#=GF ID RFX1_trans_act
#=GF AC PF04589.18
#=GF DE RFX1 transcription activation region
#=GF AU Kerrison ND;0000-0002-1471-953X
#=GF SE DOMO:DM04454;
#=GF GA 25.00 25.00;
#=GF TC 25.00 25.00;
#=GF NC 24.90 24.90;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch --cpu 4 -E 1000 -Z 81514348 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 9278482
#=GF RT The transcriptional activation and repression domains of RFX1, a
#=GF RT context-dependent regulator, can mutually neutralize their
#=GF RT activities.
#=GF RA Katan Y, Agami R, Shaul Y;
#=GF RL Nucleic Acids Res 1997;25:3621-3628.
#=GF DR INTERPRO; IPR007668;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC The RFX family is a family of winged-helix DNA binding proteins.
#=GF CC RFX1 is a regulatory factor essential for expression of MHC
#=GF CC class II genes. This region is to found N terminal to the RFX
#=GF CC DNA binding region (Pfam:PF02257) in some mammalian RFX
#=GF CC proteins, and is thought to activate transcription when
#=GF CC associated with DNA. Deletion analysis has identified the
#=GF CC region 233-351 in human RFX1 (Swiss:P22670) as being required
#=GF CC for maximal activation [1].
#=GF SQ 3105
#=GS A0A4U5V9D6_COLLU/776-906 AC A0A4U5V9D6.1
#=GS A0A8D0GX66_SPHPU/33-129 AC A0A8D0GX66.1
#=GS A0A8B7RQM9_HIPAR/22-148 AC A0A8B7RQM9.1
#=GS A0A6P7XQS2_9AMPH/160-295 AC A0A6P7XQS2.1
#=GS A0A3Q0G2L9_ALLSI/4-166 AC A0A3Q0G2L9.1
#=GS A0A6I8NAI5_ORNAN/1-68 AC A0A6I8NAI5.1
#=GS A0A4Z2FKS1_9TELE/4-190 AC A0A4Z2FKS1.1
#=GS A0A7N8XZ96_9TELE/27-186 AC A0A7N8XZ96.1
#=GS K7EIN5_HUMAN/4-142 AC K7EIN5.8
#=GS A0A1U7RFH3_MESAU/208-366 AC A0A1U7RFH3.1
#=GS A0A8I3N2J5_CANLF/12-138 AC A0A8I3N2J5.1
#=GS A0A3Q7R1R5_VULVU/211-371 AC A0A3Q7R1R5.1
#=GS A0A665UKX4_ECHNA/123-256 AC A0A665UKX4.1
#=GS A0A8C9CM72_PHOSS/12-138 AC A0A8C9CM72.1
#=GS A0A6P4ZBP6_BRABE/8-192 AC A0A6P4ZBP6.1
#=GS G3UWP0_MOUSE/10-138 AC G3UWP0.1
#=GS A0A3P9A3Y3_ESOLU/4-160 AC A0A3P9A3Y3.1
#=GS A0A2K6D1I6_MACNE/18-144 AC A0A2K6D1I6.1
#=GS A0A6P7II98_9TELE/129-293 AC A0A6P7II98.1
#=GS A0A6P4YPA9_BRABE/22-206 AC A0A6P4YPA9.1
#=GS A0A6P6BPL0_PTEVA/12-138 AC A0A6P6BPL0.1
