KEGG   ENZYME: 5.3.1.5Help
Entry
EC 5.3.1.5                  Enzyme                                 

Name
xylose isomerase;
D-xylose isomerase;
D-xylose ketoisomerase;
D-xylose ketol-isomerase
Class
Isomerases;
Intramolecular oxidoreductases;
Interconverting aldoses and ketoses, and related compounds
BRITE hierarchy
Sysname
D-xylose aldose-ketose-isomerase
Reaction(IUBMB)
D-xylopyranose = D-xylulose [RN:R01432]
Reaction(KEGG)
R01432;
(other) R00307 R00878
Show
Substrate
D-xylopyranose
Product
D-xylulose [CPD:C00310]
Comment
Contains two divalent metal ions, preferably magnesium, located at different metal-binding sites within the active site. The enzyme catalyses the interconversion of aldose and ketose sugars with broad substrate specificity. The enzyme binds the closed form of its sugar substrate (in the case of glucose, only the alpha anomer) and catalyses ring opening to generate a form of open-chain conformation that is coordinated to one of the metal sites. Isomerization proceeds via a hydride-shift mechanism.
History
EC 5.3.1.5 created 1961 (EC 5.3.1.18 created 1972, part incorporated 1978)
Pathway
Pentose and glucuronate interconversions
Fructose and mannose metabolism
Metabolic pathways
Orthology
K01805  
xylose isomerase
Genes
TRU: 
MZE: 
BFO: 
CIN: 
SPU: 
BMOR: 
HRO: 
LGI: 
NVE: 
AQU: 
ATH: 
ALY: 
CRB: 
EUS: 
CIT: 
CIC: 
TCC: 
GMX: 
PVU: 
MTR: 
CAM: 
FVE: 
PPER: 
PMUM: 
MDM: 
CSV: 
CMO: 
RCU: 
POP: 
POPTR_0018s10460g(POPTRDRAFT_737826)
VVI: 
SLY: 
SOT: 
OSA: 
DOSA: 
Os07t0669100-01(Os07g0669100)
OBR: 
BDI: 
ZMA: 
100194128(pco103489b) 100194385
SITA: 
PDA: 
ATR: 
s00019p00197750(AMTR_s00019p00197750)
SMO: 
PPP: 
MIS: 
CSL: 
ACAN: 
PTI: 
PIF: 
EHX: 
ECO: 
b3565(xylA)
ECJ: 
Y75_p3610(xylA)
ECD: 
EBW: 
BWG_3255(xylA)
ECOK: 
ECE: 
Z4990(xylA)
ECS: 
ECF: 
ETW: 
ECSP_4561(xylA)
ELX: 
EOJ: 
EOI: 
EOH: 
ECG: 
EOK: 
ELR: 
ECC: 
c4385(xylA)
ECP: 
ECI: 
ECV: 
ECX: 
ECW: 
ECM: 
ECY: 
ECR: 
ECQ: 
ECK: 
ECT: 
EOC: 
CE10_4119(xylA)
EUM: 
ECZ: 
ELO: 
ELN: 
ESE: 
ESO: 
ESM: 
ESL: 
ECL: 
EBR: 
ECB_03417(xylA)
EBD: 
EKO: 
EKF: 
EAB: 
EDH: 
EDJ: 
EIH: 
ENA: 
ELU: 
EUN: 
ELW: 
ECW_m3839(xylA)
ELL: 
WFL_18745(xylA)
ELC: 
i14_4052(xylA)
ELD: 
i02_4052(xylA)
ELP: 
EBL: 
ECD_03417(xylA)
EBE: 
B21_03368(xylA)
ELF: 
LF82_2453(xylA)
ECOA: 
ECOL: 
ECOI: 
ECOJ: 
ECOO: 
ECOH: 
EFE: 
