KEGG   ENZYME: 3.1.26.12Help
Entry
EC 3.1.26.12                Enzyme                                 

Name
ribonuclease E;
endoribonuclease E;
RNase E;
Rne protein
Class
Hydrolases;
Acting on ester bonds;
Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
BRITE hierarchy
Reaction(IUBMB)
Endonucleolytic cleavage of single-stranded RNA in A- and U-rich regions
Comment
RNase E is a bacterial ribonuclease that plays a role in the processing of ribosomal RNA (9S to 5S rRNA), the chemical degradation of bulk cellular RNA, the decay of specific regulatory, messenger and structural RNAs and the control of plasmid DNA replication [1]. The enzyme binds to monophosphorylated 5' ends of substrates but exhibits sequential cleavages in the 3' to 5' direction [1]. 2'-O-Methyl nucleotide substitutions at RNase E binding sites do not prevent binding but do prevent cleavage of non-modified target sequences 5' to that locus [1]. In Escherichia coli, the enzyme is found in the RNA degradosome. The C-terminal half of the protein contains binding sites for the three other major degradosomal components, the DEAD-box RNA helicase Rh1B, enolase (EC 4.1.1.11) and polynucleotide phosphorylase (EC 2.7.7.8).
History
EC 3.1.26.12 created 2008
Orthology
K08300  
ribonuclease E
Genes
ECO: 
b1084(rne)
ECJ: 
ECD: 
EBW: 
ECOK: 
ECE: 
Z1722(rne)
ECS: 
ECs1462(rne)
ECF: 
ETW: 
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c1353(rne)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ELH: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ELL: 
ELC: 
ELD: 
ELP: 
EBL: 
EBE: 
ELF: 
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
ECOH: 
EFE: 
STY: 
STY1226(ams)
STT: 
t1734(rne)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM1185(rne)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SENR: 
SEND: 
SPT: 
SPA1666(rne)
SEK: 
SPQ: 
SEI: 
SEC: 
SC1132(rne)
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SEG: 
SG1937(rne)
SEL: 
SEGA: 
SET: 
SEN1863(rne)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SENB: 
BN855_11440(SBOV11031)
SENE: 
SES: 
SBG: 
SBZ: 
SBV: 
YPE: 
YPO1590(rne)
YPK: 
y1749(rne)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_2263(rne)
YPP: 
YPG: 
YPZ: 
YPT: 
YPD: 
YPX: 
YPH: 
YPS: 
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
YEN: 
YE1627(rne)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YSI: 
SFL: 
SF1088(rne)
SFX: 
