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Database: Pfam
Entry: RdRP_1
LinkDB: RdRP_1
Original site: RdRP_1 
#=GF ID   RdRP_1
#=GF AC   PF00680.22
#=GF DE   Viral RNA-dependent RNA polymerase
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU   Chuguransky S;0000-0002-0520-0736
#=GF SE   Pfam-B_32 (release 2.1)
#=GF GA   23.90 23.90;
#=GF TC   23.90 23.90;
#=GF NC   23.80 23.80;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF WK   RNA-dependent_RNA_polymerase
#=GF CL   CL0027
#=GF RN   [1]
#=GF RM   29439438
#=GF RT   RNA Dependent RNA Polymerases: Insights from Structure, Function
#=GF RT   and Evolution.
#=GF RA   Venkataraman S, Prasad BVLS, Selvarajan R;
#=GF RL   Viruses. 2018; [Epub ahead of print]
#=GF RN   [2]
#=GF RM   15306852
#=GF RT   Structural basis for proteolysis-dependent activation of the
#=GF RT   poliovirus RNA-dependent RNA polymerase.
#=GF RA   Thompson AA, Peersen OB;
#=GF RL   EMBO J. 2004;23:3462-3471.
#=GF DR   INTERPRO; IPR001205;
#=GF DR   SCOP; 1rdr; fa;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   This family represents the RNA-directed RNA polymerase found in
#=GF CC   many positive strand RNA eukaryotic viruses. Structural studies
#=GF CC   indicate that these proteins form the "right hand" structure
#=GF CC   found in all oligonucleotide polymerases, containing thumb,
#=GF CC   finger and palm domains, and also the additional bridging finger
#=GF CC   and thumb domains unique to RNA-directed RNA polymerases [1, 2].
#=GF SQ   850
#=GS A0A1L3KFV2_9VIRU/443-646    AC A0A1L3KFV2.1
#=GS A0A1S5VYU2_9VIRU/1181-1567  AC A0A1S5VYU2.1
#=GS A0A1B2RVR0_9VIRU/2046-2390  AC A0A1B2RVR0.1
#=GS A0A1L3KHR0_9VIRU/1076-1397  AC A0A1L3KHR0.1
#=GS A0A193BLB6_9VIRU/405-703    AC A0A193BLB6.1
#=GS POL1_BAYMY/1647-2074        AC Q9YJW3.1
#=GS Q52UL1_9VIRU/110-459        AC Q52UL1.2
#=GS A0A1L3KMG6_9VIRU/957-1352   AC A0A1L3KMG6.1
#=GS A0A125R5A3_9ALPC/4484-4826  AC A0A125R5A3.1
#=GS Q50LH7_9VIRU/324-608        AC Q50LH7.1
#=GS A0A1L3KH88_9VIRU/1346-1782  AC A0A1L3KH88.1
#=GS A0A1L3KKS4_9VIRU/1499-1936  AC A0A1L3KKS4.1
#=GS A0A1L3KME0_9VIRU/1366-1778  AC A0A1L3KME0.1
#=GS A0A1L3KMB5_9VIRU/973-1399   AC A0A1L3KMB5.1
#=GS A0A1L3KJ49_9VIRU/2659-3139  AC A0A1L3KJ49.1
#=GS A0A1L3KHH1_9VIRU/1008-1418  AC A0A1L3KHH1.1
#=GS A0A1L3KH17_9VIRU/2358-2877  AC A0A1L3KH17.1
#=GS B1NEV0_9VIRU/579-753        AC B1NEV0.2
#=GS A0A1L3KLY8_9VIRU/1422-1910  AC A0A1L3KLY8.1
#=GS A0A1L3KKP0_9VIRU/1664-2059  AC A0A1L3KKP0.1
#=GS RDRP_CPVKS/26-446           AC O15925.1
#=GS A0A1L3KJK5_9VIRU/1269-1678  AC A0A1L3KJK5.1
#=GS A0A1L3KJ27_9VIRU/1198-1661  AC A0A1L3KJ27.1
#=GS Q9WTA1_9VIRU/794-1230       AC Q9WTA1.1
