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DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム

DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースのウェブを対象とした統合データベースシステムです。上のサーチボックスを含め、ゲノムネットや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。分子生物学データのウェブは、各データベースのエントリー(ページ)をノードとし、エントリー間の参照情報をエッジ(リンク)とした膨大なグラフです。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名(またはアクセッション番号)のペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。

DBGET サーチ
LinkDB サーチ
英文ドキュメント
   How to use DBGET
   URLs for making DBGET queries
リリース情報
   データベースリリース情報(日々更新)
   主要データベースの増加図(金久研作成)(1982年より)

2007年4月より文部科学省統合データベースプロジェクトの支援を受け、日本語支援環境の整備を行い、LinkDB の拡張と新たな検索システムの開発を行っています。また、ゲノムネット化合物データベースとして、化合物に関する様々なデータベースの統合化を進めています。これまでに以下のデータベースが DBGET/LinkDB システムに組み込まれています。

ゲノムネット化合物データベース
区分データベース内容
化学構造PubChem化合物全般
ChEBI化合物オントロジー
KEGG COMPOUND代謝化合物、生体外化合物
LIPIDMAPS脂質
LipidBank脂質
KNApSAcK植物二次代謝化合物
KEGG ENVIRON天然物(生薬、精油)
KEGG DRUG医薬品
DrugBank医薬品
KEGG GLYCAN糖鎖
立体構造PDBeChem低分子立体構造
3DMET代謝化合物立体構造モデル
LigandBox医薬品立体構造モデル
化学反応KEGG REACTION生体内化学反応
KEGG RCLASS反応パターン

Last updated: March 7, 2012
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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター