KEGG   ORTHOLOGY: K12622
Entry
K12622                      KO                                     

Name
LSM3
Definition
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
Pathway
ko03018  RNA degradation
ko03040  Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03040 Spliceosome
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
   03041 Spliceosome
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    P-body specific factors
     K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
  mRNA degradation factors
   5'-3' decay
    Lsm complex
     K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
Spliceosome [BR:ko03041]
 Complex B
  U4/U6.U5 tri-snRNP components
   LSm proteins
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
 Complex C
  U2 snRNP components
   LSm proteins
    K12622  LSM3; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
Other DBs
COG: COG1958
Genes
HSA: 27258(LSM3)
PTR: 742889(LSM3)
PPS: 100993995(LSM3)
GGO: 101148856(LSM3)
PON: 100443823(LSM3)
NLE: 100589617(LSM3)
MCC: 701060(LSM3)
MCF: 102146040(LSM3)
CSAB: 103228048(LSM3)
RRO: 104679026(LSM3)
RBB: 108544869(LSM3)
CJC: 100389959(LSM3)
SBQ: 101054153(LSM3)
MMU: 67678(Lsm3)
MCAL: 110295715(Lsm3)
MPAH: 110317246(Lsm3)
RNO: 297455(Lsm3)
MUN: 110549257(Lsm3)
CGE: 100765189(Lsm3)
NGI: 103751469(Lsm3)
HGL: 101708310(Lsm3)
CCAN: 109694028(Lsm3)
OCU: 100345430 100346711(LSM3)
TUP: 102473763(LSM3)
CFA: 607248(LSM3)
VVP: 112914455(LSM3)
AML: 100473950(LSM3)
UMR: 103669509(LSM3)
UAH: 113257226(LSM3)
ORO: 101380364(LSM3)
ELK: 111144211
FCA: 101101627(LSM3)
PTG: 102969019(LSM3) 102970689
PPAD: 109257477(LSM3)
AJU: 106978680(LSM3)
BTA: 614759(LSM3)
BOM: 102276281(LSM3)
BIU: 109576432(LSM3)
BBUB: 102401499(LSM3)
CHX: 102190828(LSM3)
OAS: 101105285(LSM3) 114111228 114114607
SSC: 100514071(LSM3)
CFR: 102521069(LSM3)
CDK: 105093076(LSM3)
BACU: 103013829(LSM3)
LVE: 103070003 103090883(LSM3)
OOR: 101278135(LSM3)
DLE: 111168813(LSM3)
PCAD: 102979020(LSM3)
ECB: 100629288(LSM3)
EPZ: 103559395(LSM3)
EAI: 106829369(LSM3)
MYB: 102246960(LSM3)
MYD: 102758071(LSM3) 102774183
MNA: 107534712(LSM3)
HAI: 109384563(LSM3)
DRO: 112301116(LSM3)
PALE: 102895065(LSM3)
RAY: 107509406(LSM3)
MJV: 108407561(LSM3)
LAV: 100676033(LSM3)
TMU: 101340864
MDO: 100016218(LSM3)
SHR: 100918710(LSM3) 100924692
PCW: 110204912(LSM3)
OAA: 100075732(LSM3)
GGA: 416040(LSM3)
MGP: 100546610(LSM3)
CJO: 107319911(LSM3)
NMEL: 110404805(LSM3)
APLA: 101796253(LSM3)
