KEGG   Candidatus Carsonella ruddii CE: A33U_0197
Entry
A33U_0197         CDS       T02194                                 
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) RNA polymerase beta' subunit
  KO
K03046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:2.7.7.6]
Organism
cru  Candidatus Carsonella ruddii CE
Pathway
cru03020  RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:cru00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03020 RNA polymerase
    A33U_0197 (rpoC)
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery [BR:cru03021]
    A33U_0197 (rpoC)
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:cru03400]
    A33U_0197 (rpoC)
Enzymes [BR:cru01000]
 2. Transferases
  2.7  Transferring phosphorus-containing groups
   2.7.7  Nucleotidyltransferases
    2.7.7.6  DNA-directed RNA polymerase
     A33U_0197 (rpoC)
Transcription machinery [BR:cru03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Core subunits
     A33U_0197 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:cru03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
      A33U_0197 (rpoC)
SSDB
Motif
Pfam: RNA_pol_Rpb1_5 RNA_pol_Rpb1_1 RNA_pol_Rpb1_2 RNA_pol_Rpb1_3 RNA_pol_Rpb1_4 Biotin_lipoyl_2
Other DBs
NCBI-ProteinID: AFP83644
UniProt: J7GT19
Position
complement(140205..144059)
AA seq 1284 aa
MKNNFTKITIKIASSSKIINWSYGEVKSSQFINYKNLKPEKNGLFCLNIFSDCKICCNKK
NCYCNKNDKFLNLKKSHIGYKMGHILLKYPVYHIWFFKSNNLSNILNFSNKILEKIFNFK
LNIILRSFEKKYKKYDFFLTERKILNIVYLSGAKSIKFFFSDNEILLDCKLMKKKILKCF
SYIKLFYYLKKINKIYIFYLSGNKLSWCILKNIPVIPPRMRPLVPLNLEKFASSDINELY
KKIIDRNLRIYKLIILGIPKQILINERILLQEAVNALYDNEKIKNPILSSNKRILKSLSS
SIKGKYGRFRQNLLGKRVDFSGRSVIVVDPSLLIYQCKIPILICLELFKPFLFYELKKKN
LITTISFIEYFYKKNKKITLFYLNKIIKNHTILLNRAPTLHRMGFQSFEIILTEDKVIKL
HPLMCLSYNADFDGDQMAIHLPLTVNSQLESKFLLLSINNIISPSNGEFIIIPSQDIIMG
IYYLTFNFNNFNNFFNLKKIIYLYNIDKIDIYYNVLTFIKKKKFNTSVGRIIFYFILNCD
VNFLFLNKIFKKKDIVYLIKYLFNKYNFKKFILFLDKIKKMGFFFATISGLTISYEDLSF
IQNKNNIFKIFKKLKYNNLFNNVEIFNSIFLNLILKNIKNLKFLNNFNQVNNLFVMLDSG
SRGSMIQIKQLIAFRGFFSKSNGELIFSPVLNNLKFGLTMKDYFISTYGARKGLTDTSLK
TANSGYLTRKLIDVMQDLVVYKIDCMTKCGIELFIFNYKKIKNLYKKIYGRLLSKNIFNK
KNIYFIKNTFINNKVIYLLIKKNINKIYIRSVLFCISIRGVCICCYGIDLSTNNIVKIGT
PIGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVASYFFEKDELVINTNGFIYIKNCKCILNKLGKL
IILSLKGIIIIKKNFFKNECYKIIYGDIISIRNGIFIKNRLVINNDNNFNIYSENNGNIY
YNLKNLEKKFCINDKKYYFKTLKVCILFINEKKYFIPKNYFIINENKFYLYHGDIIAKII
KSNIIKSNILGGLPRISELFEARIPKKKAILSELDGFIHIKLNIKNDYILSIISKFYVQK
KYILNCNRKIYVNNGDYVKIGDILTDGKIDLNDIIKFIGINYLLFFFIKEINDIYTPQGV
YINDKHLELVLKQMTKKIKIIYPGDCCFMINDSLYLEDVLIENILTLKNSKKICLYEKII
TGITKASLESNSFFSAASFQETNKILIDSAIKNRSDYLLGLKENVVVGKPIPAGTGLEYH
ILNFKKKSKMYKEFIKRKSFKLYI
NT seq 3855 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgaaaaataattttactaaaataactattaaaatagcttcttcttcaaaaataataaat
tggtcttatggagaagtaaaaagttcacaatttataaattataaaaatttaaaacctgaa
aaaaatggtttattttgtttaaatatatttagtgattgtaaaatatgttgtaataaaaaa
aattgttattgtaataaaaatgataaatttttaaatttaaaaaaatctcatataggatat
aaaatgggacatattttattaaaatatccagtatatcatatatggttttttaaaagtaat
aatttatctaatatattaaatttttctaataaaatattagaaaaaatttttaattttaaa
ttaaacataatattaagatcttttgaaaaaaaatataaaaaatatgatttttttttaaca
gaaagaaaaattttaaatatagtatatttatctggagctaaatcaataaaattttttttt
tcagataatgaaatattattagattgcaaattaatgaaaaaaaaaattttaaaatgtttt
tcatatataaaattattttattatttaaaaaaaataaataaaatttatatattttattta
