KEGG   ENZYME: 1.13.11.79Help
Entry
EC 1.13.11.79               Enzyme                                 

Name
5,6-dimethylbenzimidazole synthase;
BluB
Class
Oxidoreductases;
Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases);
With incorporation of two atoms of oxygen
BRITE hierarchy
Sysname
FMNH2 oxidoreductase (5,6-dimethylbenzimidazole-forming)
Reaction(IUBMB)
FMNH2 + O2 = 5,6-dimethylbenzimidazole + D-erythrose 4-phosphate + other product(s) [RN:R09083]
Reaction(KEGG)
Substrate
FMNH2 [CPD:C01847];
O2 [CPD:C00007]
Product
5,6-dimethylbenzimidazole [CPD:C03114];
D-erythrose 4-phosphate [CPD:C00279];
other product(s)
Comment
The enzyme catalyses a complex oxygen-dependent conversion of reduced flavin mononucleotide to form 5,6-dimethylbenzimidazole, the lower ligand of vitamin B12. This conversion involves many sequential steps in two distinct stages, and an alloxan intermediate that acts as a proton donor, a proton acceptor, and a hydride acceptor [4]. The C-2 of 5,6-dimethylbenzimidazole is derived from C-1' of the ribityl group of FMNH2 and 2-H from the ribityl 1'-pro-S hydrogen. While D-erythrose 4-phosphate has been shown to be one of the byproducts, the nature of the other product(s) has not been verified yet.
History
EC 1.13.11.79 created 2010 as EC 1.14.99.40, transferred 2014 to EC 1.13.11.79
Pathway
Riboflavin metabolism
Metabolic pathways
Orthology
K04719  
5,6-dimethylbenzimidazole synthase
Genes
PYO: 
FAU: 
DJA: 
VSP: 
VNI: 
VCY: 
VCT: 
PAE: 
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N297_1314(bluB)
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N296_1314(bluB)
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PAEB: 
PDK: 
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PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
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PAEU: 
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M802_1311(bluB)
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M801_1313(bluB)
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PMK: 
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BN5_1585(bluB)
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PPU: 
PPF: 
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PPT: 
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PST: 
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PSP: 
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PFL: 
PFL_4429(bluB)
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PFO: 
PFS: 
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PSJ: 
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PSTT: 
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PBC: 
PPUU: 
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PSV: 
PSK: 
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PCH: 
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PSOS: 
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AVL: 
AVD: 
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PBB: 
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SWP: 
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DM55_2403(bluB)
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DM51_1710(bluB)
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BDL_2711(bluB)
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BBQ_576(bluB)
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BBK_2197(bluB)
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DR55_1783(bluB)
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BBU_2828(rfaE)
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X996_1424(bluB)
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X994_3423(bluB)
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BTQ_2531(bluB)
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BTJ_3163(bluB)
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BTL_1094(bluB)
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BTI_869(bluB)
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BTHA_1186(bluB)
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BTN_294(bluB)
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AK34_2348(bluB)
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KS03_1624(bluB)
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BW21_964(bluB)
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BW23_912(bluB)
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DR64_6965(bluB)
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BPY: 
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OI25_4089(bluB)
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Mpe_B0452(cysG) Mpe_B0487(cysG)
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AZKH_0971(bluB)
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BSY16_896(bluB)
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RET: 
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DK62_2402(bluB)
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DK55_2957(bluB)
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DO74_2595(bluB)
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DR92_891(bluB)
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S58_27940(BluB)
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MOC_1239(bliB)
META: 
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SPO3254(bluB)
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RD1_3815(bluB)
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Dshi_0347(bluB)
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PSE_4445(blub)
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RC1_3717(bluB)
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XM1_1861(bluB)
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BMQ_0968(bluB)
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BG04_3258(bluB)
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MT0319(bluB)
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MPA: 
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MAV: 
MAV_4857(bluB)
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DR71_711(bluB)
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RFA: 
A3L23_02553(bluB_1)
GPO: 
GOR: 
GOQ: 
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PPC: 
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I601_3845(bluB)
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SEN: 
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AORI_4778(bluB)
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AMQ: 
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TER: 
FIS: 
DDR: 
DPD: 
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HAH_1104(nfnB)
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HVO_0641(bluB)
HME: 
HFX_2169(nfnB)
HGI: 
NAT: 
NPE: 
HLR: 
FAC: 
SSO: 
SOL: 
SSOA: 
SSOL: 
SSOF: 
STO: 
SAI: 
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SACS: 
SIS: 
SIA: 
SIM: 
SID: 
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SIN: 
SII: 
SIH: 
SIR: 
SIC: 
MSE: 
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NMR: 
NIR: 
NID: 
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NKR: 
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NEV: 
TAA: 
NMY3_02515(bluB_2)
NBV: 
T478_1447(bluB)
TAH: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:17301238]
  Authors
Gray MJ, Escalante-Semerena JC
  Title
Single-enzyme conversion of FMNH2 to 5,6-dimethylbenzimidazole, the lower ligand  of B12.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (2007) 2921-6.
  Sequence
[rru:Rru_A3536]
Reference
2  [PMID:17377573]
  Authors
Ealick SE, Begley TP
  Title
Biochemistry: molecular cannibalism.
  Journal
Nature. 446 (2007) 387-8.
Reference
3  [PMID:17377583]
  Authors
Taga ME, Larsen NA, Howard-Jones AR, Walsh CT, Walker GC
  Title
BluB cannibalizes flavin to form the lower ligand of vitamin B12.
  Journal
Nature. 446 (2007) 449-53.
  Sequence
[sme:SMc00166]
Reference
4  [PMID:21344938]
  Authors
Wang XL, Quan JM
  Title
Intermediate-assisted multifunctional catalysis in the conversion of flavin to 5,6-dimethylbenzimidazole by BluB: a density functional theory study.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 133 (2011) 4079-91.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 

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