S1168(rne)
SFV: 
SFE: 
SFN: 
SFS: 
SSN: 
SSJ: 
SBO: 
SBC: 
SDY: 
SDZ: 
ECA: 
ECA1789(rne)
PATR: 
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PEC: 
ETA: 
EPY: 
EPR: 
EAM: 
EAY: 
EBI: 
ERJ: 
PLU: 
plu2841(rne)
PAY: 
BUC: 
BU347(rne)
BAP: 
BAU: 
BUP: 
BAK: 
BUH: 
BAPF: 
BAPG: 
BAPU: 
BAPW: 
BAS: 
BUsg335(rne)
BAB: 
bbp317(rne)
WBR: 
WGLp088(rne)
WGL: 
SGL: 
SG1052(rne)
SOD: 
PES: 
ENT: 
ENC: 
ENO: 
EEC: 
ENL: 
ECLA: 
ECLC: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
EAE: 
EAR: 
ENR: 
ESA: 
CSK: 
CSZ: 
CSI: 
CTU: 
KPN: 
KPU: 
KPM: 
KPP: 
KPK: 
KPH: 
KPZ: 
KPQ: 
KPE: 
KPO: 
KPR: 
KPJ: 
KPI: 
KPA: 
KPS: 
KVA: 
KOX: 
KOE: 
KOY: 
KOK: 
KOM: 
CKO: 
CRO: 
CFD: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SSZ: 
SCc_429(rne)
SMAF: 
SMW: 
SLQ: 
SERR: 
SFO: 
SERF: 
SERS: 
PMR: 
PMI0852(rne)
PMIB: 
EIC: 
ETR: 
ETD: 
ETE: 
ETC: 
BFL: 
Bfl410(rne)
BPN: 
BVA: 
BCHR: 
HDE: 
SECT: 
SEHC: 
DDA: 
DDC: 
DDD: 
DZE: 
XBO: 
XNE: 
PAM: 
PLF: 
PAJ: 
PAQ: 
PVA: 
PAO: 
KLN: 
RIP: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
MEN: 
MEO: 
MPC_467(rne)
PSI: 
PSX: 
EBT: 
MMK: 
ROR: 
CNT: 
CEM: 
CEN: 
CED: 
PGE: 
EBF: 
PSTS: 
HIN: 
HI0413(rne)
HIT: 
HIP: 
HIQ: 
HIF: 
HIL: 
HIU: 
HIE: 
HIZ: 
HIK: 
HDU: 
HD0194(rne)
HAP: 
HPAZ: 
HPAS: 
HPAK: 
HPR: 
HSO: 
HS_0715(rne)
HSM: 
PMU: 
PM0991(rne)
PMV: 
PUL: 
PMP: 
PMUL: 
MSU: 
MS1622(cafA)
MHT: 
MHQ: 
MHX: 
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
MVR: 
MVI: 
MVG: 
MVE: 
APL: 
APJ: 
APA: 
ASU: 
ASI: 
ASS: 
AAP: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
AAH: 
GAN: 
BTO: 
BTRE: 
BTRH: 
BTRA: 
XFA: 
XFT: 
PD1983(rne)
XFM: 
XFN: 
XFF: 
XFL: 
XFS: 
XCC: 
XCC2084(rne)
XCB: 
XCA: 
XCP: 
XCV: 
XCV2423(rne)
XAC: 
XAC2111(rne)
XCI: 
XAX: 
XAO: 
XOO: 
XOO3073(rne)
XOM: 
XOP: 
XOR: 
XAL: 
XFU: 
SML: 
SMT: 
BUJ: 
SMZ: 
PSU: 
PSD: 
FAU: 
RHD: 
DJI: 
DJA: 
VCH: 
VCE: 
VCJ: 
VCO: 
VCR: 
VCM: 
VCI: 
VCL: 
VVU: 
VVY: 
VVM: 
VVL: 
VPA: 
VPB: 
VPK: 
VPF: 
VPH: 
VHA: 
VCA: 
VAG: 
VSP: 
VEX: 
VEJ: 
VFU: 
VNI: 
VAN: 
LAG: 
VFI: 
VF_1748(rne)
VFM: 
VSA: 
PPR: 
PAE: 
PA2976(rne)
PAEV: 
PAEI: 
PAU: 
PAP: 
PAG: 
PAF: 
PNC: 
PDK: 
PSG: 
PRP: 
PAEP: 
PAER: 
PAEM: 
PAEL: 
PAES: 
PAEU: 
PAEG: 
PAEC: 
PAEO: 
PPU: 
PP_1905(rne)
PPF: 
PPG: 
PPW: 
PPT: 
PPB: 
PPI: 
PPX: 
PPUH: 
PPUT: 
PPUN: 
PMOS: 
PPUU: 
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PCI: 
PFL: 
PPRC: 
PFO: 
PFS: 
PFE: 
PFC: 
PFN: 
PPZ: 