EFER_3566(xylA)
STY: 
STY4137(xylA)
STT: 
t3858(xylA)
SEX: 
SENT: 
STM: 
STM3661(xylA)
SEO: 
SEV: 
SEY: 
SEM: 
SEJ: 
SEB: 
SEF: 
SETU: 
SETC: 
SEEN: 
SENR: 
SEND: 
SPT: 
SPA3512(xylA)
SPQ: 
SEI: 
SEC: 
SEH: 
SHB: 
SENH: 
SEEH: 
SEE: 
SENN: 
SEW: 
SEA: 
SENS: 
SED: 
SeD_A4044(xylA)
SEG: 
SG3771(xylA)
SEL: 
SPUL_3906(xylA)
SEGA: 
SET: 
SEN3483(xylA)
SENJ: 
SEEC: 
SEEB: 
SEEP: 
SENB: 
BN855_37470(SBOV37441)
SENE: 
SES: 
SBG: 
SBG_3255(xylA)
SBZ: 
SBV: 
YPE: 
YPO4038(xylA)
YPK: 
y4057(xylA)
YPA: 
YPN: 
YPM: 
YP_3400(xylA)
YPP: 
YPG: 
YPT: 
YPD: 
YPD4_3552(xylA)
YPX: 
YPD8_3559(xylA)
YPH: 
YPC_4551(xylA)
YPS: 
YPTB3891(xylA)
YPI: 
YPY: 
YPB: 
YPQ: 
DJ40_2515(xylA)
YEN: 
YE4122(xylA)
YEP: 
YEY: 
YEL: 
YSI: 
SFN: 
SFS: 
SSN: 
SSON_3820(xylA)
SSJ: 
SBO: 
SBO_3573(xylA)
SBC: 
ECA: 
PATR: 
PATO: 
PCT: 
PCC: 
PWA: 
PEC: 
EBI: 
PLU: 
plu2275(xylA)
SOD: 
Sant_3755(xlyA)
ENT: 
ENC: 
ECLO: 
EEC: 
ENL: 
ESC: 
EAS: 
EAU: 
EAE: 
EAR: 
ENR: 
ESA: 
CSK: 
ES15_0133(xylA)
CSZ: 
CSI: 
CTU: 
CTU_40730(xylA)
KPN: 
KPU: 
KPM: 
KPP: 
KPE: 
KPK_0176(xylA_1) KPK_4922(xylA_2)
KPO: 
KPR: 
KPR_0786(xylA) KPR_4987(xylA)
KPJ: 
KPI: 
KPA: 
KPS: 
KVA: 
KOX: 
KOE: 
KOY: 
KOK: 
CKO: 
CRO: 
ROD_42411(xylA)
CFD: 
SPE: 
SRR: 
SRL: 
SOD_c00580(xylA1)
SRY: 
SRS: 
SRA: 
SMAF: 
SLQ: 
SERR: 
PMR: 
PMI1273(xylA)
PMIB: 
DDA: 
DDC: 
DDD: 
DZE: 
PAM: 
PANA_0039(xylA) PANA_1872(xylA)
PLF: 
PAJ: 
PAJ_1202(xylA) PAJ_3203(xylA)
PAQ: 
PVA: 
Pvag_3274(xylA)
PAO: 
RAH: 
RAQ: 
RAA: 
PSX: 
DR96_3176(xylA)
EBT: 
ROR: 
CNT: 
CEM: 
CEN: 
CED: 
PGE: 
EBF: 
PSTS: 
E05_28230(xylA)
HIN: 
HI1112(xylA)
HIT: 
NTHI1276(xylA)
HIP: 
HIQ: 
HIU: 
HIE: 
HIZ: 
HIK: 
HSO: 
HS_0587(xylA)
HSM: 
PMV: 
PUL: 
PMP: 
Pmu_16130(xylA)
PMUL: 
DR93_215(xylA)
MSU: 
MHT: 
MHQ: 
MHX: 
MHAE: 
MHAM: 
MHAO: 
MHAL: 
MVR: 
MVI: 
MVG: 
MVE: 
APL: 
APL_1908(xylA)
APJ: 
APJL_1955(xylA)
APA: 
ASU: 
ASI: 
ASS: 
AAT: 
AAO: 
AAN: 
AAH: 
GAN: 
XCC: 
XCC1758(xylA) XCC4100(xylA)
XCB: 
XCA: 
XCP: 
XCR_1998(xylA) XCR_4421(xylA)
XCV: 
XAC: 
XAC1776(xylA) XAC4225(xylA)
XCI: 
XAX: 
XAO: 
XOO: 
XOO2910(xylA) XOO4417(xylA)
XOM: 
XOP: 
PXO_00110(xylA) PXO_03848(xylA)
XOR: 
XOC_2161(xylA) XOC_4474(xylA)
XAL: 
XALc_0064(xylA2) XALc_1196(xylA1)
XFU: 
SMZ: 
SMD_2239(xylA)
PSU: 
DJI: 
PPR: 
PST: 
PSB: 
PSYR: 
PSP: 
PCI: 
PFO: 
PFS: 
PFLU2301(xylA)
PFE: 
PFC: 
PPZ: 
PBA: 
PBC: 
PSK: 
CJA: 
CJA_3061(xylA)
PAT: 
SDE: 
AMAC: 
AMH: 
AMK: 
AMAA: 
AMAD: 
AMAI: 
GAG: 
GPS: 
TTU: 
CBS: 
CBD: 
CBUD_1733(xylA)
CBG: 
CbuG_1662(xylA)
CBC: 
CbuK_0541(xylA)
MMW: 
MPC: 
TAU: 
GAP: 
BTE: 
BTH_I2338(xylA)
BTQ: 
BTQ_1579(xylA)
BTJ: 
BTJ_777(xylA)
BTZ: 
BTL_2009(xylA)
BTD: 
BTI_1869(xylA)
BVI: 
BCN: 
BCH: 
BCM: 
BCJ: 
BCAS0355(xylA)
BCEN: 
DM39_6297(xylA)
BAM: 
BAC: 
BMU: 
BMJ: 
BMK: 
DM80_5522(xylA)
BCED: 
DM42_6850(xylA)
BXE: 
BXB: 
DR64_4955(xylA)
BPH: 
BPY: 
BUG: 
BGE: 
BGF: 
BUK: 
BPX: 
CFU: 
CFU_3155(xylA)
SUR: 
SCL: 
sce5429(xylA)
SCU: 
MLO: 
MCI: 
MOP: 
MAM: 
MES: 
SME: 
SMc03163(xylA)
SMK: 
SMQ: 
SMX: 
SMI: 
SMEG: 
SMEL: 
SMD: 
RHI: 
SFH: 
SFD: 
EAD: 
OV14_0414(xylA)
ATU: 
Atu4483(xylA)
ARA: 
Arad_3938(xylA)
AVI: 
AGR: 
RET: 
REC: 
REL: 
REI: 
RLE: 
RL4176(xylA)
RLT: 
RLG: 
RLB: 
RLU: 
RTR: 
RIR: 
RHL: 
NGL: 
NGG: 
BME: 
BMI: 
BMZ: 
BMG: 
BMW: 
BMF: 
BMB: 
BMC: 
BAA: 
BABO: 
DK55_574(xylA)
BMS: 
BR0547(xylA)
BSI: 
BSF: 
BMT: 
BSZ: 
DK67_1472(xylA)
BSV: 
BOV: 
BOV_0549(xylA)
BCS: 
BSK: 
BOL: 
BCAR: 
DK60_625(xylA)
BCAS: 
BMR: 
BMI_I546(xylA)
BPP: 
BPI_I580(xylA)
BPV: 
DK65_813(xylA)
BCET: 
BCEE: 
OAN: 
OAH: 
DR92_3076(xylA)
BJA: 
blr1120(xylA)
BJU: 
BRA: 
BRADO2360(xylA)
BBT: 
BBta_2714(xylA)
BRS: 
S23_66990(xylA)
AOL: 
SNO: 
PHL: 
SIL: 
SPO0856(xylA)
SIT: 
RSP: 
RSP_1176(xylA)
RSH: 
RSQ: 
RSK: 
RCP: 
JAN: 
RDE: 
RD1_3705(xylA) RD1_3765(xylA)
RLI: 
DSH: 
Dshi_1996(xylA)
PGA: 
PGL: 
PGD: 
OAT: 
PTP: 
HBA: 
NAR: 
NPP: 
AZL: 
ALI: 
ABS: 
ABQ: 
PGV: 
APC: 
APB: 
BSU: 
BSU17600(xylA)
BSR: 
I33_1965(xylA)
BSL: 
BSH: 
BSY: 
BSS: 
BST: 
GYO_2114(xylA)
BSO: 
BSN: 
BSQ: 
BSUB: 
BSX: 
C663_1815(xylA)
BSP: 
BLI: 
BL03867(xylA)
BLD: 
BLi04048(xylA)
BLH: 
BAY: 
BAQ: 
BYA: 
BAMP: 
BAML: 
BAMA: 
RBAU_1714(xylA)
BAMN: 
BASU_1694(xylA)
BAMB: 
BAMT: 
BAZ: 
BQL: 
LL3_01919(xylA)
BXH: 
BQY: 
MUS_2075(xylA)
BAMI: 
BAMC: 
BAMF: 
BHA: 
BH2757(xylA)
BCA: 
BCE_2210(xylA)
BCL: 
ABC0572(xylA)
BPU: 
BPUM_1829(xylA)
BPUM: 
BMQ: 
BMQ_1864(xylA)
BMD: 
BMD_1858(xylA)
BCO: 
BAG: 
BJS: 
BIF: 
BLE: 
OIH: 
GKA: 
GTN: 
GTNG_1757(xylA)
GTH: 
GTE: 
GYC: 
GYA: 
GCT: 
GMC: 
GGH: 
GHH_c19180(xylA1)
GJF: 
GST: 
AXL: 
AXY_02780(xylA)
HHD: 
BSE: 
SXY: 
SXL: 
LWE: 
LSG: 
lse_0485(xylA)
LIV: 
LIV_0505(xylA)
LIW: 
PJD: 
GYM: 
PPY: 
PPM: 
PPO: 
PPM_4272(xylA3)
PPOL: 
PPQ: 
PMS: 
PMQ: 
PMW: 
PTA: 
PBD: 
PGM: 
POD: 
PAEN: 
