#=GF ID rRNA_processing
#=GF AC PF08524.15
#=GF DE rRNA processing
#=GF AU Mistry J;0000-0003-2479-5322
#=GF AU Wood V;0000-0001-6330-7526
#=GF SE manual
#=GF GA 23.00 23.00;
#=GF TC 23.00 23.00;
#=GF NC 22.90 22.80;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 75585367 --cpu 4 -E 1000 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF RN [1]
#=GF RM 12837249
#=GF RT A panoramic view of yeast noncoding RNA processing.
#=GF RA Peng WT, Robinson MD, Mnaimneh S, Krogan NJ, Cagney G, Morris Q,
#=GF RA Davierwala AP, Grigull J, Yang X, Zhang W, Mitsakakis N, Ryan
#=GF RA OW, Datta N, Jojic V, Pal C, Canadien V, Richards D, Beattie B,
#=GF RA Wu LF, Altschuler SJ, Roweis S, Frey BJ, Emili A, Greenblatt JF,
#=GF RL Cell 2003;113:919-933.
#=GF RN [2]
#=GF RM 14562095
#=GF RT Global analysis of protein localization in budding yeast.
#=GF RA Huh WK, Falvo JV, Gerke LC, Carroll AS, Howson RW, Weissman JS,
#=GF RA O'Shea EK;
#=GF RL Nature 2003;425:686-691.
#=GF RN [3]
#=GF RM 12882447
#=GF RT BR22, a 26 kDa thyroid transcription factor-1 associated protein
#=GF RT (TAP26), is expressed in human lung cells.
#=GF RA Yang MC, Wang B, Weissler JC, Margraf LR, Yang YS;
#=GF RL Eur Respir J. 2003;22:28-34.
#=GF RN [4]
#=GF RM 16630564
#=GF RT The TTF-1/TAP26 complex differentially modulates surfactant
#=GF RT protein-B (SP-B) and -C (SP-C) promoters in lung cells.
#=GF RA Yang MC, Guo Y, Liu CC, Weissler JC, Yang YS;
#=GF RL Biochem Biophys Res Commun. 2006;344:484-490.
#=GF DR INTERPRO; IPR013730;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This is a family of proteins that are involved in rRNA
#=GF CC processing [1]. In a localisation study they were found to
#=GF CC localise to the nucleus and nucleolus [2]. The family also
#=GF CC includes other metazoa members from plants to mammals where the
#=GF CC protein has been named BR22 and is associated with TTF-1,
#=GF CC thyroid transcription factor 1 [3]. In the lungs, the family
#=GF CC binds TTF-1 to form a complex which influences the expression of
#=GF CC the key lung surfactant protein-B (SP-B) and -C (SP-C), the
#=GF CC small hydrophobic surfactant proteins that maintain surface
#=GF CC tension in alveoli [4].
