#=GF ID SAE2
#=GF AC PF08573.13
#=GF DE DNA endonuclease activator SAE2/CtIP C-terminus
#=GF AU Mistry J;0000-0003-2479-5322
#=GF AU Wood V;0000-0001-6330-7526
#=GF SE manual
#=GF GA 19.80 17.10;
#=GF TC 19.80 17.10;
#=GF NC 19.70 17.00;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF RN [1]
#=GF RM 16374511
#=GF RT The Saccharomyces cerevisiae Sae2 protein negatively regulates
#=GF RT DNA damage checkpoint signalling.
#=GF RA Clerici M, Mantiero D, Lucchini G, Longhese MP;
#=GF RL EMBO Rep. 2005; [Epub ahead of print]
#=GF RN [2]
#=GF RM 16162495
#=GF RT The Saccharomyces cerevisiae Sae2 protein promotes resection and
#=GF RT bridging of double strand break ends.
#=GF RA Clerici M, Mantiero D, Lucchini G, Longhese MP;
#=GF RL J Biol Chem. 2005;280:38631-38638.
#=GF RN [3]
#=GF RM 17936710
#=GF RT Ctp1 is a cell-cycle-regulated protein that functions with Mre11
#=GF RT complex to control double-strand break repair by homologous
#=GF RT recombination.
#=GF RA Limbo O, Chahwan C, Yamada Y, de Bruin RA, Wittenberg C, Russell
#=GF RA P;
#=GF RL Mol Cell. 2007;28:134-146.
#=GF RN [4]
#=GF RM 18007596
#=GF RT A conserved function for a Caenorhabditis elegans Com1/Sae2/CtIP
#=GF RT protein homolog in meiotic recombination.
#=GF RA Penkner A, Portik-Dobos Z, Tang L, Schnabel R, Novatchkova M,
#=GF RA Jantsch V, Loidl J;
#=GF RL EMBO J. 2007;26:5071-5082.
#=GF RN [5]
#=GF RM 18007598
#=GF RT A novel plant gene essential for meiosis is related to the human
#=GF RT CtIP and the yeast COM1/SAE2 gene.
#=GF RA Uanschou C, Siwiec T, Pedrosa-Harand A, Kerzendorfer C,
#=GF RA Sanchez-Moran E, Novatchkova M, Akimcheva S, Woglar A, Klein F,
#=GF RA Schlogelhofer P;
#=GF RL EMBO J. 2007; [Epub ahead of print]
#=GF RN [6]
#=GF RM 18042458
#=GF RT Sae2 is an endonuclease that processes hairpin DNA cooperatively
#=GF RT with the Mre11/Rad50/Xrs2 complex.
#=GF RA Lengsfeld BM, Rattray AJ, Bhaskara V, Ghirlando R, Paull TT;
#=GF RL Mol Cell. 2007;28:638-651.
#=GF RN [7]
#=GF RM 33836577
#=GF RT A conserved Ctp1/CtIP C-terminal peptide stimulates Mre11
#=GF RT endonuclease activity.
