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Database: Pfam
Entry: Viral_helicase1
LinkDB: Viral_helicase1
Original site: Viral_helicase1 
#=GF ID   Viral_helicase1
#=GF AC   PF01443.20
#=GF DE   Viral (Superfamily 1) RNA helicase
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU   Ahola T;
#=GF SE   Prodom_1256 (release 99.1)
#=GF GA   20.90 20.90;
#=GF TC   20.90 20.90;
#=GF NC   20.80 20.80;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF CL   CL0023
#=GF RC   This family is discussed pages 388-391.
#=GF RN   [1]
#=GF RM   8269709
#=GF RT   Evolution and taxonomy of positive-strand RNA viruses:
#=GF RT   implications of comparative analysis of amino acid sequences. 
#=GF RA   Koonin EV, Dolja VV; 
#=GF RL   Crit Rev Biochem Mol Biol 1993;28:375-430.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   10217401
#=GF RT   RNA helicase activity of Semliki Forest virus replicase protein
#=GF RT   NSP2. 
#=GF RA   Gomez de Cedron M, Ehsani N, Mikkola ML, Garcia JA, Kaariainen
#=GF RA   L; 
#=GF RL   FEBS Lett 1999;448:19-22.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   8057461
#=GF RT   ATPase and GTPase activities associated with Semliki Forest
#=GF RT   virus nonstructural protein nsP2. 
#=GF RA   Rikkonen M, Peranen J, Kaariainen L; 
#=GF RL   J Virol 1994;68:5804-5810.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   10982322
#=GF RT   Helicase and capping enzyme active site mutations in brome
#=GF RT   mosaic virus protein 1a cause defects in template recruitment,
#=GF RT   negative-strand RNA synthesis, and viral RNA capping. 
#=GF RA   Ahola T, den Boon JA, Ahlquist P; 
#=GF RL   J Virol 2000;74:8803-8811.
#=GF DR   INTERPRO; IPR027351;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   Helicase activity for this family has been demonstrated [1] and
#=GF CC   NTPase activity [2]. This helicase has multiple roles at
#=GF CC   different stages of viral RNA replication, as dissected by
#=GF CC   mutational analysis [3].
#=GF SQ   1224
#=GS V6L2P0_9ACTN/424-650        AC V6L2P0.1
#=GS A0A0Q9YL71_9COXI/585-695    AC A0A0Q9YL71.1
#=GS RDRP_ICRSV/935-1166         AC Q918W3.1
#=GS A0A4T9WA87_9FIRM/194-257    AC A0A4T9WA87.1
#=GS B3CJG2_9VIRU/933-1168       AC B3CJG2.1
#=GS A0A0W0XTI3_9GAMM/656-759    AC A0A0W0XTI3.1
#=GS A0A150HGN0_9MICO/528-746    AC A0A150HGN0.1
#=GS A0A318BGK6_9NOSO/602-701    AC A0A318BGK6.1
#=GS A0A1L3KKA8_9VIRU/1833-2109  AC A0A1L3KKA8.1
#=GS A0A0B5DBD4_9ACTN/525-752    AC A0A0B5DBD4.1
#=GS A0A4C1TE87_EUMVA/151-272    AC A0A4C1TE87.1
#=GS A0A285V4V3_9RHIZ/664-741    AC A0A285V4V3.1
#=GS A8C5N2_9VIRU/24-221         AC A8C5N2.1
#=GS A0A0A0P9V6_9VIRU/1060-1308  AC A0A0A0P9V6.1
#=GS A0A1B2RVP2_9VIRU/799-1032   AC A0A1B2RVP2.1