#=GF SQ 1382
#=GS A0A267FMR1_9PLAT/29-170 AC A0A267FMR1.1
#=GS A0A2G2WMR7_CAPBA/40-176 AC A0A2G2WMR7.1
#=GS A0A803MSS9_CHEQI/68-201 AC A0A803MSS9.1
#=GS A0A7L1PZ77_ORIOR/98-192 AC A0A7L1PZ77.1
#=GS A0A6P4DT61_ARADU/3-149 AC A0A6P4DT61.1
#=GS A0A6J0M924_RAPSA/34-182 AC A0A6J0M924.1
#=GS A0A7K8PF56_COCCO/5-189 AC A0A7K8PF56.1
#=GS A0A7K5Y130_9CHAR/5-168 AC A0A7K5Y130.1
#=GS S9XH38_SCHCR/8-139 AC S9XH38.1
#=GS A0A5J9WP45_9POAL/91-222 AC A0A5J9WP45.1
#=GS A0A7J8XG53_GOSAI/45-193 AC A0A7J8XG53.1
#=GS A0A7I8W364_9ANNE/15-178 AC A0A7I8W364.1
#=GS A0A5B8MLK2_9CHLO/19-148 AC A0A5B8MLK2.1
#=GS A0A8C9PLG2_SPEDA/80-218 AC A0A8C9PLG2.1
#=GS A0A0S4J6D9_BODSA/1-91 AC A0A0S4J6D9.1
#=GS A0A8D2QFK3_ZONAL/48-204 AC A0A8D2QFK3.1
#=GS A0A553P800_TIGCA/18-174 AC A0A553P800.1
#=GS A0A6J1T354_FRAOC/10-149 AC A0A6J1T354.1
#=GS A0A316ZCR1_9BASI/46-235 AC A0A316ZCR1.1
#=GS A0A7K9NCP8_9CORV/99-191 AC A0A7K9NCP8.1
#=GS F6UNX3_MONDO/99-219 AC F6UNX3.3
#=GS A0A1G4M7D8_LACFM/3-141 AC A0A1G4M7D8.1
#=GS A0A2C9VTW1_MANES/38-183 AC A0A2C9VTW1.1
#=GS A0A0N4X9P1_HAEPC/1-98 AC A0A0N4X9P1.1
#=GS C1BX24_ESOLU/155-263 AC C1BX24.1
#=GS A0A8J1VQH6_9TREE/36-192 AC A0A8J1VQH6.1
#=GS R4XEK4_TAPDE/14-196 AC R4XEK4.1
#=GS L8IGB3_9CETA/29-240 AC L8IGB3.1
#=GS A5K054_PLAVS/2-202 AC A5K054.1
#=GS A0A8J2W7A0_9NEOP/48-205 AC A0A8J2W7A0.1
#=GS A0A2K5EEG8_AOTNA/124-241 AC A0A2K5EEG8.1
#=GS A0A1L7XBL5_9HELO/32-195 AC A0A1L7XBL5.1
#=GS W5J7Z0_ANODA/77-234 AC W5J7Z0.1
#=GS I0Z027_COCSC/11-186 AC I0Z027.1
#=GS A0A6P8VCM3_GYMAC/141-254 AC A0A6P8VCM3.1
#=GS G0N5J6_CAEBE/2-101 AC G0N5J6.1
#=GS A0A480TXL1_PIG/140-249 AC A0A480TXL1.1
#=GS A0A420ITB2_9PEZI/32-192 AC A0A420ITB2.1
#=GS A0A4W3GGZ1_CALMI/44-215 AC A0A4W3GGZ1.1
#=GS S2JGB2_MUCC1/7-190 AC S2JGB2.1
#=GS A0A1E3QFH2_LIPST/23-182 AC A0A1E3QFH2.1
#=GS A0A2P6NEN8_9EUKA/40-227 AC A0A2P6NEN8.1
#=GS A0A1M8A1D6_MALS4/36-182 AC A0A1M8A1D6.1
#=GS G7PIK5_MACFA/123-240 AC G7PIK5.2
#=GS L9L6D1_TUPCH/115-240 AC L9L6D1.1
#=GS A0A7L0CYH3_9CHAR/5-194 AC A0A7L0CYH3.1
#=GS A2FY95_TRIV3/4-120 AC A2FY95.1
#=GS K8F2E4_9CHLO/162-278 AC K8F2E4.1
#=GS A0A8C0XV27_CYPCA/131-247 AC A0A8C0XV27.1
#=GS A0A667G759_LYNCA/30-241 AC A0A667G759.1
#=GS A0A7M6DRU4_9CNID/164-287 AC A0A7M6DRU4.1
#=GS A0A8J6FM97_ELECQ/44-225 AC A0A8J6FM97.1