#=GS A0A3Q7SLK6_VULVU/24-152 AC A0A3Q7SLK6.1
#=GS A0A7K4ZZZ7_9AVES/1-66 AC A0A7K4ZZZ7.1
#=GS A0A6J3GVN9_SAPAP/178-335 AC A0A6J3GVN9.1
#=GS A0A6P6JTY2_CARAU/119-364 AC A0A6P6JTY2.1
#=GS A0A5F9D9T1_RABIT/11-147 AC A0A5F9D9T1.1
#=GS A0A8B9WPS4_BOSMU/8-164 AC A0A8B9WPS4.1
#=GS A0A4W6CNA9_LATCA/8-134 AC A0A4W6CNA9.1
#=GS A0A5J5N537_MUNRE/4-159 AC A0A5J5N537.1
#=GS H2M8H1_ORYLA/116-280 AC H2M8H1.2
#=GS A0A3Q0CB09_MESAU/173-335 AC A0A3Q0CB09.1
#=GS A0A6P8NTY7_GEOSA/139-417 AC A0A6P8NTY7.1
#=GS A0A851JQQ5_9PASS/4-161 AC A0A851JQQ5.1
#=GS A0A7L2C0Q7_9PASS/1-98 AC A0A7L2C0Q7.1
#=GS A0A6Q2YPC6_ESOLU/2-133 AC A0A6Q2YPC6.1
#=GS H0VG39_CAVPO/212-351 AC H0VG39.2
#=GS M3ZK05_XIPMA/4-155 AC M3ZK05.2
#=GS A0A8C9LHH3_9PRIM/29-83 AC A0A8C9LHH3.1
#=GS A0A6P8WB58_GYMAC/127-291 AC A0A6P8WB58.1
#=GS A0A3Q1GKY3_9TELE/8-167 AC A0A3Q1GKY3.1
#=GS A0A2K6NWX8_RHIRO/4-154 AC A0A2K6NWX8.1
#=GS A0A673KA16_9TELE/70-150 AC A0A673KA16.1
#=GS G3HCJ9_CRIGR/4-149 AC G3HCJ9.1
#=GS A0A7K5URB7_CEPOR/4-160 AC A0A7K5URB7.1
#=GS A0A5A9NB72_9TELE/79-244 AC A0A5A9NB72.1
#=GS A0A671KPT1_9TELE/110-252 AC A0A671KPT1.1
#=GS A0A6J3AJF9_VICPA/12-138 AC A0A6J3AJF9.1
#=GS A0A674HKS2_TAEGU/4-161 AC A0A674HKS2.1
#=GS A0A4W3IHP7_CALMI/54-126 AC A0A4W3IHP7.1
#=GS G1MS51_MELGA/22-177 AC G1MS51.2
#=GS H0Y790_HUMAN/1-99 AC H0Y790.1
#=GS A0A7L3VZX0_MOLAT/1-62 AC A0A7L3VZX0.1
#=GS A0A4X2MDH5_VOMUR/43-140 AC A0A4X2MDH5.1
#=GS A0A2I3S2A1_PANTR/17-143 AC A0A2I3S2A1.1
#=GS A0A673JK61_9TELE/33-130 AC A0A673JK61.1
#=GS A0A8C5LLE4_9ANUR/29-171 AC A0A8C5LLE4.1
#=GS A0A7K5F787_PROAR/4-161 AC A0A7K5F787.1
#=GS A0A8C3K002_9CHAR/34-103 AC A0A8C3K002.1
#=GS A0A6P6MRA4_CARAU/26-182 AC A0A6P6MRA4.1
#=GS I3M8W6_ICTTR/12-138 AC I3M8W6.2
#=GS A0A8C4F8R3_DICLA/7-127 AC A0A8C4F8R3.1
#=GS G3SPS0_LOXAF/211-370 AC G3SPS0.1
#=GS A0A8C3TBX1_CHESE/62-151 AC A0A8C3TBX1.1
#=GS A0A8C7ASF5_NEOVI/12-138 AC A0A8C7ASF5.1
#=GS A0A151NX64_ALLMI/16-172 AC A0A151NX64.1
#=GS A0A851YYK7_9AVES/1-66 AC A0A851YYK7.1
#=GS A0A668U6N1_OREAU/11-114 AC A0A668U6N1.1
#=GS A0A8C9IY55_9PRIM/286-447 AC A0A8C9IY55.1
#=GS A0A2K5H7S9_COLAP/13-135 AC A0A2K5H7S9.1
#=GS A0A2R9ACI7_PANPA/214-375 AC A0A2R9ACI7.1
#=GS A0A669QRM1_PHACC/4-159 AC A0A669QRM1.1
#=GS A0A091QYU9_MERNU/4-160 AC A0A091QYU9.1
#=GS F7HNN1_CALJA/215-375 AC F7HNN1.2
#=GS A0A2I3M8M7_PAPAN/12-138 AC A0A2I3M8M7.2
#=GS A0A8M1HHU9_BETSP/127-376 AC A0A8M1HHU9.1
#=GS A0A6P6NP87_CARAU/7-141 AC A0A6P6NP87.1
#=GS A0A2K5RBD2_CEBIM/12-138 AC A0A2K5RBD2.1
#=GS A0A7K9NB86_9CORV/4-161 AC A0A7K9NB86.1
#=GS A0A7F8Q8R3_LEPWE/13-141 AC A0A7F8Q8R3.1
#=GS A0A6P3RMJ7_PTEVA/252-541 AC A0A6P3RMJ7.1
#=GS A0A8C1HQ00_CYPCA/9-134 AC A0A8C1HQ00.2
#=GS A0A673GN76_9TELE/33-130 AC A0A673GN76.1
#=GS A0A6J3BJC6_VICPA/180-339 AC A0A6J3BJC6.1
#=GS A0A673VLM2_SALTR/130-300 AC A0A673VLM2.1
#=GS A0A673K2N4_9TELE/35-236 AC A0A673K2N4.1
#=GS A0A6P6ELA6_OCTDE/4-155 AC A0A6P6ELA6.1
#=GS A0A8B7J4V6_9AVES/4-160 AC A0A8B7J4V6.1
#=GS A0A2Y9L8V2_ENHLU/209-370 AC A0A2Y9L8V2.1
#=GS A0A7L2VAL4_9AVES/4-160 AC A0A7L2VAL4.1
#=GS A0A8C5LJL3_9ANUR/21-90 AC A0A8C5LJL3.1
#=GS A0A3Q2HT59_HORSE/4-159 AC A0A3Q2HT59.1
#=GS A0A665V5F5_ECHNA/7-134 AC A0A665V5F5.1
#=GS A0A7L0ZLH1_9PASS/10-138 AC A0A7L0ZLH1.1
#=GS A0A1S3S1I0_SALSA/130-300 AC A0A1S3S1I0.1
#=GS A0A3Q1K708_ANATE/8-134 AC A0A3Q1K708.1
#=GS A0A8C6WSB9_9GOBI/17-147 AC A0A8C6WSB9.1
#=GS A0A8C0B5Q7_9AVES/13-138 AC A0A8C0B5Q7.1
#=GS A0A8C7IPD9_ONCKI/34-131 AC A0A8C7IPD9.1
#=GS A0A5F5XKI5_FELCA/175-458 AC A0A5F5XKI5.1
#=GS A0A673MN46_9TELE/1-110 AC A0A673MN46.1
#=GS A0A672YJ60_9TELE/168-249 AC A0A672YJ60.1
#=GS A0A9J8DMX0_CYPCA/192-269 AC A0A9J8DMX0.1
#=GS A0A673AE22_9TELE/116-280 AC A0A673AE22.1
#=GS A0A672UEJ2_STRHB/12-137 AC A0A672UEJ2.1
#=GS F6UV76_HUMAN/15-138 AC F6UV76.1
#=GS A0A7K6UDJ7_9AVES/4-160 AC A0A7K6UDJ7.1
#=GS G3I605_CRIGR/14-138 AC G3I605.1
#=GS A0A8C6NRT4_NOTFU/109-270 AC A0A8C6NRT4.1
#=GS A0A8C3AF76_CYCLU/4-163 AC A0A8C3AF76.1
#=GS A0A8C3XEH0_9PASS/11-138 AC A0A8C3XEH0.1
#=GS A0A3Q1JAP8_ANATE/8-134 AC A0A3Q1JAP8.1
#=GS F1SD60_PIG/215-376 AC F1SD60.1
#=GS L5L862_PTEAL/1-109 AC L5L862.1
#=GS A0A3P9A876_ESOLU/14-232 AC A0A3P9A876.2
#=GS A0A6P5J7E0_PHACI/72-169 AC A0A6P5J7E0.1
#=GS A0A6P3VXK1_CLUHA/4-163 AC A0A6P3VXK1.1
#=GS RFX2_HUMAN/4-154 AC P48378.2
#=GS A0A8D2MNR5_ZONAL/8-152 AC A0A8D2MNR5.1
#=GS A0A9J7MC72_BRAFL/32-215 AC A0A9J7MC72.1
#=GS A0A1S3JPJ1_LINUN/7-159 AC A0A1S3JPJ1.1
#=GS A0A8C2ZPW0_CYCLU/8-135 AC A0A8C2ZPW0.1
#=GS A0A672MGH5_SINGR/41-113 AC A0A672MGH5.1
#=GS A0A671KUP0_9TELE/4-160 AC A0A671KUP0.1
#=GS A0A8C5EEB4_9TELE/30-163 AC A0A8C5EEB4.1
#=GS A0A671KUN0_9TELE/15-171 AC A0A671KUN0.1
#=GS A0A834L2F0_ORYME/118-281 AC A0A834L2F0.1
#=GS A0A8C6ZLI2_NOTPE/4-161 AC A0A8C6ZLI2.1
#=GS A0A2K5X7I3_MACFA/10-149 AC A0A2K5X7I3.2
#=GS A0A7L2ERK4_ANTMN/1-86 AC A0A7L2ERK4.1
#=GS A0A2I4CQQ7_AUSLI/113-271 AC A0A2I4CQQ7.1
#=GS A0A2R9BX64_PANPA/6-162 AC A0A2R9BX64.1
#=GS A0A9D3S3Z3_ANGAN/49-141 AC A0A9D3S3Z3.1
#=GS A0A8C3Y612_CATUS/11-138 AC A0A8C3Y612.1
#=GS A0A8D2K4H4_THEGE/4-154 AC A0A8D2K4H4.1
#=GS A0A8C9LRA5_9PRIM/4-154 AC A0A8C9LRA5.1
#=GS A0A8K1LDA7_9PASS/1-63 AC A0A8K1LDA7.1
#=GS A0A7K5QT56_9PASE/4-164 AC A0A7K5QT56.1
#=GS A0A6P6JW65_CARAU/119-393 AC A0A6P6JW65.1
#=GS A0A2K5M9R8_CERAT/12-138 AC A0A2K5M9R8.1
#=GS G3HD04_CRIGR/4-69 AC G3HD04.1
#=GS A0A6J0E4D0_PERMB/21-169 AC A0A6J0E4D0.1
#=GS A0A8C6Y3K6_NAJNA/10-138 AC A0A8C6Y3K6.1
#=GS A0A668SLX8_OREAU/126-383 AC A0A668SLX8.1
#=GS A0A3M0KT81_HIRRU/26-152 AC A0A3M0KT81.1
#=GS A0A8B9G0H9_9PSIT/26-156 AC A0A8B9G0H9.1
#=GS A0A6J3GWA1_SAPAP/106-376 AC A0A6J3GWA1.1
#=GS A0A091EPG2_CORBR/11-138 AC A0A091EPG2.1
#=GS A0A834FI43_ORYME/125-290 AC A0A834FI43.1
#=GS A0A8I3PY69_CANLF/210-504 AC A0A8I3PY69.1
#=GS A0A8T2NSX7_9TELE/34-130 AC A0A8T2NSX7.1
#=GS A0A2Y9HKS6_NEOSC/12-138 AC A0A2Y9HKS6.1
#=GS A0A8C8JQX6_ONCTS/22-130 AC A0A8C8JQX6.1
#=GS A0A2K5IPN2_COLAP/4-154 AC A0A2K5IPN2.1
#=GS A0A3Q1AZ34_AMPOC/127-300 AC A0A3Q1AZ34.1
#=GS A0A8K0EC46_BRALA/8-193 AC A0A8K0EC46.1
#=GS A0A8C7AH10_NEOVI/191-351 AC A0A8C7AH10.1
#=GS A0A6Q2X8Z1_ESOLU/119-307 AC A0A6Q2X8Z1.1
#=GS A0A7L0LDY7_9SYLV/1-66 AC A0A7L0LDY7.1
#=GS A0A6Q2XI10_ESOLU/1-49 AC A0A6Q2XI10.1
#=GS A0A1S3L3Q3_SALSA/2-127 AC A0A1S3L3Q3.1
#=GS A0A8J1JBS7_XENTR/124-274 AC A0A8J1JBS7.1
#=GS A0A8C9FPC3_PAVCR/1-78 AC A0A8C9FPC3.1
#=GS A0A8C3IK33_CHRPI/192-349 AC A0A8C3IK33.1
#=GS A0A8D0H3U5_SPHPU/1-119 AC A0A8D0H3U5.1
#=GS A0A2K6D1G5_MACNE/16-144 AC A0A2K6D1G5.1
#=GS A0A7K6C426_PTIVI/11-138 AC A0A7K6C426.1