#=GF RA Zdravkovic A, Daley JM, Dutta A, Niwa T, Murayama Y, Kanamaru S,
#=GF RA Ito K, Maki T, Argunhan B, Takahashi M, Tsubouchi H, Sung P,
#=GF RA Iwasaki H;
#=GF RL Proc Natl Acad Sci U S A. 2021; [Epub ahead of print]
#=GF DR INTERPRO; IPR013882;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC SAE2 is a protein involved in repairing meiotic and mitotic
#=GF CC double-strand breaks in DNA. It has been shown to negatively
#=GF CC regulate DNA damage checkpoint signalling [1,2]. SAE2 is
#=GF CC homologous to the CtIP proteins in mammals and an homologous
#=GF CC protein in plants. Crucial sequence motifs that are highly
#=GF CC conserved are the CxxC and the RHR motifs in this C-terminal
#=GF CC part of the protein [3]. In budding yeast, genetic evidence
#=GF CC suggests that the SAE2 protein is essential for the processing
#=GF CC of hairpin DNA intermediates and meiotic double-strand breaks by
#=GF CC Mre11/Rad50 complexes. SAE2 binds DNA and exhibits endonuclease
#=GF CC activity on single-stranded DNA independently of Mre11/Rad50
#=GF CC complexes, but hairpin DNA structures are cleaved cooperatively
#=GF CC in the presence of Mre11/Rad50 or Mre11/Rad50/Xrs2. Hairpin
#=GF CC structures are not processed at the tip by SAE2 but rather at
#=GF CC single-stranded DNA regions adjacent to the hairpin. The
#=GF CC catalytic activities of SAE2 are important for its biological
#=GF CC functions [6]. Although proteins containing this domain were
#=GF CC described as endonucleases, it is now known that they actually
#=GF CC function as endonuclease activators [7]. This domain contains
#=GF CC highly conserved residues at its 15-residue extreme that are
#=GF CC indispensable for MRN (Mre11-Rad50-Nbs1) complex activation,
#=GF CC through the stimulation of Mre11 endonuclease activity [7].
#=GF SQ 1703
#=GS A0A0L0D6T6_THETB/246-285 AC A0A0L0D6T6.1
#=GS A0A4D9BTR1_SALSN/512-544 AC A0A4D9BTR1.1
#=GS M3Y2S1_MUSPF/824-861 AC M3Y2S1.1
#=GS A0A6J3J3Y7_SAPAP/807-846 AC A0A6J3J3Y7.1
#=GS F1A689_DICPU/325-361 AC F1A689.1
#=GS A0A3P4SA95_GULGU/825-862 AC A0A3P4SA95.1
#=GS I1LVE7_SOYBN/423-468 AC I1LVE7.1
#=GS A0A094I8N3_9PEZI/664-778 AC A0A094I8N3.1
#=GS A0A5P1F0Y3_ASPOF/396-444 AC A0A5P1F0Y3.1
#=GS CTIP_HUMAN/825-861 AC Q99708.2
#=GS A0A165LHS3_9APHY/521-642 AC A0A165LHS3.1
