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Database: Pfam
Entry: SepSecS
LinkDB: SepSecS
Original site: SepSecS 
#=GF ID   SepSecS
#=GF AC   PF05889.15
#=GF DE   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS
#=GF PI   SLA_LP_auto_ag;
#=GF AU   Moxon SJ;0000-0003-4644-1816
#=GF SE   Pfam-B_9614 (release 8.0)
#=GF GA   21.10 21.10;
#=GF TC   21.10 21.10;
#=GF NC   21.00 21.00;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF CL   CL0061
#=GF RN   [1]
#=GF RM   10801173
#=GF RT   Identification of target antigen for SLA/LP autoantibodies in
#=GF RT   autoimmune hepatitis. 
#=GF RA   Wies I, Brunner S, Henninger J, Herkel J, Kanzler S, Meyer zum
#=GF RA   Buschenfelde KH, Lohse AW; 
#=GF RL   Lancet 2000;355:1510-1515.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   11481605
#=GF RT   A bioinformatical approach suggests the function of the
#=GF RT   autoimmune hepatitis target antigen soluble liver antigen/liver
#=GF RT   pancreas. 
#=GF RA   Kernebeck T, Lohse AW, Grotzinger J; 
#=GF RL   Hepatology 2001;34:230-233.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   17194211
#=GF RT   Biosynthesis of selenocysteine on its tRNA in eukaryotes.
#=GF RA   Xu XM, Carlson BA, Mix H, Zhang Y, Saira K, Glass RS, Berry MJ,
#=GF RA   Gladyshev VN, Hatfield DL;
#=GF RL   PLoS Biol. 2007;5:e4.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   17512006
#=GF RT   Structural insights into the second step of RNA-dependent
#=GF RT   cysteine biosynthesis in archaea: crystal structure of
#=GF RT   Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase from Archaeoglobus fulgidus.
#=GF RA   Fukunaga R, Yokoyama S;
#=GF RL   J Mol Biol. 2007;370:128-141.
#=GF RN   [5]
#=GF RM   18093968
#=GF RT   Structure and catalytic mechanism of eukaryotic selenocysteine
#=GF RT   synthase.
#=GF RA   Ganichkin OM, Xu XM, Carlson BA, Mix H, Hatfield DL, Gladyshev
#=GF RA   VN, Wahl MC;
#=GF RL   J Biol Chem. 2008;283:5849-5865.
#=GF RN   [6]
#=GF RM   18158303
#=GF RT   Structural insights into RNA-dependent eukaryal and archaeal
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Araiso Y, Palioura S, Ishitani R, Sherrer RL, O'Donoghue P, Yuan
#=GF RA   J, Oshikane H, Domae N, Defranco J, Soll D, Nureki O;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2008;36:1187-1199.
#=GF RN   [7]
#=GF RM   19608919
#=GF RT   The human SepSecS-tRNASec complex reveals the mechanism of
#=GF RT   selenocysteine formation.
#=GF RA   Palioura S, Sherrer RL, Steitz TA, Soll D, Simonovic M;
#=GF RL   Science. 2009;325:321-325.
#=GF DR   INTERPRO; IPR008829;
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   Early annotation suggested this family, SepSecS, of several
#=GF CC   eukaryotic and archaeal proteins, was involved in
#=GF CC   antigen-antibodies responses in the liver and pancreas [1,2].
#=GF CC   Structural studies show that the family is
#=GF CC   O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, an enzyme
#=GF CC   involved in the synthesis of the amino acid selenocysteine
#=GF CC   (Sec). Sec is the only amino acid whose biosynthesis occurs on
#=GF CC   its cognate transfer RNA (tRNA). SepSecS catalyses the final
#=GF CC   step in the formation of the amino acid [3,4,5,6].  The early
#=GF CC   observation that autoantibodies isolated from patients with type
#=GF CC   I autoimmune hepatitis targeted a ribonucleoprotein complex
#=GF CC   containing tRNASec led to the identification and
#=GF CC   characterisation of the archaeal and the human SepSecS [2].
#=GF CC   SepSecS forms its own branch in the family of fold-type I
#=GF CC   pyridoxal phosphate (PLP) enzymes that goes back to the last
#=GF CC   universal common ancestor which explains why the archaeal
#=GF CC   sequences Swiss:Q8TXK0 and Swiss:Q8TYR3 are annotated as being
#=GF CC   pyridoxal phosphate-dependent enzymes.