PEN: 
PMY: 
PMK: 
PSA: 
PSZ: 
PSR: 
PSC: 
PSJ: 
PSH: 
PSTU: 
PBA: 
PBC: 
PFV: 
PDR: 
PRE: 
PSV: 
PSK: 
PMON: 
PMOT: 
PKC: 
PCH: 
PCP: 
PALK: 
PRH: 
PSW: 
CJA: 
AVN: 
AVL: 
AVD: 
PAR: 
PCR: 
PRW: 
PSO: 
ACI: 
ACD: 
ACB: 
ABM: 
ABY: 
ABC: 
ABN: 
ABB: 
ABX: 
ABZ: 
ABR: 
ABD: 
ABH: 
ABAD: 
ABJ: 
ABAB: 
ABAJ: 
ABAZ: 
ABK: 
ABAU: 
ABAA: 
ABW: 
ACC: 
MCT: 
MCS: 
MCAT: 
SON: 
SO_2785(rne)
SDN: 
SFR: 
SAZ: 
SBL: 
SBM: 
SBN: 
SBP: 
SBT: 
SBS: 
SBB: 
SLO: 
SPC: 
SHP: 
SSE: 
SPL: 
SHE: 
SHM: 
SHN: 
SHW: 
SHL: 
SWD: 
SWP: 
SVO: 
ILO: 
IL1349(rne)
ILI: 
CPS: 
PHA: 
PAT: 
PSM: 
SDE: 
MAQ: 
MHC: 
MAD: 
MBS: 
AMC: 
AMAC: 
AMB: 
AMG: 
AMH: 
AMK: 
AMAA: 
AMAL: 
AMAE: 
AMAO: 
AMAD: 
AMAI: 
AMAG: 
ALT: 
AAL: 
GAG: 
GNI: 
GPS: 
PIN: 
PSY: 
TTU: 
FBL: 
CBU: 
CBS: 
CBD: 
CBG: 
CBC: 
LPN: 
lpg2297(rne)
LPH: 
LPO: 
LPU: 
LPM: 
LPF: 
lpl2216(rne)
LPP: 
lpp2244(rne)
LPC: 
LPA: 
lpa_03291(cafA)
LPE: 
LLO: 
MCA: 
MCA1481(rne)
MMT: 
MAH: 
FTU: 
FTF: 
FTF1227(rne)
FTW: 
FTR: 
FTT: 
FTG: 
FTL: 
FTH: 
FTH_0719(cafA1)
FTA: 
FTS: 
FTI: 
FTO: 
FTM: 
FTN: 
FCF: 
FCN: 
FPH: 
FRT: 
FNA: 
FNL: 
TCX: 
TCY: 
MEJ: 
MEC: 
CYQ: 
CZA: 
NOC: 
NHL: 
NWA: 
ALV: 
TVI: 
TMB: 
AEH: 
HHA: 
HHC: 
TGR: 
TKM: 
TNI: 
TVNIR_1830(rne_[H])
SSAL: 
SPIU: 
HNA: 
HCH: 
CSA: 
HEL: 
HCS: 
PLE: 
PLY: 
PLR: 
PAQ_165(rne)
PLO: 
PLD: 
ABO: 
ADI: 
KKO: 
MMW: 
MME: 
MPC: 
TOL: 
TOR: 
AHA: 
AHY: 
AHD: 
AHR: 
AHP: 
ASA: 
AVR: 
AMED: 
TAU: 
OCE: 
DNO: 
AFE: 
AFR: 
ACU: 
AFI: 
GAP: 
SAGA: 
M5M_03695(rnaseE)
BCI: 
BCIB: 
RMA: 
VOK: 
GPB: 
NMA: 
NME: 
NMB0196(rne)
NMP: 
NMH: 
NMC: 
NMC0187(rne)
NMN: 
NMT: 
NMI: 
NMD: 
NMM: 
NMS: 
NMQ: 
NMW: 
NMZ: 
NGO: 
NGK: 
NGT: 
NLA: 
SALV: 
CVI: 
LHK: 
PSE: 
RSO: 
RSc1040(rne)
RSC: 
RSL: 
RSN: 
RSM: 
RSE: 
RPI: 
RPF: 
RPJ: 
REU: 
REH: 
H16_A2580(cafA2)
CNC: 
RME: 
CTI: 
BMA: 
BMA0520(rne)
BMV: 
BML: 
BMN: 
BMAL: 
BPS: 
BPM: 
BPL: 
BPD: 
BPR: 
BPSE: 
BPSM: 
BPSU: 
BPSD: 
BPZ: 
BPQ: 
BPK: 
BTE: 
BTQ: 
BTZ: 
BTD: 
BTHE: 
BOK: 
BVI: 
BUR: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BCAL0982(rne2) BCAL2888(rne1)
BCEN: 
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BMK: 
BCT: 
BCED: 
BXE: 
BXB: 
BPH: 
BPY: 
BGL: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BRH: 
BGD: 
BYI: 
BUK: 
BPX: 
BUO: 
PNU: 
PNE: 
PPK: 
PPNO: 
PRB: 
BPE: 
BP0475(rne)
BPC: 
BPER: 
BPA: 
BPP3318(rne)
BPAR: 
BBR: 
BB3769(rne)
BBM: 
BBH: 
BPT: 
BAV: 
BAV1108(ams)
BHO: 
BHM: 
AXY: 
AXO: 
AXN: 
AXS: 