#=GS H9BR16_9NIDO/4035-4471      AC H9BR16.1
#=GS H9BR24_9NIDO/3986-4408      AC H9BR24.1
#=GS A0A1L3KKL5_9VIRU/1892-2320  AC A0A1L3KKL5.1
#=GS A0A3G9M863_9VIRU/559-737    AC A0A3G9M863.1
#=GS A0A1L3KNR2_9VIRU/1270-1708  AC A0A1L3KNR2.1
#=GS A0A1L3KLT9_9VIRU/2249-2724  AC A0A1L3KLT9.1
#=GS A0A2D0WU30_9VIRU/551-806    AC A0A2D0WU30.1
#=GS A0A159D6T4_9NIDO/203-615    AC A0A159D6T4.1
#=GS A0A1L3KNH5_9VIRU/1259-1690  AC A0A1L3KNH5.1
#=GS A0A1L3KH27_9VIRU/1286-1689  AC A0A1L3KH27.1
#=GS A0A1L3KNQ1_9VIRU/1561-2008  AC A0A1L3KNQ1.1
#=GS A0A1L3KGY8_9VIRU/1286-1708  AC A0A1L3KGY8.1
#=GS A0A1L3KJG7_9VIRU/1631-2029  AC A0A1L3KJG7.1
#=GS A0A1L3KLT8_9VIRU/38-418     AC A0A1L3KLT8.1
#=GS A0A1L3KFN0_9VIRU/133-360    AC A0A1L3KFN0.1
#=GS A0A1L3KL25_9VIRU/2423-2829  AC A0A1L3KL25.1
#=GS A0A1L3KMJ4_9VIRU/1242-1646  AC A0A1L3KMJ4.1
#=GS A0A1L3KET5_9VIRU/80-293     AC A0A1L3KET5.1
#=GS A0A1L3KEY0_9VIRU/1-268      AC A0A1L3KEY0.1
#=GS RPOA_PRRSB/2699-3119        AC Q8B912.3
#=GS A0A1Y2GFJ1_9FUNG/362-535    AC A0A1Y2GFJ1.1
#=GS A0A1L3KKV9_9VIRU/1262-1721  AC A0A1L3KKV9.1
#=GS A0A1L3KKV1_9VIRU/2131-2516  AC A0A1L3KKV1.1
#=GS A0A1L3KH45_9VIRU/1496-1976  AC A0A1L3KH45.1
#=GS A0A1L3KJ45_9VIRU/1262-1717  AC A0A1L3KJ45.1
#=GS A0A1B2RVM4_9VIRU/1906-2388  AC A0A1B2RVM4.1
#=GS A0A1L3KEC2_9VIRU/1-262      AC A0A1L3KEC2.1
#=GS A0A1L3KNC3_9VIRU/1246-1705  AC A0A1L3KNC3.1
#=GS A0A1L3KKP4_9VIRU/2632-3060  AC A0A1L3KKP4.1
#=GS D9J202_9ALPC/4459-4782      AC D9J202.1
#=GS A0A0F7KIK0_9VIRU/1554-1963  AC A0A0F7KIK0.1
#=GS A0A0G3BEP0_9PICO/2196-2667  AC A0A0G3BEP0.1
#=GS A0A1L3KLV8_9VIRU/2523-3006  AC A0A1L3KLV8.1
#=GS A0A0F6PU04_9NIDO/197-614    AC A0A0F6PU04.1
#=GS A0A1L3KEE0_9VIRU/1-223      AC A0A1L3KEE0.1
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        AC P03300.3
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 3OL7 I; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4S A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLQ A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLS A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLR A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4T A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4U E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4V A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2ILZ A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4W E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 1RDR A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLO A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4S E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLY A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 1RA7 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2IM2 