#=GS A0A2G8S611_9APHY/548-651 AC A0A2G8S611.1
#=GS A0A372RE82_9GLOM/401-447 AC A0A372RE82.1
#=GS D8SCT6_SELML/408-445 AC D8SCT6.1
#=GS A0A0L8FXI9_OCTBM/294-336 AC A0A0L8FXI9.1
#=GS A0A6J1U5M9_9SAUR/679-719 AC A0A6J1U5M9.1
#=GS A0A5C3E2A5_9BASI/454-490 AC A0A5C3E2A5.1
#=GS A0A091PSQ9_LEPDC/799-838 AC A0A091PSQ9.1
#=GS A0A1B9FW82_9TREE/770-860 AC A0A1B9FW82.1
#=GS A0A6P8TUF7_GYMAC/629-669 AC A0A6P8TUF7.1
#=GS F6HBA9_VITVI/572-622 AC F6HBA9.1
#=GS A0A5C3QP47_9AGAR/630-763 AC A0A5C3QP47.1
#=GS A0A5A7URX2_CUCME/588-639 AC A0A5A7URX2.1
#=GS A0A2P5EL60_TREOI/603-648 AC A0A2P5EL60.1
#=GS A0A6J1PCT9_9HYME/62-102 AC A0A6J1PCT9.1
#=GS A0A091IW52_CALAN/832-872 AC A0A091IW52.1
#=GS A0A0M3KE91_ANISI/72-110 AC A0A0M3KE91.1
#=GS A0A6P8QQH7_GEOSA/726-766 AC A0A6P8QQH7.1
#=GS A0A1R1X082_9FUNG/6-108 AC A0A1R1X082.1
#=GS A0A3M7AWG0_HORWE/558-667 AC A0A3M7AWG0.1
#=GS A0A423VFW4_9PEZI/605-720 AC A0A423VFW4.1
#=GS A0A2P7ZAF4_9PEZI/488-606 AC A0A2P7ZAF4.1
#=GS A0A5N3XXP3_MUNRE/816-854 AC A0A5N3XXP3.1
#=GS A0A284S5Q1_ARMOS/508-565 AC A0A284S5Q1.1
#=GS A0A2K6U510_SAIBB/775-814 AC A0A2K6U510.1
#=GS A0A091HMS5_BUCRH/834-873 AC A0A091HMS5.1
#=GS A0A6J1SNG3_FRAOC/36-70 AC A0A6J1SNG3.1
#=GS A0A194X7C9_9HELO/739-850 AC A0A194X7C9.1
#=GS A0A3S0ZD51_ELYCH/191-233 AC A0A3S0ZD51.1
#=GS V8P1M4_OPHHA/552-662 AC V8P1M4.1
#=GS A0A4X2MA90_VOMUR/826-866 AC A0A4X2MA90.1
#=GS A0A0D9NR73_METAN/543-656 AC A0A0D9NR73.1
#=GS J5J821_BEAB2/543-656 AC J5J821.1
#=GS A0A1S3CDW1_CUCME/583-634 AC A0A1S3CDW1.1
#=GS A0A0S6XD99_9FUNG/479-581 AC A0A0S6XD99.1
#=GS A0A446N841_TRITD/302-337 AC A0A446N841.1
#=GS M7Z227_TRIUA/546-585 AC M7Z227.1
#=GS A0A1Y2U8X1_9PEZI/651-759 AC A0A1Y2U8X1.1
#=GS A0A2R2MQT4_LINUN/1255-1296 AC A0A2R2MQT4.1
#=GS A0A3Q7QJX5_CALUR/789-826 AC A0A3Q7QJX5.1
#=GS A0A665X2S3_ECHNA/1-39 AC A0A665X2S3.1
#=GS N4TVL1_FUSC1/544-657 AC N4TVL1.1
#=GS A0A2T9YDD5_9FUNG/232-362 AC A0A2T9YDD5.1
#=GS A0A0D3BYK7_BRAOL/537-577 AC A0A0D3BYK7.1
#=GS A0A061DWG5_THECC/480-525 AC A0A061DWG5.1
#=GS A0A545A5D0_9PEZI/619-731 AC A0A545A5D0.1
#=GS R7TEJ1_CAPTE/533-569 AC R7TEJ1.1
#=GS J6EN76_SACK1/198-279 AC J6EN76.1
#=GS A0A1B8EJV0_9PEZI/663-777 AC A0A1B8EJV0.1
#=GS A0A5N4CHS8_CAMDR/813-852 AC A0A5N4CHS8.1
#=GS A0A6P3QIW3_PTEVA/826-863 AC A0A6P3QIW3.1
#=GS A0A6P4C371_ARADU/533-579 AC A0A6P4C371.1
#=GS A0A077Z9P0_TRITR/152-193 AC A0A077Z9P0.1
#=GS A0A0D2EFY3_9EURO/367-475 AC A0A0D2EFY3.1
#=GS A0A1C1CAN2_9EURO/260-369 AC A0A1C1CAN2.1
#=GS G2Q8E9_MYCTT/524-637 AC G2Q8E9.1
#=GS A0A1F5LUY4_9EURO/527-640 AC A0A1F5LUY4.1
#=GS A0A2N5VH55_9BASI/676-720 AC A0A2N5VH55.1
#=GS A0A250X8E2_9CHLO/513-696 AC A0A250X8E2.1
#=GS M7BKH6_CHEMY/615-654 AC M7BKH6.1
#=GS A0A093LKE8_EURHL/792-832 AC A0A093LKE8.1
#=GS A0A2S6CBI8_9PEZI/558-667 AC A0A2S6CBI8.1
#=GS J4I1I0_9APHY/535-653 AC J4I1I0.1
#=GS S7ZFJ1_PENO1/538-651 AC S7ZFJ1.1
#=GS A0A671F0M9_RHIFE/2-37 AC A0A671F0M9.1
#=GS A0A2K5CC56_AOTNA/823-862 AC A0A2K5CC56.1
#=GS A0A5B0M8Y5_PUCGR/404-451 AC A0A5B0M8Y5.1
#=GS A0A0L0HRU1_SPIPD/718-753 AC A0A0L0HRU1.1
#=GS A0A2K0WEH6_GIBNY/544-657 AC A0A2K0WEH6.1
#=GS A0A094LG39_ANTCR/850-889 AC A0A094LG39.1
#=GS A0A364N4H6_9PLEO/560-669 AC A0A364N4H6.1
#=GS A0A397UNJ3_9GLOM/2-93 AC A0A397UNJ3.1
#=GS K3Y3P7_SETIT/311-355 AC K3Y3P7.1
#=GS A0A0V1ABQ2_9BILA/22-121 AC A0A0V1ABQ2.1
#=GS A0A319BY57_9EURO/591-707 AC A0A319BY57.1
#=GS A0A5E4GCM5_PRUDU/576-617 AC A0A5E4GCM5.1
#=GS C1MUQ6_MICPC/336-377 AC C1MUQ6.1
#=GS A0A093Y3Q9_9PEZI/594-708 AC A0A093Y3Q9.1
#=GS A0A3Q7VSB2_URSAR/823-861 AC A0A3Q7VSB2.1
#=GS A0A2P6S7B3_ROSCH/555-599 AC A0A2P6S7B3.1
#=GS A0A1Y1ZJZ7_9PLEO/686-795 AC A0A1Y1ZJZ7.1
#=GS A0A3N4LU01_9PEZI/700-811 AC A0A3N4LU01.1
#=GS A0A1J9RUG2_9PEZI/684-814 AC A0A1J9RUG2.1
#=GS N1RM33_FUSC4/544-657 AC N1RM33.1
#=GS A0A0A1TLI2_9HYPO/523-636 AC A0A0A1TLI2.1
#=GS A0A5C2SJF0_9APHY/556-657 AC A0A5C2SJF0.1
#=GS A0A2I0IUR3_PUNGR/553-594 AC A0A2I0IUR3.1
#=GS A0A5N4CHM5_CAMDR/112-151 AC A0A5N4CHM5.1
#=GS A0A5N5QYI4_9AGAM/561-676 AC A0A5N5QYI4.1
#=GS A0A517LMV7_9PEZI/627-751 AC A0A517LMV7.1
#=GS A0A3B6GMZ6_WHEAT/547-586 AC A0A3B6GMZ6.1
#=GS A0A0D2KU46_9CHLO/648-682 AC A0A0D2KU46.1
#=GS A0A4W5K1A7_9TELE/603-642 AC A0A4W5K1A7.1
#=GS A0A2P6N708_9EUKA/2466-2506 AC A0A2P6N708.1
#=GS A0A455AGU1_PHYMC/785-829 AC A0A455AGU1.1
#=GS A0A1S9DRI7_ASPOZ/578-691 AC A0A1S9DRI7.1
#=GS A0A4E0QTD8_FASHE/596-634 AC A0A4E0QTD8.1
#=GS A0A287KF88_HORVV/288-337 AC A0A287KF88.1
#=GS F0UML2_AJEC8/576-694 AC F0UML2.1
#=GS A0A2K3P577_TRIPR/519-563 AC A0A2K3P577.1
#=GS L9JFZ6_TUPCH/630-668 AC L9JFZ6.1
#=GS W9IAP4_FUSOX/544-657 AC W9IAP4.1
#=GS A0A0D9RYK3_CHLSB/825-861 AC A0A0D9RYK3.1
#=GS A0A229YW07_9EURO/594-708 AC A0A229YW07.1