#=GS A0A484B898_DRONA/2-109 AC A0A484B898.1
#=GS A0A8E0RPN0_9TREM/3-84 AC A0A8E0RPN0.1
#=GS A0A183E5J2_9BILA/3-108 AC A0A183E5J2.1
#=GS A0A6G1AR00_CROCR/98-237 AC A0A6G1AR00.1
#=GS C5YPC6_SORBI/66-204 AC C5YPC6.1
#=GS A0A821TDZ5_9BILA/1-90 AC A0A821TDZ5.1
#=GS A0A024WLG5_PLAFA/134-246 AC A0A024WLG5.1
#=GS A0A024X671_PLAFC/134-246 AC A0A024X671.1
#=GS A9ULP3_XENTR/52-233 AC A9ULP3.1
#=GS A0A5J4YYI8_PORPP/14-198 AC A0A5J4YYI8.1
#=GS A0A1S2YUP8_CICAR/43-187 AC A0A1S2YUP8.1
#=GS A0A0L0FZR4_9EUKA/34-212 AC A0A0L0FZR4.1
#=GS A0A7J7PBA9_9MAGN/16-152 AC A0A7J7PBA9.1
#=GS A0A340X832_LIPVE/139-249 AC A0A340X832.1
#=GS X6MZU9_RETFI/139-263 AC X6MZU9.1
#=GS A0A1Y1XN19_9FUNG/65-180 AC A0A1Y1XN19.1
#=GS A0A2K5ZTX6_MANLE/30-240 AC A0A2K5ZTX6.1
#=GS A0A8C1E2R6_CYPCA/3-157 AC A0A8C1E2R6.1
#=GS Q5KLG4_CRYNJ/31-160 AC Q5KLG4.1
#=GS A0A0V1KYW8_9BILA/2-91 AC A0A0V1KYW8.1
#=GS A0A448Z9V9_9STRA/124-277 AC A0A448Z9V9.1
#=GS A0A8I6XLU7_HORVV/50-190 AC A0A8I6XLU7.1
#=GS A0A4V6RG70_OPIFE/3-99 AC A0A4V6RG70.1
#=GS G3AP41_SPAPN/4-136 AC G3AP41.1
#=GS A8BAL1_GIAIC/68-171 AC A8BAL1.1
#=GS K3WSV3_GLOUD/66-184 AC K3WSV3.1
#=GS A0A507FRY2_9FUNG/76-188 AC A0A507FRY2.1
#=GS A0A7L4HNE5_SCOUM/14-175 AC A0A7L4HNE5.1
#=GS V5ERJ5_KALBG/34-223 AC V5ERJ5.1
#=GS A0A653H3T8_9APIC/97-234 AC A0A653H3T8.1
#=GS A0A7K8TGV0_9AVES/5-190 AC A0A7K8TGV0.1
#=GS A0A6P7Z0Q8_9AMPH/36-216 AC A0A6P7Z0Q8.1
#=GS A0A8B8IKS7_VANTA/53-210 AC A0A8B8IKS7.1
#=GS H3D0C5_TETNG/155-262 AC H3D0C5.1
#=GS A0A2I0A6P4_9ASPA/19-172 AC A0A2I0A6P4.1
#=GS A0A8C6TKQ0_9GOBI/135-246 AC A0A8C6TKQ0.1
#=GS A0A835YXU9_9STRA/7-113 AC A0A835YXU9.1
#=GS A0A1S3TNR5_VIGRR/32-178 AC A0A1S3TNR5.1
#=GS A0A397U0R5_9GLOM/3-191 AC A0A397U0R5.1
#=GS A0A2Y9QP73_TRIMA/94-228 AC A0A2Y9QP73.1
#=GS A0A0M9G8A9_LEPPY/14-189 AC A0A0M9G8A9.1
#=GS A0A0B1TCW0_OESDE/20-144 AC A0A0B1TCW0.1
#=GS A0A2U9B2C9_SCOMX/160-265 AC A0A2U9B2C9.1
#=GS A0A2K5P4H1_CERAT/30-240 AC A0A2K5P4H1.1
#=GS A0A2J7PS56_9NEOP/7-139 AC A0A2J7PS56.1
#=GS A0A8C6JY93_MELUD/44-202 AC A0A8C6JY93.1
#=GS R7T703_CAPTE/2-127 AC R7T703.1
#=GS A0A7N4NNS3_SARHA/31-209 AC A0A7N4NNS3.1
#=GS A0A2T9YJE3_9FUNG/1-151 AC A0A2T9YJE3.1
#=GS G4VGQ0_SCHMA/1-96 AC G4VGQ0.1
#=GS H2UPI0_TAKRU/153-264 AC H2UPI0.3