TEQ: 
TEA: 
TEG: 
TAS: 
TAT: 
PUT: 
AKA: 
AMIM: 
CDN: 
BPSI: 
RFR: 
POL: 
PNA: 
AAV: 
AJS: 
DIA: 
AAA: 
ACK: 
VEI: 
DAC: 
DEL: 
VAP: 
VPE: 
VPD: 
CTT: 
CTES: 
ADN: 
ADK: 
RTA: 
CBX: 
MPT: 
HAR: 
MMS: 
JAG: 
HSE: 
CFU: 
LCH: 
TIN: 
THI: 
RGE: 
NEU: 
NET: 
NIT: 
NII: 
NMU: 
EBA: 
ebA5441(rne)
AZO: 
azo1613(rne)
AZA: 
DAR: 
TMZ: 
DSU: 
TBD: 
SDR: 
MFA: 
MMB: 
MEH: 
MEI: 
MEP: 
APP: 
SLT: 
GCA: 
KCI: 
KCT: 
KBL: 
KBT: 
KDE: 
KGA: 
KON: 
BPRC: 
GSU: 
GME: 
GUR: 
GLO: 
GBM: 
GEO: 
GEM: 
GEB: 
PCA: 
PPD: 
DVU: 
DVL: 
DVM: 
DVG: 
DDE: 
DDS: 
DDN: 
DMA: 
DSA: 
DAS: 
DAF: 
DHY: 
DPI: 
DGG: 
LIP: 
LI0771(rne)
LIR: 
DBA: 
DRT: 
DPS: 
DAK: 
DPR: 
DSF: 
DOL: 
DAL: 
DAT: 
DTO: 
CCX: 
SAT: 
DAO: 
DTI: 
SFU: 
DBR: 
RPR: 
RPO: 
RPW: 
RPZ: 
RPG: 
RPS: 
RPV: 
RPQ: 
RPL: 
RPN: 
RTY: 
RT0248(rne)
RTT: 
RTB: 
RCM: 
RCC: 
RBE: 
RBO: 
RCO: 
RC0342(rne)
RFE: 
RF_1025(rne)
RAK: 
RRI: 
RRJ: 
RRA: 
RRC: 
RRH: 
RRB: 
RRN: 
RRP: 
RMS: 
RMI: 
RPK: 
RAF: 
RHE: 
RJA: 
RSV: 
Rsl_403(rne)
RSW: 
RPH: 
RAU: 
RMO: 
RPP: 
RRE: 
RAM: 
OTS: 
OTT: 
WOL: 
WRI: 
WEN: 
WED: 
WPI: 
WBM: 
WOO: 
AMA: 
AM844(rne)
AMF: 
AMF_631(rne)
AMW: 
AMP: 
ACN: 
APH: 
APY: 
APD: 
APHA: 
ERU: 
ERW: 
ERG: 
ECN: 
ECH: 
ECHA: 
ECHJ: 
ECHL: 
ECHS: 
ECHV: 
ECHW: 
ECHP: 
EMR: 
EHH: 
NSE: 
NRI: 
NHM: 
MMN: 
EAA: 
RBT: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MES: 
PLA: 
SME: 
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
EAD: 
ATU: 
Atu1339(rne)
ARA: 
AVI: 
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
REI: 
RLE: 
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
NGL: 
NGG: 
LAS: 
LAA: 
LSO: 
LCC: 
LAR: 
lam_208(cafA)
BME: 
BMI: 
BMZ: 
BMG: 
BMW: 
BMF: 
BMB: 
BMC: 
BAA: 
BABO: 
BMS: 
BSI: 
BSF: 
BSUI: 
BMT: 
BSZ: 
BSV: 
BOV: 
BCS: 
BSK: 
BOL: 
BCAR: 
BCAS: 
BMR: 
BPP: 
BPV: 
BCET: 
BCEE: 
OAN: 
OAH: 
BJA: 
BJU: 
BRA: 
BBT: 
BRS: 
AOL: 
RPA: 
RPA2450(rne)
RPB: 
RPC: 
RPD: 
RPE: 
RPT: 
RPX: 
NWI: 
NHA: 
OCA: 
OCG: 
OCO: 
BHE: 
BH08720(rne)
BHN: 
BHS: 
BQU: 
BQ05870(rne)
BQR: 
BTR: 
BTX: 
BGR: 
BCD: 
BAUS: 
BVN: 
XAU: 
AZC: 
SNO: 
MEX: 
MEA: 
MDI: 
MCH: 
MRD: 
MET: 
MPO: 
MNO: 
MOR: 
BID: 
MSL: 
HDN: 
HDT: 
HMC: 
HNI: 
RVA: 
PHL: 
MSC: 
CCR: 
CCS: 
CAK: 
CSE: 
PZU: 
BSB: 
AEX: 
SIL: 
SIT: 
RSP: 
RSH: 
RSQ: 
RSK: 
RCP: 
JAN: 
RDE: 
RLI: 
PDE: 
PAMI: 
DSH: 
KVU: 
EIO_1096(rneE)
KVL: 
PSF: 
PGA: 
PGL: 
PGD: 
OAT: 
OAR: 
LMD: 
RED: 
PTP: 
MMR: 
HNE: 
HBA: 
ZMO: 
ZMN: 
ZMM: 
ZMB: 
ZMI: 
ZMC: 