#=GF SQ   889
#=GS A0A125YXH4_TOXGV/62-449    AC A0A125YXH4.1
#=GS D0P365_PHYIT/63-474        AC D0P365.1
#=GS A0A699YZB5_HAELA/1-121     AC A0A699YZB5.1
#=GS A0A5F4WC76_CALJA/129-526   AC A0A5F4WC76.1
#=GS SPCS_METJA/57-434          AC Q58027.1
#=GS A0A093HR89_GAVST/27-425    AC A0A093HR89.1
#=GS A0A3P9Q389_POERE/66-464    AC A0A3P9Q389.1
#=GS A0A1S3JT73_LINUN/61-456    AC A0A1S3JT73.1
#=GS A0A5A8CIG1_CAFRO/187-374   AC A0A5A8CIG1.1
#=GS H3D183_TETNG/61-240        AC H3D183.1
#=GS W4YWN4_STRPU/69-405        AC W4YWN4.1
#=GS A0A402FA31_9SAUR/61-459    AC A0A402FA31.1
#=GS A0A673T1Q8_SURSU/61-459    AC A0A673T1Q8.1
#=GS A0A433PN16_9FUNG/276-421   AC A0A433PN16.1
#=GS A0A2A9MKJ0_9APIC/44-378    AC A0A2A9MKJ0.1
#=GS A0A328P9K9_9EURY/111-374   AC A0A328P9K9.1
#=GS A0A5S6PBR1_BRUMA/48-446    AC A0A5S6PBR1.1
#=GS A0A3R7M940_PENVA/61-456    AC A0A3R7M940.1
#=GS A0A2R9BML0_PANPA/61-459    AC A0A2R9BML0.1
#=GS A0A2T9ZKG1_9FUNG/2-102     AC A0A2T9ZKG1.1
#=GS M3YZ68_MUSPF/61-459        AC M3YZ68.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/1-75      AC A0A0R3U9M3.1
#=GS A0A401PIU1_SCYTO/81-479    AC A0A401PIU1.1
#=GS U6MXB9_9EIME/87-169        AC U6MXB9.1
#=GS A0A0V0UYN7_9BILA/65-467    AC A0A0V0UYN7.1
#=GS A0A5J4NDC4_9TREM/234-315   AC A0A5J4NDC4.1
#=GS A0A151WTE9_9HYME/304-515   AC A0A151WTE9.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/255-338   AC A0A0R3X3W6.1
#=GS F2KT01_ARCVS/38-372        AC F2KT01.1
#=GS A0A151I8S6_9HYME/61-459    AC A0A151I8S6.1
#=GS W5K4Q8_ASTMX/946-1344      AC W5K4Q8.2
#=GS A0A443SS15_9ACAR/60-457    AC A0A443SS15.1
#=GS A0A2J8AKB6_9CHLO/442-526   AC A0A2J8AKB6.1
#=GS T1KND2_TETUR/59-457        AC T1KND2.1
#=GS Q4D135_TRYCC/225-523       AC Q4D135.1
#=GS A0A1A8ZJZ9_9APIC/17-416    AC A0A1A8ZJZ9.1
#=GS A0A3Q0KRT8_SCHMA/226-524   AC A0A3Q0KRT8.1
#=GS A0A340WGX4_LIPVE/61-459    AC A0A340WGX4.1
#=GS A0A183LCC0_9TREM/61-218    AC A0A183LCC0.1
#=GS A0A0S4KH93_BODSA/61-462    AC A0A0S4KH93.1
#=GS A0A152A322_9MYCE/61-469    AC A0A152A322.1
#=GS A0A093QZR4_PYGAD/30-428    AC A0A093QZR4.1
#=GS A0A383WCX4_TETOB/548-633   AC A0A383WCX4.1
#=GS A0A2K6DJ68_MACNE/367-430   AC A0A2K6DJ68.1
#=GS Q5TYC4_ANOGA/62-232        AC Q5TYC4.3
#=GS A0A0M9FWW0_9TRYP/61-181    AC A0A0M9FWW0.1
#=GS A0A1A6G174_NEOLE/1-108     AC A0A1A6G174.1
#=GS K2MUX2_TRYCR/61-214        AC K2MUX2.1
#=GS A0A5S6PBU6_BRUMA/97-293    AC A0A5S6PBU6.1
#=GS A0A3M6VKL9_9STRA/61-471    AC A0A3M6VKL9.1
#=GS V8N432_OPHHA/11-72         AC V8N432.1
#=GS A0A3N0Y7L6_ANAGA/234-321   AC A0A3N0Y7L6.1
#=GS A0A452HFR0_9SAUR/61-459    AC A0A452HFR0.1
#=GS A0A0R3X3W6_HYDTA/66-234    AC A0A0R3X3W6.1
#=GS A0A4E0RBW8_FASHE/341-542   AC A0A4E0RBW8.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/61-237    AC A0A0D2NS52.1
#=GS A0A195EK59_9HYME/307-518   AC A0A195EK59.1
#=GS A0A091DDG8_FUKDA/61-459    AC A0A091DDG8.1
#=GS A0A556TYV4_BAGYA/40-438    AC A0A556TYV4.1
#=GS A0A091GSW0_BUCRH/32-430    AC A0A091GSW0.1
#=GS A0A183AV23_9TREM/14-123    AC A0A183AV23.1
#=GS A0A3Q7SAT8_VULVU/1-399     AC A0A3Q7SAT8.1
#=GS A0A0V1ABP5_9BILA/60-344    AC A0A0V1ABP5.1
#=GS M7BZ80_CHEMY/311-397       AC M7BZ80.1
#=GS A0A183E8R2_9BILA/307-400   AC A0A183E8R2.1
#=GS D2RFQ7_ARCPA/81-367        AC D2RFQ7.1
#=GS A0A5S6PBU6_BRUMA/48-101    AC A0A5S6PBU6.1
#=GS A0A2P4SMH7_BAMTH/41-248    AC A0A2P4SMH7.1
#=GS A0A0N4TMM8_BRUPA/48-446    AC A0A0N4TMM8.1
#=GS A0A483CST0_9EURY/75-392    AC A0A483CST0.1
#=GS L9KG20_TUPCH/103-501       AC L9KG20.1
#=GS SPSS_METKA/72-385          AC Q8TYR3.1
#=GS G0N8B2_CAEBE/1-344         AC G0N8B2.1
#=GS B3LWG9_DROAN/61-461        AC B3LWG9.1
#=GS A0A4W5Q922_9TELE/61-459    AC A0A4W5Q922.1
#=GS A0A0C2CT48_9BILA/1-106     AC A0A0C2CT48.1
#=GS A0A0L7KHA2_PLAFX/64-436    AC A0A0L7KHA2.1
#=GS F6YLP3_MOUSE/1-116         AC F6YLP3.1
#=GS A0A5F5XMS7_FELCA/36-434    AC A0A5F5XMS7.1
#=GS H3G2Z2_PRIPA/1-81          AC H3G2Z2.2
#=GS A0A1D1UYM0_RAMVA/61-456    AC A0A1D1UYM0.1
#=GS A0A183TG06_SCHSO/3-92      AC A0A183TG06.1
#=GS A0A0L8FM85_OCTBM/61-457    AC A0A0L8FM85.1
#=GS SPSS1_METB6/92-387         AC A7I757.1
#=GS A0A0B2VNM1_TOXCA/141-460   AC A0A0B2VNM1.1
#=GS A0A091S7P1_9GRUI/38-436    AC A0A091S7P1.1
#=GS H2PD16_PONAB/61-459        AC H2PD16.1
#=GS A0A4W5RTX4_9TELE/1-74      AC A0A4W5RTX4.1
#=GS A0A4S2LTB9_OPIFE/62-210    AC A0A4S2LTB9.1
#=GS A0A2P6NEQ6_9EUKA/61-459    AC A0A2P6NEQ6.1
#=GS SPCS_METMP/58-436          AC Q6LZM9.1
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 C; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 A; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 B; 58-434;
#=GS SPCS_METMP/58-436          DR PDB; 2Z67 D; 58-434;
#=GS A0A2Y9MJF1_DELLE/61-459    AC A0A2Y9MJF1.1
#=GS H0ZGK2_TAEGU/61-459        AC H0ZGK2.2
#=GS A0A4W6EGH6_LATCA/61-459    AC A0A4W6EGH6.1
#=GS A0A0P1A4N1_PLAHL/163-214   AC A0A0P1A4N1.1
#=GS A0A3P8L849_9TREM/34-139    AC A0A3P8L849.1
#=GS A0A553N0Q1_9TELE/61-443    AC A0A553N0Q1.1
#=GS A0A1Y1I1V3_KLENI/553-635   AC A0A1Y1I1V3.1
#=GS A0A383WCX4_TETOB/286-531   AC A0A383WCX4.1
#=GS A0A4S2JNJ1_9HYME/298-509   AC A0A4S2JNJ1.1
#=GS A0A3Q2D695_CYPVA/61-459    AC A0A3Q2D695.1
#=GS X6LCX4_RETFI/1-102         AC X6LCX4.1
#=GS A4H5S3_LEIBR/116-222       AC A4H5S3.1
#=GS A0A4P9YZP8_9FUNG/89-413    AC A0A4P9YZP8.1
#=GS E1BPY3_BOVIN/143-541       AC E1BPY3.2
#=GS A0A024W525_PLAFA/67-439    AC A0A024W525.1
#=GS A0A0L1KWD6_9EUGL/57-498    AC A0A0L1KWD6.1
#=GS A0A2P4XKC5_9STRA/61-471    AC A0A2P4XKC5.1
#=GS A0A1L8HTL6_XENLA/61-459    AC A0A1L8HTL6.1
#=GS A0A1R1XA68_9FUNG/1-104     AC A0A1R1XA68.1
#=GS A0A3Q2ZSV3_KRYMA/61-459    AC A0A3Q2ZSV3.1
#=GS A0A195BVZ2_9HYME/149-294   AC A0A195BVZ2.1
#=GS Q382M9_TRYB2/235-540       AC Q382M9.1
#=GS A0A6I8R8Q7_XENTR/61-459    AC A0A6I8R8Q7.1
#=GS A0A3Q0JAB5_DIACI/61-329    AC A0A3Q0JAB5.1
#=GS A0A433DL33_9FUNG/185-464   AC A0A433DL33.1
#=GS A0A158QE85_HYMDI/251-579   AC A0A158QE85.1
#=GS A0A261XWM3_9FUNG/559-966   AC A0A261XWM3.1
#=GS SPSS2_METHJ/133-446        AC Q2FTY4.1
#=GS A0A662X3C9_9STRA/61-347    AC A0A662X3C9.1
#=GS A0A044SVS8_ONCVO/51-449    AC A0A044SVS8.1
#=GS A0A091M9L7_CARIC/30-428    AC A0A091M9L7.1
#=GS A0A368EVS8_ANCCA/1-95      AC A0A368EVS8.1
#=GS A0A504YTW5_FASGI/62-224    AC A0A504YTW5.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/66-234    AC A0A0R3W7F5.1
#=GS A0A674EYZ8_SALTR/38-313    AC A0A674EYZ8.1
#=GS A0A4Z2FK33_9TELE/69-147    AC A0A4Z2FK33.1
#=GS A0A665XF13_ECHNA/61-459    AC A0A665XF13.1
#=GS E2A6V2_CAMFO/61-459        AC E2A6V2.1
#=GS A0A0D2UPI5_CAPO3/63-461    AC A0A0D2UPI5.1
#=GS A0A665XF18_ECHNA/61-459    AC A0A665XF18.1
#=GS A0A383VZ09_TETOB/464-549   AC A0A383VZ09.1
#=GS A0A177B2Q9_9BILA/75-469    AC A0A177B2Q9.1
#=GS A0A3P7JEN7_STRVU/1-78      AC A0A3P7JEN7.1
#=GS A0A672JAM2_SALFA/61-459    AC A0A672JAM2.1
#=GS A0A5J4Z2S1_PORPP/61-448    AC A0A5J4Z2S1.1
#=GS A0A2U1S762_9EURY/96-375    AC A0A2U1S762.1
#=GS A0A1R1WYE3_9FUNG/62-307    AC A0A1R1WYE3.1
#=GS A0A0R3W7F5_TAEAS/260-353   AC A0A0R3W7F5.1
#=GS A0A6I8T9L3_AEDAE/61-458    AC A0A6I8T9L3.1
#=GS A0A1F2P6D0_9EURY/161-477   AC A0A1F2P6D0.1
#=GS A0A0D2NS52_9CHLO/385-470   AC A0A0D2NS52.1
#=GS F4PUC7_CAVFA/61-483        AC F4PUC7.1
#=GS A0A0R3U9M3_9CEST/249-460   AC A0A0R3U9M3.1
#=GS A0A6Q2Y6E8_ESOLU/61-459    AC A0A6Q2Y6E8.1
#=GS A0A671YV42_SPAAU/61-457    AC A0A671YV42.1
#=GS E3N792_CAERE/95-492        AC E3N792.1
#=GS A0A6A4VJA5_AMPAM/27-424    AC A0A6A4VJA5.1
#=GS A0A226PS49_COLVI/1-399     AC A0A226PS49.1
#=GS A0A3R7D8L0_CLOSI/231-311   AC A0A3R7D8L0.1
#=GS A0A4W3IUE0_CALMI/61-459    AC A0A4W3IUE0.1
#=GS A0A133V8X6_9EURY/68-390    AC A0A133V8X6.1
#=GS A0A6H5KDE8_9PHAE/61-287    AC A0A6H5KDE8.1
#=GS A0A6Q2ZJY7_ESOLU/61-459    AC A0A6Q2ZJY7.1
#=GS A0A0V1B2L9_TRISP/335-499   AC A0A0V1B2L9.1
#=GS A0A4W6EGH3_LATCA/61-459    AC A0A4W6EGH3.1
#=GS A0A2Y9JPY1_ENHLU/61-459    AC A0A2Y9JPY1.1
#=GS A0DYM5_PARTE/61-463        AC A0DYM5.1
#=GS SPSS_METTP/92-380          AC A0B5D0.2
#=GS A0A498MH76_LABRO/61-443    AC A0A498MH76.1
#=GS A0A0V0WBK9_9BILA/57-314    AC A0A0V0WBK9.1
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#=GS A0A2U3YLQ4_LEPWE/61-459    AC A0A2U3YLQ4.1
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#=GS SPCS_MOUSE/61-459          AC Q6P6M7.2
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