TGU: 100190009(LSM3)
LSR: 110471382(LSM3)
SCAN: 103817170(LSM3)
GFR: 102042014(LSM3)
FAB: 101807977(LSM3)
PHI: 102107832(LSM3)
PMAJ: 107210338(LSM3)
CCAE: 111935055(LSM3)
CCW: 104683307(LSM3)
ETL: 114056963(LSM3)
FPG: 101913641(LSM3)
FCH: 102058638(LSM3)
CLV: 102094969(LSM3)
EGZ: 104126623(LSM3)
NNI: 104016966(LSM3)
ACUN: 113485024(LSM3)
PADL: 103921900(LSM3)
AAM: 106498978(LSM3)
ASN: 102386899(LSM3)
AMJ: 102574303(LSM3)
PSS: 102462854(LSM3)
CMY: 102938974(LSM3)
CPIC: 101948934(LSM3)
ACS: 100553365(lsm3)
PVT: 110088150(LSM3)
PBI: 103056626(LSM3)
PMUR: 107299320 107299976
TSR: 106549425(LSM3)
PMUA: 114591765(LSM3)
GJA: 107125915(LSM3)
XLA: 100049097(lsm3.L) 108714652
XTR: 100125161(lsm3)
NPR: 108795916(LSM3)
DRE: 100535720(lsm3)
SRX: 107710252 107720345(lsm3)
SANH: 107676354 107691885
SGH: 107562728 107567308 107575572
CCAR: 109068095 109092074
IPU: 108255226(lsm3)
PHYP: 113537808(lsm3)
AMEX: 103043938(lsm3)
EEE: 113583715(lsm3)
TRU: 101063179(lsm3)
TNG: GSTEN00010149G001
LCO: 104936091(lsm3)
NCC: 104944783(lsm3)
MZE: 101485712(lsm3)
ONL: 100704258 100705055
OLA: 101175071(lsm3)
XMA: 102216790(lsm3)
XCO: 114136093(lsm3)
PRET: 103464300(lsm3)
CVG: 107100835(lsm3)
NFU: 107384980(lsm3)
KMR: 108243637(lsm3)
ALIM: 106528723(lsm3)
AOCE: 111579967(lsm3)
CSEM: 103386519(lsm3)
POV: 109642615(lsm3)
LCF: 108884373(lsm3)
SDU: 111231566(lsm3)
SLAL: 111645413(lsm3)
HCQ: 109510258(lsm3)
BPEC: 110162526(lsm3)
MALB: 109972402(lsm3)
SASA: 100286430(lsm3)
OTW: 112246288 112255055
SALP: 111970535(lsm3)
ELS: 105006270(lsm3)
SFM: 108931268(lsm3)
PKI: 111837172(lsm3)
LCM: 106703644(LSM3)
CMK: 103176687(lsm3)
RTP: 109925000(lsm3)
BFO: BRAFLDRAFT_247418
CIN: 100186320
SPU: 581166
APLC: 110988583
SKO: 100370083
DME: Dmel_CG31184(LSm3)
DER: 6555006
DSE: 116801434
DSI: Dsimw501_GD21053(Dsim_GD21053)
DYA: Dyak_GE28824
DAN: 26514390
DSR: 110191310
DPO: Dpse_GA29224 Dpse_GA29226 Dpse_GA30187
DPE: 6587191
DMN: 108155646 117186911 117187093
DWI: 26529536
DMO: Dmoj_GI27007
DAZ: 108609306
DNV: 108659901
DHE: 111602740
DVI: 26530673
MDE: 101897462
LCQ: 111681549
AGA: AgaP_AGAP013519
AAG: 5572242
AALB: 109418266
CQU: CpipJ_CPIJ001194
AME: 725401
BIM: 100742499
BTER: 100644665
CCAL: 108629116
OBB: 114874965
SOC: 105198728
MPHA: 105836350
AEC: 105149693
ACEP: 105618989
PBAR: 105433079
VEM: 105570626
HST: 105183337
DQU: 106748653
CFO: 105252535
LHU: 105673106
PGC: 109856296
OBO: 105276098
PCF: 106792711
NVI: 100120443
CSOL: 105368560
