS A0A4U5U5F2_COLLU/122-280 AC A0A4U5U5F2.1
#=GS A0A669R1H5_PHACC/26-181 AC A0A669R1H5.1
#=GS A0A1S3L3X4_SALSA/17-237 AC A0A1S3L3X4.1
#=GS A0A087R5N3_APTFO/4-160 AC A0A087R5N3.1
#=GS A0A672LPV8_SINGR/4-162 AC A0A672LPV8.1
#=GS A0A455C3H1_PHYMC/1-109 AC A0A455C3H1.1
#=GS A0A315VDZ9_GAMAF/156-307 AC A0A315VDZ9.1
#=GS A0A6J1YLC5_ACIJB/4-159 AC A0A6J1YLC5.1
#=GS A0A6P7IRD5_9TELE/46-249 AC A0A6P7IRD5.1
#=GS A0A6F9B625_9TELE/7-164 AC A0A6F9B625.1
#=GS A0A5N5MFI5_PANHP/112-264 AC A0A5N5MFI5.1
#=GS A0A3Q3W4C4_MOLML/106-262 AC A0A3Q3W4C4.1
#=GS A0A671WSL2_SPAAU/127-292 AC A0A671WSL2.1
#=GS A0A2K5U4L9_MACFA/4-154 AC A0A2K5U4L9.1
#=GS A0A7N4NGA6_SARHA/337-507 AC A0A7N4NGA6.1
#=GS A0A6P7XQS2_9AMPH/159-295 AC A0A6P7XQS2.1
#=GS G3TN44_LOXAF/7-137 AC G3TN44.1
#=GS A0A2K6D1G3_MACNE/7-137 AC A0A2K6D1G3.1
#=GS A0A2K6BLV5_MACNE/38-188 AC A0A2K6BLV5.1
#=GS A0A674KFR6_TERCA/4-160 AC A0A674KFR6.1
#=GS A0A4W3IDT9_CALMI/7-144 AC A0A4W3IDT9.1
#=GS A0A6J3FRH2_SAPAP/1-109 AC A0A6J3FRH2.1
#=GS A0A668VN17_OREAU/122-284 AC A0A668VN17.1
#=GS A0A4X2MEB7_VOMUR/21-140 AC A0A4X2MEB7.1
#=GS A0A5E4A9F2_MARMO/214-503 AC A0A5E4A9F2.1
#=GS A0A6P6Q9U0_CARAU/6-130 AC A0A6P6Q9U0.1
#=GS A0A6P5LTT3_PHACI/8-137 AC A0A6P5LTT3.1
#=GS H2NXS0_PONAB/215-375 AC H2NXS0.1
#=GS A0A4X2MDH5_VOMUR/19-140 AC A0A4X2MDH5.1
#=GS A0A3Q7RQ14_VULVU/4-159 AC A0A3Q7RQ14.1
#=GS A0A7N6C4P7_ANATE/125-385 AC A0A7N6C4P7.1
#=GS A0A2I3GEM7_NOMLE/215-375 AC A0A2I3GEM7.1
#=GS A0A3Q3LBG1_9TELE/2-71 AC A0A3Q3LBG1.2
#=GS A0A672RAG3_SINGR/15-201 AC A0A672RAG3.1
#=GS A0A091JZ38_COLST/4-156 AC A0A091JZ38.1
#=GS A0A6J0ZGU2_ODOVR/4-141 AC A0A6J0ZGU2.1
#=GS A0A674EH92_SALTR/130-412 AC A0A674EH92.1
#=GS A0A6P5J6Z6_PHACI/28-149 AC A0A6P5J6Z6.1
#=GS A0A672UX04_STRHB/4-161 AC A0A672UX04.1
#=GS A0A6J3R660_TURTR/217-376 AC A0A6J3R660.1
#=GS W5P939_SHEEP/4-158 AC W5P939.1
#=GS A0A3Q2W4D8_HAPBU/8-137 AC A0A3Q2W4D8.1
#=GS A0A6J2QMG1_COTGO/31-151 AC A0A6J2QMG1.1
#=GS A0A3Q0GRE6_ALLSI/1-54 AC A0A3Q0GRE6.1
#=GS A0A673YNI2_SALTR/3-138 AC A0A673YNI2.1
#=GS A0A4W5MH84_9TELE/4-161 AC A0A4W5MH84.1
#=GS A0A493TID2_ANAPP/14-170 AC A0A493TID2.1
#=GS A0A668U6N1_OREAU/13-114 AC A0A668U6N1.1
#=GS A0A2Y9T3L1_PHYMC/10-151 AC A0A2Y9T3L1.2
#=GS K7FDL8_PELSI/4-137 AC K7FDL8.1
#=GS A0A3Q7RES2_VULVU/4-159 AC A0A3Q7RES2.1
#=GS A0A668U4D1_OREAU/4-163 AC A0A668U4D1.1