#=GS A0A0G2UPV3_9NIDO/2851-3080  AC A0A0G2UPV3.1
#=GS A0A0Q7BDL2_9ACTN/522-740    AC A0A0Q7BDL2.1
#=GS A0A2T0XV51_9MICO/526-755    AC A0A2T0XV51.1
#=GS A0A3S9PCQ3_STRLT/51-125     AC A0A3S9PCQ3.1
#=GS A0A410JX24_9BACT/739-869    AC A0A410JX24.1
#=GS A0A2G3JZM6_9BURK/1-46       AC A0A2G3JZM6.1
#=GS B5HDT6_STRE2/58-147         AC B5HDT6.2
#=GS A0A1M5GYW4_9BACE/114-330    AC A0A1M5GYW4.1
#=GS A0A1L3KKA1_9VIRU/1817-2064  AC A0A1L3KKA1.1
#=GS A0A177B164_9BILA/220-259    AC A0A177B164.1
#=GS A0A2W4BV66_9RHIZ/651-737    AC A0A2W4BV66.1
#=GS C7B977_9CLOS/1590-1856      AC C7B977.1
#=GS TGB1_FXMV/27-229            AC P22169.2
#=GS C7GZC9_9FIRM/482-608        AC C7GZC9.1
#=GS Q65007_9VIRU/27-230         AC Q65007.1
#=GS A0A1I1C266_9RHIZ/655-737    AC A0A1I1C266.1
#=GS F8LZ63_9VIRU/1035-1282      AC F8LZ63.2
#=GS A0A418W8D1_9SPHN/642-700    AC A0A418W8D1.1
#=GS A0A4C1TVX1_EUMVA/17-140     AC A0A4C1TVX1.1
#=GS Q993S6_9VIRU/28-223         AC Q993S6.1
#=GS A0A0A0BE53_9CELL/506-714    AC A0A0A0BE53.1
#=GS Q5G7G7_9CLOS/2132-2398      AC Q5G7G7.1
#=GS A0A0C3ER45_PILCF/123-193    AC A0A0C3ER45.1
#=GS K4MRE6_9VIRU/24-232         AC K4MRE6.1
#=GS RDRP_BBSCV/1162-1421        AC Q65652.1
#=GS A0A386E7N5_9RHIZ/670-742    AC A0A386E7N5.1
#=GS Q5DKR2_9VIRU/24-89          AC Q5DKR2.1
#=GS TGB1_LOLV/27-236            AC B1PS77.1
#=GS A0A1Q9JK30_9FIRM/497-608    AC A0A1Q9JK30.1
#=GS I2E5K5_9VIRU/23-224         AC I2E5K5.1
#=GS A0A4Q7L827_9PSEU/505-717    AC A0A4Q7L827.1
#=GS F4ZNG9_9VIRU/965-1119       AC F4ZNG9.1
#=GS A0A271L875_9RHIZ/660-737    AC A0A271L875.1
#=GS Q4U0G5_9VIRU/1130-1388      AC Q4U0G5.2
#=GS A0A1C7P7X9_9RHIZ/658-737    AC A0A1C7P7X9.1
#=GS A0A161SE41_9MICO/507-704    AC A0A161SE41.1
#=GS A0A1L3KJN1_9VIRU/648-915    AC A0A1L3KJN1.1
#=GS A0A2N0ZAZ8_9BACI/209-477    AC A0A2N0ZAZ8.1
#=GS A0A1H4GKN2_9BACT/435-556    AC A0A1H4GKN2.1
#=GS A0A1E4T819_9ASCO/1-47       AC A0A1E4T819.1
#=GS A0A0N1ACV4_9SPHN/604-701    AC A0A0N1ACV4.1
#=GS A0A0Y0BX48_9NIDO/2843-3072  AC A0A0Y0BX48.1
#=GS G8H9D4_9VIRU/920-1143       AC G8H9D4.1
#=GS A0A380NM48_9FIRM/22-99      AC A0A380NM48.1
#=GS A0A1A9GDD3_9RHIZ/656-737    AC A0A1A9GDD3.1
#=GS A0A088MGX0_9CLOS/2373-2645  AC A0A088MGX0.1
#=GS A0A0J8D7V8_CLOCY/32-325     AC A0A0J8D7V8.1
#=GS A0A146FDC8_9CLOS/1884-2156  AC A0A146FDC8.1
#=GS A0A561PZA9_9RHIZ/672-741    AC A0A561PZA9.1
#=GS Q5L4G0_9VIRU/1283-1545      AC Q5L4G0.1
#=GS A0A285V093_9RHIZ/662-737    AC A0A285V093.1
#=GS A0A0B5JQL5_9NIDO/3044-3272  AC A0A0B5JQL5.1
#=GS F2YDB1_SARS/5611-5877       AC F2YDB1.1
#=GS A0A0U1WHK4_SARS/5611-5877   AC A0A0U1WHK4.1
#=GS A0A5S4ZD11_9ACTN/394-468    AC A0A5S4ZD11.1
#=GS A0A4C1Z7R4_EUMVA/2-93       AC A0A4C1Z7R4.1
#=GS A0A1L3KJX4_9VIRU/723-958    AC A0A1L3KJX4.1
