KEGG   ENZYME: 2.6.99.2Help
Entry
EC 2.6.99.2                 Enzyme                                 

Name
pyridoxine 5'-phosphate synthase;
pyridoxine 5-phosphate phospho lyase;
PNP synthase;
PdxJ
Class
Transferases;
Transferring nitrogenous groups;
Transferring other nitrogenous groups
BRITE hierarchy
Sysname
1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate:3-amino-2-oxopropyl phosphate 3-amino-2-oxopropyltransferase (phosphate-hydrolysing; cyclizing)
Reaction(IUBMB)
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate + 3-amino-2-oxopropyl phosphate = pyridoxine 5'-phosphate + phosphate + 2 H2O [RN:R05838]
Reaction(KEGG)
Substrate
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate [CPD:C11437];
3-amino-2-oxopropyl phosphate [CPD:C11638]
Product
pyridoxine 5'-phosphate [CPD:C00627];
phosphate [CPD:C00009];
H2O [CPD:C00001]
Comment
In Escherichia coli, the coenzyme pyridoxal 5'-phosphate is synthesized de novo by a pathway that involves EC 1.2.1.72 (erythrose-4-phosphate dehydrogenase), EC 1.1.1.290 (4-phosphoerythronate dehydrogenase), EC 2.6.1.52 (phosphoserine transaminase), EC 1.1.1.262 (4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase), EC 2.6.99.2 (pyridoxine 5'-phosphate synthase) and EC 1.4.3.5 (with pyridoxine 5'-phosphate as substrate). 1-Deoxy-D-xylulose cannot replace 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate as a substrate [3].
History
EC 2.6.99.2 created 2006
Pathway
Vitamin B6 metabolism
Metabolic pathways
Orthology
K03474  
pyridoxine 5-phosphate synthase
Genes
ECO: 
b2564(pdxJ)
ECJ: 
Y75_p2517(pdxJ)
ECD: 
EBW: 
BWG_2328(pdxJ)
ECOK: 
ECE: 
Z3845(pdxJ)
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_3509(pdxJ)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c3088(pdxJ)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_2997(pdxJ)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_02458(pdxJ)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m2792(pdxJ)
ELL: 
WFL_13665(pdxJ)
ELC: 
i14_2883(pdxJ)
ELD: 
i02_2883(pdxJ)
ELP: 
EBL: 
ECD_02458(pdxJ)
EBE: 
B21_02422(pdxJ)
ELF: 
LF82_1608(pdxJ)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
EFE: 
EFER_0510(pdxJ)
STY: 
STY2824(pdxJ)
STT: 
t0279(pdxJ)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM2578(pdxJ)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SENR: 
SEND: 
SPT: 