#=GS A0A4W6CN79_LATCA/7-134 AC A0A4W6CN79.1
#=GS A0A2K6M959_RHIBE/215-375 AC A0A2K6M959.1
#=GS A0A2K6PPG3_RHIRO/2-84 AC A0A2K6PPG3.1
#=GS G3TUV1_LOXAF/1-98 AC G3TUV1.1
#=GS A0A2K6D1Q6_MACNE/215-375 AC A0A2K6D1Q6.1
#=GS A0A4W5M837_9TELE/3-137 AC A0A4W5M837.1
#=GS A0A2K6PPF7_RHIRO/7-137 AC A0A2K6PPF7.1
#=GS A0A6P9D3Q9_PANGU/96-185 AC A0A6P9D3Q9.1
#=GS A0A6J2G7N6_9PASS/4-160 AC A0A6J2G7N6.1
#=GS A0A6G1QD68_9TELE/127-386 AC A0A6G1QD68.1
#=GS A0A3P9CSY8_9CICH/7-134 AC A0A3P9CSY8.1
#=GS A0A670KID0_PODMU/176-223 AC A0A670KID0.1
#=GS A0A2I3M324_PAPAN/7-137 AC A0A2I3M324.1
#=GS A0A2U3VIB5_ODORO/7-137 AC A0A2U3VIB5.1
#=GS F1NC32_CHICK/8-137 AC F1NC32.2
#=GS A0A3P8T337_AMPPE/121-285 AC A0A3P8T337.1
#=GS A0A669DVS3_ORENI/4-165 AC A0A669DVS3.1
#=GS A0A4W5MH92_9TELE/32-131 AC A0A4W5MH92.1
#=GS K7EIN5_HUMAN/4-142 AC K7EIN5.8
#=GS A0A2K6G2H2_PROCO/7-136 AC A0A2K6G2H2.1
#=GS A0A6P8ETN3_CLUHA/8-138 AC A0A6P8ETN3.1
#=GS A0A2K5M9X7_CERAT/7-137 AC A0A2K5M9X7.1
#=GS A0A3Q7PM97_CALUR/35-190 AC A0A3Q7PM97.1
#=GS A0A4W3IHP7_CALMI/54-126 AC A0A4W3IHP7.1
#=GS A0A673YML3_SALTR/3-136 AC A0A673YML3.1
#=GS A0A3Q0GQE9_ALLSI/8-137 AC A0A3Q0GQE9.1
#=GS A0A671KYQ0_9TELE/33-130 AC A0A671KYQ0.1
#=GS A0A669BLQ8_ORENI/13-114 AC A0A669BLQ8.1
#=GS A0A2K6S8J9_SAIBB/4-154 AC A0A2K6S8J9.1
#=GS A0A6P5IXX1_PHACI/11-130 AC A0A6P5IXX1.1
#=GS A0A452H0Q2_9SAUR/4-160 AC A0A452H0Q2.1
#=GS A0A665WDK4_ECHNA/4-160 AC A0A665WDK4.1
#=GS A0A672JHX6_SALFA/9-133 AC A0A672JHX6.1
#=GS A0A3Q1AY05_AMPOC/121-285 AC A0A3Q1AY05.1
#=GS A0A151NWX6_ALLMI/16-153 AC A0A151NWX6.1
#=GS A0A6P6C1W6_PTEVA/191-478 AC A0A6P6C1W6.1
#=GS A0A1U8DCC1_ALLSI/219-478 AC A0A1U8DCC1.1
#=GS A0A3Q2U496_CHICK/16-171 AC A0A3Q2U496.1
#=GS A0A6Q2YPC6_ESOLU/2-133 AC A0A6Q2YPC6.1
#=GS A0A556V7L6_BAGYA/17-130 AC A0A556V7L6.1
#=GS A0A3Q1LX23_BOVIN/13-129 AC A0A3Q1LX23.1
#=GS A0A5F5PT83_HORSE/7-137 AC A0A5F5PT83.1
#=GS A0A2I2V2V8_FELCA/7-137 AC A0A2I2V2V8.3
#=GS A0A3Q3GQ46_9LABR/6-133 AC A0A3Q3GQ46.1
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#=GS A0A6P4YPA9_BRABE/22-205 AC A0A6P4YPA9.1
#=GS A0A2U4BAU7_TURTR/10-151 AC A0A2U4BAU7.1
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#=GS A0A1S3JPJ1_LINUN/6-159 AC A0A1S3JPJ1.1
#=GS A0A3Q2LQG7_HORSE/174-460 AC A0A3Q2LQG7.2
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