tctggtaataaattatcttggtgtatacttaaaaatattccagttattcctcctagaatg
agaccattagttcctttaaatttagaaaaatttgcttcttctgatataaacgaattatat
aaaaaaataatagatagaaatttaagaatttataaattaataatattaggtattccaaaa
caaattttaattaatgaaagaattttattacaagaagcagtaaacgctttgtatgataat
gaaaaaattaaaaatccaattttatcttctaataaaagaatattaaaatcattatctagt
tcaataaaaggaaaatatggtagatttagacaaaatttattaggtaaaagagtagatttt
tcaggtagaagtgtaattgtagtagatccttctcttttaatttatcaatgtaaaattcct
attttaatttgtttagaattatttaaaccttttttattttatgaattaaaaaaaaaaaat
ttaattaccacaattagttttattgaatatttttataaaaaaaataaaaaaattacttta
ttttatcttaataaaattattaaaaatcatacaatattattaaaccgtgctcctacttta
cacagaatgggatttcaatcttttgaaattatattaactgaagataaagtaattaaatta
catcctttaatgtgtttaagttataatgcagattttgatggagatcaaatggcaattcat
ttaccattaacagttaattctcaattagaatctaaatttttattattatctataaataat
ataatttctccatctaatggtgaatttataattattccttctcaagatataattatgggt
atttattatttaacttttaattttaacaattttaataatttttttaatttaaaaaaaata
atttatttatataatattgataaaatagatatttattataatgtattaacttttattaaa
aaaaaaaaatttaatacaagcgtaggtagaataattttctattttatattaaattgtgat
gttaattttttatttttaaataaaatttttaaaaaaaaagatattgtttatttaataaaa
tatttatttaataaatataattttaaaaaatttattttgtttttagataaaattaaaaaa
atggggtttttttttgcaacaatttctggattaacaataagttatgaagatttatctttt
attcaaaataaaaataatatatttaaaatatttaaaaaattaaaatataataatttattt
aataatgtagaaatttttaatagtatttttttaaatttaattttaaaaaatataaaaaat
ttaaaatttttaaataattttaatcaagtaaataatttatttgttatgttagattcaggt
tcaagaggatcaatgatacaaataaaacaacttattgcttttagaggttttttttcaaaa
tcaaatggagaattaattttttctcctgttttaaataatttaaaatttggacttacaatg
aaagattattttatttctacttatggtgctagaaaaggtttaactgatacttctttaaaa
actgcaaattctggttatttaacaagaaaattaattgatgtaatgcaagatttagttgta
tataaaattgattgtatgacaaaatgtggaatagaattattcatattcaattataaaaaa
attaaaaatttatataaaaaaatttatggaagattattatcaaaaaacatttttaataaa
aaaaatatttattttataaaaaatactttcataaacaataaagttatatatttattaata
aaaaaaaatataaataaaatatatattagaagtgttttattttgtatttctattaggggt
gtatgtatatgttgctatggaatagatttatcaactaacaatatagttaaaataggaact
cctattggaattatagctgcacagtcaataggagaaccaggaactcaattaactatgaga
acttttcatactggtggagtagctagttatttttttgaaaaagatgaattagttataaat
actaatggttttatttatataaaaaattgtaaatgtatattaaataaattaggaaaatta
attattttatcattaaaaggaataattattattaaaaaaaatttttttaaaaatgaatgt
tataaaataatatatggagatattatttcaattagaaatggaatatttataaaaaataga
ttagttattaataatgataataattttaatatttattcagaaaataatggaaatatttat
tataatttaaaaaatttagaaaaaaaattttgtataaatgataaaaaatattattttaaa
actttaaaagtttgtatattatttataaatgaaaaaaaatattttataccaaaaaattat
tttataataaatgaaaataaattttatttatatcatggagatataatagcaaaaattatt
aaatcaaatattattaaatcaaatatattaggtggactcccaagaattagtgaattattt
gaagctagaataccaaaaaaaaaagcaattttatctgaattagatggttttattcatata
aaattaaatattaaaaacgattatatattatctattatttcaaaattttatgtacaaaaa
aaatatattcttaattgtaatagaaaaatatatgtaaataatggagattatgtaaaaatt
ggagatattttaactgatggaaaaattgatttaaacgatataataaaatttataggtata
aattatttattatttttttttataaaagaaataaacgatatttatactcctcaaggtgtt
tatattaacgataaacatttagaacttgttttaaaacaaatgactaaaaaaattaaaata
atttatcctggagattgttgttttatgataaatgattctttatatttggaagatgtttta
atagaaaatattttaactttaaaaaattcaaaaaaaatttgtttatatgaaaaaataata
actggtataacaaaagcttctttagaatcaaattcttttttttctgctgcttcttttcaa
gaaactaataaaattttaatagattcagctataaaaaatagaagtgattatttattagga
ttaaaagaaaatgttgtagttggtaaaccaattccagcaggaactgggttagaatatcat
attttaaattttaaaaaaaaaagtaaaatgtataaagaatttataaaaagaaaaagtttt
aaattatatatttaa

DBGET integrated database retrieval system