MDL: 103571050
TCA: 662059
DPA: 109544686
ATD: 109598053
NVL: 108566870
BMOR: 732955
BMAN: 114244146
DPL: KGM_200692
PMAC: 106721042
PRAP: 110997245
HAW: 110378099
TNL: 113507679
PXY: 105380026 105398344
API: 100167860
DNX: 107161401
AGS: 114124552
RMD: 113558227
BTAB: 109031513
CLEC: 106670408
PHU: Phum_PHUM190100
ZNE: 110831066
FCD: 110853948
DPX: DAPPUDRAFT_226183
PVM: 113804597
ISC: IscW_ISCW017363
TUT: 107365189
DPTE: 113798537
CSCU: 111621321
PTEP: 107452221
CEL: CELE_Y62E10A.12(lsm-3)
CBR: CBG01776(Cbr-lsm-3)
BMY: Bm1_38870
LOA: LOAG_17508
NAI: NECAME_02103
TSP: Tsp_00417
HRO: HELRODRAFT_156800
LGI: LOTGIDRAFT_207726
PCAN: 112571948
CRG: 105323611
MYI: 110445371
OBI: 106870208
LAK: 106155143
SMM: Smp_078640
SHX: MS3_10410
OVI: T265_08600
EGL: EGR_02158
NVE: 5519089
EPA: 110236762
ADF: 107339780 107339781
AMIL: 114965908
PDAM: 113671937
SPIS: 111324200
DGT: 114533509
HMG: 105844489
TAD: TRIADDRAFT_23866
AQU: 100635851
ATH: AT1G21190(LSM3A) AT1G76860(LSM3B)
ALY: 9323723 9326492
CRB: 17894643 17897644
CSAT: 104702452 104713351 104740813 104751579 104756476 104776238
EUS: EUTSA_v10019321mg
BRP: 103830597 103832139 103853050 103872911
BNA: 106351611 106353502 106353517 106354647 106376728 106397672
BOE: 106294297 106298682 106300290 106327217
RSZ: 108816053 108817593 108834771 108851932 108853466
THJ: 104812039 104813712
CPAP: 110808045
CIT: 102612141
CIC: CICLE_v10002950mg CICLE_v10003306mg
TCC: 18592602
GRA: 105770582 105777443
GHI: 107914111 107932177 107950784
GAB: 108480777 108487517
DZI: 111311161 111315709
EGR: 104449601
GMX: 100306547 100499782
GSJ: 114384350 114389287
PVU: PHAVU_004G095700g PHAVU_004G129000g
VRA: 106766048
VAR: 108344860
VUN: 114181805
CCAJ: 109817296
MTR: MTR_4g083170
CAM: 101510224
LJA: Lj0g3v0068179.1(Lj0g3v0068179.1) Lj1g3v3609490.1(Lj1g3v3609490.1)
ADU: 107491632
AIP: 107644933
LANG: 109352288 109363434
FVE: 101296823
RCN: 112169342 112171272
PPER: 18766595 18783726
PMUM: 103328641 103336323
PAVI: 110763872 110773786
MDM: 103411926 103416292 103444637
PXB: 103935583 103958012
ZJU: 107405127 107405413 107415699 107421672
CSV: 101203558 116405819
CMO: 103485621
MCHA: 111006032
CMAX: 111487342 111489789
CMOS: 111445386 111455423
CPEP: 111806813 111809241
RCU: 8262315
JCU: 105629113 105631792
HBR: 110648971
MESC: 110606038 110606771
POP: 7467821 7469218
PEU: 105138467 105139467
JRE: 109011422 109013863
QSU: 112005221 112018111 112021129 112021440 112040264
VVI: 100253870