SPA0287(pdxJ)
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SPC_1071(pdxJ)
SEC: 
SC2573(pdxJ)
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SeD_A2956(pdxJ)
SEG: 
SG2615(pdxJ)
SEL: 
SPUL_0295(pdxJ)
SEGA: 
SET: 
SEN2558(pdxJ)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
SENB: 
BN855_26680(SBOV26531)
SENE: 
SES: 
SBG: 
SBG_2349(pdxJ)
SBZ: 
YPE: 
YPO2930(pdxJ)
YPK: 
y1300(pdxJ)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_2525(pdxJ)
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPZ3_2404(pdxJ)
YPT: 
YPD: 
YPD4_2308(pdxJ)
YPX: 
YPD8_2383(pdxJ)
YPH: 
YPC_3129(pdxJ)
YPS: 
YPTB2887(pdxJ)
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YEN: 
YE1020(pdxJ)
YEP: 
YEY: 
YSI: 
SFL: 
SF2626(pdxJ)
SFX: 
S2799(pdxJ)
SFV: 
SFV_2627(pdxJ)
SFE: 
SFxv_2883(pdxJ)
SSN: 
SSON_2688(pdxJ)
SSJ: 
SBO: 
SBO_2592(pdxJ)
SBC: 
SDY: 
SDY_2805(pdxJ)
SDZ: 
ECA: 
ECA3275(pdxJ)
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PEC: 
ETA: 
ETA_09950(pdxJ)
EPY: 
EpC_10080(pdxJ)
EPR: 
EAM: 
EAMY_2619(pdxJ)
EAY: 
EAM_2511(pdxJ)
EBI: 
EbC_34090(pdxJ)
ERJ: 
PLU: 
plu3337(pdxJ)
PAY: 
PAU_01308(pdxJ)
WBR: 
WGLp197(pdxJ)
WGL: 
SGL: 
SOD: 
Sant_1101(pdxJ)
ENT: 
ENC: 
ENO: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
EAE: 
EAR: 
ENR: 
ESA: 
CSK: 
ES15_0968(pdxJ)
CSZ: 
CSI: 
CTU: 
CTU_31550(pdxJ)
KPN: 
KPN_02889(pdxJ)
KPU: 
KP1_4143(pdxJ)
KPM: 
KPP: 
KPE: 
KPK_1233(pdxJ)
KPO: 
KPR: 
KPR_1384(pdxJ)
KPJ: 
KPI: 
KVA: 
KOX: 
KOE: 
CKO: 
CRO: 
ROD_25101(pdxJ)
CFD: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SSZ: 
SCc_249(pdxJ)
SMAF: 
SMW: 
SLQ: 
SERR: 
SFO: 
PMR: 
PMI1885(pdxJ)
PMIB: 
EIC: 
ETR: 
ETAE_2719(pdxJ)
ETD: 
ETC: 
BFL: 
Bfl539(pdxJ)
BPN: 
BPEN_559(pdxJ)
BVA: 
BVAF_541(pdxJ)
BCHR: 
HDE: 
HDEF_2293(pdxJ)
SECT: 
SEHC: 
DDA: 
DDC: 
DDD: 
DZE: 
XBO: 
XBJ1_3145(pdxJ)
XNE: 
XNC1_3276(pdxJ)
PAM: 
PANA_2890(pdxJ)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_2180(pdxJ)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_2312(pdxJ)
PAO: 
RIP: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
MEN: 
MEO: 
MPC_094(pdxJ)
PSI: 
EBT: 
MMK: 
ROR: 
EBF: 
PSTS: 
XFA: 
XFT: 
PD0040(pdxJ)
XFM: 
XFN: 
XFF: 
XCC: 
XCC0012(pdxJ)
XCB: 
XCA: 
XCP: 
XCR_0013(pdxJ)
XCV: 
XCV0013(pdxJ)
XAC: 
XAC0012(pdxJ)
XCI: 
XAX: 
XACM_0014(pdxJ)
XAO: 
XOO: 
XOO0012(pdxJ)
XOM: 
XOP: 
PXO_03472(pdxJ)
XOR: 
XOC_0014(pdxJ)