ZMR: 
ZMP: 
NAR: 
NPP: 
SAL: 
SWI: 
SPHM: 
SJP: 
SCH: 
SSY: 
ELI: 
GOX: 
GOH: 
GBE: 
GBH: 
GBC: 
GBS: 
ACR: 
AMV: 
GDI: 
GDJ: 
GXY: 
GXL: 
APT: 
APW: 
APF: 
APU: 
APG: 
APQ: 
APX: 
APZ: 
APK: 
RRU: 
RRF: 
RCE: 
RPM: 
MGY: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
ABQ: 
TMO: 
THAL: 
PBR: 
MGM: 
MAI: 
MAN: 
PGV: 
PUB: 
PEL: 
APC: 
APM: 
APB: 
BSUB: 
MTU: 
Rv2444c(rne)
MTV: 
MTC: 
MRA: 
MTF: 
MTB: 
MTK: 
MTZ: 
MTG: 
MTI: 
MTE: 
MTUR: 
MTL: 
MTO: 
MTD: 
MTN: 
MTJ: 
MTUB: 
MTUE: 
MTX: 
MTUL: 
MTUT: 
MTUU: 
MTQ: 
MBO: 
Mb2471c(rne)
MBB: 
MBT: 
MBM: 
MBK: 
MBZ: 
MAF: 
MCE: 
MCQ: 
MCV: 
MCX: 
MCZ: 
MLE: 
MLB: 
MPA: 
MAO: 
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Taxonomy
Reference
1  [PMID:12417756]
  Authors
Feng Y, Vickers TA, Cohen SN.
  Title
The catalytic domain of RNase E shows inherent 3' to 5' directionality in cleavage site selection.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 99 (2002) 14746-51.
Reference
2  [PMID:1730408]
  Authors
Ehretsmann CP, Carpousis AJ, Krisch HM.
  Title
Specificity of Escherichia coli endoribonuclease RNase E: in vivo and in vitro analysis of mutants in a bacteriophage T4 mRNA processing site.
  Journal
Genes. Dev. 6 (1992) 149-59.
Reference
3  [PMID:8415644]
  Authors
Cormack RS, Genereaux JL, Mackie GA.
  Title
RNase E activity is conferred by a single polypeptide: overexpression, purification, and properties of the ams/rne/hmp1 gene product.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 90 (1993) 9006-10.
  Sequence
[eco:b1084]
Reference
4  [PMID:9732274]
  Authors
Vanzo NF, Li YS, Py B, Blum E, Higgins CF, Raynal LC, Krisch HM, Carpousis AJ.
  Title
Ribonuclease E organizes the protein interactions in the Escherichia coli RNA degradosome.
  Journal
Genes. Dev. 12 (1998) 2770-81.
  Sequence
[eco:b1084]
Reference
5  [PMID:10943888]
  Authors
Steege DA.
  Title
Emerging features of mRNA decay in bacteria.
  Journal
RNA. 6 (2000) 1079-90.
Reference
6  [PMID:14636052]
  Authors
Callaghan AJ, Grossmann JG, Redko YU, Ilag LL, Moncrieffe MC, Symmons MF, Robinson CV, McDowall KJ, Luisi BF.
  Title
Quaternary structure and catalytic activity of the Escherichia coli ribonuclease E amino-terminal catalytic domain.
  Journal
Biochemistry. 42 (2003) 13848-55.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 
CAS: 
76106-82-6

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