#=GS A0A7K8L7S4_9GRUI/5-167 AC A0A7K8L7S4.1
#=GS A0A8B8QZH0_9MYRT/54-193 AC A0A8B8QZH0.1
#=GS A0A2I4FE46_JUGRE/46-191 AC A0A2I4FE46.1
#=GS A0A0E9NLZ4_SAICN/187-294 AC A0A0E9NLZ4.1
#=GS A0A8C1E614_CYPCA/2-139 AC A0A8C1E614.1
#=GS A7TJP7_VANPO/6-150 AC A7TJP7.1
#=GS A0A7L3SSG9_RISTR/5-168 AC A0A7L3SSG9.1
#=GS A0A484H0L2_SOUCH/50-249 AC A0A484H0L2.1
#=GS A0A5C3DU57_9BASI/35-105 AC A0A5C3DU57.1
#=GS A0A0B1RVJ0_OESDE/3-111 AC A0A0B1RVJ0.1
#=GS A0A8C9J5B9_9PRIM/123-240 AC A0A8C9J5B9.1
#=GS A0A5N5K857_9ROSI/47-186 AC A0A5N5K857.1
#=GS A0A8K0GT07_9ROSA/40-182 AC A0A8K0GT07.1
#=GS A0A421JTD6_9ASCO/4-137 AC A0A421JTD6.1
#=GS A0A1E3PD35_9ASCO/19-105 AC A0A1E3PD35.1
#=GS A0A7K4Z1T8_BUCAB/5-167 AC A0A7K4Z1T8.1
#=GS A0A2Z6QU93_9GLOM/1-152 AC A0A2Z6QU93.1
#=GS A0A443PX40_9MAGN/67-207 AC A0A443PX40.1
#=GS A0A0L0RV08_ALLM3/2-172 AC A0A0L0RV08.1
#=GS A0A553MPY4_9TELE/134-246 AC A0A553MPY4.1
#=GS A0A024GMY9_9STRA/2-126 AC A0A024GMY9.1
#=GS A0A0D2P876_GOSRA/45-193 AC A0A0D2P876.1
#=GS H3GH46_PHYRM/1161-1322 AC H3GH46.1
#=GS A0A8K1CTN6_PYTOL/20-170 AC A0A8K1CTN6.1
#=GS A0A1Y2C0B9_9FUNG/43-111 AC A0A1Y2C0B9.1
#=GS A0A7K6ILH8_9CORV/104-193 AC A0A7K6ILH8.1
#=GS A0A3Q3VNN8_MOLML/63-228 AC A0A3Q3VNN8.1
#=GS A0A851ZNL9_CALOR/94-187 AC A0A851ZNL9.1
#=GS A0A8C4SEN0_ERPCA/50-247 AC A0A8C4SEN0.1
#=GS A0A6I9T8T2_SESIN/46-192 AC A0A6I9T8T2.1
#=GS A0A2Y9IPK6_ENHLU/98-240 AC A0A2Y9IPK6.1
#=GS A0A2Y9LM62_DELLE/50-249 AC A0A2Y9LM62.1
#=GS A0A1C7N0R8_9FUNG/6-177 AC A0A1C7N0R8.1
#=GS D2UYB7_NAEGR/7-140 AC D2UYB7.1
#=GS A0A8K0HU98_COCNU/46-182 AC A0A8K0HU98.1
#=GS A0A3P8VEZ6_CYNSE/151-260 AC A0A3P8VEZ6.1
#=GS B8LBR4_THAPS/36-199 AC B8LBR4.1
#=GS R1BHA5_EMIHU/16-114 AC R1BHA5.1
#=GS A0A850X985_PIACA/4-167 AC A0A850X985.1
#=GS A0A7L1EYF1_SYLBO/98-187 AC A0A7L1EYF1.1
#=GS A0A8V0Y7S2_CHICK/47-204 AC A0A8V0Y7S2.1
#=GS K3Z8N0_SETIT/139-277 AC K3Z8N0.1
#=GS A0A212DF12_CEREH/91-238 AC A0A212DF12.1
#=GS A0A7K7BK35_APHCE/92-184 AC A0A7K7BK35.1
#=GS A0A7L3FXP2_9GRUI/108-196 AC A0A7L3FXP2.1
#=GS A0A096MVL4_PAPAN/30-240 AC A0A096MVL4.1
#=GS A0A6J2XFD8_SITOR/62-216 AC A0A6J2XFD8.1
#=GS A0A024TZJ7_9STRA/29-181 AC A0A024TZJ7.1
#=GS A0A8C1AJP5_CYPCA/32-148 AC A0A8C1AJP5.1
#=GS A0A093HJT2_TYTAL/5-160 AC A0A093HJT2.1
#=GS A0A7L4J7I0_9PASS/5-169 AC A0A7L4J7I0.1