XAL: 
XALc_0013(pdxJ)
XFU: 
SML: 
SMT: 
BUJ: 
SMZ: 
SMD_0014(pdxJ)
PSU: 
PSD: 
RHD: 
DJI: 
VCH: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VCR: 
VCM: 
VCI: 
VCL: 
VVU: 
VV1_1568(pdxJ)
VVY: 
VVM: 
VPA: 
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VPH: 
VHA: 
VCA: 
VAG: 
VSP: 
VEX: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VAN: 
LAG: 
VFI: 
VF_2084(pdxJ)
VFM: 
VSA: 
PPR: 
PAE: 
PA0773(pdxJ)
PAEV: 
N297_799(pdxJ)
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
PAEC: 
M802_796(pdxJ)
PPU: 
PP_1436(pdxJ)
PPF: 
PPG: 
PPW: 
PPT: 
PPB: 
PPI: 
PPX: 
T1E_0295(pdxJ)
PPUH: 
PPUT: 
PPUN: 
PP4_09860(pdxJ)
PPUU: 
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PCI: 
PFL: 
PFL_1074(pdxJ)
PPRC: 
PFO: 
PFS: 
PFLU1063(pdxJ)
PFE: 
PFC: 
PPZ: 
PEN: 
PSEEN4287(pdxJ)
PMY: 
PMK: 
PSA: 
PST_1234(pdxJ)
PSZ: 
PSR: 
PSC: 
PSJ: 
PSH: 
PBA: 
PFV: 
PDR: 
PRE: 
PSV: 
PSK: 
PMON: 
PMOT: 
PKC: 
PKB_1424(pdxJ)
CJA: 
CJA_1791(pdxJ)
AVN: 
AVL: 
AVD: 
PAR: 
Psyc_0336(pdxJ)
PCR: 
PRW: 
PSO: 
ACI: 
ACIAD2577(pdxJ)
ACD: 
ACB: 
ABM: 
ABSDF0956(pdxJ)
ABY: 
ABAYE0945(pdxJ)
ABC: 
ABN: 
AB57_2957(pdxJ)
ABB: 
ABX: 
ABZ: 
ABR: 
ABD: 
ABH: 
ABAD: 
ABJ: 
ABAB: 
ABAJ: 
ABAZ: 
ACC: 
MCT: 
MCR_1699(pdxJ)
SON: 
SO_1351(pdxJ)
SDN: 
SFR: 
SAZ: 
SBL: 
SBM: 
SBN: 
SBP: 
SBT: 
SBS: 
SBB: 
SLO: 
SPC: 
SHP: 
SSE: 
SPL: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
SHL: 
SWD: 
SWP: 
SVO: 
SVI_0941(pdxJ)
ILO: 
IL0807(pdxJ)
ILI: 
CPS: 
CPS_4119(pdxJ)
PHA: 
PSHAa0735(pdxJ)
PAT: 
PSM: 
PSM_A2332(pdxJ)
SDE: 
MAQ: 
MHC: 
MARHY0985(pdxJ)
MAD: 
MBS: 
AMC: 
AMAC: 
AMB: 
AMG: 
AMH: 
AMK: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAD: 
AMAI: 
AMAG: 
ALT: 
GAG: 
GNI: 
GNIT_0721(pdxJ)
GPS: 
PIN: 
PSY: 
TTU: 
FBL: 
CBU: 
CBU_1494(pdxJ)
CBS: 
CBD: 
CBUD_0488(pdxJ)
CBG: 
CbuG_0512(pdxJ)
CBC: 
CbuK_1725(pdxJ)
LPN: 
lpg0946(pdxJ)
LPH: 
LPV_1083(pdxJ)
LPO: 
LPO_1030(pdxJ)
LPU: 
LPM: 
LP6_0934(pdxJ)
LPF: 
lpl0975(pdxJ)
LPP: 
lpp1008(pdxJ)
LPC: 
LPC_2343(pdxJ)
LPA: 
lpa_01425(pdxJ)
LPE: 
LLO: 
LLO_1950(pdxJ)
MCA: 
MCA1667(pdxJ)
MMT: 
MAH: 
TCX: 
TCY: 
MEJ: 
MEC: 
CYQ: 
Q91_1079(pdxJ)
CZA: 
NOC: 
NHL: 
NWA: 
ALV: 
TVI: 
AEH: 
HHA: 
HHC: 
TGR: 
TKM: 
TNI: 
TVNIR_0831(pdxJ_[H])
SSAL: 
SPIU: 
HNA: 
HCH: 
HCH_00130(pdxJ)
CSA: 
HEL: 
HELO_3017(pdxJ)
ABO: 
ABO_1628(pdxJ)
ADI: 
B5T_01541(pdxJ)
KKO: 
MMW: 
MME: 
MPC: 
TOL: 
TOR: 
AHA: 