#=GS A0A1M5B5Z2_9BURK/286-505    AC A0A1M5B5Z2.1
#=GS A0A1Z2RT09_9VIRU/1308-1577  AC A0A1Z2RT09.1
#=GS Q9IMS9_9VIRU/1059-1306      AC Q9IMS9.1
#=GS A0A4C1U3P8_EUMVA/235-446    AC A0A4C1U3P8.1
#=GS A0A0N9UZ66_SPHMC/767-875    AC A0A0N9UZ66.1
#=GS A0A2H4MWN4_9NIDO/3236-3462  AC A0A2H4MWN4.1
#=GS A0A1W5VPH6_9VIRU/30-223     AC A0A1W5VPH6.1
#=GS R1AB_WBV24/5645-5924        AC Q008X6.1
#=GS G9ZKB4_9LACO/2-175          AC G9ZKB4.1
#=GS TRAA_AGRFC/656-737          AC Q44349.2
#=GS M3CRW4_9ACTN/497-724        AC M3CRW4.1
#=GS A0A4C1VHG3_EUMVA/2-114      AC A0A4C1VHG3.1
#=GS Q5QDM5_9BROM/784-1043       AC Q5QDM5.1
#=GS Q8SQK2_ENCCU/641-916        AC Q8SQK2.1
#=GS A0A3A4KXP5_9NOCA/491-706    AC A0A3A4KXP5.1
#=GS H9BR34_9NIDO/4728-5027      AC H9BR34.1
#=GS Q5GR23_9VIRU/1193-1461      AC Q5GR23.1
#=GS A0A1B9EY49_9ACTN/447-671    AC A0A1B9EY49.1
#=GS A0A1L3KK59_9VIRU/1267-1515  AC A0A1L3KK59.1
#=GS I2MVF0_STRT9/519-717        AC I2MVF0.1
#=GS A0A542QK44_9ACTN/430-671    AC A0A542QK44.1
#=GS A0A1D7VJP2_9ACTN/448-689    AC A0A1D7VJP2.1
#=GS Q85064_9BROM/719-986        AC Q85064.1
#=GS Q50L56_9BROM/673-940        AC Q50L56.2
#=GS A0A1E1FFQ4_9VIRU/1359-1608  AC A0A1E1FFQ4.1
#=GS A0A4R2ZR81_9RHIZ/664-741    AC A0A4R2ZR81.1
#=GS A0A1L3KK55_9VIRU/1119-1345  AC A0A1L3KK55.1
#=GS Q2TJB0_9VIRU/24-221         AC Q2TJB0.1
#=GS A0A510TR09_9ACTN/466-689    AC A0A510TR09.1
#=GS A0A0B2UJ34_9MICR/692-967    AC A0A0B2UJ34.1
#=GS A0A1L3KK82_9VIRU/1336-1562  AC A0A1L3KK82.1
#=GS B9K3V6_AGRVS/649-737        AC B9K3V6.1
#=GS A0A1L3KKE4_9VIRU/1410-1652  AC A0A1L3KKE4.1
#=GS A0A4Y9PV55_9MICO/537-734    AC A0A4Y9PV55.1
#=GS R1AB_BCHK9/5443-5741        AC P0C6W5.1
#=GS A0A0F6PMZ2_9NIDO/4169-4442  AC A0A0F6PMZ2.1
#=GS A0A5C1Y5L9_9MICO/528-726    AC A0A5C1Y5L9.1
#=GS A0A173G8H1_9VIRU/24-222     AC A0A173G8H1.1
#=GS A0A482XVS5_LAOST/2-116      AC A0A482XVS5.1
#=GS O93163_9VIRU/977-1239       AC O93163.1
#=GS A0A1T2L1L0_9GAMM/120-334    AC A0A1T2L1L0.1
#=GS W7JIK3_PLAFA/723-892        AC W7JIK3.1
#=GS 1A_OLV2I/627-888            AC Q83943.1
#=GS A0A4Q5RPC9_9SPHN/776-876    AC A0A4Q5RPC9.1
#=GS A0A327XJ91_RHIET/676-737    AC A0A327XJ91.1
#=GS Q86822_PAMV/28-230          AC Q86822.1
#=GS A0A1X7PIF6_9MICO/488-719    AC A0A1X7PIF6.1
#=GS A0A385L3F5_9VIRU/949-1182   AC A0A385L3F5.1
#=GS A0A1W5S133_9VIRU/1395-1657  AC A0A1W5S133.1
#=GS A0A220NQ49_9VIRU/26-227     AC A0A220NQ49.1
#=GS A0A164MSG5_9NOCA/519-754    AC A0A164MSG5.1
#=GS A0A345GPR9_9VIRU/1663-1904  AC A0A345GPR9.1
#=GS A0A4C1W949_EUMVA/150-218    AC A0A4C1W949.1
#=GS Q40712_OSEVJ/1505-1755      AC Q40712.1
#=GS A0A1H4TP54_9ACTN/553-783    AC A0A1H4TP54.1
#=GS A0A543KJN8_9MICO/558-753    AC A0A543KJN8.1
#=GS B5ACE2_PVT92/790-1037       AC B5ACE2.1
