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DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム

DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースのウェブを対象とした統合データベースシステムです。上のサーチボックスを含め、ゲノムネットや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。分子生物学データのウェブは、各データベースのエントリー(ページ)をノードとし、エントリー間の参照情報をエッジ(リンク)とした膨大なグラフです。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名(またはアクセッション番号)のペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。

DBGET サーチ
LinkDB サーチ
英文ドキュメント
   How to use DBGET
   URLs for making DBGET queries
リリース情報
   データベースリリース情報(日々更新)
   主要データベースの増加図(金久研作成)(1982年より)

2007年4月より文部科学省統合データベースプロジェクトの支援を受け、日本語支援環境の整備を行い、LinkDB の拡張と新たな検索システムの開発を行っています。また、ゲノムネット化合物データベースとして、化合物に関する様々なデータベースの統合化を進めています。これまでに以下のデータベースが DBGET/LinkDB システムに組み込まれています。

ゲノムネット化合物データベース
区分データベース内容
化学構造PubChem化合物全般
ChEBI化合物オントロジー
KEGG COMPOUND代謝化合物、生体外化合物
LIPIDMAPS脂質
LipidBank脂質
KNApSAcK植物二次代謝化合物
KEGG EDRUG天然物(生薬、精油)
KEGG DRUG医薬品
DrugBank医薬品
KEGG GLYCAN糖鎖
立体構造PDBeChem低分子立体構造
3DMET代謝化合物立体構造モデル
LigandBox医薬品立体構造モデル
化学反応KEGG REACTION生体内化学反応
KEGG RPAIR反応ペア
KEGG RCLASS反応パターン
ゲノムネット医薬品データベース
区分データベース内容
添付文書JAPIC 医療用医薬品処方薬添付文書
JAPIC 一般用医薬品大衆薬添付文書

Last updated: March 7, 2012
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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター