KEGG   ORTHOLOGY: K12618
Entry
K12618                      KO                                     
Symbol
XRN1, SEP1, KEM1
Name
5'-3' exoribonuclease 1 [EC:3.1.13.-]
Pathway
map03008  Ribosome biogenesis in eukaryotes
map03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09122 Translation
   03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03009 Ribosome biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03016 Transfer RNA biogenesis
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
   03036 Chromosome and associated proteins
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Enzymes [BR:ko01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.13  Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
    3.1.13.-
     K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    Common to processing body (P body) and stress granule
     K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
  mRNA degradation factors
   5'-3' decay
    5' exonucleases
     K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Ribosome biogenesis [BR:ko03009]
 Eukaryotic type
  Pre-60S particles
   RNases
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Transfer RNA biogenesis [BR:ko03016]
 Eukaryotic type
  tRNA degradation factors
   Rapid tRNA decay (RTD) pathway factors
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Chromosome and associated proteins [BR:ko03036]
 Eukaryotic type
  Gene silencing
   piRNA pathway
    K12618  XRN1, SEP1, KEM1; 5'-3' exoribonuclease 1
Genes
HSA: 54464(XRN1)
PTR: 460744(XRN1)
PPS: 100975490(XRN1)
GGO: 101147797(XRN1)
PON: 100449590(XRN1)
NLE: 100597889(XRN1)
MCC: 714497(XRN1)
MCF: 101926618(XRN1)
CSAB: 103241558(XRN1)
CATY: 105586343(XRN1)
PANU: 101017792(XRN1)
TGE: 112619028(XRN1)
RRO: 104682193(XRN1)
RBB: 108535875(XRN1)
TFN: 117084088(XRN1)
PTEH: 111544698(XRN1)
CJC: 100412678(XRN1)
SBQ: 101043520(XRN1)
CSYR: 103269737(XRN1)
MMUR: 105870057(XRN1)
OGA: 100950599(XRN1)
MMU: 24127(Xrn1)
MCAL: 110302417(Xrn1)
MPAH: 110327930(Xrn1)
RNO: 300944(Xrn1)
MCOC: 116073687(Xrn1)
CGE: 100760243(Xrn1)
PLEU: 114690970(Xrn1)
NGI: 103752522(Xrn1)
HGL: 101701152(Xrn1)
CPOC: 100732416(Xrn1)
DORD: 105995968(Xrn1)
DSP: 122095262(Xrn1)
NCAR: 124992546
OCU: 100351589(XRN1)
OPI: 101519646(XRN1)
TUP: 102482614(XRN1)
CFA: 477100(XRN1)
VVP: 112934964(XRN1)
VLG: 121478826(XRN1)
AML: 100464646(XRN1)
UMR: 103678392(XRN1)
UAH: 113254016(XRN1)
UAR: 123788442(XRN1)
ELK: 111147901
LLV: 125098217
MPUF: 101672132(XRN1)
ORO: 101369891(XRN1)
EJU: 114205613(XRN1)
ZCA: 113916586(XRN1)
MLX: 118004680(XRN1)
FCA: 101097088(XRN1)
PYU: 121033764
PBG: 122491908(XRN1)
PTG: 102948561(XRN1)
PPAD: 109260339(XRN1)
AJU: 106982266(XRN1)
HHV: 120221750(XRN1)
BTA: 540834(XRN1)
BOM: 102268763(XRN1)
BIU: 109559563(XRN1)
BBUB: 102412468(XRN1)
CHX: 102178771(XRN1)
OAS: 101106821(XRN1)
ODA: 120858192(XRN1)
CCAD: 122445243(XRN1)
SSC: 100515927(XRN1)
CFR: 102511588(XRN1)
CBAI: 105066818(XRN1)
CDK: 105086327(XRN1)
VPC: 102526352(XRN1)
BACU: 103016273(XRN1)
LVE: 103082255(XRN1)
OOR: 101275029(XRN1)
DLE: 111179267(XRN1)
PCAD: 102983142(XRN1)
PSIU: 116752960(XRN1)
ECB: 100051335(XRN1)
EPZ: 103541058(XRN1)
EAI: 106838126(XRN1)
MYB: 102249234(XRN1)
MYD: 102768117(XRN1)
MMYO: 118674964(XRN1)
MLF: 102418732(XRN1)
MNA: 107537977(XRN1)
PKL: 118724487(XRN1)
HAI: 109390466(XRN1)
SHON: 118980974(XRN1)
AJM: 119065419(XRN1)
PDIC: 114490447(XRN1)
PHAS: 123826849(XRN1)
MMF: 118617879(XRN1)
RFQ: 117014422(XRN1)
PALE: 102889090(XRN1)
PGIG: 120613813(XRN1)
PVP: 105294976(XRN1)
RAY: 107500836
MJV: 108397426(XRN1)
TOD: 119257704(XRN1)
SARA: 101540191(XRN1)
LAV: 100661562(XRN1)
TMU: 101341941
DNM: 101437702(XRN1)
MDO: 100013672(XRN1)
GAS: 123242774(XRN1)
SHR: 100934609(XRN1)
PCW: 110197215(XRN1)
OAA: 100077938(XRN1)
GGA: 424778(XRN1)
PCOC: 116230884(XRN1)
MGP: 100542331(XRN1)
CJO: 107318069(XRN1)
NMEL: 110397591(XRN1)
APLA: 101794979
ACYG: 106036229(XRN1)
AFUL: 116492666(XRN1)
TGU: 100232132(XRN1)
LSR: 110473939(XRN1)
SCAN: 103815415(XRN1)
PMOA: 120508547(XRN1)
OTC: 121341156(XRN1)
PRUF: 121357923(XRN1)
GFR: 102032070(XRN1)
FAB: 101808622(XRN1)
PHI: 102109729(XRN1)
PMAJ: 107208804(XRN1)
CCAE: 111933509(XRN1)
CCW: 104693453(XRN1)
ETL: 114069633(XRN1)
ZAB: 102072782(XRN1)
FPG: 101913095(XRN1)
FCH: 102053827(XRN1)
CLV: 102097760(XRN1)
EGZ: 104127112(XRN1)
NNI: 104016386(XRN1)
ACUN: 113483398(XRN1)
TALA: 104355851(XRN1)
PADL: 103917881(XRN1)
ACHC: 115346761(XRN1)
AAM: 106485908(XRN1)
AROW: 112976145(XRN1)
NPD: 112947902(XRN1)
DNE: 112984098(XRN1)
ASN: 102380424(XRN1)
AMJ: 102558616(XRN1)
CPOO: 109308590(XRN1)
GGN: 109288151(XRN1)
PSS: 102459789(XRN1)
CMY: 102936409(XRN1)
CPIC: 101931509(XRN1)
TST: 117883020(XRN1)
CABI: 116816439(XRN1)
MRV: 120371460(XRN1)
ACS: 100562142(xrn1)
PVT: 110078451(XRN1)
SUND: 121925200(XRN1)
PBI: 103066866(XRN1)
PMUR: 107292035(XRN1)
TSR: 106539914(XRN1)
PGUT: 117678331(XRN1)
VKO: 123024713(XRN1)
PMUA: 114597838(XRN1)
ZVI: 118093912(XRN1)
GJA: 107112361(XRN1)
XLA: 108717067(xrn1.L) 108718136(xrn1.S)
XTR: 733797(xrn1)
NPR: 108786347(XRN1)
RTEM: 120936633(XRN1)
BBUF: 120997791(XRN1)
BGAR: 122934060(XRN1)
DRE: 394008(xrn1)
SANH: 107677707(xrn1) 107700493
CCAR: 109110725
IPU: 108280294(xrn1)
SMEO: 124402898(xrn1)
TFD: 113638501(xrn1)
AMEX: 103022720(xrn1)
EEE: 113590777(xrn1)
TRU: 101074214(xrn1)
LCO: 104929169(xrn1)
CGOB: 115022490(xrn1)
ELY: 117272083(xrn1)
PLEP: 121951847(xrn1)
SLUC: 116041688(xrn1)
ECRA: 117954316(xrn1)
PFLV: 114565013(xrn1)
GAT: 120815802(xrn1)
PPUG: 119209832(xrn1)
MSAM: 119902571(xrn1)
CUD: 121519947(xrn1)
MZE: 101463778(xrn1)
ONL: 100691398(xrn1)
OAU: 116324246(xrn1)
OLA: 101169885(xrn1)
OML: 112147443(xrn1)
XMA: 102228523(xrn1)
XCO: 114146609(xrn1)
XHE: 116721767(xrn1)
PRET: 103478843(xrn1)
PFOR: 103138350(xrn1)
PLAI: 106962108(xrn1)
PMEI: 106932988(xrn1)
GAF: 122841499(xrn1)
CVG: 107101793(xrn1)
CTUL: 119793331(xrn1)
GMU: 124870213(xrn1)
NFU: 107395421(xrn1)
KMR: 108238650(xrn1)
ALIM: 106514920(xrn1)
NWH: 119414468(xrn1)
AOCE: 111562863(xrn1)
CSEM: 103396659(xrn1)
POV: 109643207(xrn1)
SSEN: 122766761(xrn1)
HHIP: 117778076(xrn1)
LCF: 108896664(xrn1)
SDU: 111223795(xrn1)
SLAL: 111652960(xrn1)
XGL: 120799153(xrn1)
HCQ: 109515519(xrn1)
BPEC: 110170407(xrn1)
OTW: 112226368(xrn1) 112260391
OMY: 110508810(xrn1) 110530214
OGO: 124009620 124041943(xrn1)
SALP: 111956514
ELS: 105018288(xrn1)
SFM: 108926832(xrn1)
AANG: 118229669(xrn1)
LOC: 102697761(xrn1)
ARUT: 117417028 117423034(xrn1)
LCM: 102350811(XRN1)
CMK: 103178358(xrn1)
RTP: 109934425(xrn1)
BBEL: 109479675
CIN: 100175420
SCLV: 120342282
SPU: 578630
APLC: 110984281
SKO: 100369596
DME: Dmel_CG3291(pcm)
DER: 6550391
DSE: 6614992
DSI: Dsimw501_GD27168(Dsim_GD27168)
DAN: 6503195
DSR: 110180082
DPE: 6597663
DMN: 108157502
DWI: 6652837
DGR: 6569382
DAZ: 108618031
DNV: 108655614
DHE: 111598418
DVI: 6634679
CCAT: 101451936
BOD: 106621566
MDE: 101894071
SCAC: 106093612
LCQ: 111680632
ACOZ: 120952718
AARA: 120895986
AAG: 5571065
CPII: 120414807
AME: 409993
ACER: 108001712
ALAB: 122717355
BIM: 100742741
BBIF: 117217068
BVK: 117242463
BVAN: 117154532
BTER: 100649909
BPYO: 122576204
CCAL: 108625725
OBB: 114879716
MGEN: 117226751
NMEA: 116425707
CGIG: 122401241
SOC: 105204713
MPHA: 105830537
AEC: 105154516
ACEP: 105621109
PBAR: 105430804
VEM: 105563097
HST: 105190279
DQU: 106741804
CFO: 105251517
FEX: 115236182
LHU: 105674583
PGC: 109860415
OBO: 105277307
PCF: 106790418
PFUC: 122522986
VPS: 122629617
CSOL: 105365383
TPRE: 106652427
MDL: 103571248
CGLO: 123260544
FAS: 105269019
DAM: 107035760
AGIF: 122858654
CCIN: 107273811
TCA: 663618(XRN1)
DPA: 109540773
CSET: 123312572