#=GS A0A8N5F3Y7_GEOFO/1-53 AC A0A8N5F3Y7.1
#=GS A0A9J7Z7Z1_CYPCA/119-397 AC A0A9J7Z7Z1.1
#=GS A0A9J8BCG7_CYPCA/139-291 AC A0A9J8BCG7.1
#=GS A0A2Y9M1X6_DELLE/35-195 AC A0A2Y9M1X6.1
#=GS A0A6P9DG58_PANGU/279-444 AC A0A6P9DG58.1
#=GS A0A8C4CKU4_9TELE/4-155 AC A0A8C4CKU4.1
#=GS A0A8C0FHT8_BUBBB/12-138 AC A0A8C0FHT8.1
#=GS A0A2K5NG45_CERAT/4-154 AC A0A2K5NG45.1
#=GS A0A8J6ACG9_GALPY/73-222 AC A0A8J6ACG9.1
#=GS L5LLH0_MYODS/1-55 AC L5LLH0.1
#=GS A0A1S3PC39_SALSA/4-161 AC A0A1S3PC39.1
#=GS A0A7L0M0I8_9PSIT/4-161 AC A0A7L0M0I8.1
#=GS A0A6P8V3B9_GYMAC/127-291 AC A0A6P8V3B9.1
#=GS A0A8C3Y3B9_CATUS/11-155 AC A0A8C3Y3B9.1
#=GS A0A672ZVB4_9TELE/1-73 AC A0A672ZVB4.1
#=GS A0A8C6UX62_9GOBI/34-132 AC A0A8C6UX62.1
#=GS A0A452E899_CAPHI/12-138 AC A0A452E899.1
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#=GS A0A6P8V509_GYMAC/127-291 AC A0A6P8V509.1
#=GS A0A093REG9_PYGAD/1-100 AC A0A093REG9.1
#=GS A0A6J3IXU0_SAPAP/4-156 AC A0A6J3IXU0.1
#=GS A0A8I5NIP2_PAPAN/216-485 AC A0A8I5NIP2.1
#=GS A0A7E6E9E9_9CHIR/178-464 AC A0A7E6E9E9.1
#=GS A0A3Q0E9C9_CARSF/18-148 AC A0A3Q0E9C9.1
#=GS A0A6P6H8Z0_PUMCO/4-159 AC A0A6P6H8Z0.1
#=GS A0A2K5M9Y5_CERAT/29-83 AC A0A2K5M9Y5.1
#=GS A0A8C9GAB6_9PRIM/16-142 AC A0A8C9GAB6.1
#=GS A0A8C7EYG3_ONCKI/4-130 AC A0A8C7EYG3.1
#=GS A0A2K6PPG4_RHIRO/12-138 AC A0A2K6PPG4.1
#=GS A0A8C8B4I0_9STRI/12-138 AC A0A8C8B4I0.1
#=GS A0A8B9ZBR2_9AVES/4-159 AC A0A8B9ZBR2.1
#=GS A0A8B9J030_9PSIT/1-131 AC A0A8B9J030.1
#=GS A0A8C9LDA8_PAVCR/20-135 AC A0A8C9LDA8.1
#=GS A0A093BT91_CHAPE/4-165 AC A0A093BT91.1
#=GS A0A670KID0_PODMU/195-275 AC A0A670KID0.1
#=GS A0A8C6M5G1_NOTFU/17-127 AC A0A8C6M5G1.1
#=GS A0A8C9M7E7_PANTA/4-148 AC A0A8C9M7E7.1
#=GS A0A6P5IXV7_PHACI/72-169 AC A0A6P5IXV7.1
#=GS A0A8D2MQG2_ZONAL/6-150 AC A0A8D2MQG2.1
#=GS A0A3Q3NMS3_9TELE/127-292 AC A0A3Q3NMS3.2
#=GS A0A7J5YAL1_DISMA/165-424 AC A0A7J5YAL1.1
#=GS A0A3P8SGA0_AMPPE/4-163 AC A0A3P8SGA0.1
#=GS A0A851S2X7_CERFA/4-161 AC A0A851S2X7.1
#=GS A0A3Q4IAE2_NEOBR/35-133 AC A0A3Q4IAE2.1
#=GS A0A7K6D500_9PASS/4-162 AC A0A7K6D500.1
#=GS H0UUZ9_CAVPO/12-138 AC H0UUZ9.2
#=GS A0A8J0V6D9_XENLA/51-192 AC A0A8J0V6D9.1
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