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>rs:NC_045512 [NC_045512] Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome. attaaaggtttataccttcccaggtaacaaaccaaccaactttcgatctcttgtagatct gttctctaaacgaactttaaaatctgtgtggctgtcactcggctgcatgcttagtgcact cacgcagtataattaataactaattactgtcgttgacaggacacgagtaactcgtctatc ttctgcaggctgcttacggtttcgtccgtgttgcagccgatcatcagcacatctaggttt cgtccgggtgtgaccgaaaggtaagatggagagccttgtccctggtttcaacgagaaaac acacgtccaactcagtttgcctgttttacaggttcgcgacgtgctcgtacgtggctttgg agactccgtggaggaggtcttatcagaggcacgtcaacatcttaaagatggcacttgtgg cttagtagaagttgaaaaaggcgttttgcctcaacttgaacagccctatgtgttcatcaa acgttcggatgctcgaactgcacctcatggtcatgttatggttgagctggtagcagaact cgaaggcattcagtacggtcgtagtggtgagacacttggtgtccttgtccctcatgtggg cgaaataccagtggcttaccgcaaggttcttcttcgtaagaacggtaataaaggagctgg tggccatagttacggcgccgatctaaagtcatttgacttaggcgacgagcttggcactga tccttatgaagattttcaagaaaactggaacactaaacatagcagtggtgttacccgtga actcatgcgtgagcttaacggaggggcatacactcgctatgtcgataacaacttctgtgg 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Select program and database:
BLASTP (prot query vs prot db)
BLASTX (nucl query vs prot db)
KEGG GENES
Eukaryotes
Prokaryotes
Viruses
Favorite
organism code or category
KEGG MGENES
Environmental
Organismal
Favorite
samples
Microbial Reference Genes
Ocean (OM-RGC)
Human gut (IGC)
nr-aa (GenBank, UniProt, RefSeq and PDBSTR)
Swiss-Prot
UniProt
RefSeq
PDBSTR
UniRef50
UniRef90
UniRef100
Virus-Host DB
BLASTN (nucl query vs nucl db)
TBLASTN (prot query vs nucl db)
KEGG GENES
Eukaryotes
Prokaryotes
Viruses
Favorite
organism code or category
KEGG MGENES
Environmental
Organismal
Favorite
samples
KEGG GENOME
Favorite
organism code or category
Microbial Reference Genes
Ocean (OM-RGC)
Human gut (IGC)
Ocean (MATOU)
nr-nt (GenBank, EMBL and RefSeq)
dbEST
dbGSS
HTGs
dbSTS
RefSeq
Ribosomal Databases
SILVA (SSU, 16S/18S)
SILVA (LSU, 23S/28S)
PR2 (Protist Reference)
RDP (Prokaryotic 16S)
RDP (Fungal 28S)
EPD
Virus-Host DB Genes
Genomes
Environmental Viral Genome
 
All
Aylward 2021
Gaia 2023
Backstrom 2019
Buscaglia 2024
Fang 2024
Liang 2024
Minch 2024
Monir 2020
Piedade 2024
Zhang 2024
Schulz 2020
Scoring matrix:
BLOSUM62
BLOSUM80
PAM30
PAM70
PAM250
(except for BLASTN)
Filter:
None
DUST in BLASTN, SEG in others
Output options:
Set the maximum number of database sequences to be reported:
Set the maximum number of alignments to be displayed:
Optional parameters:
(see
manual
for details)
E-value threshold
Alignment view:
Pairwise
master-slave with identities
master-slave without identities
flat master-slave with identities
flat master-slave without identities
Get ASN.1 for SeqAnnot
Get ASN.1 for the Blast Object
(except for BLASTX)
Additional options:
(delimited by whitespaces)
Feedback
KEGG
GenomeNet
Kyoto University Bioinformatics Center