#=GS G3S4I1_GORGO/131-240 AC G3S4I1.2
#=GS A0A067QXK5_ZOONE/14-154 AC A0A067QXK5.1
#=GS A0A6P5T0H9_PRUAV/51-224 AC A0A6P5T0H9.1
#=GS A0A7J7FQP6_CAMSI/153-294 AC A0A7J7FQP6.1
#=GS G8JMT0_ERECY/3-135 AC G8JMT0.1
#=GS T1IXV3_STRMM/15-157 AC T1IXV3.1
#=GS A0A7K9VD22_ANSSE/7-186 AC A0A7K9VD22.1
#=GS A0A6I9X6Q5_9SAUR/28-206 AC A0A6I9X6Q5.1
#=GS A0A1A8ZY94_9APIC/7-212 AC A0A1A8ZY94.1
#=GS A0A1X2IIK7_9FUNG/91-207 AC A0A1X2IIK7.1
#=GS A0A1I7VMB9_LOALO/3-105 AC A0A1I7VMB9.1
#=GS A0A5D3D3Y5_CUCME/2-95 AC A0A5D3D3Y5.1
#=GS A0A8J5LL37_ZINOF/968-1069 AC A0A8J5LL37.1
#=GS A0A7L3BD76_9AVES/5-183 AC A0A7L3BD76.1
#=GS A0A4C2ECE3_9SACH/6-146 AC A0A4C2ECE3.1
#=GS A0A444V801_ACIRT/122-233 AC A0A444V801.1
#=GS A0A0J7KSM2_LASNI/22-164 AC A0A0J7KSM2.1
#=GS A0A7K6F0D0_9PASS/5-185 AC A0A7K6F0D0.1
#=GS D4ADF2_RAT/122-239 AC D4ADF2.1
#=GS A0A7M7GJV0_APIME/22-162 AC A0A7M7GJV0.1
#=GS A0A8J6A8A1_GALPY/138-251 AC A0A8J6A8A1.1
#=GS A0A7K5SX23_9FRIN/93-184 AC A0A7K5SX23.1
#=GS A0A663ES53_AQUCH/47-203 AC A0A663ES53.1
#=GS A0A1Y1ZBS5_9FUNG/34-201 AC A0A1Y1ZBS5.1
#=GS A0A2I0VAM7_9ASPA/41-182 AC A0A2I0VAM7.1
#=GS A0A1X2G2Y5_9FUNG/6-177 AC A0A1X2G2Y5.1
#=GS A0A7J7BFQ8_9COLE/70-222 AC A0A7J7BFQ8.1
#=GS I7MGR4_TETTS/24-165 AC I7MGR4.2
#=GS A0A7K5JAG6_TOXRE/107-193 AC A0A7K5JAG6.1
#=GS A0A8X8YS03_SALSN/45-188 AC A0A8X8YS03.1
#=GS A0A2P4SXA7_BAMTH/13-170 AC A0A2P4SXA7.1
#=GS A0A504Y7P2_FASGI/9-117 AC A0A504Y7P2.1
#=GS A0A2U3WFF8_ODORO/38-241 AC A0A2U3WFF8.1
#=GS A0A812MAM6_9DINO/5-167 AC A0A812MAM6.1
#=GS A0A7L4KTB6_9CORV/90-185 AC A0A7L4KTB6.1
#=GS A0A8H8A892_9ASCO/12-176 AC A0A8H8A892.1
#=GS A0A7K5JWI6_9TYRA/4-171 AC A0A7K5JWI6.1
#=GS A0A7K9CIT2_9PICI/5-195 AC A0A7K9CIT2.1
#=GS A0A7K6NXP3_PEDTO/14-178 AC A0A7K6NXP3.1
#=GS A0A2U3X6S7_LEPWE/124-241 AC A0A2U3X6S7.1
#=GS A0A091WF49_OPIHO/5-160 AC A0A091WF49.1
#=GS G7E267_MIXOS/43-176 AC G7E267.1
#=GS A0A182EQF7_ONCOC/41-147 AC A0A182EQF7.1
#=GS A0A0P1A9M2_PLAHL/9-169 AC A0A0P1A9M2.1
#=GS A0A8H7SXD4_9FUNG/75-200 AC A0A8H7SXD4.1
#=GS A0A250XWW8_CASCN/133-243 AC A0A250XWW8.1
#=GS A0A1U7EQM3_9SACH/6-146 AC A0A1U7EQM3.1
#=GS A0A2J6K4Z7_LACSA/45-188 AC A0A2J6K4Z7.1
#=GS A0A015NBX2_RHIIW/4-170 AC A0A015NBX2.1
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