AGB: 108910067
LDC: 111513927
NVL: 108563534
APLN: 108734810
PPYR: 116170126
BMOR: 101746591
BMAN: 114250593
MSEX: 115450479
BANY: 112045057
PMAC: 106721332
PPOT: 106101762
PXU: 106125362
PRAP: 110997731
ZCE: 119831333
HAW: 110374975
TNL: 113502334
OFU: 114354256
API: 100163356
DNX: 107167875
AGS: 114121792
RMD: 113548120
BTAB: 109044785
DCI: 103512290
CLEC: 106667311
HHAL: 106689718
NLU: 111046884
FOC: 113210747
ZNE: 110830323
CSEC: 111865115
FCD: 110842333
DMK: 116920786
PVM: 113800050
PJA: 122261424
PCHN: 125027108
HAME: 121869630
PCLA: 123769866
PTRU: 123501379
EAF: 111702847
DSV: 119445857
RSAN: 119390219
RMP: 119172788
VDE: 111252019
VJA: 111264169
TUT: 107368142
DPTE: 113797584
DFR: 124491979
PTEP: 107451429
SDM: 118195451
CEL: CELE_Y39G8C.1(xrn-1)
CBR: CBG_20837(Cbr-xrn-1)
PCAN: 112556540
BGT: 106057797
GAE: 121389992
HRF: 124152504
HRJ: 124271311
CRG: 105340192
MYI: 110442937
PMAX: 117344527
MMER: 123526979
OBI: 106881569
OSN: 115224725
LAK: 106168392
NVE: 5514203
ATEN: 116305788
AMIL: 114971157
PDAM: 113684377
SPIS: 111332903
DGT: 114518166
XEN: 124444051
AQU: 100632707
APRO: F751_4693
SCE: YGL173C(XRN1)
ERC: Ecym_8383
KMX: KLMA_40274(XRN1)
NCS: NCAS_0C04170(NCAS0C04170)
NDI: NDAI_0G03520(NDAI0G03520)
TPF: TPHA_0H00510(TPHA0H00510)
TBL: TBLA_0G02750(TBLA0G02750)
TDL: TDEL_0F01070(TDEL0F01070)
KAF: KAFR_0C03080(KAFR0C03080)
CAL: CAALFM_C113420CA(KEM1)
SLB: AWJ20_379(XRN1)
NCR: NCU06678
NTE: NEUTE1DRAFT127448(NEUTE1DRAFT_127448)
MGR: MGG_12403
SSCK: SPSK_04815
MAW: MAC_05995
MAJ: MAA_09154
CMT: CCM_03184
MBE: MBM_06945
ANI: AN8185.2
ANG: ANI_1_654084(An09g05290)
ABE: ARB_06879
TVE: TRV_05959
PTE: PTT_07733
SPO: SPAC17A5.14(exo2)
CNE: CNE03620
CNB: CNBE3620
TASA: A1Q1_03823
ABV: AGABI2DRAFT184268(AGABI2DRAFT_184268)
MGL: MGL_4024
MRT: MRET_4129
DDI: DDB_G0276137(xrn1)
DFA: DFA_11745(xrn1)
CPV: cgd6_2080
SPAR: SPRG_14369
 » show all
Reference
  Authors
Chernyakov I, Whipple JM, Kotelawala L, Grayhack EJ, Phizicky EM
  Title
Degradation of several hypomodified mature tRNA species in Saccharomyces cerevisiae is mediated by Met22 and the 5'-3' exonucleases Rat1 and Xrn1.
  Journal
Genes Dev 22:1369-80 (2008)
DOI:10.1101/gad.1654308
  Sequence
[sce:YGL173C]
Reference
  Authors
Mullen TE, Marzluff WF
  Title
Degradation of histone mRNA requires oligouridylation followed by decapping and simultaneous degradation of the mRNA both 5' to 3' and 3' to 5'.
  Journal
Genes Dev 22:50-65 (2008)
DOI:10.1101/gad.1622708
  Sequence
[hsa:54464]

DBGET integrated database retrieval system