ゲノムネット計算ツール

ゲノムネットでは以下の３つのカテゴリーで計算サービスを提供しています。 配列解析の標準的なプログラム以外はすべて京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開発されたものです。

BLAST FASTA	配列類似性検索	Altschul et al. (1997) Pearson and Lipman (1988)
MOTIF	配列モチーフ検索
CLUSTALW MAFFT PRRN	配列のマルチプルアライメント	Thompson et al. (1994) Kato and Standley (2013) Gotoh (1982)
TREE	進化系統樹解析

ViPTree	ウイルスプロテオミックツリー	Nishimura et al. (2017)
KAAS	ゲノムまたはESTコンティグの自動アノテーションとパスウェイマッピング	Moriya et al. (2007)
MAPLE	ゲノム・メタゲノムに潜む代謝・生理機能ポテンシャル評価システム	Takami et al. (2012)
EGassembler	大量のESTデータからコンセンサスコンティグ自動生成	Masoudi-Nejad et al. (2006)
GENIES	カーネル法での多様なオミクスデータ統合による遺伝子ネットワーク予測	Yamanishi et al. (2005) / Kotera et al. (2012)
DINIES	医薬品と標的タンパク質のネットワーク推定	Yamanishi et al. (2010)

SIMCOMP	化合物類似構造検索	Hattori et al. (2003) / (2010)
SUBCOMP	化合物部分構造検索	Hattori et al. (2010)
KCaM	糖鎖類似構造検索	Aoki et al. (2004)
GECS	マイクロアレイデータからの糖鎖構造予測	Kawano et al. (2005) Suga et al. (2007)
PathPred	合成・分解反応経路予測	Moriya et al. (2010)
E-zyme	化合物間の酵素反応予測	Kotera et al. (2004) Oh et al. (2007)
E-zyme2	化学構造アラインメントを用いた酵素遺伝子の同定	Moriya et al. (2016)
PathComp	化合物間の反応経路計算	Goto et al. (1997)
PathSearch	類似反応経路検索

その他の開発ツール

京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターでは以下のツールも開発しました。これらは各研究室レベルで維持されています。

EnuMol	Enumerating Molecular Structures	Shimizu et al. (2011)
MIMOX	A web tool for phage display analysis	Huang et al. (2006)
HSEpred	predict Half-Sphere Exposure from protein sequences	Song et al. (2008)
PRORATE	prediction of protein folding rates	Song et al. (2010)
SLPFA	Subcellular Location Prediction with Frequency and Alignment	Tamura & Akutsu (2007)
INTREPED	an interactive DNA repair prediction server	Brown & Akutsu (2009)
IPPI	Inferring Protein-Protein Interactions for YEAST	Hayashida et al. (2003)
PURE	A Pubmed article recommendation system based on content-based filtering	Yoneya & Mamitsuka (2007)

PLOC	Prediction of protein localization sites	Park & Kanehisa (2003)
TSEG	Prediction of membrane proteins	Kihara et al. (1998)
HAMSTER	Helpful Abstraction using Minimum Spanning Trees for Expression Relations	Wan et al. (2009)