PAEF: 
PAEQ: 
PSTE: 
TCO: 
AAC: 
AAD: 
TC41_2305(xylA)
SIV: 
LLA: 
L0230(xylA)
LLK: 
LLKF_1629(xylA)
LLS: 
lilo_1429(xylA)
LLD: 
LLC: 
LLM: 
llmg_1002(xylA)
LLR: 
LLN: 
LLI: 
LLW: 
kw2_1461(xylA)
SUI: 
SSUS: 
SSUI: 
T15_0589(xylA)
LBR: 
LBK: 
LFE: 
LFR: 
LBH: 
LBN: 
LPQ: 
PPEN: 
EFA: 
EF0556(xylA)
EFL: 
EF62_0928(xylA)
EFN: 
EFQ: 
DR75_2514(xylA)
EFT: 
ECAS: 
EMU: 
EMQU_2810(xylA)
MPS: 
MPX: 
LME: 
LMM: 
LMK: 
LCI: 
LCK_00075(xylA)
LGS: 
LGE: 
WKO: 
CRN: 
CBE: 
CCE: 
CLJ: 
CCB: 
CLB: 
CSR: 
CAH: 
AMT: 
CSS: 
Cst_c09130(xylA2)
CSD: 
RCH: 
RUS: 
CLE: 
CPY: 
CDF: 
CDC: 
CDL: 
CDG: 
DAI: 
SAY: 
TPY_1924(xylA)
SAP: 
CLO: 
TEX: 
THX: 
TPD: 
TIT: 
TMT: 
TBO: 
TWI: 
TEP: 
TAE: 
CSC: 
ATE: 
COB: 
CHD: 
COW: 
CKI: 
CKN: 
CLC: 
TTM: 
TTO: 
TXY: 
TSH: 
HOR: 
PUF: 
APAL: 
MSM: 
MSG: 
MVA: 
NBR: 
RHA: 
SCO: 
SCO1169(2SCG11.03c)
SMA: 
SAV_7182(xylA)
SGR: 
SCB: 
SSX: 
SVL: 
SCT: 
SCAT_0095(xylA)
SCY: 
SFA: 
SBH: 
SBI_01709(xylA)
SHY: 
SHO: 
SVE: 
SDV: 
SALB: 
STRP: 
SFI: 
SCI: 
SRC: 
SLV: 
SGU: 
KSK: 
KSE_10580(xylA)
LXX: 
Lxx03370(xylA)
LXY: 
CMI: 
CMM_0882(xylA)
CMS: 
CMS_0141(xylA)
CMC: 
CMN_00844(xylA)
MTS: 
MTES_2207(xylA)
RLA: 
ART: 
AAU: 
AAur_3706(xylA)
ACH: 
AAI: 
APN: 
ARR: 
BCV: 
BFA: 
JDE: 
XCE: 
IVA: 
SKE: 
CFL: 
CFI: 
CGA: 
PBO: 
MPH: 
MLP_08290(xylA)
NCA: 
KFL: 
TFU: 
NDA: 
SRO: 
FRE: 
FRI: 
ACE: 
NML: 
GOB: 
BSD: 
MMAR: 
SVI: 
TBI: 
AMD: 
AMED_6776(xylA)
AMN: 
AMM: 
AMES_6674(xylA)
AMZ: 
B737_6674(xylA)
AOI: 
AORI_4167(xylA)
AJA: 
AMQ: 
PDX: 
AMI: 
SESP: 
BN6_26020(xylA)
KAL: 
STP: 
SAQ: 
MAU: 
MIL: 
VMA: 
AMS: 
ASE: 
ACPL_1256(xylA)
ACTN: 
AFS: 
CAI: 
SNA: 
MCU: 
TPY: 
ASG: 
BLO: 
BL1704(xylA)
BLJ: 
BLD_1871(xylA)
BLF: 
BLL: 
BLB: 
BLM: 
BLK: 
BLG: 
BAD: 
BAD_0422(xylA)
BADL: 
BLA: 
BLA_0485(xylA)
BLC: 
BLT: 
BBB: 
BBC: 
BNM: 
BLV: 
BLW: 
BLS: 
BANI: 
BANL: 
BNI: 
BDE: 
BAST: 
BCOR: 
RXY: 
CWO: 
AYM: 
OTE: 
CAA: 
TSU: 
TPI: 
SCD: 
SSM: 
STA: 
STQ: 
SFC: 
SLR: 
SBU: 
SCC: 
SGP: 
BPW: 
BIP: 
ABA: 
ACM: 
TSA: 
TRS: 
SUS: 
STR: 
GBA: 
RBA: 
RB2658(xylA)
PSL: 
PLM: 
PBS: 
IPA: 
SACI: 
PHM: 
BTH: 
BFR: 
BFS: 
BFG: 
BVU: 
BHL: 
BSA: 
BXY: 
BDO: 
BDH: 
PDI: 
PPN: 
TFO: 
BFO_2807(xylA)
APS: 
PDT: 
AFD: 
DOI: 
SRU: 
SRM: 
SRM_01174(xylA)
RMR: 
RMG: 
CPI: 
NKO: 
PHE: 
PSN: 
SHG: 
SHT: 
SCN: 
HHY: 
CMR: 
BBD: 
EVI: 
DFE: 
SLI: 
LBY: 
RSI: 
EOL: 
FAE: 
HSW: 
FJO: 
RBI: 
ZPR: 
FBC: 