#=GS A0A5B0NAK6_PUCGR/615-662 AC A0A5B0NAK6.1
#=GS A0A0P1BIB2_9BASI/602-640 AC A0A0P1BIB2.1
#=GS A0A6J2MQ66_9CHIR/826-863 AC A0A6J2MQ66.1
#=GS A0A0P7AWZ9_9HYPO/553-666 AC A0A0P7AWZ9.1
#=GS A0A287KF61_HORVV/522-561 AC A0A287KF61.1
#=GS A0A4W2C9G7_BOBOX/780-818 AC A0A4W2C9G7.1
#=GS A0A2K5KK32_CERAT/833-869 AC A0A2K5KK32.1
#=GS A0A015KKC5_RHIIW/565-608 AC A0A015KKC5.1
#=GS I4YJP4_WALMC/14-54 AC I4YJP4.1
#=GS A0A2U9CVZ6_SCOMX/546-586 AC A0A2U9CVZ6.1
#=GS U3JUG1_FICAL/831-870 AC U3JUG1.1
#=GS G3NBP9_GASAC/568-607 AC G3NBP9.1
#=GS A0A5A7PHM4_STRAF/647-687 AC A0A5A7PHM4.1
#=GS A0A4W4GA76_ELEEL/56-95 AC A0A4W4GA76.1
#=GS A0A2J7QS94_9NEOP/707-748 AC A0A2J7QS94.1
#=GS A0A124SDI6_CYNCS/647-734 AC A0A124SDI6.1
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#=GS A0A1M2VEA2_TRAPU/546-654 AC A0A1M2VEA2.1
#=GS G7E1E5_MIXOS/583-622 AC G7E1E5.1
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#=GS E2AM07_CAMFO/504-546 AC E2AM07.1
#=GS A0A5N5LE47_9ROSI/536-579 AC A0A5N5LE47.1
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#=GS A0A2V5HWB9_ASPV1/590-706 AC A0A2V5HWB9.1
#=GS A0A672LA16_SINGR/565-603 AC A0A672LA16.1
#=GS A0A6I9QRK0_ELAGV/412-465 AC A0A6I9QRK0.1
#=GS A0A4Z1P272_9PEZI/640-764 AC A0A4Z1P272.1
#=GS A0A287KFA8_HORVV/288-337 AC A0A287KFA8.1
#=GS A0A2I2FF21_9EURO/540-655 AC A0A2I2FF21.1
#=GS A0A251S0J5_HELAN/577-618 AC A0A251S0J5.1
#=GS J3MFT9_ORYBR/82-125 AC J3MFT9.1
#=GS A0A0J7JTD2_LASNI/36-68 AC A0A0J7JTD2.1
#=GS A0A151TSD8_CAJCA/338-383 AC A0A151TSD8.1
#=GS A0A5D2SVC7_GOSMU/596-642 AC A0A5D2SVC7.1
#=GS A0A4U0TPZ1_9PEZI/578-685 AC A0A4U0TPZ1.1
#=GS A0A446PIC4_TRITD/482-525 AC A0A446PIC4.1
#=GS A0A672U7G8_STRHB/18-61 AC A0A672U7G8.1
#=GS A0A093C1D3_TAUER/834-873 AC A0A093C1D3.1
#=GS R0KFC8_ANAPL/834-874 AC R0KFC8.1
#=GS A0A091R6X2_MERNU/799-839 AC A0A091R6X2.1
#=GS A0A1U8KGX5_GOSHI/596-642 AC A0A1U8KGX5.1
#=GS A0A0D1YEG5_9PEZI/587-709 AC A0A0D1YEG5.1
#=GS B0D6P4_LACBS/594-705 AC B0D6P4.1
#=GS G7LEG0_MEDTR/440-485 AC G7LEG0.1
#=GS A0A0C9LWI6_9FUNG/367-411 AC A0A0C9LWI6.1
#=GS A0A1L9SAI8_9EURO/587-696 AC A0A1L9SAI8.1
#=GS A0A0D2WJZ7_CAPO3/605-643 AC A0A0D2WJZ7.1
#=GS A0A4Y9XXQ1_9APHY/527-651 AC A0A4Y9XXQ1.1
#=GS A0A1S4B1U1_TOBAC/532-581 AC A0A1S4B1U1.1
#=GS Q2UBG1_ASPOR/578-691 AC Q2UBG1.1
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