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4U A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4V E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 1TQL A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLX A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 3OL7 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2IM0 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2IM1 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4R0E A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLW A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 3OL7 M; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLP A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 1RA6 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 1RAJ A; 70-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2ILY A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 3OL7 E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4T E; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLV A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 2IM3 A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4K4W A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLT A; 26-439;
#=GS POLG_POL1M/1774-2187        DR PDB; 4NLU A; 26-439;
#=GS A0A1L3KFA5_9VIRU/309-550    AC A0A1L3KFA5.1
#=GS M9VTV7_9VIRU/358-636        AC M9VTV7.1
#=GS Q18L82_9VIRU/49-492         AC Q18L82.1
#=GS A0A1L3KNL5_9VIRU/2196-2661  AC A0A1L3KNL5.1
#=GS A0A1L3KLY1_9VIRU/1511-2003  AC A0A1L3KLY1.1
#=GS A0A1L3KEF7_9VIRU/32-300     AC A0A1L3KEF7.1
#=GS A0A1L3KM71_9VIRU/2548-2970  AC A0A1L3KM71.1
#=GS Q6YDQ7_9VIRU/46-492         AC Q6YDQ7.2
#=GS A0A1L3KHQ4_9VIRU/1559-2040  AC A0A1L3KHQ4.1
#=GS A0A1L3KEQ8_9VIRU/9-253      AC A0A1L3KEQ8.1
#=GS A0A1L3KNQ4_9VIRU/1013-1460  AC A0A1L3KNQ4.1
#=GS A0A1L3KE79_9VIRU/89-409     AC A0A1L3KE79.1
#=GS Q06BE0_9BETC/379-702        AC Q06BE0.1
#=GS A0A1L3KEL4_9VIRU/23-278     AC A0A1L3KEL4.1
#=GS A0A1L3KE59_9VIRU/2-221      AC A0A1L3KE59.1
#=GS A0A1Z2RTC1_9VIRU/159-467    AC A0A1Z2RTC1.1
#=GS POLN_CRPVC/1275-1740        AC Q9IJX4.1
#=GS A0A1L3KM03_9VIRU/1534-1955  AC A0A1L3KM03.1
#=GS A0A1L3KM93_9VIRU/2512-2993  AC A0A1L3KM93.1
#=GS NS1AB_TASV1/1126-1583       AC Q9JH69.3
#=GS POLN_ABPVR/1411-1884        AC Q9DSN9.1
#=GS A0A1L3KLC6_9VIRU/101-402    AC A0A1L3KLC6.1
#=GS A0A1L3KEL7_9VIRU/18-311     AC A0A1L3KEL7.1
#=GS A0A1L3KLH7_9VIRU/27-401     AC A0A1L3KLH7.1
#=GS A0A1L3KIV2_9VIRU/3260-3674  AC A0A1L3KIV2.1
#=GS Q0ZQM1_DHAV/1820-2228       AC Q0ZQM1.1
#=GS POLG_BVY3/2643-3065         AC A0AUJ5.1
#=GS A0A1L3KDW0_9VIRU/12-267     AC A0A1L3KDW0.1
#=GS S5YAF0_9ALPC/4547-4951      AC S5YAF0.1
#=GS A0A1L3KHI6_9VIRU/1081-1478  AC A0A1L3KHI6.1