#=GS A0A6I2FST9_9NOCA/513-748    AC A0A6I2FST9.1
#=GS H9BR16_9NIDO/4811-5110      AC H9BR16.1
#=GS A0A6H9V2G1_9ACTN/429-650    AC A0A6H9V2G1.1
#=GS A0A1G8A080_9RHIZ/690-777    AC A0A1G8A080.1
#=GS A8RS49_9CLOS/2043-2310      AC A8RS49.1
#=GS A0A3N1CYW9_9ACTN/511-719    AC A0A3N1CYW9.1
#=GS A0A288XSF8_9VIRU/924-1151   AC A0A288XSF8.1
#=GS A0A1V0JB95_9VIRU/939-1154   AC A0A1V0JB95.1
#=GS A0A4C1SV80_EUMVA/149-258    AC A0A4C1SV80.1
#=GS A0A1L3KKE6_9VIRU/1542-1789  AC A0A1L3KKE6.1
#=GS A0A0N1IEJ4_PAPMA/7-104      AC A0A0N1IEJ4.1
#=GS A0A386QUR9_9VIRU/292-534    AC A0A386QUR9.1
#=GS A0A240G1F3_9VIRU/925-1143   AC A0A240G1F3.1
#=GS A0A1L3KKD8_9VIRU/659-883    AC A0A1L3KKD8.1
#=GS A0A2T0XQ81_9PROT/674-775    AC A0A2T0XQ81.1
#=GS A0A2K8PKZ6_STRLA/524-751    AC A0A2K8PKZ6.1
#=GS Q997A4_9BROM/763-1023       AC Q997A4.1
#=GS A0A1Q5PNW6_9ACTO/496-723    AC A0A1Q5PNW6.1
#=GS A0A386GY28_9VIRU/258-488    AC A0A386GY28.1
#=GS A0A097A5B8_9VIRU/1360-1625  AC A0A097A5B8.1
#=GS D3IIK3_9BACT/31-189         AC D3IIK3.1
#=GS TGB1_ASPVP/24-222           AC Q64963.1
#=GS A0A4S3KNY2_9GAMM/295-515    AC A0A4S3KNY2.1
#=GS A0A386EDA4_9RHIZ/655-737    AC A0A386EDA4.1
#=GS A0A1H3YSV4_9BACT/90-326     AC A0A1H3YSV4.1
#=GS E7DUC0_9VIRU/24-222         AC E7DUC0.1
#=GS G7URJ7_PSEUP/268-500        AC G7URJ7.1
#=GS A0A0P0SIL7_9PSEU/530-736    AC A0A0P0SIL7.1
#=GS A0A0S2ZX87_9VIRU/830-1065   AC A0A0S2ZX87.1
#=GS RDRP_TMVOM/829-1085         AC O93058.1
#=GS A0A4C1YX86_EUMVA/167-376    AC A0A4C1YX86.1
#=GS B6RTB1_9VIRU/24-221         AC B6RTB1.1
#=GS A0A0H3YBN9_9VIRU/1193-1440  AC A0A0H3YBN9.1
#=GS A0A2P1BXW9_9VIRU/928-1147   AC A0A2P1BXW9.1
#=GS A0A0F5I3G4_9BACI/95-328     AC A0A0F5I3G4.1
#=GS A0A0A7MB56_9VIRU/24-224     AC A0A0A7MB56.1
#=GS A0A4C1YQ27_EUMVA/2-113      AC A0A4C1YQ27.1
#=GS R1AB_IBVB/5146-5446         AC P0C6Y1.1
#=GS TGB1_PCV87/189-413          AC Q08317.1
#=GS A0A1Y1SHW8_9GAMM/788-866    AC A0A1Y1SHW8.1
#=GS A0A059F572_9MICR/557-803    AC A0A059F572.1
#=GS A0A285LZB2_9NOCA/521-752    AC A0A285LZB2.1
#=GS A0A4C1ZFC4_EUMVA/49-173     AC A0A4C1ZFC4.1
#=GS A0A126JJK9_9VIRU/1089-1256  AC A0A126JJK9.1
#=GS A0A2V3TT26_9RHIZ/655-737    AC A0A2V3TT26.1
#=GS Q8V3A4_9CLOS/1762-2043      AC Q8V3A4.2
#=GS G3IS79_METTV/286-501        AC G3IS79.1
#=GS A0A0F0GJD7_LENAE/272-502    AC A0A0F0GJD7.1
#=GS A0A1L3KJV6_9VIRU/1857-2121  AC A0A1L3KJV6.1
#=GS A0A4C1Y217_EUMVA/2-89       AC A0A4C1Y217.1
#=GS A5UPB2_ROSS1/39-83          AC A5UPB2.1
#=GS R1A_LIYV9/1574-1840         AC Q83044.1
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#=GS A0A4C1WRF6_EUMVA/24-140     AC A0A4C1WRF6.1
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#=GS A0A2A4B1W7_9SPHN/614-700    AC A0A2A4B1W7.1
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