AHA_0803(pdxJ)
AHY: 
ASA: 
ASA_3483(pdxJ)
AVR: 
AMED: 
TAU: 
OCE: 
AFE: 
AFR: 
AFE_1403(pdxJ)
ACU: 
AFI: 
SAGA: 
BCI: 
BCI_0279(pdxJ)
RMA: 
VOK: 
COSY_0564(pdxJ)
GPB: 
NMA: 
NMA2037(pdxJ)
NME: 
NMB0448(pdxJ)
NMP: 
NMH: 
NMC: 
NMC1703(pdxJ)
NMN: 
NMCC_1695(pdxJ)
NMT: 
NMV_0492(pdxJ)
NMI: 
NMO_1593(pdxJ)
NMD: 
NMM: 
NMS: 
NMQ: 
NMW: 
NMAA_1490(pdxJ)
NMZ: 
NGO: 
NGK: 
NGT: 
NLA: 
NLA_4900(pdxJ)
SALV: 
CVI: 
CV_2070(pdxJ)
LHK: 
LHK_01468(pdxJ)
PSE: 
NH8B_1584(pdxJ)
RSO: 
RSc1066(pdxJ)
RSC: 
RSL: 
RSN: 
RSM: 
RSE: 
RPI: 
RPF: 
REU: 
REH: 
H16_A2552(pdxJ)
CNC: 
RME: 
Rmet_2415(pdxJ)
CTI: 
BMA: 
BMA0546(pdxJ)
BMV: 
BML: 
BMN: 
BPS: 
BPSL2426(pdxJ)
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPR: 
BPSE: 
BDL_3015(pdxJ)
BPSU: 
BBN_1008(pdxJ)
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BBK_2527(pdxJ)
BTE: 
BTH_I1733(pdxJ)
BTQ: 
BTQ_2188(pdxJ)
BTJ: 
BTJ_129(pdxJ)
BTZ: 
BTL_1426(pdxJ)
BTD: 
BTI_1204(pdxJ)
BVI: 
BUR: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BCAL1008(pdxJ2) BCAL2862(pdxJ1)
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BCT: 
BXE: 
BPH: 
BPY: 
BGL: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BRH: 
BGD: 
BYI: 
BUK: 
BPX: 
BUO: 
PNU: 
PPK: 
PPNO: 
PRB: 
BPE: 
BP2078(pdxJ)
BPC: 
BPTD_2045(pdxJ)
BPER: 
BPA: 
BPP1762(pdxJ)
BPAR: 
BBR: 
BB3346(pdxJ)
BBM: 
BBH: 
BPT: 
Bpet3259(pdxJ)
BAV: 
BAV2459(pdxJ)
BHO: 
D560_2966(pdxJ)
AXY: 
AXO: 
AXN: 
TEQ: 
TEA: 
KUI_0834(pdxJ)
TEG: 
KUK_0672(pdxJ)
TAS: 
TAT: 
KUM_0067(pdxJ)
PUT: 
AKA: 
AMIM: 
CDN: 
RFR: 
POL: 
PNA: 
AAV: 
AJS: 
DIA: 
AAA: 
ACK: 
VEI: 
DAC: 
DEL: 
VAP: 
VPE: 
VPD: 
CTT: 
ADN: 
ADK: 
RTA: 
Rta_28380(pdxJ)
CBX: 
MPT: 
HAR: 
HEAR2060(pdxJ)
MMS: 
mma_1373(pdxJ)
HSE: 
CFU: 
CFU_2867(pdxJ)
LCH: 
TIN: 
THI: 
THI_2766(pdxJ)
RGE: 
RGE_40960(pdxJ)
NEU: 
NE2322(pdxJ)
NET: 
NIT: 
NII: 
NMU: 
EBA: 
ebA5544(pdxJ)
AZO: 
azo1645(pdxJ)
AZA: 
AZKH_2832(pdxJ)
DAR: 
TMZ: 
DSU: 
TBD: 
SDR: 
MFA: 
MMB: 
MEH: 
MEI: 
MEP: 
MPQ_1780(pdxJ)
APP: 
SLT: 
GCA: 
KCI: 
KCT: 
KBL: 
KBT: 
KDE: 
KGA: 
KON: 
BPRC: 
HPY: 
HEO: 
HPJ: 
jhp1489(pdxJ)
HPA: 
HPS: 
HHP: 
HHQ: 
HHR: 
HPG: 
HPP: 
HPB: 
HPL: 
HPB8_1635(pdxJ)
HPC: 
HCA: 
HPM: 
HPE: 
HPO: 
HPI: 
HPQ: 
HPW: 
HPU: 
HEF: 
HPF: 
HEQ: 
HEX: 
HPT: 
HPZ: 
HPV: 
HPX: 
HEN: 
HPH: 
HEG: 
HPN: 
HEP: 
HEU: 
HES: 
HPYS: 
HCN: 
HPD: 
KHP_1450(pdxJ)
HEY: 
HER: 
HEI: 
HPYA: 
HPYK: 
HPYO: 
HPYL: 
HPYR: 
HPYI: 
HPYU: 