#=GS A0A1W6EUV4_9VIRU/49-344     AC A0A1W6EUV4.1
#=GS A0A346P9B9_9VIRU/510-734    AC A0A346P9B9.1
#=GS A0A0V1KJ84_9BILA/3-217      AC A0A0V1KJ84.1
#=GS A0A023YA54_MERS/4943-5294   AC A0A023YA54.1
#=GS A0A1L3KJF8_9VIRU/1369-1777  AC A0A1L3KJF8.1
#=GS A0A1W6C2H2_9VIRU/37-457     AC A0A1W6C2H2.1
#=GS A0A1L3KM28_9VIRU/2026-2511  AC A0A1L3KM28.1
#=GS A0A1L3KM84_9VIRU/1489-1935  AC A0A1L3KM84.1
#=GS A0A1L3KG09_9VIRU/522-718    AC A0A1L3KG09.1
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#=GS A0A1B1X402_9NIDO/3004-3454  AC A0A1B1X402.1
#=GS A0A1L3KNG0_9VIRU/1116-1547  AC A0A1L3KNG0.1
#=GS A0A068Q774_9VIRU/476-744    AC A0A068Q774.1
#=GS A0A0E3XT08_9PICO/1842-2270  AC A0A0E3XT08.1
#=GS A0A0U1UZA8_9ALPC/4717-5062  AC A0A0U1UZA8.1
#=GS A0A1L3KMR5_9VIRU/1308-1759  AC A0A1L3KMR5.1
#=GS S5M6Q2_9VIRU/43-481         AC S5M6Q2.1
#=GS A0A1L3KET7_9VIRU/77-326     AC A0A1L3KET7.1
#=GS Q9WJ28_PTV1F/1811-2217      AC Q9WJ28.1
#=GS A0A1L3KEN3_9VIRU/21-294     AC A0A1L3KEN3.1
#=GS A0A1L3KH08_9VIRU/1327-1755  AC A0A1L3KH08.1
#=GS A0A0P0QKB3_9VIRU/4093-4435  AC A0A0P0QKB3.1
#=GS A0A0U1WHG0_SARS/4830-5167   AC A0A0U1WHG0.1
#=GS A0A1L3KKY8_9VIRU/2401-2827  AC A0A1L3KKY8.1
#=GS A0A1L3KKV0_9VIRU/2423-2850  AC A0A1L3KKV0.1
#=GS A0A2Z6JIM2_9VIRU/598-751    AC A0A2Z6JIM2.1
#=GS A0A1L3KF03_9VIRU/116-370    AC A0A1L3KF03.1
#=GS A0A1L3KM91_9VIRU/1598-2022  AC A0A1L3KM91.1
#=GS A0A1L3KH15_9VIRU/1338-1621  AC A0A1L3KH15.1
#=GS A0A1L3KMB1_9VIRU/1242-1647  AC A0A1L3KMB1.1
#=GS A0A1L3KMH1_9VIRU/1442-1887  AC A0A1L3KMH1.1
#=GS A0A1L3KM85_9VIRU/1493-1880  AC A0A1L3KM85.1
#=GS A0A1L3KJH7_9VIRU/1607-1990  AC A0A1L3KJH7.1
#=GS A0A1L3KEG7_9VIRU/20-366     AC A0A1L3KEG7.1
#=GS A0A1B4ZBZ5_9VIRU/173-510    AC A0A1B4ZBZ5.1
#=GS A0A1Z2RX77_9NIDO/2226-2628  AC A0A1Z2RX77.1
#=GS E3W850_9VIRU/36-455         AC E3W850.1
#=GS A0A1L3KFZ6_9VIRU/496-714    AC A0A1L3KFZ6.1
#=GS A0A1L3KNE2_9VIRU/1105-1513  AC A0A1L3KNE2.1
#=GS R1AB_BC512/4548-4926        AC P0C6W0.1
#=GS A0A2V0A0C7_9VIRU/555-745    AC A0A2V0A0C7.1
#=GS A0A1V1IEY9_9VIRU/360-633    AC A0A1V1IEY9.1
#=GS A0A1L3KMI1_9VIRU/2371-2811  AC A0A1L3KMI1.1
#=GS A0A0V0T4S7_9BILA/1721-2135  AC A0A0V0T4S7.1
#=GS W1I6K0_9VIRU/30-445         AC W1I6K0.1
#=GS A0A1L3KNI1_9VIRU/1222-1636  AC A0A1L3KNI1.1
#=GS A0A1L3KEW3_9VIRU/53-316     AC A0A1L3KEW3.1
#=GS POLG_RHDVF/1288-1730        AC P27410.1
#=GS POLG_RHDVF/1288-1730        DR PDB; 1KHW A; 37-479;
#=GS POLG_RHDVF/1288-1730        DR PDB; 1KHV B; 37-479;
#=GS POLG_RHDVF/1288-1730        DR PDB; 1KHW B; 37-479;
#=GS POLG_RHDVF/1288-1730        DR PDB; 1KHV A; 37-479;
#=GS A0A1L3KEG0_9VIRU/61-270     AC A0A1L3KEG0.1
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