SLY: 101264277
SPEN: 107004446
SOT: 102597966
CANN: 107851126
NTA: 107792783 107794682 107815981 107822166
NSY: 104225646 104244210
NTO: 104118388
NAU: 109225674 109244712
INI: 109193453
SIND: 105159404 105179579
OEU: 111376150 111408748
HAN: 110865805 110890444
LSV: 111897034
CCAV: 112500712 112502568 112507238
DCR: 108216357
BVG: 104895756
SOE: 110797006
CQI: 110725869 110735719
NNU: 104586242 104599890
PSOM: 113289767 113300390
OSA: 4325074
DOSA: Os01t0866700-01(Os01g0866700)
OBR: 102706052
BDI: 100822834
ATS: 109750384(LOC109750384) 109753143(LOC109753143)
SBI: 8060974
ZMA: 100194361
SITA: 101756253 101757263
PDA: 103703172 103704418
EGU: 105038012 105038339
MUS: 103979099 103986366
DCT: 110102905
PEQ: 110026532
AOF: 109823792 109830373
ATR: 18444320
SMO: SELMODRAFT_107803 SELMODRAFT_125039
PPP: 112276367
CRE: CHLREDRAFT_185131(SMP8)
VCN: VOLCADRAFT_108433
CSL: COCSUDRAFT_12908
CVR: CHLNCDRAFT_26410
APRO: F751_3145
OLU: OSTLU_43771
OTA: OT_ostta14g00330
BPG: Bathy04g04890
MIS: MICPUN_95751
MPP: MICPUCDRAFT_36568
CME: CYME_CMT262C
GSL: Gasu_18870
CCP: CHC_T00010042001
SCE: YLR438C-A(LSM3)
AGO: AGOS_AER125C
ERC: Ecym_1162
KLA: KLLA0_B05203g
KMX: KLMA_50176(LSM3)
LTH: KLTH0D16082g
VPO: Kpol_1001p16
ZRO: ZYRO0B14102g
CGR: CAGL0M00874g
NCS: NCAS_0J01950(NCAS0J01950)
NDI: NDAI_0J02710(NDAI0J02710)
TPF: TPHA_0B00530(TPHA0B00530)
TBL: TBLA_0E04630(TBLA0E04630)
TDL: TDEL_0D00990(TDEL0D00990)
KAF: KAFR_0E04140(KAFR0E04140)
PPA: PAS_chr1-1_0014
DHA: DEHA2E04510g
PIC: PICST_63621
SPAA: SPAPADRAFT_59353
LEL: LELG_05401
CAL: CAALFM_CR07330WA(SMX4)
CTP: CTRG_03054
COT: CORT_0G01870
CDU: CD36_32960
CTEN: CANTEDRAFT_98296
YLI: YALI0B11022g
CLU: CLUG_01514
CLUS: A9F13_06g03333
CAUR: CJI97_000573
PKZ: C5L36_0A10670
NCR: NCU09512
NTE: NEUTE1DRAFT121723(NEUTE1DRAFT_121723)
SMP: SMAC_07871
PAN: PODANSg2421
TTT: THITE_2146609
MTM: MYCTH_2303370
MGR: MGG_16841
SSCK: SPSK_06680
FGR: FGSG_12193
FPU: FPSE_11107
FVR: FVEG_08960
FOX: FOXG_10307
NHE: NECHADRAFT_61990
TRE: TRIREDRAFT_43225
TRR: M419DRAFT_74674
MAW: MAC_01618
MAJ: MAA_02450
CMT: CCM_07996
PLJ: VFPFJ_02424
VDA: VDAG_09635
CFJ: CFIO01_07188
SAPO: SAPIO_CDS2071
ELA: UCREL1_6686
PFY: PFICI_05897
SSL: SS1G_11612
BFU: BCIN_08g06440(Bclsm3)
MBE: MBM_01032
PSCO: LY89DRAFT_740524
GLZ: GLAREA_06568
AFM: AFUA_5G12570
ACT: ACLA_015620
NFI: NFIA_074640
ANG: ANI_1_908124(An14g06620)
AFV: AFLA_093640
PCS: Pc21g04270
PDP: PDIP_82240
TMF: PMAA_072030
CIM: CIMG_09315
CPW: CPC735_017010
PBL: PAAG_02522
PBN: PADG_11958(PADG_05668)
URE: UREG_04988
ABE: ARB_03397
TVE: TRV_08082
AJE: HCAG_02564
BGH: BDBG_08243
PNO: SNOG_10447
PTE: PTT_08854
BZE: COCCADRAFT_37924
BSC: COCSADRAFT_40145
BOR: COCMIDRAFT_86287
AALT: CC77DRAFT_968469
ZTR: MYCGRDRAFT_84746
PFJ: MYCFIDRAFT_49442
BCOM: BAUCODRAFT_138202
NPA: UCRNP2_4554
TML: GSTUM_00010142001
SPO: SPBC9B6.05c(lsm3)
CNE: CNA07590
CNB: CNBA7410
CGI: CGB_A8700W
TMS: TREMEDRAFT_68409
TVS: TRAVEDRAFT_115587
DSQ: DICSQDRAFT_57320
PCO: PHACADRAFT_170423
SHS: STEHIDRAFT_94966
HIR: HETIRDRAFT_472127
ADL: AURDEDRAFT_74096
FME: FOMMEDRAFT_21984
GTR: GLOTRDRAFT_103146
LBC: LACBIDRAFT_246149 LACBIDRAFT_253907
MRR: Moror_8089
CCI: CC1G_01381
SCM: SCHCODRAFT_102915
ABP: AGABI1DRAFT72874(AGABI1DRAFT_72874)
ABV: AGABI2DRAFT203319(AGABI2DRAFT_203319)
CPUT: CONPUDRAFT_89762
SLA: SERLADRAFT_383548
WSE: WALSEDRAFT_47483
UMA: UMAG_01249
PFP: PFL1_04087
MGL: MGL_2961
MRT: MRET_3564
MSYM: MSY001_0431
PGR: PGTG_07269
MLR: MELLADRAFT_35186
MBR: MONBRDRAFT_15252
SRE: PTSG_01255
DDI: DDB_G0277107(lsm3)
DPP: DICPUDRAFT_30992
DFA: DFA_01036(lsm3)
EHI: EHI_151310(2.t00032)
EDI: EDI_112580
EIV: EIN_097050
ACAN: ACA1_255230
PFA: PF3D7_0819900
PFH: PFHG_02528
PYO: PY17X_0711100
PCB: PCHAS_072000
PBE: PBANKA_0710900
PKN: PKH_051130
PVX: PVX_089370
PCY: PCYB_052130
TAN: TA15990
TPV: TP02_0106
TOT: TOT_020000092
BEQ: BEWA_018280
BBO: BBOV_III010410(17.m07899)
BMIC: BMR1_01G02790
CPV: cgd7_690
TGO: TGME49_298970
TET: TTHERM_000647359
PTM: GSPATT00016730001
PTI: PHATRDRAFT_42364
FCY: FRACYDRAFT_267705
TPS: THAPSDRAFT_37962
PIF: PITG_09828
PSOJ: PHYSODRAFT_285678
SPAR: SPRG_10785
EHX: EMIHUDRAFT_432584
GTT: GUITHDRAFT_70214
NGR: NAEGRDRAFT_33539
TVA: TVAG_392480 TVAG_478980
GLA: GL50803_22112
PSYT: DSAG12_00099
 » show all
Reference
  Authors
Kufel J, Bousquet-Antonelli C, Beggs JD, Tollervey D
  Title
Nuclear pre-mRNA decapping and 5' degradation in yeast require the Lsm2-8p complex.
  Journal
Mol Cell Biol 24:9646-57 (2004)
DOI:10.1128/MCB.24.21.9646-9657.2004
  Sequence
[sce:YLR438C-A]

  All links  
Ontology (4)   
   KEGG BRITE (3)   
   COG (1)   
Pathway (4)   
   KEGG PATHWAY (4)   
Gene (3701)   
   KEGG GENES (610)   
   KEGG MGENES (109)   
   RefGene (2978)   
   OC (4)   
Protein sequence (336)   
   UniProt (328)   
   SWISS-PROT (8)   
Literature (1)   
   PubMed (1)   
All databases (4046)   

Download RDF
DBGET integrated database retrieval system