CAO: 
CLY: 
CLH: 
ZGA: 
MRS: 
FBA: 
MRO: 
RRS: 
RCA: 
HAU: 
ATM: 
ANT_05060(xylA)
DGE: 
DGO: 
DPD: 
TRA: 
TOS: 
MRB: 
MRE: 
MSV: 
TMA: 
TMM: 
TMI: 
TPT: 
TRQ: 
TNA: 
TNP: 
TTA: 
PMO: 
MPG: 
CCZ: 
FGI: 
DTH: 
DTU: 
TTR: 
HUT: 
HTI: 
IAG: 
CMA: 
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:13125579]
  Authors
HOCHSTER RM, WATSON RW.
  Title
Enzymatic isomerization of D-xylose to D-xylulose.
  Journal
Arch. Biochem. Biophys. 48 (1954) 120-9.
Reference
2
  Authors
Slein, M.W.
  Title
Xylose isomerase from Pasteurella pestis, strain A-1122.
  Journal
J. Am. Chem. Soc. 77 (1955) 1663-1667.
Reference
3  [PMID:5646045]
  Authors
Yamanaka K.
  Title
Purification, crystallization and properties of the D-xylose isomerase from Lactobacillus brevis.
  Journal
Biochim. Biophys. Acta. 151 (1968) 670-80.
Reference
4  [PMID:2734296]
  Authors
Carrell HL, Glusker JP, Burger V, Manfre F, Tritsch D, Biellmann JF
  Title
X-ray analysis of D-xylose isomerase at 1.9 A: native enzyme in complex with substrate and with a mechanism-designed inactivator.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 86 (1989) 4440-4.
  Sequence
[up:P24300 ]
Reference
5  [PMID:2304904]
  Authors
Collyer CA, Blow DM
  Title
Observations of reaction intermediates and the mechanism of aldose-ketose interconversion by D-xylose isomerase.
  Journal
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 87 (1990) 1362-6.
Reference
6  [PMID:2006134]
  Authors
Whitlow M, Howard AJ, Finzel BC, Poulos TL, Winborne E, Gilliland GL
  Title
A metal-mediated hydride shift mechanism for xylose isomerase based on the 1.6 A  Streptomyces rubiginosus structures with xylitol and D-xylose.
  Journal
Proteins. 9 (1991) 153-73.
  Sequence
[up:P24300 ]
Reference
7  [PMID:7906142]
  Authors
Allen KN, Lavie A, Glasfeld A, Tanada TN, Gerrity DP, Carlson SC, Farber GK, Petsko GA, Ringe D
  Title
Role of the divalent metal ion in sugar binding, ring opening, and isomerization  by D-xylose isomerase: replacement of a catalytic metal by an amino acid.
  Journal
Biochemistry. 33 (1994) 1488-94.
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 
IUBMB Enzyme Nomenclature: 
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 
BRENDA, the Enzyme Database: 
CAS: 
9023-82-9

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