HPYM: 
HEM: 
HEB: 
HEZ: 
HHE: 
HH0862(pdxJ)
HAC: 
Hac_0031(pdxJ)
HMS: 
HMU00130(pdxJ)
HFE: 
HBI: 
HCE: 
HCM: 
HCP: 
HCN_1725(pdxJ)
HCB: 
HHM: 
WSU: 
WS0105(pdxJ)
TDN: 
SUA: 
SKU: 
SULR: 
CJE: 
Cj1238(pdxJ)
CJB: 
CJJ: 
CJU: 
C8J_1181(pdxJ)
CJN: 
CJI: 
CJSA_1176(pdxJ)
CJM: 
CJM1_1220(pdxJ)
CJS: 
CJP: 
CJEJ: 
CJEU: 
CJEN: 
CJEI: 
CJR: 
CJE1373(pdxJ)
CJD: 
CJZ: 
CJX: 
CFF: 
CFV: 
CHA: 
CLA: 
Cla_0931(pdxJ)
CCOL: 
CCC: 
CCQ: 
CAMP: 
ABU: 
Abu_0650(pdxJ)
ABT: 
ABL: 
ANT: 
ARC: 
SDL: 
SBA: 
SMUL: 
SMUL_1637(pdxJ)
NSA: 
NIS: 
NIS_1086(pdxJ)
SUN: 
SUN_1687(pdxJ)
NAM: 
NAMH_1208(pdxJ)
GSU: 
GSU1804(pdxJ)
GSK: 
GME: 
Gmet_1885(pdxJ)
GUR: 
GLO: 
GBM: 
Gbem_2634(pdxJ)
GEO: 
GEM: 
GEB: 
PCA: 
Pcar_1002(pdxJ)
PPD: 
DVU: 
DVU1908(pdxJ)
DVL: 
DVM: 
DVG: 
DDE: 
DDN: 
DMA: 
DMR_27540(pdxJ)
DSA: 
DAS: 
DAF: 
DHY: 
DPI: 
BN4_10479(pdxJ)
DGG: 
DRT: 
BBA: 
Bd1932(pdxJ)
BBAT: 
Bdt_1905(pdxJ)
BBW: 
BBAC: 
BEX: 
BMX: 
BMS_2123(pdxJ)
DPS: 
DAK: 
DPR: 
DSF: 
DOL: 
DAL: 
DAT: 
DTO: 
ADE: 
ACP: 
AFW: 
ANK: 
MXA: 
MXAN_4351(pdxJ)
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1  [PMID:12686115]
  Authors
Garrido-Franco M.
  Title
Pyridoxine 5'-phosphate synthase: de novo synthesis of vitamin B6 and beyond.
  Journal
Biochim. Biophys. Acta. 1647 (2003) 92-7.
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Reference
2  [PMID:12206776]
  Authors
Garrido-Franco M, Laber B, Huber R, Clausen T.
  Title
Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis.
  Journal
J. Mol. Biol. 321 (2002) 601-12.
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  Sequence
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Reference
3  [PMID:10225425]
  Authors
Laber B, Maurer W, Scharf S, Stepusin K, Schmidt FS.
  Title
Vitamin B6 biosynthesis: formation of pyridoxine 5'-phosphate from 4-(phosphohydroxy)-L-threonine and 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate by PdxA and PdxJ protein.
  Journal
FEBS. Lett. 449 (1999) 45-8.
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Reference
4  [PMID:11286891]
  Authors
Franco MG, Laber B, Huber R, Clausen T.
  Title
Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
  Journal
Structure. 9 (2001) 245-53.
  Organism
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Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
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